Protein–RNA interactions for Protein: P48059

LIMS1, LIM and senescent cell antigen-like-containing domain protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 325 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMS1P48059 RNF175-201ENST00000347063 1604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
LIMS1P48059 RPS2P35-201ENST00000443417 897 ntBASIC22.87■■□□□ 1.25
LIMS1P48059 MAD2L2-201ENST00000235310 1860 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.87■■□□□ 1.25
LIMS1P48059 ANKRD16-201ENST00000191063 1567 ntTSL 3 BASIC22.86■■□□□ 1.25
LIMS1P48059 PICALM-224ENST00000630913 2261 ntTSL 5 BASIC22.86■■□□□ 1.25
LIMS1P48059 MIR3665-201ENST00000578708 105 ntBASIC22.86■■□□□ 1.25
LIMS1P48059 FBXL8-201ENST00000258200 1658 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
LIMS1P48059 AC092803.2-201ENST00000564287 1899 ntBASIC22.85■■□□□ 1.25
LIMS1P48059 NMB-201ENST00000360476 1007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
LIMS1P48059 CGGBP1-206ENST00000482016 1147 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.85■■□□□ 1.25
LIMS1P48059 ZFP90-204ENST00000564323 560 ntTSL 4 BASIC22.85■■□□□ 1.25
LIMS1P48059 ZFP90-219ENST00000611381 695 ntTSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
LIMS1P48059 RFFL-206ENST00000447669 2030 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.85■■□□□ 1.25
LIMS1P48059 KLC1-203ENST00000347839 2271 ntTSL 5 BASIC22.85■■□□□ 1.25
LIMS1P48059 GCLC-209ENST00000514004 2356 ntTSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
LIMS1P48059 BICDL2-203ENST00000572449 1984 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.85■■□□□ 1.25
LIMS1P48059 CSNK1E-203ENST00000396832 2791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
LIMS1P48059 DCUN1D5-201ENST00000260247 1337 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
LIMS1P48059 AP004609.3-201ENST00000610705 1884 ntBASIC22.84■■□□□ 1.25
LIMS1P48059 HABP4-202ENST00000375251 2304 ntTSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
LIMS1P48059 PCYT2-202ENST00000538721 1765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
LIMS1P48059 CEBPB-201ENST00000303004 1956 ntAPPRIS P1 BASIC22.83■■□□□ 1.25
LIMS1P48059 GTPBP3-202ENST00000358792 1951 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC22.83■■□□□ 1.25
LIMS1P48059 CTBP2-211ENST00000494626 2014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.25
LIMS1P48059 NTN3-201ENST00000293973 1986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
LIMS1P48059 TMEM251-202ENST00000415050 1303 ntTSL 2 BASIC22.82■■□□□ 1.24
LIMS1P48059 GSX2-202ENST00000503800 1181 ntTSL 5 BASIC22.81■■□□□ 1.24
LIMS1P48059 AP006261.1-201ENST00000584783 668 ntBASIC22.81■■□□□ 1.24
LIMS1P48059 PRR5-202ENST00000336985 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
LIMS1P48059 CALM3-209ENST00000597743 577 ntTSL 4 BASIC22.8■■□□□ 1.24
LIMS1P48059 GDF1-201ENST00000247005 2517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
LIMS1P48059 CERS1-204ENST00000623882 2517 ntTSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
LIMS1P48059 LINC02323-201ENST00000559946 1603 ntTSL 3 BASIC22.79■■□□□ 1.24
LIMS1P48059 LYPLA1-215ENST00000618914 2482 ntTSL 5 BASIC22.79■■□□□ 1.24
LIMS1P48059 RABL6-202ENST00000357466 1820 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
LIMS1P48059 KAZALD1-201ENST00000370200 1913 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
LIMS1P48059 KAT8-206ENST00000543774 1846 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.78■■□□□ 1.24
LIMS1P48059 VAX2-201ENST00000234392 1147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
LIMS1P48059 AC004837.3-201ENST00000420748 565 ntTSL 4 BASIC22.78■■□□□ 1.24
LIMS1P48059 UBE2A-207ENST00000628549 934 ntTSL 2 BASIC22.78■■□□□ 1.24
LIMS1P48059 RP9P-201ENST00000381639 1303 ntTSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
LIMS1P48059 NPAS3-203ENST00000357798 2763 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
LIMS1P48059 NRG1-221ENST00000614767 762 ntTSL 5 BASIC22.77■■□□□ 1.24
LIMS1P48059 TP53I3-201ENST00000238721 1998 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
LIMS1P48059 FUS-202ENST00000380244 1818 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
LIMS1P48059 SNHG7-204ENST00000447221 2157 ntTSL 2 BASIC22.77■■□□□ 1.24
LIMS1P48059 PRR5-ARHGAP8-202ENST00000361473 2013 ntTSL 5 BASIC22.77■■□□□ 1.24
LIMS1P48059 TTC3-225ENST00000540756 2025 ntTSL 2 BASIC22.77■■□□□ 1.24
LIMS1P48059 FANCE-201ENST00000229769 2554 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
LIMS1P48059 C2orf88-204ENST00000409870 1441 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.76■■□□□ 1.23
LIMS1P48059 BIN1-210ENST00000393041 2272 ntTSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
LIMS1P48059 HNRNPL-201ENST00000221419 2471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
LIMS1P48059 CTF1-202ENST00000395019 1617 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
LIMS1P48059 HAS1-205ENST00000601714 2086 ntTSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
LIMS1P48059 DRAM2-211ENST00000539140 1883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
LIMS1P48059 CDKN2A-201ENST00000304494 1218 ntTSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
LIMS1P48059 TRIM54-201ENST00000296098 2027 ntTSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
LIMS1P48059 AC087741.3-201ENST00000624270 1347 ntBASIC22.75■■□□□ 1.23
LIMS1P48059 TBC1D10A-201ENST00000215790 2077 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
LIMS1P48059 ST6GALNAC2-201ENST00000225276 2170 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
LIMS1P48059 MEIS2-204ENST00000397620 2295 ntTSL 2 BASIC22.74■■□□□ 1.23
LIMS1P48059 MAZ-208ENST00000563402 1461 ntTSL 5 BASIC22.74■■□□□ 1.23
LIMS1P48059 MAZ-210ENST00000566906 1455 ntTSL 5 BASIC22.74■■□□□ 1.23
LIMS1P48059 CRTAP-202ENST00000449224 1811 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.74■■□□□ 1.23
LIMS1P48059 PEX7-203ENST00000541292 945 ntTSL 5 BASIC22.74■■□□□ 1.23
LIMS1P48059 C14orf80-203ENST00000354560 1553 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
LIMS1P48059 SERF1A-202ENST00000354833 1889 ntTSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
LIMS1P48059 SERF1B-201ENST00000380750 1889 ntTSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
LIMS1P48059 AMIGO1-201ENST00000369862 2229 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.74■■□□□ 1.23
LIMS1P48059 GYG2-205ENST00000398806 1956 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
LIMS1P48059 TSPOAP1-AS1-205ENST00000580022 2337 ntTSL 2 BASIC22.74■■□□□ 1.23
LIMS1P48059 AC142472.1-201ENST00000612013 1741 ntBASIC22.74■■□□□ 1.23
LIMS1P48059 SLC16A11-202ENST00000447225 1779 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.73■■□□□ 1.23
LIMS1P48059 EVA1C-201ENST00000300255 1998 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
LIMS1P48059 GPR25-201ENST00000304244 1224 ntAPPRIS P1 BASIC22.73■■□□□ 1.23
LIMS1P48059 SRP68-202ENST00000539137 2386 ntTSL 2 BASIC22.73■■□□□ 1.23
LIMS1P48059 SAE1-209ENST00000598840 1831 ntTSL 5 BASIC22.73■■□□□ 1.23
LIMS1P48059 RFWD2-201ENST00000308769 2124 ntTSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
LIMS1P48059 ETS1-201ENST00000319397 2231 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
LIMS1P48059 TMCO6-201ENST00000252100 1834 ntTSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
LIMS1P48059 PMS1-205ENST00000409985 1882 ntTSL 2 BASIC22.72■■□□□ 1.23
LIMS1P48059 CCM2L-201ENST00000262659 2523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
LIMS1P48059 BTBD6-203ENST00000392554 2176 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
LIMS1P48059 TMEM125-202ENST00000439858 1786 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.71■■□□□ 1.23
LIMS1P48059 H2AFV-204ENST00000350771 687 ntTSL 2 BASIC22.71■■□□□ 1.23
LIMS1P48059 DNLZ-201ENST00000371738 724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
LIMS1P48059 CIB2-204ENST00000557846 934 ntTSL 3 BASIC22.71■■□□□ 1.23
LIMS1P48059 SLC35A2-207ENST00000445167 1739 ntTSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
LIMS1P48059 NAGS-201ENST00000293404 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.23
LIMS1P48059 PLEKHA8-201ENST00000258679 2293 ntTSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
LIMS1P48059 MAP3K3-210ENST00000584573 2480 ntTSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
LIMS1P48059 WIPI2-204ENST00000404704 1663 ntTSL 5 BASIC22.69■■□□□ 1.22
LIMS1P48059 SPOCK3-221ENST00000512648 1456 ntTSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
LIMS1P48059 HDAC11-206ENST00000405025 576 ntTSL 4 BASIC22.69■■□□□ 1.22
LIMS1P48059 SHD-201ENST00000543264 2577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
LIMS1P48059 PIM3-201ENST00000360612 2369 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
LIMS1P48059 R3HCC1-201ENST00000265806 1773 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
LIMS1P48059 AL162393.1-201ENST00000437852 946 ntBASIC22.68■■□□□ 1.22
LIMS1P48059 AC110285.7-201ENST00000624417 1536 ntBASIC22.67■■□□□ 1.22
LIMS1P48059 PKM-204ENST00000449901 2526 ntTSL 2 BASIC22.67■■□□□ 1.22
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 18.8 ms