Protein–RNA interactions for Protein: H3BMG3

SMKR1, Small lysine-rich protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 65 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SMKR1H3BMG3 DUSP8P4-201ENST00000399538 1761 ntBASIC18.12■□□□□ 0.49
SMKR1H3BMG3 RPUSD1-208ENST00000567114 1835 ntTSL 2 BASIC18.12■□□□□ 0.49
SMKR1H3BMG3 RHOC-208ENST00000369642 1355 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
SMKR1H3BMG3 FBXL8-206ENST00000519917 1460 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.11■□□□□ 0.49
SMKR1H3BMG3 SLC35D2-201ENST00000253270 1613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
SMKR1H3BMG3 LRIG1-202ENST00000383703 5283 ntTSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
SMKR1H3BMG3 TBL1X-201ENST00000217964 5871 ntTSL 1 (best) BASIC18.1■□□□□ 0.49
SMKR1H3BMG3 NRXN1-205ENST00000401710 2873 ntTSL 5 BASIC18.1■□□□□ 0.49
SMKR1H3BMG3 AARD-201ENST00000378279 2299 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.1■□□□□ 0.49
SMKR1H3BMG3 PRR35-201ENST00000409413 2216 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.1■□□□□ 0.49
SMKR1H3BMG3 BICDL2-203ENST00000572449 1984 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.1■□□□□ 0.49
SMKR1H3BMG3 VSIG8-201ENST00000368100 1818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.1■□□□□ 0.49
SMKR1H3BMG3 ANKRD53-203ENST00000441349 1797 ntTSL 5 BASIC18.1■□□□□ 0.49
SMKR1H3BMG3 QDPR-201ENST00000281243 1648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.1■□□□□ 0.49
SMKR1H3BMG3 HOXD-AS2-202ENST00000440016 999 ntTSL 5 BASIC18.1■□□□□ 0.49
SMKR1H3BMG3 AL355297.4-201ENST00000603191 1249 ntTSL 3 BASIC18.1■□□□□ 0.49
SMKR1H3BMG3 IL17RE-203ENST00000421412 2158 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.1■□□□□ 0.49
SMKR1H3BMG3 MAGI2-201ENST00000354212 6880 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
SMKR1H3BMG3 SPIRE2-205ENST00000563972 1823 ntTSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
SMKR1H3BMG3 DYRK1B-201ENST00000323039 2535 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
SMKR1H3BMG3 AC018358.1-201ENST00000631079 1402 ntBASIC18.09■□□□□ 0.49
SMKR1H3BMG3 SSU72-201ENST00000291386 1290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
SMKR1H3BMG3 NRG1-210ENST00000520407 1955 ntTSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
SMKR1H3BMG3 BTBD2-201ENST00000255608 2649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
SMKR1H3BMG3 PRR5-202ENST00000336985 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
SMKR1H3BMG3 FAM120AOS-202ENST00000423591 1800 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
SMKR1H3BMG3 HIST2H3C-201ENST00000369158 1656 ntAPPRIS P1 BASIC18.09■□□□□ 0.49
SMKR1H3BMG3 HIST2H3A-201ENST00000403683 1656 ntAPPRIS P1 BASIC18.09■□□□□ 0.49
SMKR1H3BMG3 SIX2-201ENST00000303077 2205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.49
SMKR1H3BMG3 GNB1-210ENST00000615252 3048 ntTSL 5 BASIC18.08■□□□□ 0.49
SMKR1H3BMG3 NRTN-201ENST00000303212 1109 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.48
SMKR1H3BMG3 NRGN-202ENST00000412681 1106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.48
SMKR1H3BMG3 CCNYL1-205ENST00000420822 952 ntTSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.48
SMKR1H3BMG3 SP8-202ENST00000418710 1618 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
SMKR1H3BMG3 IRX4-202ENST00000505790 2538 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
SMKR1H3BMG3 ABHD17C-201ENST00000258884 2368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
SMKR1H3BMG3 NDEL1-201ENST00000334527 2372 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
SMKR1H3BMG3 RNF19B-203ENST00000373456 2560 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
SMKR1H3BMG3 CEBPA-AS1-201ENST00000592982 2198 ntBASIC18.06■□□□□ 0.48
SMKR1H3BMG3 ZNF598-202ENST00000562103 2717 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
SMKR1H3BMG3 HSD11B1L-209ENST00000577917 1553 ntTSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
SMKR1H3BMG3 GSTP1-202ENST00000398606 965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
SMKR1H3BMG3 CADPS-219ENST00000612439 5455 ntTSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
SMKR1H3BMG3 ATMIN-201ENST00000299575 4884 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
SMKR1H3BMG3 HSD11B1L-202ENST00000339423 1660 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
SMKR1H3BMG3 SYT12-205ENST00000527043 1661 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
SMKR1H3BMG3 GYG2-205ENST00000398806 1956 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
SMKR1H3BMG3 ATPAF1-201ENST00000329231 1241 ntTSL 2 BASIC18.05■□□□□ 0.48
SMKR1H3BMG3 MBD2-202ENST00000398398 1237 ntTSL 2 BASIC18.05■□□□□ 0.48
SMKR1H3BMG3 AC234582.1-201ENST00000447623 923 ntTSL 5 BASIC18.05■□□□□ 0.48
SMKR1H3BMG3 MBD2-205ENST00000583046 1182 ntTSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
SMKR1H3BMG3 TM9SF3-201ENST00000371142 6141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
SMKR1H3BMG3 LTK-203ENST00000453182 2412 ntTSL 2 BASIC18.05■□□□□ 0.48
SMKR1H3BMG3 BMP2K-204ENST00000502871 3195 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
SMKR1H3BMG3 MKRN1-202ENST00000443720 1601 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
SMKR1H3BMG3 HOMER1-202ENST00000334082 5881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
SMKR1H3BMG3 MAZ-205ENST00000562337 1574 ntTSL 3 BASIC18.04■□□□□ 0.48
SMKR1H3BMG3 BTBD6-203ENST00000392554 2176 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
SMKR1H3BMG3 AP002884.3-203ENST00000419895 1711 ntTSL 2 BASIC18.04■□□□□ 0.48
SMKR1H3BMG3 AKT1-203ENST00000407796 2710 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
SMKR1H3BMG3 MAF-203ENST00000569649 1217 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.04■□□□□ 0.48
SMKR1H3BMG3 AC012615.2-201ENST00000586259 447 ntTSL 4 BASIC18.04■□□□□ 0.48
SMKR1H3BMG3 SNX15-202ENST00000377244 1939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
SMKR1H3BMG3 EZH2-208ENST00000483967 2466 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC18.04■□□□□ 0.48
SMKR1H3BMG3 FOXP4-203ENST00000373060 5948 ntTSL 5 BASIC18.04■□□□□ 0.48
SMKR1H3BMG3 FOXP4-204ENST00000373063 5910 ntTSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
SMKR1H3BMG3 PPP2R2D-201ENST00000455566 5738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
SMKR1H3BMG3 TP53I3-201ENST00000238721 1998 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
SMKR1H3BMG3 KREMEN2-205ENST00000575769 1922 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
SMKR1H3BMG3 MBD3-202ENST00000434436 2439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
SMKR1H3BMG3 RNF166-201ENST00000312838 1883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
SMKR1H3BMG3 RHBDD2-202ENST00000318622 1878 ntTSL 2 BASIC18.03■□□□□ 0.48
SMKR1H3BMG3 GTPBP3-203ENST00000361619 1894 ntTSL 2 BASIC18.03■□□□□ 0.48
SMKR1H3BMG3 BARX1-201ENST00000253968 1533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
SMKR1H3BMG3 ERGIC1-202ENST00000393784 2881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
SMKR1H3BMG3 MEN1-204ENST00000377313 1871 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC18.02■□□□□ 0.48
SMKR1H3BMG3 RASL10A-202ENST00000401450 1720 ntTSL 2 BASIC18.02■□□□□ 0.48
SMKR1H3BMG3 HOXA4-204ENST00000610970 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
SMKR1H3BMG3 SLC16A11-202ENST00000447225 1779 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.02■□□□□ 0.47
SMKR1H3BMG3 GRIN2D-201ENST00000263269 5093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
SMKR1H3BMG3 F8A1-201ENST00000610495 1713 ntAPPRIS P1 BASIC18.01■□□□□ 0.47
SMKR1H3BMG3 GBX2-201ENST00000306318 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
SMKR1H3BMG3 FZD8-201ENST00000374694 4030 ntAPPRIS P1 BASIC18.01■□□□□ 0.47
SMKR1H3BMG3 LGALS3-201ENST00000254301 1146 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
SMKR1H3BMG3 DDAH2-212ENST00000375789 1688 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.01■□□□□ 0.47
SMKR1H3BMG3 DDAH2-213ENST00000375792 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
SMKR1H3BMG3 ST7-201ENST00000265437 2899 ntTSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
SMKR1H3BMG3 THRA-202ENST00000394121 2260 ntTSL 2 BASIC18■□□□□ 0.47
SMKR1H3BMG3 AGBL5-201ENST00000323064 2382 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
SMKR1H3BMG3 NECTIN2-202ENST00000252485 2112 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
SMKR1H3BMG3 AP004609.3-201ENST00000610705 1884 ntBASIC18■□□□□ 0.47
SMKR1H3BMG3 NAT8L-202ENST00000423729 5870 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
SMKR1H3BMG3 NKX2-3-201ENST00000344586 2097 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18■□□□□ 0.47
SMKR1H3BMG3 ATAD3B-201ENST00000308647 2448 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
SMKR1H3BMG3 KAZALD1-201ENST00000370200 1913 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
SMKR1H3BMG3 TMEM125-202ENST00000439858 1786 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.99■□□□□ 0.47
SMKR1H3BMG3 PHLPP1-201ENST00000262719 6390 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
SMKR1H3BMG3 AL109917.1-201ENST00000412228 906 ntTSL 2 BASIC17.98■□□□□ 0.47
SMKR1H3BMG3 CDK2AP1-203ENST00000535979 1281 ntTSL 3 BASIC17.98■□□□□ 0.47
SMKR1H3BMG3 MEST-211ENST00000437945 1455 ntTSL 5 BASIC17.98■□□□□ 0.47
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 48.2 ms