Protein–RNA interactions for Protein: Q8WW32

HMGB4, High mobility group protein B4, humanhuman

Predictions only

Length 186 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HMGB4Q8WW32 RDX-210ENST00000530301 1549 ntTSL 1 (best) BASIC25.46■■□□□ 1.67
HMGB4Q8WW32 SLC9A3-AS1-207ENST00000607286 1357 ntTSL 5 BASIC25.45■■□□□ 1.67
HMGB4Q8WW32 SHOX2-204ENST00000483851 1866 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.45■■□□□ 1.67
HMGB4Q8WW32 LINC01770-201ENST00000417917 634 ntTSL 2 BASIC25.45■■□□□ 1.66
HMGB4Q8WW32 ATP5G2P3-201ENST00000429083 425 ntBASIC25.45■■□□□ 1.66
HMGB4Q8WW32 CCDC37-AS1-202ENST00000506660 986 ntTSL 1 (best) BASIC25.45■■□□□ 1.66
HMGB4Q8WW32 DPF1-204ENST00000416611 2341 ntTSL 5 BASIC25.45■■□□□ 1.66
HMGB4Q8WW32 FAM78B-201ENST00000338353 1597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
HMGB4Q8WW32 CBX4-201ENST00000269397 2664 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
HMGB4Q8WW32 ARL8A-201ENST00000272217 1793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
HMGB4Q8WW32 ZDHHC3-203ENST00000342790 1336 ntTSL 5 BASIC25.44■■□□□ 1.66
HMGB4Q8WW32 SLC15A4-201ENST00000266771 2779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
HMGB4Q8WW32 ARL6IP4-208ENST00000439686 796 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC25.44■■□□□ 1.66
HMGB4Q8WW32 KCNG2-201ENST00000316249 1401 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
HMGB4Q8WW32 LDLRAD4-218ENST00000592991 1640 ntTSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
HMGB4Q8WW32 DHRS13-203ENST00000426464 1569 ntTSL 2 BASIC25.44■■□□□ 1.66
HMGB4Q8WW32 ACOT7-201ENST00000361521 2429 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.43■■□□□ 1.66
HMGB4Q8WW32 AL157400.5-201ENST00000507624 621 ntBASIC25.43■■□□□ 1.66
HMGB4Q8WW32 C19orf12-207ENST00000592153 1504 ntTSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
HMGB4Q8WW32 AC100797.4-201ENST00000631653 1827 ntBASIC25.42■■□□□ 1.66
HMGB4Q8WW32 UBP1-201ENST00000283628 2074 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC25.42■■□□□ 1.66
HMGB4Q8WW32 MXD3-208ENST00000513063 861 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.42■■□□□ 1.66
HMGB4Q8WW32 RAB4B-203ENST00000594800 1173 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.42■■□□□ 1.66
HMGB4Q8WW32 AP004833.2-201ENST00000532228 1454 ntBASIC25.41■■□□□ 1.66
HMGB4Q8WW32 TFEB-204ENST00000373033 2331 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
HMGB4Q8WW32 OXLD1-201ENST00000374741 620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
HMGB4Q8WW32 ZNF513-201ENST00000323703 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
HMGB4Q8WW32 GNAS-AS1_1.1-201ENST00000621898 103 ntBASIC25.4■■□□□ 1.66
HMGB4Q8WW32 DNPEP-201ENST00000273075 2425 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.66
HMGB4Q8WW32 PRRX2-201ENST00000372469 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.66
HMGB4Q8WW32 GUK1-208ENST00000366728 842 ntTSL 2 BASIC25.39■■□□□ 1.66
HMGB4Q8WW32 LOR-201ENST00000368742 1230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.66
HMGB4Q8WW32 DSG2-202ENST00000585206 1081 ntTSL 2 BASIC25.39■■□□□ 1.66
HMGB4Q8WW32 GSR-205ENST00000541648 1410 ntTSL 1 (best) BASIC25.38■■□□□ 1.65
HMGB4Q8WW32 SNX15-202ENST00000377244 1939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.38■■□□□ 1.65
HMGB4Q8WW32 MZT2B-201ENST00000281871 933 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.38■■□□□ 1.65
HMGB4Q8WW32 MZT2A-201ENST00000309451 624 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.38■■□□□ 1.65
HMGB4Q8WW32 IFI30-201ENST00000407280 1134 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.38■■□□□ 1.65
HMGB4Q8WW32 PSMG4-207ENST00000451246 824 ntTSL 3 BASIC25.38■■□□□ 1.65
HMGB4Q8WW32 LTC4S-205ENST00000486713 496 ntTSL 2 BASIC25.38■■□□□ 1.65
HMGB4Q8WW32 FAM222B-205ENST00000577682 549 ntTSL 4 BASIC25.38■■□□□ 1.65
HMGB4Q8WW32 AL121987.2-201ENST00000418602 1578 ntTSL 2 BASIC25.38■■□□□ 1.65
HMGB4Q8WW32 SLC25A23-203ENST00000334510 1424 ntTSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
HMGB4Q8WW32 AGAP3-211ENST00000473312 2039 ntTSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
HMGB4Q8WW32 ST7-208ENST00000393451 2110 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
HMGB4Q8WW32 PPP1R14A-201ENST00000301242 777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
HMGB4Q8WW32 AC107214.1-201ENST00000457303 559 ntTSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
HMGB4Q8WW32 AC007029.1-201ENST00000604183 313 ntBASIC25.37■■□□□ 1.65
HMGB4Q8WW32 C20orf24-201ENST00000342422 896 ntTSL 2 BASIC25.36■■□□□ 1.65
HMGB4Q8WW32 C20orf24-202ENST00000344795 1114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
HMGB4Q8WW32 KLF16-204ENST00000617223 1133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
HMGB4Q8WW32 REST-210ENST00000638187 1334 ntTSL 5 BASIC25.36■■□□□ 1.65
HMGB4Q8WW32 TAZ-215ENST00000612460 1793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
HMGB4Q8WW32 COL13A1-210ENST00000517713 2007 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.35■■□□□ 1.65
HMGB4Q8WW32 ATF4-201ENST00000337304 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
HMGB4Q8WW32 NSMCE4A-201ENST00000369017 1224 ntTSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
HMGB4Q8WW32 MAPK3-203ENST00000395199 1074 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
HMGB4Q8WW32 PHF20L1-207ENST00000395379 1998 ntTSL 5 BASIC25.34■■□□□ 1.65
HMGB4Q8WW32 MRPL4-201ENST00000253099 1455 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
HMGB4Q8WW32 CAPNS1-216ENST00000628306 1389 ntTSL 5 BASIC25.33■■□□□ 1.65
HMGB4Q8WW32 PHF23-201ENST00000320316 2037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.65
HMGB4Q8WW32 BCAP31-201ENST00000345046 1589 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.65
HMGB4Q8WW32 TXNRD2-205ENST00000400525 1874 ntTSL 5 BASIC25.33■■□□□ 1.65
HMGB4Q8WW32 FLVCR1-AS1-203ENST00000426161 892 ntTSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.65
HMGB4Q8WW32 FKBP1A-205ENST00000439640 1583 ntTSL 3 BASIC25.33■■□□□ 1.65
HMGB4Q8WW32 AL359258.2-201ENST00000564063 1566 ntBASIC25.33■■□□□ 1.65
HMGB4Q8WW32 HOMER3-207ENST00000594794 903 ntTSL 5 BASIC25.33■■□□□ 1.65
HMGB4Q8WW32 HOXB3-212ENST00000498678 2196 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.32■■□□□ 1.64
HMGB4Q8WW32 C16orf52-207ENST00000569656 1257 ntTSL 5 BASIC25.32■■□□□ 1.64
HMGB4Q8WW32 TSPAN33-201ENST00000486685 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
HMGB4Q8WW32 GPR25-201ENST00000304244 1224 ntAPPRIS P1 BASIC25.31■■□□□ 1.64
HMGB4Q8WW32 LYPD6B-204ENST00000409876 1248 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
HMGB4Q8WW32 VIPR2-204ENST00000421760 717 ntTSL 3 BASIC25.31■■□□□ 1.64
HMGB4Q8WW32 RPL27A-206ENST00000530022 878 ntTSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
HMGB4Q8WW32 AC133552.2-201ENST00000619106 1032 ntBASIC25.31■■□□□ 1.64
HMGB4Q8WW32 SOWAHD-201ENST00000343905 1552 ntAPPRIS P1 BASIC25.31■■□□□ 1.64
HMGB4Q8WW32 TNFRSF12A-201ENST00000326577 1033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
HMGB4Q8WW32 RARRES2P1-201ENST00000474487 481 ntBASIC25.3■■□□□ 1.64
HMGB4Q8WW32 ARPC2-202ENST00000315717 1505 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
HMGB4Q8WW32 NRBF2-202ENST00000435510 1816 ntTSL 2 BASIC25.29■■□□□ 1.64
HMGB4Q8WW32 UBE2D2-205ENST00000505548 1113 ntTSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
HMGB4Q8WW32 DUX4L18-201ENST00000553347 1267 ntBASIC25.29■■□□□ 1.64
HMGB4Q8WW32 AC129492.7-201ENST00000622992 756 ntBASIC25.29■■□□□ 1.64
HMGB4Q8WW32 AC009831.1-201ENST00000580420 1582 ntBASIC25.29■■□□□ 1.64
HMGB4Q8WW32 KDM4C-203ENST00000401787 1406 ntTSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
HMGB4Q8WW32 SMPD5-203ENST00000639008 1464 ntBASIC25.28■■□□□ 1.64
HMGB4Q8WW32 AL592293.1-201ENST00000502889 1188 ntBASIC25.28■■□□□ 1.64
HMGB4Q8WW32 TPM2-203ENST00000378292 2147 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
HMGB4Q8WW32 PSMG3-202ENST00000288607 1391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
HMGB4Q8WW32 TTC36-201ENST00000302783 874 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
HMGB4Q8WW32 PTGER1-201ENST00000292513 1421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
HMGB4Q8WW32 SEPT3-203ENST00000396426 2586 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
HMGB4Q8WW32 UBE2I-213ENST00000566587 1098 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.26■■□□□ 1.63
HMGB4Q8WW32 TPRG1L-202ENST00000378344 2414 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.26■■□□□ 1.63
HMGB4Q8WW32 GATA2-AS1-202ENST00000468377 1578 ntTSL 2 BASIC25.26■■□□□ 1.63
HMGB4Q8WW32 DDAH2-212ENST00000375789 1688 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.26■■□□□ 1.63
HMGB4Q8WW32 DDAH2-213ENST00000375792 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
HMGB4Q8WW32 MPP6-203ENST00000409761 1703 ntTSL 5 BASIC25.26■■□□□ 1.63
HMGB4Q8WW32 AC010907.1-201ENST00000441632 807 ntTSL 3 BASIC25.25■■□□□ 1.63
HMGB4Q8WW32 GNPTG-204ENST00000527137 386 ntTSL 2 BASIC25.25■■□□□ 1.63
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 205.7 ms