RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000640501.1

PNKP-231, Transcript of polynucleotide kinase 3'-phosphatase, human

TSL 5

Gene PNKP, Length 151 nt, Biotype non stop decay, Subcellular localisation Ribosome .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
PNKP-231	ENST00000640501	NISCH	Q9Y2I1	1504 aa		18.17	■□□□□ 0.5
PNKP-231	ENST00000640501	CCDC180	Q9P1Z9	1646 aa		15.87	■□□□□ 0.13
PNKP-231	ENST00000640501	ZCCHC6	Q5VYS8	1495 aa	Known RBP	15.3	■□□□□ 0.04
PNKP-231	ENST00000640501	DCAF1	Q9Y4B6	1507 aa		15.11	■□□□□ 0.01
PNKP-231	ENST00000640501	DCAF8L2	P0C7V8	631 aa		14.91	□□□□□ -0.02
PNKP-231	ENST00000640501	MYO15B	Q96JP2	1530 aa		14.87	□□□□□ -0.03
PNKP-231	ENST00000640501	SHROOM4	Q9ULL8	1493 aa		14.86	□□□□□ -0.03
PNKP-231	ENST00000640501	NACAD	O15069	1562 aa		14.71	□□□□□ -0.05
PNKP-231	ENST00000640501	ABCC9	O60706	1549 aa		14.65	□□□□□ -0.06
PNKP-231	ENST00000640501	RB1CC1	Q8TDY2	1594 aa		14.54	□□□□□ -0.08
PNKP-231	ENST00000640501	SCRIB	Q14160	1630 aa		14.49	□□□□□ -0.09
PNKP-231	ENST00000640501	SUPT5H	O00267	1087 aa	Known RBP	14.45	□□□□□ -0.1
PNKP-231	ENST00000640501	UNC13A	Q9UPW8	1703 aa		14.15	□□□□□ -0.14
PNKP-231	ENST00000640501	RSF1	Q96T23	1441 aa	Predicted RBP	14.13	□□□□□ -0.15
PNKP-231	ENST00000640501	BAZ1A	Q9NRL2	1556 aa	Predicted RBP	14.09	□□□□□ -0.15
PNKP-231	ENST00000640501	CECR2	Q9BXF3	1484 aa		13.99	□□□□□ -0.17
PNKP-231	ENST00000640501	MROH2B	Q7Z745	1585 aa		13.98	□□□□□ -0.17
PNKP-231	ENST00000640501	SMARCA4	P51532	1647 aa		13.95	□□□□□ -0.18
PNKP-231	ENST00000640501	BICRA	Q9NZM4	1560 aa		13.94	□□□□□ -0.18
PNKP-231	ENST00000640501	CHIC1	Q5VXU3	224 aa		13.93	□□□□□ -0.18
PNKP-231	ENST00000640501	WIZ	O95785	1651 aa		13.91	□□□□□ -0.18
PNKP-231	ENST00000640501	TOP2A	P11388	1531 aa	Known RBP	13.84	□□□□□ -0.19
PNKP-231	ENST00000640501	PABPN1	Q86U42	306 aa	Known RBP eCLIP	13.8	□□□□□ -0.2
PNKP-231	ENST00000640501	PEG3	Q9GZU2	1588 aa		13.79	□□□□□ -0.2
PNKP-231	ENST00000640501	SMARCA2	P51531	1590 aa		13.74	□□□□□ -0.21
PNKP-231	ENST00000640501	TRIM41	Q8WV44	630 aa		13.67	□□□□□ -0.22
PNKP-231	ENST00000640501	CCDC88B	A6NC98	1476 aa		13.63	□□□□□ -0.23
PNKP-231	ENST00000640501	BAZ1B	Q9UIG0	1483 aa	Known RBP	13.62	□□□□□ -0.23
PNKP-231	ENST00000640501	ATAD2B	Q9ULI0	1458 aa		13.62	□□□□□ -0.23
PNKP-231	ENST00000640501	EIF4G1	Q04637	1599 aa	Known RBP	13.6	□□□□□ -0.23
PNKP-231	ENST00000640501	HMGXB3	Q12766	1538 aa		13.55	□□□□□ -0.24
PNKP-231	ENST00000640501	NCAPD3	P42695	1498 aa		13.5	□□□□□ -0.25
PNKP-231	ENST00000640501	EEA1	Q15075	1411 aa		13.39	□□□□□ -0.27
PNKP-231	ENST00000640501	ABCC8	Q09428	1581 aa		13.38	□□□□□ -0.27
PNKP-231	ENST00000640501	WRN	Q14191	1432 aa	Predicted RBP eCLIP	13.36	□□□□□ -0.27
PNKP-231	ENST00000640501	LOC105371045	A0A1W2PR82	267 aa		13.33	□□□□□ -0.28
PNKP-231	ENST00000640501	PRDM2	Q13029	1718 aa		13.32	□□□□□ -0.28
PNKP-231	ENST00000640501	FAM9A	Q8IZU1	332 aa	Predicted RBP	13.31	□□□□□ -0.28
PNKP-231	ENST00000640501	CC2D2A	Q9P2K1	1620 aa		13.3	□□□□□ -0.28
PNKP-231	ENST00000640501	CFTR	P13569	1480 aa		13.25	□□□□□ -0.29
PNKP-231	ENST00000640501	TOP2B	Q02880	1626 aa		13.24	□□□□□ -0.29
PNKP-231	ENST00000640501	BIVM-ERCC5	R4GMW8	1640 aa		13.24	□□□□□ -0.29
PNKP-231	ENST00000640501	SYNJ1	O43426	1573 aa		13.24	□□□□□ -0.29
PNKP-231	ENST00000640501	CSRNP3	Q8WYN3	585 aa		13.18	□□□□□ -0.3
PNKP-231	ENST00000640501	CADPS	Q9ULU8	1353 aa		13.17	□□□□□ -0.3
PNKP-231	ENST00000640501	SOGA1	O94964	1423 aa		13.16	□□□□□ -0.3
PNKP-231	ENST00000640501	GOLGA3	Q08378	1498 aa		13.16	□□□□□ -0.3
PNKP-231	ENST00000640501	KIF21B	O75037	1637 aa		13.15	□□□□□ -0.3
PNKP-231	ENST00000640501	CEP164	Q9UPV0	1460 aa		13.15	□□□□□ -0.3
PNKP-231	ENST00000640501	TNIK	Q9UKE5	1360 aa		13.12	□□□□□ -0.31
PNKP-231	ENST00000640501	TRIM26	Q12899	539 aa	Predicted RBP	13.1	□□□□□ -0.31
PNKP-231	ENST00000640501	LAMC3	Q9Y6N6	1575 aa		13.08	□□□□□ -0.32
PNKP-231	ENST00000640501	CUX1	P39880	1505 aa		13.08	□□□□□ -0.32
PNKP-231	ENST00000640501	UBTF	P17480	764 aa	Known RBP	13.06	□□□□□ -0.32
PNKP-231	ENST00000640501	KIF27	Q86VH2	1401 aa		13.05	□□□□□ -0.32
PNKP-231	ENST00000640501	EHMT2	Q96KQ7	1210 aa		13.05	□□□□□ -0.32
PNKP-231	ENST00000640501	PCGF6	Q9BYE7	350 aa		13.05	□□□□□ -0.32
PNKP-231	ENST00000640501	RUSC2	Q8N2Y8	1516 aa		13.04	□□□□□ -0.32
PNKP-231	ENST00000640501	CEP162	Q5TB80	1403 aa		13.04	□□□□□ -0.32
PNKP-231	ENST00000640501	ERICH3	Q5RHP9	1530 aa		13.03	□□□□□ -0.32
PNKP-231	ENST00000640501	FANCD2	Q9BXW9	1451 aa		13.03	□□□□□ -0.32
PNKP-231	ENST00000640501	DNMBP	Q6XZF7	1577 aa		12.99	□□□□□ -0.33
PNKP-231	ENST00000640501	PDS5B	Q9NTI5	1447 aa		12.97	□□□□□ -0.33
PNKP-231	ENST00000640501	FGD5	Q6ZNL6	1462 aa		12.94	□□□□□ -0.34
PNKP-231	ENST00000640501	PRX	Q9BXM0	1461 aa		12.93	□□□□□ -0.34
PNKP-231	ENST00000640501	CLIP1	P30622	1438 aa		12.92	□□□□□ -0.34
PNKP-231	ENST00000640501	RAPGEF2	Q9Y4G8	1499 aa		12.91	□□□□□ -0.34
PNKP-231	ENST00000640501	CUX2	O14529	1486 aa		12.91	□□□□□ -0.34
PNKP-231	ENST00000640501	TOPBP1	Q92547	1522 aa		12.89	□□□□□ -0.35
PNKP-231	ENST00000640501	HRC	P23327	699 aa		12.88	□□□□□ -0.35
PNKP-231	ENST00000640501	NES	P48681	1621 aa		12.88	□□□□□ -0.35
PNKP-231	ENST00000640501	ABCA10	Q8WWZ4	1543 aa		12.86	□□□□□ -0.35
PNKP-231	ENST00000640501	APLP2	Q06481	763 aa		12.85	□□□□□ -0.35
PNKP-231	ENST00000640501	CUL7	Q14999	1698 aa		12.85	□□□□□ -0.35
PNKP-231	ENST00000640501	VPS8	Q8N3P4	1428 aa		12.84	□□□□□ -0.35
PNKP-231	ENST00000640501	POLA1	P09884	1462 aa	Predicted RBP	12.84	□□□□□ -0.35
PNKP-231	ENST00000640501	KIF21A	Q7Z4S6	1674 aa		12.83	□□□□□ -0.36
PNKP-231	ENST00000640501	ZEB1	P37275	1124 aa	Predicted RBP	12.82	□□□□□ -0.36
PNKP-231	ENST00000640501	WDR97	A6NE52	1622 aa		12.8	□□□□□ -0.36
PNKP-231	ENST00000640501	IGF1R	P08069	1367 aa		12.8	□□□□□ -0.36
PNKP-231	ENST00000640501	CARMIL1	Q5VZK9	1371 aa		12.8	□□□□□ -0.36
PNKP-231	ENST00000640501	URB2	Q14146	1524 aa	Known RBP	12.79	□□□□□ -0.36
PNKP-231	ENST00000640501	MRC2	Q9UBG0	1479 aa		12.75	□□□□□ -0.37
PNKP-231	ENST00000640501	ABCA5	Q8WWZ7	1642 aa		12.73	□□□□□ -0.37
PNKP-231	ENST00000640501	RAD54L2	Q9Y4B4	1467 aa		12.73	□□□□□ -0.37
PNKP-231	ENST00000640501	CTTNBP2	Q8WZ74	1663 aa		12.72	□□□□□ -0.37
PNKP-231	ENST00000640501	GAPVD1	Q14C86	1478 aa		12.71	□□□□□ -0.38
PNKP-231	ENST00000640501	EFCAB5	A4FU69	1503 aa		12.69	□□□□□ -0.38
PNKP-231	ENST00000640501	ARAP1	Q96P48	1450 aa		12.69	□□□□□ -0.38
PNKP-231	ENST00000640501	TARBP1	Q13395	1621 aa	Known RBP	12.69	□□□□□ -0.38
PNKP-231	ENST00000640501	PPARGC1B	Q86YN6	1023 aa	Known RBP	12.68	□□□□□ -0.38
PNKP-231	ENST00000640501	RANGAP1	P46060	587 aa	Predicted RBP	12.67	□□□□□ -0.38
PNKP-231	ENST00000640501	FHAD1	B1AJZ9	1412 aa		12.67	□□□□□ -0.38
PNKP-231	ENST00000640501	WDR62	O43379	1518 aa		12.67	□□□□□ -0.38
PNKP-231	ENST00000640501	ARHGAP35	Q9NRY4	1499 aa		12.66	□□□□□ -0.38
PNKP-231	ENST00000640501	ERCC6	Q03468	1493 aa		12.65	□□□□□ -0.38
PNKP-231	ENST00000640501	PBRM1	Q86U86	1689 aa		12.65	□□□□□ -0.38
PNKP-231	ENST00000640501	IFT140	Q96RY7	1462 aa		12.65	□□□□□ -0.38
PNKP-231	ENST00000640501	MAP3K1	Q13233	1512 aa		12.64	□□□□□ -0.39
PNKP-231	ENST00000640501	TDRD9	Q8NDG6	1382 aa	Known RBP	12.61	□□□□□ -0.39

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