RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000627232.2

PNKP-220, Transcript of polynucleotide kinase 3'-phosphatase, humanhuman

TSL 5

Gene PNKP, Length 1,530 nt, Biotype nonsense mediated decay, Subcellular localisation Ribosome .

Download Table  
RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PNKP-220ENST00000627232 NISCHQ9Y2I1 1504 aa48.77■■■■■ 5.4
PNKP-220ENST00000627232 CCDC180Q9P1Z9 1646 aa42.34■■■■■ 4.37
PNKP-220ENST00000627232 ZCCHC6Q5VYS8 1495 aaKnown RBP41.09■■■■■ 4.17
PNKP-220ENST00000627232 DCAF1Q9Y4B6 1507 aa40.38■■■■■ 4.05
PNKP-220ENST00000627232 SHROOM4Q9ULL8 1493 aa40.07■■■■■ 4.01
PNKP-220ENST00000627232 DCAF8L2P0C7V8 631 aa39.96■■■■□ 3.99
PNKP-220ENST00000627232 MYO15BQ96JP2 1530 aa39.7■■■■□ 3.95
PNKP-220ENST00000627232 ABCC9O60706 1549 aa39.4■■■■□ 3.9
PNKP-220ENST00000627232 NACADO15069 1562 aa39.26■■■■□ 3.88
PNKP-220ENST00000627232 SCRIBQ14160 1630 aa38.93■■■■□ 3.82
PNKP-220ENST00000627232 SUPT5HO00267 1087 aaKnown RBP38.84■■■■□ 3.81
PNKP-220ENST00000627232 RB1CC1Q8TDY2 1594 aa38.78■■■■□ 3.8
PNKP-220ENST00000627232 UNC13AQ9UPW8 1703 aa38.08■■■■□ 3.69
PNKP-220ENST00000627232 RSF1Q96T23 1441 aaPredicted RBP38.02■■■■□ 3.68
PNKP-220ENST00000627232 CECR2Q9BXF3 1484 aa37.81■■■■□ 3.64
PNKP-220ENST00000627232 MROH2BQ7Z745 1585 aa37.69■■■■□ 3.62
PNKP-220ENST00000627232 BAZ1AQ9NRL2 1556 aaPredicted RBP37.62■■■■□ 3.61
PNKP-220ENST00000627232 BICRAQ9NZM4 1560 aa37.6■■■■□ 3.61
PNKP-220ENST00000627232 CHIC1Q5VXU3 224 aa37.53■■■■□ 3.6
PNKP-220ENST00000627232 WIZO95785 1651 aa37.43■■■■□ 3.58
PNKP-220ENST00000627232 SMARCA4P51532 1647 aa37.39■■■■□ 3.58
PNKP-220ENST00000627232 PABPN1Q86U42 306 aaKnown RBP eCLIP37.23■■■■□ 3.555e-6■■■■□ 22.2
PNKP-220ENST00000627232 TOP2AP11388 1531 aaKnown RBP37.07■■■■□ 3.52
PNKP-220ENST00000627232 PEG3Q9GZU2 1588 aa36.93■■■■□ 3.5
PNKP-220ENST00000627232 SMARCA2P51531 1590 aa36.74■■■■□ 3.47
PNKP-220ENST00000627232 EIF4G1Q04637 1599 aaKnown RBP36.69■■■■□ 3.46
PNKP-220ENST00000627232 CCDC88BA6NC98 1476 aa36.66■■■■□ 3.46
PNKP-220ENST00000627232 ATAD2BQ9ULI0 1458 aa36.6■■■■□ 3.45
PNKP-220ENST00000627232 TRIM41Q8WV44 630 aa36.51■■■■□ 3.44
PNKP-220ENST00000627232 BAZ1BQ9UIG0 1483 aaKnown RBP36.43■■■■□ 3.42
PNKP-220ENST00000627232 HMGXB3Q12766 1538 aa36.24■■■■□ 3.39
PNKP-220ENST00000627232 NCAPD3P42695 1498 aa36.21■■■■□ 3.39
PNKP-220ENST00000627232 LOC105371045A0A1W2PR82 267 aa36.07■■■■□ 3.36
PNKP-220ENST00000627232 ABCC8Q09428 1581 aa36.06■■■■□ 3.36
PNKP-220ENST00000627232 FAM9AQ8IZU1 332 aaPredicted RBP35.8■■■■□ 3.32
PNKP-220ENST00000627232 WRNQ14191 1432 aaPredicted RBP eCLIP35.78■■■■□ 3.32
PNKP-220ENST00000627232 CC2D2AQ9P2K1 1620 aa35.73■■■■□ 3.31
PNKP-220ENST00000627232 SYNJ1O43426 1573 aa35.62■■■■□ 3.29
PNKP-220ENST00000627232 EEA1Q15075 1411 aa35.62■■■■□ 3.29
PNKP-220ENST00000627232 CFTRP13569 1480 aa35.56■■■■□ 3.28
PNKP-220ENST00000627232 PRDM2Q13029 1718 aa35.53■■■■□ 3.28
PNKP-220ENST00000627232 SOGA1O94964 1423 aa35.48■■■■□ 3.27
PNKP-220ENST00000627232 TOP2BQ02880 1626 aa35.47■■■■□ 3.27
PNKP-220ENST00000627232 BIVM-ERCC5R4GMW8 1640 aa35.45■■■■□ 3.27
PNKP-220ENST00000627232 RUSC2Q8N2Y8 1516 aa35.32■■■■□ 3.24
PNKP-220ENST00000627232 CSRNP3Q8WYN3 585 aa35.3■■■■□ 3.24
PNKP-220ENST00000627232 CADPSQ9ULU8 1353 aa35.3■■■■□ 3.24
PNKP-220ENST00000627232 EHMT2Q96KQ7 1210 aa35.22■■■■□ 3.23
PNKP-220ENST00000627232 CUX1P39880 1505 aa35.21■■■■□ 3.23
PNKP-220ENST00000627232 KIF21BO75037 1637 aa35.14■■■■□ 3.22
PNKP-220ENST00000627232 TNIKQ9UKE5 1360 aa35.13■■■■□ 3.21
PNKP-220ENST00000627232 GOLGA3Q08378 1498 aa35.12■■■■□ 3.21
PNKP-220ENST00000627232 CEP164Q9UPV0 1460 aa35.07■■■■□ 3.2
PNKP-220ENST00000627232 PCGF6Q9BYE7 350 aa35.01■■■■□ 3.19
PNKP-220ENST00000627232 TRIM26Q12899 539 aaPredicted RBP34.95■■■■□ 3.19
PNKP-220ENST00000627232 CEP162Q5TB80 1403 aa34.94■■■■□ 3.18
PNKP-220ENST00000627232 FANCD2Q9BXW9 1451 aa34.91■■■■□ 3.18
PNKP-220ENST00000627232 LAMC3Q9Y6N6 1575 aa34.91■■■■□ 3.18
PNKP-220ENST00000627232 UBTFP17480 764 aaKnown RBP34.86■■■■□ 3.17
PNKP-220ENST00000627232 KIF27Q86VH2 1401 aa34.83■■■■□ 3.17
PNKP-220ENST00000627232 ERICH3Q5RHP9 1530 aa34.79■■■■□ 3.16
PNKP-220ENST00000627232 NESP48681 1621 aa34.77■■■■□ 3.16
PNKP-220ENST00000627232 DNMBPQ6XZF7 1577 aa34.75■■■■□ 3.15
PNKP-220ENST00000627232 PRXQ9BXM0 1461 aa34.75■■■■□ 3.15
PNKP-220ENST00000627232 RAPGEF2Q9Y4G8 1499 aa34.75■■■■□ 3.15
PNKP-220ENST00000627232 FGD5Q6ZNL6 1462 aa34.73■■■■□ 3.15
PNKP-220ENST00000627232 TOPBP1Q92547 1522 aa34.62■■■■□ 3.13
PNKP-220ENST00000627232 CUX2O14529 1486 aa34.6■■■■□ 3.13
PNKP-220ENST00000627232 PDS5BQ9NTI5 1447 aa34.58■■■■□ 3.13
PNKP-220ENST00000627232 CLIP1P30622 1438 aa34.55■■■■□ 3.12
PNKP-220ENST00000627232 HRCP23327 699 aa34.52■■■■□ 3.12
PNKP-220ENST00000627232 DNAJC5BQ9UF47 199 aa34.52■■■■□ 3.12
PNKP-220ENST00000627232 POLA1P09884 1462 aaPredicted RBP34.47■■■■□ 3.11
PNKP-220ENST00000627232 ABCA10Q8WWZ4 1543 aa34.46■■■■□ 3.11
PNKP-220ENST00000627232 URB2Q14146 1524 aaKnown RBP34.45■■■■□ 3.11
PNKP-220ENST00000627232 IGF1RP08069 1367 aa34.44■■■■□ 3.1
PNKP-220ENST00000627232 KIF21AQ7Z4S6 1674 aa34.44■■■■□ 3.1
PNKP-220ENST00000627232 WDR97A6NE52 1622 aa34.35■■■■□ 3.09
PNKP-220ENST00000627232 VPS8Q8N3P4 1428 aa34.34■■■■□ 3.09
PNKP-220ENST00000627232 RAD54L2Q9Y4B4 1467 aa34.34■■■■□ 3.09
PNKP-220ENST00000627232 CARMIL1Q5VZK9 1371 aa34.28■■■■□ 3.08
PNKP-220ENST00000627232 PPARGC1BQ86YN6 1023 aaKnown RBP34.28■■■■□ 3.08
PNKP-220ENST00000627232 CUL7Q14999 1698 aa34.21■■■■□ 3.07
PNKP-220ENST00000627232 ARAP1Q96P48 1450 aa34.15■■■■□ 3.06
PNKP-220ENST00000627232 ABCA5Q8WWZ7 1642 aa34.15■■■■□ 3.06
PNKP-220ENST00000627232 MRC2Q9UBG0 1479 aa34.12■■■■□ 3.05
PNKP-220ENST00000627232 TARBP1Q13395 1621 aaKnown RBP34.08■■■■□ 3.05
PNKP-220ENST00000627232 ARHGAP35Q9NRY4 1499 aa34.05■■■■□ 3.04
PNKP-220ENST00000627232 RANGAP1P46060 587 aaPredicted RBP34.04■■■■□ 3.04
PNKP-220ENST00000627232 GAPVD1Q14C86 1478 aa34■■■■□ 3.03
PNKP-220ENST00000627232 APLP2Q06481 763 aa33.99■■■■□ 3.03
PNKP-220ENST00000627232 TDRD9Q8NDG6 1382 aaKnown RBP33.94■■■■□ 3.02
PNKP-220ENST00000627232 WDR62O43379 1518 aa33.94■■■■□ 3.02
PNKP-220ENST00000627232 CTTNBP2Q8WZ74 1663 aa33.93■■■■□ 3.02
PNKP-220ENST00000627232 ZEB1P37275 1124 aaPredicted RBP33.89■■■■□ 3.02
PNKP-220ENST00000627232 TTBK1Q5TCY1 1321 aaPredicted RBP33.88■■■■□ 3.01
PNKP-220ENST00000627232 PBRM1Q86U86 1689 aa33.84■■■■□ 3.01
PNKP-220ENST00000627232 EFCAB5A4FU69 1503 aa33.8■■■■□ 3
PNKP-220ENST00000627232 IFT140Q96RY7 1462 aa33.79■■■■□ 3
PNKP-220ENST00000627232 ERCC6Q03468 1493 aa33.74■■■□□ 2.99
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 75.4 ms