RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000589266.5

CIRBP-223, Transcript of cold inducible RNA binding protein, human

TSL 3

Gene CIRBP, Length 616 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Cytosol, Nucleus, Ribosome .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
CIRBP-223	ENST00000589266	NISCH	Q9Y2I1	1504 aa		59.24	■■■■■ 7.07
CIRBP-223	ENST00000589266	ABCC9	O60706	1549 aa		54.18	■■■■■ 6.26
CIRBP-223	ENST00000589266	CCDC180	Q9P1Z9	1646 aa		53.45	■■■■■ 6.15
CIRBP-223	ENST00000589266	DNAJC5B	Q9UF47	199 aa		51.48	■■■■■ 5.83
CIRBP-223	ENST00000589266	RB1CC1	Q8TDY2	1594 aa		51.25	■■■■■ 5.79
CIRBP-223	ENST00000589266	NACAD	O15069	1562 aa		50.74	■■■■■ 5.71
CIRBP-223	ENST00000589266	DCAF8L2	P0C7V8	631 aa		50.42	■■■■■ 5.66
CIRBP-223	ENST00000589266	PABPN1	Q86U42	306 aa	Known RBP eCLIP	50.36	■■■■■ 5.65
CIRBP-223	ENST00000589266	UNC13A	Q9UPW8	1703 aa		50.04	■■■■■ 5.6
CIRBP-223	ENST00000589266	MYO15B	Q96JP2	1530 aa		49.8	■■■■■ 5.56
CIRBP-223	ENST00000589266	BICRA	Q9NZM4	1560 aa		49.75	■■■■■ 5.56
CIRBP-223	ENST00000589266	ZCCHC6	Q5VYS8	1495 aa	Known RBP	49.31	■■■■■ 5.48
CIRBP-223	ENST00000589266	SHROOM4	Q9ULL8	1493 aa		49.05	■■■■■ 5.44
CIRBP-223	ENST00000589266	DCAF1	Q9Y4B6	1507 aa		48.91	■■■■■ 5.42
CIRBP-223	ENST00000589266	CECR2	Q9BXF3	1484 aa		48.89	■■■■■ 5.42
CIRBP-223	ENST00000589266	CC2D2A	Q9P2K1	1620 aa		48.89	■■■■■ 5.42
CIRBP-223	ENST00000589266	SCRIB	Q14160	1630 aa		48.65	■■■■■ 5.38
CIRBP-223	ENST00000589266	EIF4G1	Q04637	1599 aa	Known RBP	48.6	■■■■■ 5.37
CIRBP-223	ENST00000589266	DNAJC5	Q9H3Z4	198 aa		47.84	■■■■■ 5.25
CIRBP-223	ENST00000589266	CUX2	O14529	1486 aa		47	■■■■■ 5.11
CIRBP-223	ENST00000589266	NCAPD3	P42695	1498 aa		46.86	■■■■■ 5.09
CIRBP-223	ENST00000589266	ERCC6	Q03468	1493 aa		46.85	■■■■■ 5.09
CIRBP-223	ENST00000589266	ATAD2B	Q9ULI0	1458 aa		46.61	■■■■■ 5.05
CIRBP-223	ENST00000589266	SMARCA2	P51531	1590 aa		46.44	■■■■■ 5.03
CIRBP-223	ENST00000589266	HMGXB3	Q12766	1538 aa		46.41	■■■■■ 5.02
CIRBP-223	ENST00000589266	SMARCA4	P51532	1647 aa		46.35	■■■■■ 5.01
CIRBP-223	ENST00000589266	NES	P48681	1621 aa		46.32	■■■■■ 5
CIRBP-223	ENST00000589266	BAZ1B	Q9UIG0	1483 aa	Known RBP	46.12	■■■■■ 4.97
CIRBP-223	ENST00000589266	BAZ1A	Q9NRL2	1556 aa	Predicted RBP	46.04	■■■■■ 4.96
CIRBP-223	ENST00000589266	THOC2	Q8NI27	1593 aa	Known RBP	45.96	■■■■■ 4.95
CIRBP-223	ENST00000589266	PEG3	Q9GZU2	1588 aa		45.9	■■■■■ 4.94
CIRBP-223	ENST00000589266	LAMC3	Q9Y6N6	1575 aa		45.9	■■■■■ 4.94
CIRBP-223	ENST00000589266	PDS5B	Q9NTI5	1447 aa		45.71	■■■■■ 4.91
CIRBP-223	ENST00000589266	KIF21A	Q7Z4S6	1674 aa		45.67	■■■■■ 4.9
CIRBP-223	ENST00000589266	MROH2B	Q7Z745	1585 aa		45.62	■■■■■ 4.89
CIRBP-223	ENST00000589266	TRIM41	Q8WV44	630 aa		45.44	■■■■■ 4.86
CIRBP-223	ENST00000589266	CADPS	Q9ULU8	1353 aa		45.43	■■■■■ 4.86
CIRBP-223	ENST00000589266	MRC2	Q9UBG0	1479 aa		45.31	■■■■■ 4.84
CIRBP-223	ENST00000589266	RSF1	Q96T23	1441 aa	Predicted RBP	45.25	■■■■■ 4.83
CIRBP-223	ENST00000589266	WDR62	O43379	1518 aa		45.2	■■■■■ 4.83
CIRBP-223	ENST00000589266	WIZ	O95785	1651 aa		45.03	■■■■■ 4.8
CIRBP-223	ENST00000589266	CEP164	Q9UPV0	1460 aa		44.99	■■■■■ 4.79
CIRBP-223	ENST00000589266	FANCD2	Q9BXW9	1451 aa		44.88	■■■■■ 4.78
CIRBP-223	ENST00000589266	OSCAR	Q8IYS5	282 aa		44.82	■■■■■ 4.77
CIRBP-223	ENST00000589266	CFTR	P13569	1480 aa		44.73	■■■■■ 4.75
CIRBP-223	ENST00000589266	SUPT5H	O00267	1087 aa	Known RBP	44.73	■■■■■ 4.75
CIRBP-223	ENST00000589266	TOP2A	P11388	1531 aa	Known RBP	44.58	■■■■■ 4.73
CIRBP-223	ENST00000589266	URB2	Q14146	1524 aa	Known RBP	44.53	■■■■■ 4.72
CIRBP-223	ENST00000589266	RIMBP3C	A6NJZ7	1639 aa		44.2	■■■■■ 4.67
CIRBP-223	ENST00000589266	RIMBP3B	A6NNM3	1639 aa		44.2	■■■■■ 4.67
CIRBP-223	ENST00000589266	RIMBP3	Q9UFD9	1639 aa		44.2	■■■■■ 4.67
CIRBP-223	ENST00000589266	PRDM2	Q13029	1718 aa		44.17	■■■■■ 4.66
CIRBP-223	ENST00000589266	IFT140	Q96RY7	1462 aa		44.13	■■■■■ 4.65
CIRBP-223	ENST00000589266	ZNF608	Q9ULD9	1512 aa	Predicted RBP	44.11	■■■■■ 4.65
CIRBP-223	ENST00000589266	CCDC88B	A6NC98	1476 aa		44.02	■■■■■ 4.64
CIRBP-223	ENST00000589266	ARHGEF11	O15085	1522 aa		44	■■■■■ 4.63
CIRBP-223	ENST00000589266	TOPBP1	Q92547	1522 aa		43.94	■■■■■ 4.63
CIRBP-223	ENST00000589266	ABCC8	Q09428	1581 aa		43.85	■■■■■ 4.61
CIRBP-223	ENST00000589266	CYB5RL	Q6IPT4	315 aa		43.8	■■■■■ 4.6
CIRBP-223	ENST00000589266	EIF4G3	O43432	1585 aa	Known RBP	43.8	■■■■■ 4.6
CIRBP-223	ENST00000589266	DNMBP	Q6XZF7	1577 aa		43.71	■■■■■ 4.59
CIRBP-223	ENST00000589266	AQR	O60306	1485 aa	Known RBP eCLIP	43.64	■■■■■ 4.58	2e-9	■■■■■ 40.3
CIRBP-223	ENST00000589266	CHD1	O14646	1710 aa		43.62	■■■■■ 4.57
CIRBP-223	ENST00000589266	TARBP1	Q13395	1621 aa	Known RBP	43.58	■■■■■ 4.57
CIRBP-223	ENST00000589266	FBLN2	P98095	1184 aa		43.57	■■■■■ 4.57
CIRBP-223	ENST00000589266	TRH	P20396	242 aa	Predicted RBP	43.56	■■■■■ 4.56
CIRBP-223	ENST00000589266	ARAP1	Q96P48	1450 aa		43.51	■■■■■ 4.56
CIRBP-223	ENST00000589266	POLA1	P09884	1462 aa	Predicted RBP	43.45	■■■■■ 4.55
CIRBP-223	ENST00000589266	RAD54L2	Q9Y4B4	1467 aa		43.31	■■■■■ 4.52
CIRBP-223	ENST00000589266	SOGA1	O94964	1423 aa		43.28	■■■■■ 4.52
CIRBP-223	ENST00000589266	TDRD9	Q8NDG6	1382 aa	Known RBP	43.28	■■■■■ 4.52
CIRBP-223	ENST00000589266	SNAPC4	Q5SXM2	1469 aa		43.15	■■■■■ 4.5
CIRBP-223	ENST00000589266	CHMP7	Q8WUX9	453 aa	Predicted RBP	43.13	■■■■■ 4.49
CIRBP-223	ENST00000589266	WDR97	A6NE52	1622 aa		43.11	■■■■■ 4.49
CIRBP-223	ENST00000589266	CLASP1	Q7Z460	1538 aa		43.1	■■■■■ 4.49
CIRBP-223	ENST00000589266	FGD5	Q6ZNL6	1462 aa		43.07	■■■■■ 4.49
CIRBP-223	ENST00000589266	SYNJ1	O43426	1573 aa		43.05	■■■■■ 4.48
CIRBP-223	ENST00000589266	MAGI1	Q96QZ7	1491 aa	Predicted RBP	43.03	■■■■■ 4.48
CIRBP-223	ENST00000589266	GRIN2B	Q13224	1484 aa		42.97	■■■■■ 4.47
CIRBP-223	ENST00000589266	CUX1	P39880	1505 aa		42.91	■■■■■ 4.46
CIRBP-223	ENST00000589266	SYNJ2	O15056	1496 aa		42.9	■■■■■ 4.46
CIRBP-223	ENST00000589266	AEBP2	Q6ZN18	517 aa	Predicted RBP	42.84	■■■■■ 4.45
CIRBP-223	ENST00000589266	GAPVD1	Q14C86	1478 aa		42.73	■■■■■ 4.43
CIRBP-223	ENST00000589266	PBRM1	Q86U86	1689 aa		42.69	■■■■■ 4.42
CIRBP-223	ENST00000589266	WRN	Q14191	1432 aa	Predicted RBP eCLIP	42.65	■■■■■ 4.42	1e-6	■■■■■ 58.5
CIRBP-223	ENST00000589266	ABCA10	Q8WWZ4	1543 aa		42.56	■■■■■ 4.4
CIRBP-223	ENST00000589266	ABCA5	Q8WWZ7	1642 aa		42.51	■■■■■ 4.4
CIRBP-223	ENST00000589266	TOP2B	Q02880	1626 aa		42.46	■■■■■ 4.39
CIRBP-223	ENST00000589266	BIVM-ERCC5	R4GMW8	1640 aa		42.46	■■■■■ 4.39
CIRBP-223	ENST00000589266	CHIC1	Q5VXU3	224 aa		42.41	■■■■■ 4.38
CIRBP-223	ENST00000589266	GRIN2A	Q12879	1464 aa		42.39	■■■■■ 4.38
CIRBP-223	ENST00000589266	ERCC6L2	Q5T890	1561 aa		42.37	■■■■■ 4.37
CIRBP-223	ENST00000589266	NUP160	Q12769	1436 aa		42.29	■■■■■ 4.36
CIRBP-223	ENST00000589266	CEP170	Q5SW79	1584 aa		42.28	■■■■■ 4.36
CIRBP-223	ENST00000589266	ADAMTS12	P58397	1594 aa		42.25	■■■■■ 4.35
CIRBP-223	ENST00000589266	FHAD1	B1AJZ9	1412 aa		42.16	■■■■■ 4.34
CIRBP-223	ENST00000589266	SHROOM2	Q13796	1616 aa		42.15	■■■■■ 4.34
CIRBP-223	ENST00000589266	ERICH3	Q5RHP9	1530 aa		42	■■■■■ 4.31
CIRBP-223	ENST00000589266	KIF13A	Q9H1H9	1805 aa		41.98	■■■■■ 4.31
CIRBP-223	ENST00000589266	PRG4	Q92954	1404 aa	Predicted RBP	41.96	■■■■■ 4.31

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