RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000565379.1

NME3-208, Transcript of NME/NM23 nucleoside diphosphate kinase 3, humanhuman

TSL 2

Gene NME3, Length 911 nt, Biotype retained intron, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum, Ribosome .

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RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
NME3-208ENST00000565379 NISCHQ9Y2I1 1504 aa62.7■■■■■ 7.63
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NME3-208ENST00000565379 RB1CC1Q8TDY2 1594 aa53■■■■■ 6.07
NME3-208ENST00000565379 NACADO15069 1562 aa52.75■■■■■ 6.03
NME3-208ENST00000565379 DCAF8L2P0C7V8 631 aa52.74■■■■■ 6.03
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NME3-208ENST00000565379 MYO15BQ96JP2 1530 aa52.15■■■■■ 5.94
NME3-208ENST00000565379 ZCCHC6Q5VYS8 1495 aaKnown RBP52.1■■■■■ 5.93
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NME3-208ENST00000565379 SCRIBQ14160 1630 aa51.19■■■■■ 5.78
NME3-208ENST00000565379 SHROOM4Q9ULL8 1493 aa50.7■■■■■ 5.71
NME3-208ENST00000565379 EIF4G1Q04637 1599 aaKnown RBP50.21■■■■■ 5.63
NME3-208ENST00000565379 CC2D2AQ9P2K1 1620 aa50.2■■■■■ 5.63
NME3-208ENST00000565379 CECR2Q9BXF3 1484 aa50.05■■■■■ 5.6
NME3-208ENST00000565379 SMARCA4P51532 1647 aa48.81■■■■■ 5.4
NME3-208ENST00000565379 NCAPD3P42695 1498 aa48.73■■■■■ 5.39
NME3-208ENST00000565379 ATAD2BQ9ULI0 1458 aa48.73■■■■■ 5.39
NME3-208ENST00000565379 BAZ1AQ9NRL2 1556 aaPredicted RBP48.57■■■■■ 5.37
NME3-208ENST00000565379 SMARCA2P51531 1590 aa48.52■■■■■ 5.36
NME3-208ENST00000565379 HMGXB3Q12766 1538 aa48.42■■■■■ 5.34
NME3-208ENST00000565379 MROH2BQ7Z745 1585 aa48.41■■■■■ 5.34
NME3-208ENST00000565379 PEG3Q9GZU2 1588 aa48.26■■■■■ 5.32
NME3-208ENST00000565379 BAZ1BQ9UIG0 1483 aaKnown RBP48.25■■■■■ 5.31
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NME3-208ENST00000565379 ERCC6Q03468 1493 aa47.97■■■■■ 5.27
NME3-208ENST00000565379 NESP48681 1621 aa47.96■■■■■ 5.27
NME3-208ENST00000565379 CUX2O14529 1486 aa47.91■■■■■ 5.26
NME3-208ENST00000565379 WIZO95785 1651 aa47.84■■■■■ 5.25
NME3-208ENST00000565379 RSF1Q96T23 1441 aaPredicted RBP47.56■■■■■ 5.2
NME3-208ENST00000565379 LAMC3Q9Y6N6 1575 aa47.52■■■■■ 5.2
NME3-208ENST00000565379 KIF21AQ7Z4S6 1674 aa47.29■■■■■ 5.16
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NME3-208ENST00000565379 PDS5BQ9NTI5 1447 aa47.22■■■■■ 5.15
NME3-208ENST00000565379 TOP2AP11388 1531 aaKnown RBP47.2■■■■■ 5.15
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NME3-208ENST00000565379 MRC2Q9UBG0 1479 aa46.85■■■■■ 5.09
NME3-208ENST00000565379 FANCD2Q9BXW9 1451 aa46.8■■■■■ 5.08
NME3-208ENST00000565379 CEP164Q9UPV0 1460 aa46.76■■■■■ 5.08
NME3-208ENST00000565379 WDR62O43379 1518 aa46.72■■■■■ 5.07
NME3-208ENST00000565379 CCDC88BA6NC98 1476 aa46.71■■■■■ 5.07
NME3-208ENST00000565379 URB2Q14146 1524 aaKnown RBP46.44■■■■■ 5.03
NME3-208ENST00000565379 PRDM2Q13029 1718 aa46.4■■■■■ 5.02
NME3-208ENST00000565379 SUPT5HO00267 1087 aaKnown RBP46.36■■■■■ 5.01
NME3-208ENST00000565379 TOPBP1Q92547 1522 aa45.98■■■■■ 4.95
NME3-208ENST00000565379 TRIM41Q8WV44 630 aa45.86■■■■■ 4.93
NME3-208ENST00000565379 OSCARQ8IYS5 282 aa45.83■■■■■ 4.93
NME3-208ENST00000565379 DNMBPQ6XZF7 1577 aa45.83■■■■■ 4.93
NME3-208ENST00000565379 ZNF608Q9ULD9 1512 aaPredicted RBP45.82■■■■■ 4.92
NME3-208ENST00000565379 IFT140Q96RY7 1462 aa45.79■■■■■ 4.92
NME3-208ENST00000565379 ABCC8Q09428 1581 aa45.74■■■■■ 4.91
NME3-208ENST00000565379 POLA1P09884 1462 aaPredicted RBP45.56■■■■■ 4.88
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NME3-208ENST00000565379 RAD54L2Q9Y4B4 1467 aa45.45■■■■■ 4.87
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NME3-208ENST00000565379 SOGA1O94964 1423 aa45.32■■■■■ 4.85
NME3-208ENST00000565379 TDRD9Q8NDG6 1382 aaKnown RBP45.24■■■■■ 4.83
NME3-208ENST00000565379 CHD1O14646 1710 aa45.08■■■■■ 4.81
NME3-208ENST00000565379 RIMBP3CA6NJZ7 1639 aa45.08■■■■■ 4.81
NME3-208ENST00000565379 RIMBP3BA6NNM3 1639 aa45.08■■■■■ 4.81
NME3-208ENST00000565379 RIMBP3Q9UFD9 1639 aa45.08■■■■■ 4.81
NME3-208ENST00000565379 WDR97A6NE52 1622 aa44.99■■■■■ 4.79
NME3-208ENST00000565379 FBLN2P98095 1184 aa44.98■■■■■ 4.79
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NME3-208ENST00000565379 ARHGEF11O15085 1522 aa44.95■■■■■ 4.79
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NME3-208ENST00000565379 GRIN2BQ13224 1484 aa44.84■■■■■ 4.77
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NME3-208ENST00000565379 WRNQ14191 1432 aaPredicted RBP eCLIP44.81■■■■■ 4.76
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NME3-208ENST00000565379 TOP2BQ02880 1626 aa44.77■■■■■ 4.76
NME3-208ENST00000565379 BIVM-ERCC5R4GMW8 1640 aa44.77■■■■■ 4.76
NME3-208ENST00000565379 MAGI1Q96QZ7 1491 aaPredicted RBP44.76■■■■■ 4.76
NME3-208ENST00000565379 PBRM1Q86U86 1689 aa44.74■■■■■ 4.75
NME3-208ENST00000565379 ABCA5Q8WWZ7 1642 aa44.74■■■■■ 4.75
NME3-208ENST00000565379 CYB5RLQ6IPT4 315 aa44.73■■■■■ 4.75
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NME3-208ENST00000565379 SYNJ2O15056 1496 aa44.63■■■■■ 4.73
NME3-208ENST00000565379 CLASP1Q7Z460 1538 aa44.57■■■■■ 4.73
NME3-208ENST00000565379 ARAP1Q96P48 1450 aa44.49■■■■■ 4.71
NME3-208ENST00000565379 ADAMTS12P58397 1594 aa44.38■■■■■ 4.69
NME3-208ENST00000565379 GRIN2AQ12879 1464 aa44.3■■■■■ 4.68
NME3-208ENST00000565379 TRHP20396 242 aaPredicted RBP44.25■■■■■ 4.67
NME3-208ENST00000565379 ERICH3Q5RHP9 1530 aa44.22■■■■■ 4.67
NME3-208ENST00000565379 FHAD1B1AJZ9 1412 aa44.21■■■■■ 4.67
NME3-208ENST00000565379 CEP170Q5SW79 1584 aa44.18■■■■■ 4.66
NME3-208ENST00000565379 NUP160Q12769 1436 aa44.13■■■■■ 4.65
NME3-208ENST00000565379 ERCC6L2Q5T890 1561 aa44.04■■■■■ 4.64
NME3-208ENST00000565379 KIF27Q86VH2 1401 aa43.88■■■■■ 4.61
NME3-208ENST00000565379 IGF1RP08069 1367 aa43.87■■■■■ 4.61
NME3-208ENST00000565379 SHROOM2Q13796 1616 aa43.86■■■■■ 4.61
NME3-208ENST00000565379 RUSC2Q8N2Y8 1516 aa43.73■■■■■ 4.59
NME3-208ENST00000565379 CHIC1Q5VXU3 224 aa43.71■■■■■ 4.59
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