RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000558955.2

PKNOX1-208, Transcript of PBX/knotted 1 homeobox 1, humanhuman

TSL 2

Gene PKNOX1, Length 629 nt, Biotype retained intron, Subcellular localisation Cytoplasm, Cytosol, Nucleus, Ribosome .

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RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PKNOX1-208ENST00000558955 NISCHQ9Y2I1 1504 aa30.64■■■□□ 2.5
PKNOX1-208ENST00000558955 CCDC180Q9P1Z9 1646 aa27.27■■□□□ 1.96
PKNOX1-208ENST00000558955 ABCC9O60706 1549 aa26.93■■□□□ 1.9
PKNOX1-208ENST00000558955 RB1CC1Q8TDY2 1594 aa25.77■■□□□ 1.72
PKNOX1-208ENST00000558955 DCAF8L2P0C7V8 631 aa25.74■■□□□ 1.71
PKNOX1-208ENST00000558955 NACADO15069 1562 aa25.69■■□□□ 1.7
PKNOX1-208ENST00000558955 ZCCHC6Q5VYS8 1495 aaKnown RBP25.48■■□□□ 1.67
PKNOX1-208ENST00000558955 MYO15BQ96JP2 1530 aa25.46■■□□□ 1.67
PKNOX1-208ENST00000558955 DCAF1Q9Y4B6 1507 aa25.3■■□□□ 1.64
PKNOX1-208ENST00000558955 UNC13AQ9UPW8 1703 aa25.21■■□□□ 1.63
PKNOX1-208ENST00000558955 PABPN1Q86U42 306 aaKnown RBP eCLIP25.17■■□□□ 1.62
PKNOX1-208ENST00000558955 BICRAQ9NZM4 1560 aa25.04■■□□□ 1.6
PKNOX1-208ENST00000558955 SCRIBQ14160 1630 aa24.94■■□□□ 1.58
PKNOX1-208ENST00000558955 DNAJC5BQ9UF47 199 aa24.92■■□□□ 1.58
PKNOX1-208ENST00000558955 SHROOM4Q9ULL8 1493 aa24.67■■□□□ 1.54
PKNOX1-208ENST00000558955 AEBP2Q6ZN18 517 aaPredicted RBP24.48■■□□□ 1.51
PKNOX1-208ENST00000558955 EIF4G1Q04637 1599 aaKnown RBP24.37■■□□□ 1.49
PKNOX1-208ENST00000558955 CC2D2AQ9P2K1 1620 aa24.33■■□□□ 1.49
PKNOX1-208ENST00000558955 CECR2Q9BXF3 1484 aa24.19■■□□□ 1.46
PKNOX1-208ENST00000558955 SMARCA4P51532 1647 aa23.81■■□□□ 1.4
PKNOX1-208ENST00000558955 ATAD2BQ9ULI0 1458 aa23.74■■□□□ 1.39
PKNOX1-208ENST00000558955 BAZ1AQ9NRL2 1556 aaPredicted RBP23.74■■□□□ 1.39
PKNOX1-208ENST00000558955 NCAPD3P42695 1498 aa23.73■■□□□ 1.39
PKNOX1-208ENST00000558955 SMARCA2P51531 1590 aa23.66■■□□□ 1.38
PKNOX1-208ENST00000558955 MROH2BQ7Z745 1585 aa23.64■■□□□ 1.37
PKNOX1-208ENST00000558955 CHIC1Q5VXU3 224 aa23.6■■□□□ 1.37
PKNOX1-208ENST00000558955 HMGXB3Q12766 1538 aa23.58■■□□□ 1.36
PKNOX1-208ENST00000558955 PEG3Q9GZU2 1588 aa23.55■■□□□ 1.36
PKNOX1-208ENST00000558955 BAZ1BQ9UIG0 1483 aaKnown RBP23.52■■□□□ 1.36
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PKNOX1-208ENST00000558955 RSF1Q96T23 1441 aaPredicted RBP23.3■■□□□ 1.32
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PKNOX1-208ENST00000558955 ERCC6Q03468 1493 aa23.2■■□□□ 1.3
PKNOX1-208ENST00000558955 LAMC3Q9Y6N6 1575 aa23.12■■□□□ 1.29
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PKNOX1-208ENST00000558955 CADPSQ9ULU8 1353 aa23.04■■□□□ 1.28
PKNOX1-208ENST00000558955 CUX2O14529 1486 aa22.98■■□□□ 1.27
PKNOX1-208ENST00000558955 PDS5BQ9NTI5 1447 aa22.98■■□□□ 1.27
PKNOX1-208ENST00000558955 KIF21AQ7Z4S6 1674 aa22.96■■□□□ 1.27
PKNOX1-208ENST00000558955 THOC2Q8NI27 1593 aaKnown RBP22.91■■□□□ 1.26
PKNOX1-208ENST00000558955 CFTRP13569 1480 aa22.86■■□□□ 1.25
PKNOX1-208ENST00000558955 CCDC88BA6NC98 1476 aa22.85■■□□□ 1.25
PKNOX1-208ENST00000558955 FANCD2Q9BXW9 1451 aa22.79■■□□□ 1.24
PKNOX1-208ENST00000558955 MRC2Q9UBG0 1479 aa22.76■■□□□ 1.23
PKNOX1-208ENST00000558955 CEP164Q9UPV0 1460 aa22.76■■□□□ 1.23
PKNOX1-208ENST00000558955 WDR62O43379 1518 aa22.69■■□□□ 1.22
PKNOX1-208ENST00000558955 PRDM2Q13029 1718 aa22.64■■□□□ 1.21
PKNOX1-208ENST00000558955 SUPT5HO00267 1087 aaKnown RBP22.62■■□□□ 1.21
PKNOX1-208ENST00000558955 URB2Q14146 1524 aaKnown RBP22.58■■□□□ 1.21
PKNOX1-208ENST00000558955 DNAJC5Q9H3Z4 198 aa22.53■■□□□ 1.2
PKNOX1-208ENST00000558955 TOPBP1Q92547 1522 aa22.4■■□□□ 1.18
PKNOX1-208ENST00000558955 ABCC8Q09428 1581 aa22.34■■□□□ 1.17
PKNOX1-208ENST00000558955 DNMBPQ6XZF7 1577 aa22.33■■□□□ 1.17
PKNOX1-208ENST00000558955 IFT140Q96RY7 1462 aa22.28■■□□□ 1.16
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PKNOX1-208ENST00000558955 POLA1P09884 1462 aaPredicted RBP22.2■■□□□ 1.14
PKNOX1-208ENST00000558955 CUX1P39880 1505 aa22.18■■□□□ 1.14
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PKNOX1-208ENST00000558955 RAD54L2Q9Y4B4 1467 aa22.14■■□□□ 1.13
PKNOX1-208ENST00000558955 FGD5Q6ZNL6 1462 aa22.12■■□□□ 1.13
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PKNOX1-208ENST00000558955 EIF4G3O43432 1585 aaKnown RBP22.11■■□□□ 1.13
PKNOX1-208ENST00000558955 AQRO60306 1485 aaKnown RBP eCLIP22.09■■□□□ 1.13
PKNOX1-208ENST00000558955 OSCARQ8IYS5 282 aa22.04■■□□□ 1.12
PKNOX1-208ENST00000558955 TDRD9Q8NDG6 1382 aaKnown RBP22.03■■□□□ 1.12
PKNOX1-208ENST00000558955 WRNQ14191 1432 aaPredicted RBP eCLIP21.96■■□□□ 1.11
PKNOX1-208ENST00000558955 WDR97A6NE52 1622 aa21.93■■□□□ 1.1
PKNOX1-208ENST00000558955 SYNJ1O43426 1573 aa21.93■■□□□ 1.1
PKNOX1-208ENST00000558955 TOP2BQ02880 1626 aa21.91■■□□□ 1.1
PKNOX1-208ENST00000558955 BIVM-ERCC5R4GMW8 1640 aa21.91■■□□□ 1.1
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PKNOX1-208ENST00000558955 CHD1O14646 1710 aa21.87■■□□□ 1.09
PKNOX1-208ENST00000558955 FBLN2P98095 1184 aa21.87■■□□□ 1.09
PKNOX1-208ENST00000558955 SNAPC4Q5SXM2 1469 aa21.87■■□□□ 1.09
PKNOX1-208ENST00000558955 GRIN2BQ13224 1484 aa21.85■■□□□ 1.09
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PKNOX1-208ENST00000558955 MAGI1Q96QZ7 1491 aaPredicted RBP21.8■■□□□ 1.08
PKNOX1-208ENST00000558955 CHMP7Q8WUX9 453 aaPredicted RBP21.76■■□□□ 1.07
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PKNOX1-208ENST00000558955 SYNJ2O15056 1496 aa21.72■■□□□ 1.07
PKNOX1-208ENST00000558955 RIMBP3CA6NJZ7 1639 aa21.7■■□□□ 1.06
PKNOX1-208ENST00000558955 RIMBP3BA6NNM3 1639 aa21.7■■□□□ 1.06
PKNOX1-208ENST00000558955 RIMBP3Q9UFD9 1639 aa21.7■■□□□ 1.06
PKNOX1-208ENST00000558955 ARHGEF11O15085 1522 aa21.68■■□□□ 1.06
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PKNOX1-208ENST00000558955 ADAMTS12P58397 1594 aa21.61■■□□□ 1.05
PKNOX1-208ENST00000558955 ERICH3Q5RHP9 1530 aa21.6■■□□□ 1.05
PKNOX1-208ENST00000558955 GRIN2AQ12879 1464 aa21.58■■□□□ 1.04
PKNOX1-208ENST00000558955 FHAD1B1AJZ9 1412 aa21.57■■□□□ 1.04
PKNOX1-208ENST00000558955 CYB5RLQ6IPT4 315 aa21.52■■□□□ 1.04
PKNOX1-208ENST00000558955 ARAP1Q96P48 1450 aa21.51■■□□□ 1.03
PKNOX1-208ENST00000558955 KIF27Q86VH2 1401 aa21.5■■□□□ 1.03
PKNOX1-208ENST00000558955 CEP170Q5SW79 1584 aa21.49■■□□□ 1.03
PKNOX1-208ENST00000558955 NUP160Q12769 1436 aa21.49■■□□□ 1.03
PKNOX1-208ENST00000558955 IGF1RP08069 1367 aa21.47■■□□□ 1.03
PKNOX1-208ENST00000558955 CUL7Q14999 1698 aa21.37■■□□□ 1.01
PKNOX1-208ENST00000558955 ERCC6L2Q5T890 1561 aa21.36■■□□□ 1.01
PKNOX1-208ENST00000558955 SHROOM2Q13796 1616 aa21.33■■□□□ 1.01
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