RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000547637.1

SMARCD1-204, Transcript of SWI/SNF related, matrix associated, actin dependent regulator of chromatin, subfamily d, member 1, human

TSL 2

Gene SMARCD1, Length 587 nt, Biotype retained intron, Subcellular localisation Cytosol .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
SMARCD1-204	ENST00000547637	NISCH	Q9Y2I1	1504 aa		57.5	■■■■■ 6.8
SMARCD1-204	ENST00000547637	ABCC9	O60706	1549 aa		51.67	■■■■■ 5.86
SMARCD1-204	ENST00000547637	CCDC180	Q9P1Z9	1646 aa		51.62	■■■■■ 5.85
SMARCD1-204	ENST00000547637	RB1CC1	Q8TDY2	1594 aa		49.24	■■■■■ 5.47
SMARCD1-204	ENST00000547637	NACAD	O15069	1562 aa		48.88	■■■■■ 5.42
SMARCD1-204	ENST00000547637	DCAF8L2	P0C7V8	631 aa		48.78	■■■■■ 5.4
SMARCD1-204	ENST00000547637	DNAJC5B	Q9UF47	199 aa		48.43	■■■■■ 5.34
SMARCD1-204	ENST00000547637	MYO15B	Q96JP2	1530 aa		48.18	■■■■■ 5.3
SMARCD1-204	ENST00000547637	PABPN1	Q86U42	306 aa	Known RBP eCLIP	48.14	■■■■■ 5.3
SMARCD1-204	ENST00000547637	UNC13A	Q9UPW8	1703 aa		47.94	■■■■■ 5.26
SMARCD1-204	ENST00000547637	BICRA	Q9NZM4	1560 aa		47.62	■■■■■ 5.21
SMARCD1-204	ENST00000547637	ZCCHC6	Q5VYS8	1495 aa	Known RBP	47.6	■■■■■ 5.21
SMARCD1-204	ENST00000547637	DCAF1	Q9Y4B6	1507 aa		47.53	■■■■■ 5.2
SMARCD1-204	ENST00000547637	SHROOM4	Q9ULL8	1493 aa		47.17	■■■■■ 5.14
SMARCD1-204	ENST00000547637	SCRIB	Q14160	1630 aa		47	■■■■■ 5.11
SMARCD1-204	ENST00000547637	CC2D2A	Q9P2K1	1620 aa		46.65	■■■■■ 5.06
SMARCD1-204	ENST00000547637	CECR2	Q9BXF3	1484 aa		46.59	■■■■■ 5.05
SMARCD1-204	ENST00000547637	EIF4G1	Q04637	1599 aa	Known RBP	46.55	■■■■■ 5.04
SMARCD1-204	ENST00000547637	NCAPD3	P42695	1498 aa		45.1	■■■■■ 4.81
SMARCD1-204	ENST00000547637	ATAD2B	Q9ULI0	1458 aa		44.93	■■■■■ 4.78
SMARCD1-204	ENST00000547637	SMARCA2	P51531	1590 aa		44.87	■■■■■ 4.77
SMARCD1-204	ENST00000547637	SMARCA4	P51532	1647 aa		44.83	■■■■■ 4.77
SMARCD1-204	ENST00000547637	HMGXB3	Q12766	1538 aa		44.74	■■■■■ 4.75
SMARCD1-204	ENST00000547637	ERCC6	Q03468	1493 aa		44.73	■■■■■ 4.75
SMARCD1-204	ENST00000547637	BAZ1A	Q9NRL2	1556 aa	Predicted RBP	44.7	■■■■■ 4.75
SMARCD1-204	ENST00000547637	DNAJC5	Q9H3Z4	198 aa		44.68	■■■■■ 4.74
SMARCD1-204	ENST00000547637	CUX2	O14529	1486 aa		44.62	■■■■■ 4.73
SMARCD1-204	ENST00000547637	BAZ1B	Q9UIG0	1483 aa	Known RBP	44.55	■■■■■ 4.72
SMARCD1-204	ENST00000547637	PEG3	Q9GZU2	1588 aa		44.41	■■■■■ 4.7
SMARCD1-204	ENST00000547637	NES	P48681	1621 aa		44.31	■■■■■ 4.68
SMARCD1-204	ENST00000547637	MROH2B	Q7Z745	1585 aa		44.25	■■■■■ 4.67
SMARCD1-204	ENST00000547637	LAMC3	Q9Y6N6	1575 aa		44.11	■■■■■ 4.65
SMARCD1-204	ENST00000547637	PDS5B	Q9NTI5	1447 aa		43.95	■■■■■ 4.63
SMARCD1-204	ENST00000547637	THOC2	Q8NI27	1593 aa	Known RBP	43.84	■■■■■ 4.61
SMARCD1-204	ENST00000547637	CADPS	Q9ULU8	1353 aa		43.78	■■■■■ 4.6
SMARCD1-204	ENST00000547637	KIF21A	Q7Z4S6	1674 aa		43.74	■■■■■ 4.59
SMARCD1-204	ENST00000547637	WIZ	O95785	1651 aa		43.72	■■■■■ 4.59
SMARCD1-204	ENST00000547637	MRC2	Q9UBG0	1479 aa		43.47	■■■■■ 4.55
SMARCD1-204	ENST00000547637	RSF1	Q96T23	1441 aa	Predicted RBP	43.37	■■■■■ 4.53
SMARCD1-204	ENST00000547637	CEP164	Q9UPV0	1460 aa		43.32	■■■■■ 4.52
SMARCD1-204	ENST00000547637	WDR62	O43379	1518 aa		43.31	■■■■■ 4.52
SMARCD1-204	ENST00000547637	FANCD2	Q9BXW9	1451 aa		43.24	■■■■■ 4.51
SMARCD1-204	ENST00000547637	TOP2A	P11388	1531 aa	Known RBP	43.22	■■■■■ 4.51
SMARCD1-204	ENST00000547637	CFTR	P13569	1480 aa		43.21	■■■■■ 4.51
SMARCD1-204	ENST00000547637	URB2	Q14146	1524 aa	Known RBP	42.8	■■■■■ 4.44
SMARCD1-204	ENST00000547637	PRDM2	Q13029	1718 aa		42.74	■■■■■ 4.43
SMARCD1-204	ENST00000547637	CCDC88B	A6NC98	1476 aa		42.74	■■■■■ 4.43
SMARCD1-204	ENST00000547637	TRIM41	Q8WV44	630 aa		42.73	■■■■■ 4.43
SMARCD1-204	ENST00000547637	OSCAR	Q8IYS5	282 aa		42.7	■■■■■ 4.43
SMARCD1-204	ENST00000547637	IFT140	Q96RY7	1462 aa		42.47	■■■■■ 4.39
SMARCD1-204	ENST00000547637	ABCC8	Q09428	1581 aa		42.45	■■■■■ 4.39
SMARCD1-204	ENST00000547637	TOPBP1	Q92547	1522 aa		42.39	■■■■■ 4.38
SMARCD1-204	ENST00000547637	ZNF608	Q9ULD9	1512 aa	Predicted RBP	42.28	■■■■■ 4.36
SMARCD1-204	ENST00000547637	DNMBP	Q6XZF7	1577 aa		42.23	■■■■■ 4.35
SMARCD1-204	ENST00000547637	EIF4G3	O43432	1585 aa	Known RBP	42.05	■■■■■ 4.32
SMARCD1-204	ENST00000547637	AQR	O60306	1485 aa	Known RBP eCLIP	41.95	■■■■■ 4.31	5e-9	■■■■□ 24.1
SMARCD1-204	ENST00000547637	TARBP1	Q13395	1621 aa	Known RBP	41.95	■■■■■ 4.31
SMARCD1-204	ENST00000547637	RIMBP3C	A6NJZ7	1639 aa		41.94	■■■■■ 4.3
SMARCD1-204	ENST00000547637	RIMBP3B	A6NNM3	1639 aa		41.94	■■■■■ 4.3
SMARCD1-204	ENST00000547637	RIMBP3	Q9UFD9	1639 aa		41.94	■■■■■ 4.3
SMARCD1-204	ENST00000547637	POLA1	P09884	1462 aa	Predicted RBP	41.93	■■■■■ 4.3
SMARCD1-204	ENST00000547637	FBLN2	P98095	1184 aa		41.86	■■■■■ 4.29
SMARCD1-204	ENST00000547637	SOGA1	O94964	1423 aa		41.85	■■■■■ 4.29
SMARCD1-204	ENST00000547637	ARHGEF11	O15085	1522 aa		41.83	■■■■■ 4.29
SMARCD1-204	ENST00000547637	RAD54L2	Q9Y4B4	1467 aa		41.77	■■■■■ 4.28
SMARCD1-204	ENST00000547637	CHD1	O14646	1710 aa		41.75	■■■■■ 4.27
SMARCD1-204	ENST00000547637	TDRD9	Q8NDG6	1382 aa	Known RBP	41.73	■■■■■ 4.27
SMARCD1-204	ENST00000547637	FGD5	Q6ZNL6	1462 aa		41.68	■■■■■ 4.26
SMARCD1-204	ENST00000547637	CYB5RL	Q6IPT4	315 aa		41.66	■■■■■ 4.26
SMARCD1-204	ENST00000547637	WDR97	A6NE52	1622 aa		41.65	■■■■■ 4.26
SMARCD1-204	ENST00000547637	CUX1	P39880	1505 aa		41.58	■■■■■ 4.25
SMARCD1-204	ENST00000547637	SUPT5H	O00267	1087 aa	Known RBP	41.57	■■■■■ 4.25
SMARCD1-204	ENST00000547637	CHMP7	Q8WUX9	453 aa	Predicted RBP	41.56	■■■■■ 4.24
SMARCD1-204	ENST00000547637	SNAPC4	Q5SXM2	1469 aa		41.52	■■■■■ 4.24
SMARCD1-204	ENST00000547637	MAGI1	Q96QZ7	1491 aa	Predicted RBP	41.47	■■■■■ 4.23
SMARCD1-204	ENST00000547637	GRIN2B	Q13224	1484 aa		41.47	■■■■■ 4.23
SMARCD1-204	ENST00000547637	ARAP1	Q96P48	1450 aa		41.37	■■■■■ 4.21
SMARCD1-204	ENST00000547637	SYNJ1	O43426	1573 aa		41.37	■■■■■ 4.21
SMARCD1-204	ENST00000547637	SYNJ2	O15056	1496 aa		41.32	■■■■■ 4.2
SMARCD1-204	ENST00000547637	GAPVD1	Q14C86	1478 aa		41.31	■■■■■ 4.2
SMARCD1-204	ENST00000547637	TRH	P20396	242 aa	Predicted RBP	41.29	■■■■■ 4.2
SMARCD1-204	ENST00000547637	CLASP1	Q7Z460	1538 aa		41.26	■■■■■ 4.2
SMARCD1-204	ENST00000547637	ABCA10	Q8WWZ4	1543 aa		41.23	■■■■■ 4.19
SMARCD1-204	ENST00000547637	PBRM1	Q86U86	1689 aa		41.2	■■■■■ 4.19
SMARCD1-204	ENST00000547637	WRN	Q14191	1432 aa	Predicted RBP eCLIP	41.14	■■■■■ 4.18
SMARCD1-204	ENST00000547637	ABCA5	Q8WWZ7	1642 aa		41.08	■■■■■ 4.17
SMARCD1-204	ENST00000547637	TOP2B	Q02880	1626 aa		40.95	■■■■■ 4.15
SMARCD1-204	ENST00000547637	BIVM-ERCC5	R4GMW8	1640 aa		40.93	■■■■■ 4.14
SMARCD1-204	ENST00000547637	GRIN2A	Q12879	1464 aa		40.89	■■■■■ 4.14
SMARCD1-204	ENST00000547637	FHAD1	B1AJZ9	1412 aa		40.8	■■■■■ 4.12
SMARCD1-204	ENST00000547637	ADAMTS12	P58397	1594 aa		40.79	■■■■■ 4.12
SMARCD1-204	ENST00000547637	ERICH3	Q5RHP9	1530 aa		40.74	■■■■■ 4.11
SMARCD1-204	ENST00000547637	NUP160	Q12769	1436 aa		40.73	■■■■■ 4.11
SMARCD1-204	ENST00000547637	CEP170	Q5SW79	1584 aa		40.66	■■■■■ 4.1
SMARCD1-204	ENST00000547637	ERCC6L2	Q5T890	1561 aa		40.54	■■■■■ 4.08
SMARCD1-204	ENST00000547637	SHROOM2	Q13796	1616 aa		40.51	■■■■■ 4.08
SMARCD1-204	ENST00000547637	JPH4	Q96JJ6	628 aa		40.46	■■■■■ 4.07
SMARCD1-204	ENST00000547637	PRG4	Q92954	1404 aa	Predicted RBP	40.42	■■■■■ 4.06
SMARCD1-204	ENST00000547637	KIF27	Q86VH2	1401 aa		40.28	■■■■■ 4.04
SMARCD1-204	ENST00000547637	NPM1	P06748	294 aa	Known RBP eCLIP	40.22	■■■■■ 4.03

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