Protein–RNA interactions for Protein: P06748

NPM1, Nucleophosmin, humanhuman

Known RBP eCLIP

Length 294 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
NPM1P06748 WDR82-203ENST00000469000 587 ntTSL 528.49■■■□□ 2.152e-32■■■■■ 230.1
NPM1P06748 WDR82-202ENST00000463624 574 ntTSL 422.82■■□□□ 1.242e-32■■■■■ 230.1
NPM1P06748 WDR82-201ENST00000296490 4293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.172e-32■■■■■ 230.1
NPM1P06748 MIRLET7G-201ENST00000362280 84 ntBASIC2.83□□□□□ -1.962e-32■■■■■ 230.1
NPM1P06748 SNORD3B-1-201ENST00000577988 758 ntBASIC22.67■■□□□ 1.223e-15■■■■■ 90.5
NPM1P06748 SNORD3B-1-203ENST00000631292 217 nt17.65■□□□□ 0.423e-15■■■■■ 90.5
NPM1P06748 SNORD3B-1-202ENST00000617128 218 nt17.22■□□□□ 0.353e-15■■■■■ 90.5
NPM1P06748 MYO9A-214ENST00000566885 5111 ntTSL 1 (best) BASIC25.75■■□□□ 1.712e-8■■■■■ 80.5
NPM1P06748 MYO9A-202ENST00000424560 4008 ntTSL 5 BASIC19.92■□□□□ 0.782e-8■■■■■ 80.5
NPM1P06748 MYO9A-216ENST00000567560 4056 ntTSL 1 (best)18.31■□□□□ 0.522e-8■■■■■ 80.5
NPM1P06748 MYO9A-211ENST00000564931 564 ntTSL 416.91■□□□□ 0.32e-8■■■■■ 80.5
NPM1P06748 MYO9A-221ENST00000569314 560 ntTSL 314.4□□□□□ -0.12e-8■■■■■ 80.5
NPM1P06748 MYO9A-201ENST00000356056 12411 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.56□□□□□ -0.242e-8■■■■■ 80.5
NPM1P06748 MYO9A-203ENST00000444904 7749 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC6.3□□□□□ -1.42e-8■■■■■ 80.5
NPM1P06748 MYO9A-209ENST00000564571 8111 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC6.28□□□□□ -1.42e-8■■■■■ 80.5
NPM1P06748 C4A-243ENST00000428956 5460 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 11e-9■■■■■ 69
NPM1P06748 C4A-259ENST00000498271 5269 ntTSL 1 (best) BASIC20.72■□□□□ 0.911e-9■■■■■ 69
NPM1P06748 HPS5-203ENST00000396253 4725 ntTSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.041e-9■■■■■ 69
NPM1P06748 HPS5-206ENST00000531848 2160 ntTSL 5 BASIC14.4□□□□□ -0.11e-9■■■■■ 69
NPM1P06748 HPS5-201ENST00000349215 4491 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.13□□□□□ -0.471e-9■■■■■ 69
NPM1P06748 HPS5-205ENST00000438420 4147 ntTSL 1 (best) BASIC9.25□□□□□ -0.931e-9■■■■■ 69
NPM1P06748 SGPL1-204ENST00000486993 537 ntTSL 1 (best)34.54■■■■□ 3.124e-73■■■■■ 67
NPM1P06748 SGPL1-202ENST00000373202 5745 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.61□□□□□ -0.074e-73■■■■■ 67
NPM1P06748 GSE1-204ENST00000411612 872 ntTSL 536.54■■■■□ 3.445e-8■■■■■ 57.5
NPM1P06748 GSE1-215ENST00000635906 666 ntTSL 320.52■□□□□ 0.885e-8■■■■■ 57.5
NPM1P06748 GSE1-203ENST00000405402 4366 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.55e-8■■■■■ 57.5
NPM1P06748 GSE1-201ENST00000253458 7495 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC17.79■□□□□ 0.445e-8■■■■■ 57.5
NPM1P06748 GSE1-202ENST00000393243 7140 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.425e-8■■■■■ 57.5
NPM1P06748 GREB1-210ENST00000628795 438 ntTSL 56.27□□□□□ -1.413e-9■■■■■ 56
NPM1P06748 MIPEP-202ENST00000433710 494 ntTSL 325.56■■□□□ 1.682e-7■■■■■ 55.2
NPM1P06748 MIPEP-203ENST00000464194 543 ntTSL 225.56■■□□□ 1.682e-7■■■■■ 55.2
NPM1P06748 MIPEP-201ENST00000382172 2400 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.82■■□□□ 1.42e-7■■■■■ 55.2
NPM1P06748 TBCD-202ENST00000539345 3975 ntTSL 5 BASIC18.8■□□□□ 0.65e-7■■■■■ 52.3
NPM1P06748 TBCD-201ENST00000355528 7168 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -05e-7■■■■■ 52.3
NPM1P06748 AC008735.1-201ENST00000592252 802 ntTSL 5 BASIC29.88■■■□□ 2.373e-7■■■■■ 51.8
NPM1P06748 SNRNP27-202ENST00000409116 1339 ntTSL 5 BASIC24.12■■□□□ 1.459e-7■■■■■ 49.4
NPM1P06748 SNRNP27-203ENST00000450162 766 ntTSL 221.4■■□□□ 1.029e-7■■■■■ 49.4
NPM1P06748 MXD1-204ENST00000435990 860 ntTSL 321.15■□□□□ 0.989e-7■■■■■ 49.4
NPM1P06748 SNRNP27-201ENST00000244227 1802 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.93■□□□□ 0.789e-7■■■■■ 49.4
NPM1P06748 SNRNP27-205ENST00000488986 336 ntTSL 313.51□□□□□ -0.259e-7■■■■■ 49.4
NPM1P06748 C7orf50-202ENST00000397098 2131 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC39.93■■■■□ 3.982e-6■■■■■ 46
NPM1P06748 C7orf50-204ENST00000412051 1147 ntAPPRIS ALT2 TSL 237.8■■■■□ 3.642e-6■■■■■ 46
NPM1P06748 KIF13B-204ENST00000523130 1267 ntTSL 535.2■■■■□ 3.232e-6■■■■■ 46
NPM1P06748 C7orf50-208ENST00000491163 621 ntAPPRIS ALT2 TSL 333.13■■■□□ 2.892e-6■■■■■ 46
NPM1P06748 C7orf50-201ENST00000357429 1294 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC31.82■■■□□ 2.682e-6■■■■■ 46
NPM1P06748 EIPR1-206ENST00000443925 1771 ntTSL 3 BASIC31.66■■■□□ 2.662e-6■■■■■ 46
NPM1P06748 EIPR1-204ENST00000435721 672 ntTSL 331.5■■■□□ 2.632e-6■■■■■ 46
NPM1P06748 EIPR1-203ENST00000406835 738 ntTSL 531.5■■■□□ 2.632e-6■■■■■ 46
NPM1P06748 C7orf50-207ENST00000488073 853 ntTSL 530.9■■■□□ 2.542e-6■■■■■ 46
NPM1P06748 C7orf50-203ENST00000397100 1264 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC30.07■■■□□ 2.42e-6■■■■■ 46
NPM1P06748 REV1-201ENST00000258428 4751 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.1■■■□□ 2.252e-6■■■■■ 46
NPM1P06748 EIPR1-205ENST00000441271 647 ntTSL 528.51■■■□□ 2.152e-6■■■■■ 46
NPM1P06748 REV1-203ENST00000413697 4727 ntTSL 227.24■■□□□ 1.952e-6■■■■■ 46
NPM1P06748 C7orf50-205ENST00000444428 507 ntAPPRIS ALT2 TSL 326.36■■□□□ 1.812e-6■■■■■ 46
NPM1P06748 EIPR1-201ENST00000382125 1766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.26■■□□□ 1.792e-6■■■■■ 46
NPM1P06748 EIPR1-209ENST00000462515 577 ntTSL 325.45■■□□□ 1.662e-6■■■■■ 46
NPM1P06748 EIPR1-202ENST00000398659 1795 ntTSL 5 BASIC24.87■■□□□ 1.572e-6■■■■■ 46
NPM1P06748 EIPR1-212ENST00000478754 2932 ntTSL 521.73■■□□□ 1.072e-6■■■■■ 46
NPM1P06748 KIF13B-206ENST00000524189 8745 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.982e-6■■■■■ 46
NPM1P06748 REV1-202ENST00000393445 4686 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.322e-6■■■■■ 46
NPM1P06748 EIPR1-213ENST00000482570 582 ntTSL 216.89■□□□□ 0.292e-6■■■■■ 46
NPM1P06748 ACACA-237ENST00000616317 9961 ntTSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.232e-6■■■■■ 46
NPM1P06748 ACACA-234ENST00000614482 2177 ntTSL 216.43■□□□□ 0.222e-6■■■■■ 46
NPM1P06748 EIPR1-208ENST00000455162 847 ntTSL 516.25■□□□□ 0.192e-6■■■■■ 46
NPM1P06748 EIPR1-210ENST00000463662 757 ntTSL 316.16■□□□□ 0.182e-6■■■■■ 46
NPM1P06748 MAP1B-201ENST00000296755 12036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.31□□□□□ -0.282e-6■■■■■ 46
NPM1P06748 ACACA-245ENST00000619546 5315 ntTSL 1 (best)12.14□□□□□ -0.472e-6■■■■■ 46
NPM1P06748 ACACA-226ENST00000612895 9624 ntTSL 5 BASIC9.83□□□□□ -0.842e-6■■■■■ 46
NPM1P06748 ACACA-240ENST00000617649 7912 ntTSL 5 BASIC9.37□□□□□ -0.912e-6■■■■■ 46
NPM1P06748 ACACA-231ENST00000614428 9554 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC8.51□□□□□ -1.052e-6■■■■■ 46
NPM1P06748 REV1-207ENST00000465835 3172 ntTSL 56.81□□□□□ -1.322e-6■■■■■ 46
NPM1P06748 EGR2-203ENST00000439032 2844 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.9■■□□□ 1.428e-7■■■■■ 41.4
NPM1P06748 EGR2-206ENST00000639815 1075 ntTSL 522.29■■□□□ 1.168e-7■■■■■ 41.4
NPM1P06748 EGR2-201ENST00000242480 2968 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.558e-7■■■■■ 41.4
NPM1P06748 EGR2-202ENST00000411732 2824 ntTSL 2 BASIC18.22■□□□□ 0.518e-7■■■■■ 41.4
NPM1P06748 CTC1-201ENST00000315684 7021 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.2□□□□□ -0.33e-25■■■■■ 32.4
NPM1P06748 C10orf90-208ENST00000488181 1025 ntAPPRIS ALT2 TSL 219.67■□□□□ 0.744e-8■■■■■ 31.7
NPM1P06748 AL391358.1-201ENST00000605342 190 ntBASIC8.34□□□□□ -1.071e-6■■■■■ 31.1
NPM1P06748 HSP90AA1-203ENST00000553585 581 ntTSL 312.45□□□□□ -0.423e-32■■■■■ 30.7
NPM1P06748 HSP90AA1-205ENST00000555662 429 ntTSL 210.67□□□□□ -0.73e-32■■■■■ 30.7
NPM1P06748 EGFL7-206ENST00000492002 654 ntTSL 540.47■■■■■ 4.076e-9■■■■■ 29.9
NPM1P06748 EGFL7-202ENST00000371698 1282 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.87■■■■□ 3.016e-9■■■■■ 29.9
NPM1P06748 SLC26A5-209ENST00000393735 1947 ntTSL 1 (best) BASIC33.57■■■□□ 2.963e-12■■■■■ 29.1
NPM1P06748 SLC26A5-215ENST00000487407 2098 ntTSL 233.51■■■□□ 2.963e-12■■■■■ 29.1
NPM1P06748 SLC26A5-202ENST00000339444 2474 ntTSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.63e-12■■■■■ 29.1
NPM1P06748 SLC26A5-203ENST00000354356 2686 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.03■□□□□ 0.963e-12■■■■■ 29.1
NPM1P06748 SLC26A5-201ENST00000306312 2689 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.91■□□□□ 0.943e-12■■■■■ 29.1
NPM1P06748 SLC26A5-211ENST00000432958 2588 ntTSL 5 BASIC20.46■□□□□ 0.873e-12■■■■■ 29.1
NPM1P06748 SLC26A5-204ENST00000356767 1404 ntTSL 1 (best) BASIC18.96■□□□□ 0.633e-12■■■■■ 29.1
NPM1P06748 SLC26A5-208ENST00000393730 2498 ntTSL 1 (best) BASIC11.42□□□□□ -0.583e-12■■■■■ 29.1
NPM1P06748 SLC26A5-206ENST00000393727 2270 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC10.9□□□□□ -0.663e-12■■■■■ 29.1
NPM1P06748 SLC26A5-213ENST00000454864 2242 ntTSL 210.74□□□□□ -0.693e-12■■■■■ 29.1
NPM1P06748 SLC26A5-205ENST00000393723 2174 ntTSL 1 (best) BASIC10.39□□□□□ -0.753e-12■■■■■ 29.1
NPM1P06748 SLC26A5-212ENST00000445809 2324 ntTSL 210.32□□□□□ -0.763e-12■■■■■ 29.1
NPM1P06748 SLC26A5-214ENST00000456463 2370 ntTSL 58.86□□□□□ -0.993e-12■■■■■ 29.1
NPM1P06748 SLC26A5-210ENST00000423416 2374 ntTSL 28.28□□□□□ -1.083e-12■■■■■ 29.1
NPM1P06748 SLC26A5-207ENST00000393729 2422 ntTSL 5 BASIC7.98□□□□□ -1.133e-12■■■■■ 29.1
NPM1P06748 PRRC2C-208ENST00000476522 1931 ntTSL 516.07■□□□□ 0.163e-7■■■■■ 28.8
NPM1P06748 PRRC2C-203ENST00000392078 1919 ntTSL 1 (best) BASIC14.3□□□□□ -0.123e-7■■■■■ 28.8
NPM1P06748 PRRC2C-204ENST00000426496 10175 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.83□□□□□ -0.23e-7■■■■■ 28.8
Retrieved 100 of 408 protein–RNA pairs in 15.8 ms