RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000533078.5

CMTM1-216, Transcript of CKLF like MARVEL transmembrane domain containing 1, humanhuman

TSL 1 (best)

Gene CMTM1, Length 565 nt, Biotype nonsense mediated decay.

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RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CMTM1-216ENST00000533078 NISCHQ9Y2I1 1504 aa29.05■■■□□ 2.24
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CMTM1-216ENST00000533078 CCDC180Q9P1Z9 1646 aa26.21■■□□□ 1.79
CMTM1-216ENST00000533078 RB1CC1Q8TDY2 1594 aa25.09■■□□□ 1.61
CMTM1-216ENST00000533078 NACADO15069 1562 aa24.84■■□□□ 1.57
CMTM1-216ENST00000533078 DNAJC5BQ9UF47 199 aa24.84■■□□□ 1.57
CMTM1-216ENST00000533078 DCAF8L2P0C7V8 631 aa24.72■■□□□ 1.55
CMTM1-216ENST00000533078 PABPN1Q86U42 306 aaKnown RBP eCLIP24.53■■□□□ 1.52
CMTM1-216ENST00000533078 UNC13AQ9UPW8 1703 aa24.41■■□□□ 1.5
CMTM1-216ENST00000533078 MYO15BQ96JP2 1530 aa24.4■■□□□ 1.5
CMTM1-216ENST00000533078 BICRAQ9NZM4 1560 aa24.23■■□□□ 1.47
CMTM1-216ENST00000533078 SHROOM4Q9ULL8 1493 aa24.03■■□□□ 1.44
CMTM1-216ENST00000533078 ZCCHC6Q5VYS8 1495 aaKnown RBP24.02■■□□□ 1.44
CMTM1-216ENST00000533078 DCAF1Q9Y4B6 1507 aa24■■□□□ 1.43
CMTM1-216ENST00000533078 SCRIBQ14160 1630 aa23.85■■□□□ 1.41
CMTM1-216ENST00000533078 CECR2Q9BXF3 1484 aa23.83■■□□□ 1.41
CMTM1-216ENST00000533078 CC2D2AQ9P2K1 1620 aa23.83■■□□□ 1.41
CMTM1-216ENST00000533078 EIF4G1Q04637 1599 aaKnown RBP23.74■■□□□ 1.39
CMTM1-216ENST00000533078 DNAJC5Q9H3Z4 198 aa23.08■■□□□ 1.29
CMTM1-216ENST00000533078 ERCC6Q03468 1493 aa22.91■■□□□ 1.26
CMTM1-216ENST00000533078 CUX2O14529 1486 aa22.9■■□□□ 1.26
CMTM1-216ENST00000533078 NCAPD3P42695 1498 aa22.9■■□□□ 1.26
CMTM1-216ENST00000533078 ATAD2BQ9ULI0 1458 aa22.79■■□□□ 1.24
CMTM1-216ENST00000533078 SMARCA2P51531 1590 aa22.78■■□□□ 1.24
CMTM1-216ENST00000533078 HMGXB3Q12766 1538 aa22.73■■□□□ 1.23
CMTM1-216ENST00000533078 SMARCA4P51532 1647 aa22.72■■□□□ 1.23
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CMTM1-216ENST00000533078 BAZ1AQ9NRL2 1556 aaPredicted RBP22.62■■□□□ 1.21
CMTM1-216ENST00000533078 NESP48681 1621 aa22.57■■□□□ 1.2
CMTM1-216ENST00000533078 PEG3Q9GZU2 1588 aa22.49■■□□□ 1.19
CMTM1-216ENST00000533078 LAMC3Q9Y6N6 1575 aa22.46■■□□□ 1.19
CMTM1-216ENST00000533078 THOC2Q8NI27 1593 aaKnown RBP22.41■■□□□ 1.18
CMTM1-216ENST00000533078 PDS5BQ9NTI5 1447 aa22.38■■□□□ 1.17
CMTM1-216ENST00000533078 MROH2BQ7Z745 1585 aa22.34■■□□□ 1.17
CMTM1-216ENST00000533078 KIF21AQ7Z4S6 1674 aa22.3■■□□□ 1.16
CMTM1-216ENST00000533078 CADPSQ9ULU8 1353 aa22.22■■□□□ 1.15
CMTM1-216ENST00000533078 MRC2Q9UBG0 1479 aa22.15■■□□□ 1.14
CMTM1-216ENST00000533078 WIZO95785 1651 aa22.08■■□□□ 1.13
CMTM1-216ENST00000533078 WDR62O43379 1518 aa22.08■■□□□ 1.13
CMTM1-216ENST00000533078 TRIM41Q8WV44 630 aa22.05■■□□□ 1.12
CMTM1-216ENST00000533078 CEP164Q9UPV0 1460 aa22.04■■□□□ 1.12
CMTM1-216ENST00000533078 FANCD2Q9BXW9 1451 aa21.97■■□□□ 1.11
CMTM1-216ENST00000533078 CFTRP13569 1480 aa21.9■■□□□ 1.1
CMTM1-216ENST00000533078 OSCARQ8IYS5 282 aa21.83■■□□□ 1.09
CMTM1-216ENST00000533078 TOP2AP11388 1531 aaKnown RBP21.83■■□□□ 1.09
CMTM1-216ENST00000533078 RSF1Q96T23 1441 aaPredicted RBP21.81■■□□□ 1.08
CMTM1-216ENST00000533078 URB2Q14146 1524 aaKnown RBP21.75■■□□□ 1.07
CMTM1-216ENST00000533078 PRDM2Q13029 1718 aa21.69■■□□□ 1.06
CMTM1-216ENST00000533078 IFT140Q96RY7 1462 aa21.6■■□□□ 1.05
CMTM1-216ENST00000533078 CCDC88BA6NC98 1476 aa21.56■■□□□ 1.04
CMTM1-216ENST00000533078 ABCC8Q09428 1581 aa21.53■■□□□ 1.04
CMTM1-216ENST00000533078 RIMBP3CA6NJZ7 1639 aa21.51■■□□□ 1.03
CMTM1-216ENST00000533078 RIMBP3BA6NNM3 1639 aa21.51■■□□□ 1.03
CMTM1-216ENST00000533078 RIMBP3Q9UFD9 1639 aa21.51■■□□□ 1.03
CMTM1-216ENST00000533078 TOPBP1Q92547 1522 aa21.5■■□□□ 1.03
CMTM1-216ENST00000533078 ZNF608Q9ULD9 1512 aaPredicted RBP21.5■■□□□ 1.03
CMTM1-216ENST00000533078 ARHGEF11O15085 1522 aa21.43■■□□□ 1.02
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CMTM1-216ENST00000533078 DNMBPQ6XZF7 1577 aa21.43■■□□□ 1.02
CMTM1-216ENST00000533078 FBLN2P98095 1184 aa21.32■■□□□ 1
CMTM1-216ENST00000533078 CYB5RLQ6IPT4 315 aa21.32■■□□□ 1
CMTM1-216ENST00000533078 AQRO60306 1485 aaKnown RBP eCLIP21.32■■□□□ 1
CMTM1-216ENST00000533078 TARBP1Q13395 1621 aaKnown RBP21.3■■□□□ 1
CMTM1-216ENST00000533078 CHD1O14646 1710 aa21.3■■□□□ 1
CMTM1-216ENST00000533078 POLA1P09884 1462 aaPredicted RBP21.27■■□□□ 1
CMTM1-216ENST00000533078 TRHP20396 242 aaPredicted RBP21.22■□□□□ 0.99
CMTM1-216ENST00000533078 SOGA1O94964 1423 aa21.21■□□□□ 0.99
CMTM1-216ENST00000533078 ARAP1Q96P48 1450 aa21.18■□□□□ 0.98
CMTM1-216ENST00000533078 RAD54L2Q9Y4B4 1467 aa21.17■□□□□ 0.98
CMTM1-216ENST00000533078 WDR97A6NE52 1622 aa21.17■□□□□ 0.98
CMTM1-216ENST00000533078 TDRD9Q8NDG6 1382 aaKnown RBP21.16■□□□□ 0.98
CMTM1-216ENST00000533078 CHMP7Q8WUX9 453 aaPredicted RBP21.13■□□□□ 0.97
CMTM1-216ENST00000533078 SNAPC4Q5SXM2 1469 aa21.12■□□□□ 0.97
CMTM1-216ENST00000533078 FGD5Q6ZNL6 1462 aa21.11■□□□□ 0.97
CMTM1-216ENST00000533078 MAGI1Q96QZ7 1491 aaPredicted RBP21.09■□□□□ 0.97
CMTM1-216ENST00000533078 SYNJ1O43426 1573 aa21.09■□□□□ 0.97
CMTM1-216ENST00000533078 GRIN2BQ13224 1484 aa21.06■□□□□ 0.96
CMTM1-216ENST00000533078 CLASP1Q7Z460 1538 aa21.03■□□□□ 0.96
CMTM1-216ENST00000533078 CUX1P39880 1505 aa21.02■□□□□ 0.96
CMTM1-216ENST00000533078 SYNJ2O15056 1496 aa21.01■□□□□ 0.95
CMTM1-216ENST00000533078 GAPVD1Q14C86 1478 aa20.94■□□□□ 0.94
CMTM1-216ENST00000533078 PBRM1Q86U86 1689 aa20.93■□□□□ 0.94
CMTM1-216ENST00000533078 ABCA10Q8WWZ4 1543 aa20.87■□□□□ 0.93
CMTM1-216ENST00000533078 ABCA5Q8WWZ7 1642 aa20.83■□□□□ 0.93
CMTM1-216ENST00000533078 AEBP2Q6ZN18 517 aaPredicted RBP20.82■□□□□ 0.92
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CMTM1-216ENST00000533078 SUPT5HO00267 1087 aaKnown RBP20.76■□□□□ 0.91
CMTM1-216ENST00000533078 ADAMTS12P58397 1594 aa20.72■□□□□ 0.91
CMTM1-216ENST00000533078 FHAD1B1AJZ9 1412 aa20.68■□□□□ 0.9
CMTM1-216ENST00000533078 NUP160Q12769 1436 aa20.68■□□□□ 0.9
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CMTM1-216ENST00000533078 CEP170Q5SW79 1584 aa20.66■□□□□ 0.9
CMTM1-216ENST00000533078 BIVM-ERCC5R4GMW8 1640 aa20.65■□□□□ 0.9
CMTM1-216ENST00000533078 ERCC6L2Q5T890 1561 aa20.64■□□□□ 0.9
CMTM1-216ENST00000533078 ERICH3Q5RHP9 1530 aa20.63■□□□□ 0.89
CMTM1-216ENST00000533078 SHROOM2Q13796 1616 aa20.6■□□□□ 0.89
CMTM1-216ENST00000533078 PRG4Q92954 1404 aaPredicted RBP20.53■□□□□ 0.88
CMTM1-216ENST00000533078 JPH4Q96JJ6 628 aa20.51■□□□□ 0.87
CMTM1-216ENST00000533078 NPM1P06748 294 aaKnown RBP eCLIP20.5■□□□□ 0.87
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