RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000495630.1

TMEM53-209, Transcript of transmembrane protein 53, human

TSL 2

Gene TMEM53, Length 546 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Cytoplasm, Endoplasmic reticulum, Nucleus .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
TMEM53-209	ENST00000495630	NISCH	Q9Y2I1	1504 aa		44.25	■■■■■ 4.67
TMEM53-209	ENST00000495630	ABCC9	O60706	1549 aa		40.1	■■■■■ 4.01
TMEM53-209	ENST00000495630	CCDC180	Q9P1Z9	1646 aa		39.71	■■■■□ 3.95
TMEM53-209	ENST00000495630	RB1CC1	Q8TDY2	1594 aa		38.03	■■■■□ 3.68
TMEM53-209	ENST00000495630	DNAJC5B	Q9UF47	199 aa		37.99	■■■■□ 3.67
TMEM53-209	ENST00000495630	NACAD	O15069	1562 aa		37.73	■■■■□ 3.63
TMEM53-209	ENST00000495630	DCAF8L2	P0C7V8	631 aa		37.61	■■■■□ 3.61
TMEM53-209	ENST00000495630	PABPN1	Q86U42	306 aa	Known RBP eCLIP	37.38	■■■■□ 3.57
TMEM53-209	ENST00000495630	MYO15B	Q96JP2	1530 aa		37.15	■■■■□ 3.54
TMEM53-209	ENST00000495630	UNC13A	Q9UPW8	1703 aa		36.99	■■■■□ 3.51
TMEM53-209	ENST00000495630	BICRA	Q9NZM4	1560 aa		36.9	■■■■□ 3.5
TMEM53-209	ENST00000495630	ZCCHC6	Q5VYS8	1495 aa	Known RBP	36.57	■■■■□ 3.45
TMEM53-209	ENST00000495630	DCAF1	Q9Y4B6	1507 aa		36.56	■■■■□ 3.44
TMEM53-209	ENST00000495630	SHROOM4	Q9ULL8	1493 aa		36.44	■■■■□ 3.42
TMEM53-209	ENST00000495630	CECR2	Q9BXF3	1484 aa		36.18	■■■■□ 3.38
TMEM53-209	ENST00000495630	SCRIB	Q14160	1630 aa		36.16	■■■■□ 3.38
TMEM53-209	ENST00000495630	CC2D2A	Q9P2K1	1620 aa		36.16	■■■■□ 3.38
TMEM53-209	ENST00000495630	EIF4G1	Q04637	1599 aa	Known RBP	36.02	■■■■□ 3.36
TMEM53-209	ENST00000495630	DNAJC5	Q9H3Z4	198 aa		35.15	■■■■□ 3.22
TMEM53-209	ENST00000495630	NCAPD3	P42695	1498 aa		34.9	■■■■□ 3.18
TMEM53-209	ENST00000495630	ATAD2B	Q9ULI0	1458 aa		34.71	■■■■□ 3.15
TMEM53-209	ENST00000495630	CUX2	O14529	1486 aa		34.71	■■■■□ 3.15
TMEM53-209	ENST00000495630	ERCC6	Q03468	1493 aa		34.65	■■■■□ 3.14
TMEM53-209	ENST00000495630	SMARCA2	P51531	1590 aa		34.57	■■■■□ 3.12
TMEM53-209	ENST00000495630	HMGXB3	Q12766	1538 aa		34.5	■■■■□ 3.11
TMEM53-209	ENST00000495630	SMARCA4	P51532	1647 aa		34.5	■■■■□ 3.11
TMEM53-209	ENST00000495630	BAZ1A	Q9NRL2	1556 aa	Predicted RBP	34.35	■■■■□ 3.09
TMEM53-209	ENST00000495630	NES	P48681	1621 aa		34.34	■■■■□ 3.09
TMEM53-209	ENST00000495630	BAZ1B	Q9UIG0	1483 aa	Known RBP	34.33	■■■■□ 3.09
TMEM53-209	ENST00000495630	PEG3	Q9GZU2	1588 aa		34.22	■■■■□ 3.07
TMEM53-209	ENST00000495630	MROH2B	Q7Z745	1585 aa		34.07	■■■■□ 3.05
TMEM53-209	ENST00000495630	LAMC3	Q9Y6N6	1575 aa		34.06	■■■■□ 3.04
TMEM53-209	ENST00000495630	PDS5B	Q9NTI5	1447 aa		33.98	■■■■□ 3.03
TMEM53-209	ENST00000495630	THOC2	Q8NI27	1593 aa	Known RBP	33.97	■■■■□ 3.03
TMEM53-209	ENST00000495630	CADPS	Q9ULU8	1353 aa		33.85	■■■■□ 3.01
TMEM53-209	ENST00000495630	KIF21A	Q7Z4S6	1674 aa		33.77	■■■■□ 3
TMEM53-209	ENST00000495630	MRC2	Q9UBG0	1479 aa		33.63	■■■□□ 2.97
TMEM53-209	ENST00000495630	WIZ	O95785	1651 aa		33.58	■■■□□ 2.97
TMEM53-209	ENST00000495630	WDR62	O43379	1518 aa		33.51	■■■□□ 2.95
TMEM53-209	ENST00000495630	CEP164	Q9UPV0	1460 aa		33.44	■■■□□ 2.94
TMEM53-209	ENST00000495630	TRIM41	Q8WV44	630 aa		33.41	■■■□□ 2.94
TMEM53-209	ENST00000495630	FANCD2	Q9BXW9	1451 aa		33.39	■■■□□ 2.94
TMEM53-209	ENST00000495630	CFTR	P13569	1480 aa		33.36	■■■□□ 2.93
TMEM53-209	ENST00000495630	RSF1	Q96T23	1441 aa	Predicted RBP	33.33	■■■□□ 2.93
TMEM53-209	ENST00000495630	OSCAR	Q8IYS5	282 aa		33.22	■■■□□ 2.91
TMEM53-209	ENST00000495630	TOP2A	P11388	1531 aa	Known RBP	33.18	■■■□□ 2.9
TMEM53-209	ENST00000495630	URB2	Q14146	1524 aa	Known RBP	33.11	■■■□□ 2.89
TMEM53-209	ENST00000495630	CCDC88B	A6NC98	1476 aa		32.88	■■■□□ 2.85
TMEM53-209	ENST00000495630	IFT140	Q96RY7	1462 aa		32.81	■■■□□ 2.84
TMEM53-209	ENST00000495630	PRDM2	Q13029	1718 aa		32.76	■■■□□ 2.83
TMEM53-209	ENST00000495630	ZNF608	Q9ULD9	1512 aa	Predicted RBP	32.75	■■■□□ 2.83
TMEM53-209	ENST00000495630	TOPBP1	Q92547	1522 aa		32.71	■■■□□ 2.83
TMEM53-209	ENST00000495630	ABCC8	Q09428	1581 aa		32.7	■■■□□ 2.82
TMEM53-209	ENST00000495630	RIMBP3C	A6NJZ7	1639 aa		32.59	■■■□□ 2.81
TMEM53-209	ENST00000495630	RIMBP3B	A6NNM3	1639 aa		32.59	■■■□□ 2.81
TMEM53-209	ENST00000495630	RIMBP3	Q9UFD9	1639 aa		32.59	■■■□□ 2.81
TMEM53-209	ENST00000495630	DNMBP	Q6XZF7	1577 aa		32.52	■■■□□ 2.8
TMEM53-209	ENST00000495630	ARHGEF11	O15085	1522 aa		32.51	■■■□□ 2.79
TMEM53-209	ENST00000495630	AQR	O60306	1485 aa	Known RBP eCLIP	32.47	■■■□□ 2.79
TMEM53-209	ENST00000495630	EIF4G3	O43432	1585 aa	Known RBP	32.45	■■■□□ 2.79
TMEM53-209	ENST00000495630	CYB5RL	Q6IPT4	315 aa		32.43	■■■□□ 2.78
TMEM53-209	ENST00000495630	TARBP1	Q13395	1621 aa	Known RBP	32.39	■■■□□ 2.78
TMEM53-209	ENST00000495630	FBLN2	P98095	1184 aa		32.37	■■■□□ 2.77
TMEM53-209	ENST00000495630	POLA1	P09884	1462 aa	Predicted RBP	32.35	■■■□□ 2.77
TMEM53-209	ENST00000495630	SOGA1	O94964	1423 aa		32.29	■■■□□ 2.76
TMEM53-209	ENST00000495630	RAD54L2	Q9Y4B4	1467 aa		32.25	■■■□□ 2.75
TMEM53-209	ENST00000495630	TDRD9	Q8NDG6	1382 aa	Known RBP	32.25	■■■□□ 2.75
TMEM53-209	ENST00000495630	CHD1	O14646	1710 aa		32.22	■■■□□ 2.75
TMEM53-209	ENST00000495630	ARAP1	Q96P48	1450 aa		32.16	■■■□□ 2.74
TMEM53-209	ENST00000495630	TRH	P20396	242 aa	Predicted RBP	32.15	■■■□□ 2.74
TMEM53-209	ENST00000495630	CHMP7	Q8WUX9	453 aa	Predicted RBP	32.12	■■■□□ 2.73
TMEM53-209	ENST00000495630	FGD5	Q6ZNL6	1462 aa		32.1	■■■□□ 2.73
TMEM53-209	ENST00000495630	SNAPC4	Q5SXM2	1469 aa		32.06	■■■□□ 2.72
TMEM53-209	ENST00000495630	WDR97	A6NE52	1622 aa		32.06	■■■□□ 2.72
TMEM53-209	ENST00000495630	CUX1	P39880	1505 aa		32.01	■■■□□ 2.72
TMEM53-209	ENST00000495630	MAGI1	Q96QZ7	1491 aa	Predicted RBP	32.01	■■■□□ 2.71
TMEM53-209	ENST00000495630	GRIN2B	Q13224	1484 aa		32	■■■□□ 2.71
TMEM53-209	ENST00000495630	CLASP1	Q7Z460	1538 aa		31.95	■■■□□ 2.71
TMEM53-209	ENST00000495630	SYNJ1	O43426	1573 aa		31.93	■■■□□ 2.7
TMEM53-209	ENST00000495630	SYNJ2	O15056	1496 aa		31.91	■■■□□ 2.7
TMEM53-209	ENST00000495630	GAPVD1	Q14C86	1478 aa		31.84	■■■□□ 2.69
TMEM53-209	ENST00000495630	ABCA10	Q8WWZ4	1543 aa		31.75	■■■□□ 2.67
TMEM53-209	ENST00000495630	SUPT5H	O00267	1087 aa	Known RBP	31.69	■■■□□ 2.66
TMEM53-209	ENST00000495630	PBRM1	Q86U86	1689 aa		31.66	■■■□□ 2.66
TMEM53-209	ENST00000495630	WRN	Q14191	1432 aa	Predicted RBP eCLIP	31.63	■■■□□ 2.65
TMEM53-209	ENST00000495630	ABCA5	Q8WWZ7	1642 aa		31.63	■■■□□ 2.65
TMEM53-209	ENST00000495630	GRIN2A	Q12879	1464 aa		31.55	■■■□□ 2.64
TMEM53-209	ENST00000495630	NUP160	Q12769	1436 aa		31.49	■■■□□ 2.63
TMEM53-209	ENST00000495630	FHAD1	B1AJZ9	1412 aa		31.45	■■■□□ 2.63
TMEM53-209	ENST00000495630	AEBP2	Q6ZN18	517 aa	Predicted RBP	31.44	■■■□□ 2.62
TMEM53-209	ENST00000495630	ADAMTS12	P58397	1594 aa		31.41	■■■□□ 2.62
TMEM53-209	ENST00000495630	ERCC6L2	Q5T890	1561 aa		31.41	■■■□□ 2.62
TMEM53-209	ENST00000495630	TOP2B	Q02880	1626 aa		31.41	■■■□□ 2.62
TMEM53-209	ENST00000495630	CEP170	Q5SW79	1584 aa		31.39	■■■□□ 2.61
TMEM53-209	ENST00000495630	BIVM-ERCC5	R4GMW8	1640 aa		31.36	■■■□□ 2.61
TMEM53-209	ENST00000495630	ERICH3	Q5RHP9	1530 aa		31.34	■■■□□ 2.61
TMEM53-209	ENST00000495630	JPH4	Q96JJ6	628 aa		31.29	■■■□□ 2.6
TMEM53-209	ENST00000495630	SHROOM2	Q13796	1616 aa		31.28	■■■□□ 2.6
TMEM53-209	ENST00000495630	PRG4	Q92954	1404 aa	Predicted RBP	31.23	■■■□□ 2.59
TMEM53-209	ENST00000495630	NPM1	P06748	294 aa	Known RBP eCLIP	31.08	■■■□□ 2.57

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