RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000492275.5

TTC3-223, Transcript of tetratricopeptide repeat domain 3, human

TSL 3

Gene TTC3, Length 769 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Cytosol, Nucleus .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
TTC3-223	ENST00000492275	NISCH	Q9Y2I1	1504 aa		62.55	■■■■■ 7.6
TTC3-223	ENST00000492275	CCDC180	Q9P1Z9	1646 aa		55.52	■■■■■ 6.48
TTC3-223	ENST00000492275	ABCC9	O60706	1549 aa		54.24	■■■■■ 6.27
TTC3-223	ENST00000492275	DCAF8L2	P0C7V8	631 aa		52.22	■■■■■ 5.95
TTC3-223	ENST00000492275	RB1CC1	Q8TDY2	1594 aa		52.19	■■■■■ 5.95
TTC3-223	ENST00000492275	NACAD	O15069	1562 aa		52.17	■■■■■ 5.94
TTC3-223	ENST00000492275	ZCCHC6	Q5VYS8	1495 aa	Known RBP	52.12	■■■■■ 5.93
TTC3-223	ENST00000492275	MYO15B	Q96JP2	1530 aa		51.89	■■■■■ 5.9
TTC3-223	ENST00000492275	DCAF1	Q9Y4B6	1507 aa		51.74	■■■■■ 5.87
TTC3-223	ENST00000492275	UNC13A	Q9UPW8	1703 aa		51.13	■■■■■ 5.78
TTC3-223	ENST00000492275	PABPN1	Q86U42	306 aa	Known RBP eCLIP	50.74	■■■■■ 5.71
TTC3-223	ENST00000492275	SCRIB	Q14160	1630 aa		50.69	■■■■■ 5.71
TTC3-223	ENST00000492275	BICRA	Q9NZM4	1560 aa		50.68	■■■■■ 5.7
TTC3-223	ENST00000492275	SHROOM4	Q9ULL8	1493 aa		50.02	■■■■■ 5.6
TTC3-223	ENST00000492275	DNAJC5B	Q9UF47	199 aa		49.76	■■■■■ 5.56
TTC3-223	ENST00000492275	EIF4G1	Q04637	1599 aa	Known RBP	49.29	■■■■■ 5.48
TTC3-223	ENST00000492275	CC2D2A	Q9P2K1	1620 aa		49.08	■■■■■ 5.45
TTC3-223	ENST00000492275	CECR2	Q9BXF3	1484 aa		48.76	■■■■■ 5.4
TTC3-223	ENST00000492275	SMARCA4	P51532	1647 aa		48.5	■■■■■ 5.36
TTC3-223	ENST00000492275	BAZ1A	Q9NRL2	1556 aa	Predicted RBP	48.43	■■■■■ 5.34
TTC3-223	ENST00000492275	MROH2B	Q7Z745	1585 aa		48.24	■■■■■ 5.31
TTC3-223	ENST00000492275	ATAD2B	Q9ULI0	1458 aa		48.22	■■■■■ 5.31
TTC3-223	ENST00000492275	NCAPD3	P42695	1498 aa		48.16	■■■■■ 5.3
TTC3-223	ENST00000492275	SMARCA2	P51531	1590 aa		48.12	■■■■■ 5.29
TTC3-223	ENST00000492275	PEG3	Q9GZU2	1588 aa		48.02	■■■■■ 5.28
TTC3-223	ENST00000492275	HMGXB3	Q12766	1538 aa		47.9	■■■■■ 5.26
TTC3-223	ENST00000492275	BAZ1B	Q9UIG0	1483 aa	Known RBP	47.78	■■■■■ 5.24
TTC3-223	ENST00000492275	WIZ	O95785	1651 aa		47.74	■■■■■ 5.23
TTC3-223	ENST00000492275	RSF1	Q96T23	1441 aa	Predicted RBP	47.73	■■■■■ 5.23
TTC3-223	ENST00000492275	TOP2A	P11388	1531 aa	Known RBP	47.18	■■■■■ 5.14
TTC3-223	ENST00000492275	NES	P48681	1621 aa		47.01	■■■■■ 5.12
TTC3-223	ENST00000492275	LAMC3	Q9Y6N6	1575 aa		46.84	■■■■■ 5.09
TTC3-223	ENST00000492275	CADPS	Q9ULU8	1353 aa		46.76	■■■■■ 5.08
TTC3-223	ENST00000492275	ERCC6	Q03468	1493 aa		46.68	■■■■■ 5.06
TTC3-223	ENST00000492275	CCDC88B	A6NC98	1476 aa		46.67	■■■■■ 5.06
TTC3-223	ENST00000492275	SUPT5H	O00267	1087 aa	Known RBP	46.62	■■■■■ 5.05
TTC3-223	ENST00000492275	CFTR	P13569	1480 aa		46.51	■■■■■ 5.04
TTC3-223	ENST00000492275	PDS5B	Q9NTI5	1447 aa		46.51	■■■■■ 5.04
TTC3-223	ENST00000492275	KIF21A	Q7Z4S6	1674 aa		46.45	■■■■■ 5.03
TTC3-223	ENST00000492275	THOC2	Q8NI27	1593 aa	Known RBP	46.22	■■■■■ 4.99
TTC3-223	ENST00000492275	FANCD2	Q9BXW9	1451 aa		46.22	■■■■■ 4.99
TTC3-223	ENST00000492275	PRDM2	Q13029	1718 aa		46.2	■■■■■ 4.99
TTC3-223	ENST00000492275	CUX2	O14529	1486 aa		46.14	■■■■■ 4.98
TTC3-223	ENST00000492275	CEP164	Q9UPV0	1460 aa		46.12	■■■■■ 4.97
TTC3-223	ENST00000492275	MRC2	Q9UBG0	1479 aa		46.04	■■■■■ 4.96
TTC3-223	ENST00000492275	WDR62	O43379	1518 aa		45.89	■■■■■ 4.94
TTC3-223	ENST00000492275	URB2	Q14146	1524 aa	Known RBP	45.77	■■■■■ 4.92
TTC3-223	ENST00000492275	TOPBP1	Q92547	1522 aa		45.52	■■■■■ 4.88
TTC3-223	ENST00000492275	ABCC8	Q09428	1581 aa		45.47	■■■■■ 4.87
TTC3-223	ENST00000492275	DNMBP	Q6XZF7	1577 aa		45.45	■■■■■ 4.87
TTC3-223	ENST00000492275	CUX1	P39880	1505 aa		45.23	■■■■■ 4.83
TTC3-223	ENST00000492275	IFT140	Q96RY7	1462 aa		45.16	■■■■■ 4.82
TTC3-223	ENST00000492275	POLA1	P09884	1462 aa	Predicted RBP	45.12	■■■■■ 4.81
TTC3-223	ENST00000492275	FGD5	Q6ZNL6	1462 aa		45.04	■■■■■ 4.8
TTC3-223	ENST00000492275	TARBP1	Q13395	1621 aa	Known RBP	45.02	■■■■■ 4.8
TTC3-223	ENST00000492275	ZNF608	Q9ULD9	1512 aa	Predicted RBP	45.01	■■■■■ 4.8
TTC3-223	ENST00000492275	RAD54L2	Q9Y4B4	1467 aa		44.96	■■■■■ 4.79
TTC3-223	ENST00000492275	SOGA1	O94964	1423 aa		44.95	■■■■■ 4.79
TTC3-223	ENST00000492275	WRN	Q14191	1432 aa	Predicted RBP eCLIP	44.95	■■■■■ 4.79
TTC3-223	ENST00000492275	SYNJ1	O43426	1573 aa		44.87	■■■■■ 4.77
TTC3-223	ENST00000492275	BIVM-ERCC5	R4GMW8	1640 aa		44.86	■■■■■ 4.77
TTC3-223	ENST00000492275	TOP2B	Q02880	1626 aa		44.86	■■■■■ 4.77
TTC3-223	ENST00000492275	EIF4G3	O43432	1585 aa	Known RBP	44.79	■■■■■ 4.76
TTC3-223	ENST00000492275	AQR	O60306	1485 aa	Known RBP eCLIP	44.76	■■■■■ 4.76	2e-7	■■■□□ 15.1
TTC3-223	ENST00000492275	TDRD9	Q8NDG6	1382 aa	Known RBP	44.69	■■■■■ 4.75
TTC3-223	ENST00000492275	WDR97	A6NE52	1622 aa		44.68	■■■■■ 4.74
TTC3-223	ENST00000492275	DNAJC5	Q9H3Z4	198 aa		44.65	■■■■■ 4.74
TTC3-223	ENST00000492275	ABCA10	Q8WWZ4	1543 aa		44.6	■■■■■ 4.73
TTC3-223	ENST00000492275	GAPVD1	Q14C86	1478 aa		44.42	■■■■■ 4.7
TTC3-223	ENST00000492275	ABCA5	Q8WWZ7	1642 aa		44.42	■■■■■ 4.7
TTC3-223	ENST00000492275	GRIN2B	Q13224	1484 aa		44.38	■■■■■ 4.69
TTC3-223	ENST00000492275	PBRM1	Q86U86	1689 aa		44.34	■■■■■ 4.69
TTC3-223	ENST00000492275	SNAPC4	Q5SXM2	1469 aa		44.32	■■■■■ 4.69
TTC3-223	ENST00000492275	OSCAR	Q8IYS5	282 aa		44.31	■■■■■ 4.68
TTC3-223	ENST00000492275	CHD1	O14646	1710 aa		44.24	■■■■■ 4.67
TTC3-223	ENST00000492275	MAGI1	Q96QZ7	1491 aa	Predicted RBP	44.24	■■■■■ 4.67
TTC3-223	ENST00000492275	FBLN2	P98095	1184 aa		44.17	■■■■■ 4.66
TTC3-223	ENST00000492275	SYNJ2	O15056	1496 aa		44.08	■■■■■ 4.65
TTC3-223	ENST00000492275	CHMP7	Q8WUX9	453 aa	Predicted RBP	44.06	■■■■■ 4.64
TTC3-223	ENST00000492275	ERICH3	Q5RHP9	1530 aa		44.05	■■■■■ 4.64
TTC3-223	ENST00000492275	TRIM41	Q8WV44	630 aa		44	■■■■■ 4.63
TTC3-223	ENST00000492275	KIF27	Q86VH2	1401 aa		43.99	■■■■■ 4.63
TTC3-223	ENST00000492275	ADAMTS12	P58397	1594 aa		43.97	■■■■■ 4.63
TTC3-223	ENST00000492275	FHAD1	B1AJZ9	1412 aa		43.9	■■■■■ 4.62
TTC3-223	ENST00000492275	IGF1R	P08069	1367 aa		43.86	■■■■■ 4.61
TTC3-223	ENST00000492275	GRIN2A	Q12879	1464 aa		43.82	■■■■■ 4.6
TTC3-223	ENST00000492275	RUSC2	Q8N2Y8	1516 aa		43.74	■■■■■ 4.59
TTC3-223	ENST00000492275	CLASP1	Q7Z460	1538 aa		43.73	■■■■■ 4.59
TTC3-223	ENST00000492275	CUL7	Q14999	1698 aa		43.68	■■■■■ 4.58
TTC3-223	ENST00000492275	NUP160	Q12769	1436 aa		43.64	■■■■■ 4.58
TTC3-223	ENST00000492275	CEP170	Q5SW79	1584 aa		43.63	■■■■■ 4.57
TTC3-223	ENST00000492275	CHIC1	Q5VXU3	224 aa		43.61	■■■■■ 4.57
TTC3-223	ENST00000492275	RIMBP3C	A6NJZ7	1639 aa		43.59	■■■■■ 4.57
TTC3-223	ENST00000492275	RIMBP3B	A6NNM3	1639 aa		43.59	■■■■■ 4.57
TTC3-223	ENST00000492275	RIMBP3	Q9UFD9	1639 aa		43.59	■■■■■ 4.57
TTC3-223	ENST00000492275	ARHGEF11	O15085	1522 aa		43.58	■■■■■ 4.57
TTC3-223	ENST00000492275	CARMIL1	Q5VZK9	1371 aa		43.57	■■■■■ 4.57
TTC3-223	ENST00000492275	RAPGEF2	Q9Y4G8	1499 aa		43.32	■■■■■ 4.52
TTC3-223	ENST00000492275	SHROOM2	Q13796	1616 aa		43.3	■■■■■ 4.52
TTC3-223	ENST00000492275	ARAP1	Q96P48	1450 aa		43.25	■■■■■ 4.51

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