RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000487284.2

CUX1-209, Transcript of cut like homeobox 1, humanhuman

TSL 2

Gene CUX1, Length 1,566 nt, Biotype retained intron, Subcellular localisation Cytoplasm, Cytosol, Exosome, Nucleus .

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RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CUX1-209ENST00000487284 NISCHQ9Y2I1 1504 aa32.89■■■□□ 2.86
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CUX1-209ENST00000487284 RB1CC1Q8TDY2 1594 aa26.95■■□□□ 1.9
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CUX1-209ENST00000487284 UNC13AQ9UPW8 1703 aa26.44■■□□□ 1.82
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CUX1-209ENST00000487284 MROH2BQ7Z745 1585 aa25.39■■□□□ 1.66
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CUX1-209ENST00000487284 CC2D2AQ9P2K1 1620 aa25.15■■□□□ 1.62
CUX1-209ENST00000487284 PEG3Q9GZU2 1588 aa25.13■■□□□ 1.61
CUX1-209ENST00000487284 ATAD2BQ9ULI0 1458 aa25.09■■□□□ 1.61
CUX1-209ENST00000487284 SMARCA2P51531 1590 aa25.08■■□□□ 1.61
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CUX1-209ENST00000487284 LAMC3Q9Y6N6 1575 aa24.22■■□□□ 1.47
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CUX1-209ENST00000487284 ABCC8Q09428 1581 aa23.96■■□□□ 1.43
CUX1-209ENST00000487284 CEP164Q9UPV0 1460 aa23.92■■□□□ 1.42
CUX1-209ENST00000487284 ERCC6Q03468 1493 aa23.86■■□□□ 1.41
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CUX1-209ENST00000487284 CUX1P39880 1505 aa23.78■■□□□ 1.4
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CUX1-209ENST00000487284 BIVM-ERCC5R4GMW8 1640 aa23.73■■□□□ 1.39
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CUX1-209ENST00000487284 WDR62O43379 1518 aa23.66■■□□□ 1.38
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CUX1-209ENST00000487284 WDR97A6NE52 1622 aa23.4■■□□□ 1.34
CUX1-209ENST00000487284 IFT140Q96RY7 1462 aa23.37■■□□□ 1.33
CUX1-209ENST00000487284 ABCA10Q8WWZ4 1543 aa23.37■■□□□ 1.33
CUX1-209ENST00000487284 RUSC2Q8N2Y8 1516 aa23.33■■□□□ 1.33
CUX1-209ENST00000487284 KIF27Q86VH2 1401 aa23.27■■□□□ 1.32
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CUX1-209ENST00000487284 ABCA5Q8WWZ7 1642 aa23.25■■□□□ 1.31
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CUX1-209ENST00000487284 EEA1Q15075 1411 aa23.21■■□□□ 1.31
CUX1-209ENST00000487284 AQRO60306 1485 aaKnown RBP eCLIP23.21■■□□□ 1.31
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CUX1-209ENST00000487284 PBRM1Q86U86 1689 aa23.16■■□□□ 1.3
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CUX1-209ENST00000487284 GRIN2BQ13224 1484 aa23.09■■□□□ 1.29
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CUX1-209ENST00000487284 CHD1O14646 1710 aa22.82■■□□□ 1.24
CUX1-209ENST00000487284 GRIN2AQ12879 1464 aa22.82■■□□□ 1.24
CUX1-209ENST00000487284 FBLN2P98095 1184 aa22.8■■□□□ 1.24
CUX1-209ENST00000487284 CHMP7Q8WUX9 453 aaPredicted RBP22.8■■□□□ 1.24
CUX1-209ENST00000487284 UBTFP17480 764 aaKnown RBP22.77■■□□□ 1.24
CUX1-209ENST00000487284 TNIKQ9UKE5 1360 aa22.77■■□□□ 1.24
CUX1-209ENST00000487284 CTTNBP2Q8WZ74 1663 aa22.73■■□□□ 1.23
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