RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000487284.2

CUX1-209, Transcript of cut like homeobox 1, humanhuman

TSL 2

Gene CUX1, Length 1,566 nt, Biotype retained intron, Subcellular localisation Cytoplasm, Cytosol, Exosome, Nucleus .

Download Table  
RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CUX1-209ENST00000487284 NISCHQ9Y2I1 1504 aa32.89■■■□□ 2.86
CUX1-209ENST00000487284 CCDC180Q9P1Z9 1646 aa28.96■■■□□ 2.23
CUX1-209ENST00000487284 ABCC9O60706 1549 aa27.78■■■□□ 2.04
CUX1-209ENST00000487284 ZCCHC6Q5VYS8 1495 aaKnown RBP27.55■■■□□ 2
CUX1-209ENST00000487284 DCAF8L2P0C7V8 631 aa27.26■■□□□ 1.95
CUX1-209ENST00000487284 DCAF1Q9Y4B6 1507 aa27.21■■□□□ 1.95
CUX1-209ENST00000487284 MYO15BQ96JP2 1530 aa27.07■■□□□ 1.92
CUX1-209ENST00000487284 NACADO15069 1562 aa27.06■■□□□ 1.92
CUX1-209ENST00000487284 RB1CC1Q8TDY2 1594 aa26.95■■□□□ 1.9
CUX1-209ENST00000487284 SCRIBQ14160 1630 aa26.54■■□□□ 1.84
CUX1-209ENST00000487284 SHROOM4Q9ULL8 1493 aa26.44■■□□□ 1.82
CUX1-209ENST00000487284 UNC13AQ9UPW8 1703 aa26.44■■□□□ 1.82
CUX1-209ENST00000487284 BICRAQ9NZM4 1560 aa26.16■■□□□ 1.78
CUX1-209ENST00000487284 PABPN1Q86U42 306 aaKnown RBP eCLIP26.06■■□□□ 1.76
CUX1-209ENST00000487284 CECR2Q9BXF3 1484 aa25.59■■□□□ 1.69
CUX1-209ENST00000487284 BAZ1AQ9NRL2 1556 aaPredicted RBP25.45■■□□□ 1.66
CUX1-209ENST00000487284 SMARCA4P51532 1647 aa25.41■■□□□ 1.66
CUX1-209ENST00000487284 EIF4G1Q04637 1599 aaKnown RBP25.41■■□□□ 1.66
CUX1-209ENST00000487284 MROH2BQ7Z745 1585 aa25.39■■□□□ 1.66
CUX1-209ENST00000487284 RSF1Q96T23 1441 aaPredicted RBP25.31■■□□□ 1.64
CUX1-209ENST00000487284 WIZO95785 1651 aa25.18■■□□□ 1.62
CUX1-209ENST00000487284 SUPT5HO00267 1087 aaKnown RBP25.17■■□□□ 1.62
CUX1-209ENST00000487284 CC2D2AQ9P2K1 1620 aa25.15■■□□□ 1.62
CUX1-209ENST00000487284 PEG3Q9GZU2 1588 aa25.13■■□□□ 1.61
CUX1-209ENST00000487284 ATAD2BQ9ULI0 1458 aa25.09■■□□□ 1.61
CUX1-209ENST00000487284 SMARCA2P51531 1590 aa25.08■■□□□ 1.61
CUX1-209ENST00000487284 NCAPD3P42695 1498 aa24.95■■□□□ 1.59
CUX1-209ENST00000487284 BAZ1BQ9UIG0 1483 aaKnown RBP24.93■■□□□ 1.58
CUX1-209ENST00000487284 DNAJC5BQ9UF47 199 aa24.93■■□□□ 1.58
CUX1-209ENST00000487284 HMGXB3Q12766 1538 aa24.91■■□□□ 1.58
CUX1-209ENST00000487284 TOP2AP11388 1531 aaKnown RBP24.9■■□□□ 1.58
CUX1-209ENST00000487284 CCDC88BA6NC98 1476 aa24.61■■□□□ 1.53
CUX1-209ENST00000487284 CADPSQ9ULU8 1353 aa24.27■■□□□ 1.48
CUX1-209ENST00000487284 CFTRP13569 1480 aa24.27■■□□□ 1.48
CUX1-209ENST00000487284 NESP48681 1621 aa24.24■■□□□ 1.47
CUX1-209ENST00000487284 LAMC3Q9Y6N6 1575 aa24.22■■□□□ 1.47
CUX1-209ENST00000487284 PRDM2Q13029 1718 aa24.19■■□□□ 1.46
CUX1-209ENST00000487284 CHIC1Q5VXU3 224 aa24.13■■□□□ 1.45
CUX1-209ENST00000487284 FANCD2Q9BXW9 1451 aa24.02■■□□□ 1.44
CUX1-209ENST00000487284 PDS5BQ9NTI5 1447 aa24■■□□□ 1.43
CUX1-209ENST00000487284 KIF21AQ7Z4S6 1674 aa24■■□□□ 1.43
CUX1-209ENST00000487284 ABCC8Q09428 1581 aa23.96■■□□□ 1.43
CUX1-209ENST00000487284 CEP164Q9UPV0 1460 aa23.92■■□□□ 1.42
CUX1-209ENST00000487284 ERCC6Q03468 1493 aa23.86■■□□□ 1.41
CUX1-209ENST00000487284 WRNQ14191 1432 aaPredicted RBP eCLIP23.84■■□□□ 1.41
CUX1-209ENST00000487284 SYNJ1O43426 1573 aa23.8■■□□□ 1.4
CUX1-209ENST00000487284 CUX1P39880 1505 aa23.78■■□□□ 1.4
CUX1-209ENST00000487284 URB2Q14146 1524 aaKnown RBP23.76■■□□□ 1.39
CUX1-209ENST00000487284 MRC2Q9UBG0 1479 aa23.75■■□□□ 1.39
CUX1-209ENST00000487284 DNMBPQ6XZF7 1577 aa23.74■■□□□ 1.39
CUX1-209ENST00000487284 TOP2BQ02880 1626 aa23.73■■□□□ 1.39
CUX1-209ENST00000487284 BIVM-ERCC5R4GMW8 1640 aa23.73■■□□□ 1.39
CUX1-209ENST00000487284 THOC2Q8NI27 1593 aaKnown RBP23.73■■□□□ 1.39
CUX1-209ENST00000487284 TOPBP1Q92547 1522 aa23.71■■□□□ 1.39
CUX1-209ENST00000487284 TRIM41Q8WV44 630 aa23.7■■□□□ 1.38
CUX1-209ENST00000487284 WDR62O43379 1518 aa23.66■■□□□ 1.38
CUX1-209ENST00000487284 FGD5Q6ZNL6 1462 aa23.6■■□□□ 1.37
CUX1-209ENST00000487284 POLA1P09884 1462 aaPredicted RBP23.56■■□□□ 1.36
CUX1-209ENST00000487284 CUX2O14529 1486 aa23.46■■□□□ 1.35
CUX1-209ENST00000487284 RAD54L2Q9Y4B4 1467 aa23.46■■□□□ 1.35
CUX1-209ENST00000487284 SOGA1O94964 1423 aa23.44■■□□□ 1.34
CUX1-209ENST00000487284 TARBP1Q13395 1621 aaKnown RBP23.42■■□□□ 1.34
CUX1-209ENST00000487284 WDR97A6NE52 1622 aa23.4■■□□□ 1.34
CUX1-209ENST00000487284 IFT140Q96RY7 1462 aa23.37■■□□□ 1.33
CUX1-209ENST00000487284 ABCA10Q8WWZ4 1543 aa23.37■■□□□ 1.33
CUX1-209ENST00000487284 RUSC2Q8N2Y8 1516 aa23.33■■□□□ 1.33
CUX1-209ENST00000487284 KIF27Q86VH2 1401 aa23.27■■□□□ 1.32
CUX1-209ENST00000487284 ZNF608Q9ULD9 1512 aaPredicted RBP23.27■■□□□ 1.32
CUX1-209ENST00000487284 TDRD9Q8NDG6 1382 aaKnown RBP23.26■■□□□ 1.31
CUX1-209ENST00000487284 FAM9AQ8IZU1 332 aaPredicted RBP23.26■■□□□ 1.31
CUX1-209ENST00000487284 ABCA5Q8WWZ7 1642 aa23.25■■□□□ 1.31
CUX1-209ENST00000487284 EIF4G3O43432 1585 aaKnown RBP23.22■■□□□ 1.31
CUX1-209ENST00000487284 EEA1Q15075 1411 aa23.21■■□□□ 1.31
CUX1-209ENST00000487284 AQRO60306 1485 aaKnown RBP eCLIP23.21■■□□□ 1.31
CUX1-209ENST00000487284 GAPVD1Q14C86 1478 aa23.2■■□□□ 1.3
CUX1-209ENST00000487284 PBRM1Q86U86 1689 aa23.16■■□□□ 1.3
CUX1-209ENST00000487284 LOC105371045A0A1W2PR82 267 aa23.15■■□□□ 1.3
CUX1-209ENST00000487284 CSRNP3Q8WYN3 585 aa23.12■■□□□ 1.29
CUX1-209ENST00000487284 IGF1RP08069 1367 aa23.11■■□□□ 1.29
CUX1-209ENST00000487284 ERICH3Q5RHP9 1530 aa23.1■■□□□ 1.29
CUX1-209ENST00000487284 GRIN2BQ13224 1484 aa23.09■■□□□ 1.29
CUX1-209ENST00000487284 CUL7Q14999 1698 aa23.03■■□□□ 1.28
CUX1-209ENST00000487284 SNAPC4Q5SXM2 1469 aa23.01■■□□□ 1.27
CUX1-209ENST00000487284 PRXQ9BXM0 1461 aa23■■□□□ 1.27
CUX1-209ENST00000487284 ADAMTS12P58397 1594 aa22.99■■□□□ 1.27
CUX1-209ENST00000487284 KIF21BO75037 1637 aa22.99■■□□□ 1.27
CUX1-209ENST00000487284 CARMIL1Q5VZK9 1371 aa22.98■■□□□ 1.27
CUX1-209ENST00000487284 MAGI1Q96QZ7 1491 aaPredicted RBP22.96■■□□□ 1.27
CUX1-209ENST00000487284 EHMT2Q96KQ7 1210 aa22.94■■□□□ 1.26
CUX1-209ENST00000487284 RAPGEF2Q9Y4G8 1499 aa22.93■■□□□ 1.26
CUX1-209ENST00000487284 FHAD1B1AJZ9 1412 aa22.92■■□□□ 1.26
CUX1-209ENST00000487284 GOLGA3Q08378 1498 aa22.89■■□□□ 1.25
CUX1-209ENST00000487284 SYNJ2O15056 1496 aa22.88■■□□□ 1.25
CUX1-209ENST00000487284 CHD1O14646 1710 aa22.82■■□□□ 1.24
CUX1-209ENST00000487284 GRIN2AQ12879 1464 aa22.82■■□□□ 1.24
CUX1-209ENST00000487284 FBLN2P98095 1184 aa22.8■■□□□ 1.24
CUX1-209ENST00000487284 CHMP7Q8WUX9 453 aaPredicted RBP22.8■■□□□ 1.24
CUX1-209ENST00000487284 UBTFP17480 764 aaKnown RBP22.77■■□□□ 1.24
CUX1-209ENST00000487284 TNIKQ9UKE5 1360 aa22.77■■□□□ 1.24
CUX1-209ENST00000487284 CTTNBP2Q8WZ74 1663 aa22.73■■□□□ 1.23
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 35.2 ms