RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000460912.6

SYNE1-215, Transcript of spectrin repeat containing nuclear envelope protein 1, human

TSL 1 (best)

Gene SYNE1, Length 3,664 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Nucleus .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
SYNE1-215	ENST00000460912	NISCH	Q9Y2I1	1504 aa		20.23	■□□□□ 0.83
SYNE1-215	ENST00000460912	CCDC180	Q9P1Z9	1646 aa		18.07	■□□□□ 0.48
SYNE1-215	ENST00000460912	ZCCHC6	Q5VYS8	1495 aa	Known RBP	17.06	■□□□□ 0.32
SYNE1-215	ENST00000460912	DCAF1	Q9Y4B6	1507 aa		17	■□□□□ 0.31
SYNE1-215	ENST00000460912	MYO15B	Q96JP2	1530 aa		16.91	■□□□□ 0.3
SYNE1-215	ENST00000460912	NACAD	O15069	1562 aa		16.61	■□□□□ 0.25
SYNE1-215	ENST00000460912	UNC13A	Q9UPW8	1703 aa		16.55	■□□□□ 0.24
SYNE1-215	ENST00000460912	ABCC9	O60706	1549 aa		16.52	■□□□□ 0.23
SYNE1-215	ENST00000460912	RB1CC1	Q8TDY2	1594 aa		16.42	■□□□□ 0.22
SYNE1-215	ENST00000460912	BICRA	Q9NZM4	1560 aa		16.2	■□□□□ 0.18
SYNE1-215	ENST00000460912	SCRIB	Q14160	1630 aa		16.12	■□□□□ 0.17
SYNE1-215	ENST00000460912	SHROOM4	Q9ULL8	1493 aa		16.02	■□□□□ 0.15
SYNE1-215	ENST00000460912	PEG3	Q9GZU2	1588 aa		15.73	■□□□□ 0.11
SYNE1-215	ENST00000460912	SMARCA4	P51532	1647 aa		15.67	■□□□□ 0.1
SYNE1-215	ENST00000460912	DCAF8L2	P0C7V8	631 aa		15.6	■□□□□ 0.09
SYNE1-215	ENST00000460912	CECR2	Q9BXF3	1484 aa		15.59	■□□□□ 0.09
SYNE1-215	ENST00000460912	BAZ1A	Q9NRL2	1556 aa	Predicted RBP	15.58	■□□□□ 0.09
SYNE1-215	ENST00000460912	MROH2B	Q7Z745	1585 aa		15.57	■□□□□ 0.08
SYNE1-215	ENST00000460912	EIF4G1	Q04637	1599 aa	Known RBP	15.5	■□□□□ 0.07
SYNE1-215	ENST00000460912	WIZ	O95785	1651 aa		15.5	■□□□□ 0.07
SYNE1-215	ENST00000460912	RSF1	Q96T23	1441 aa	Predicted RBP	15.49	■□□□□ 0.07
SYNE1-215	ENST00000460912	HMGXB3	Q12766	1538 aa		15.37	■□□□□ 0.05
SYNE1-215	ENST00000460912	TOP2A	P11388	1531 aa	Known RBP	15.36	■□□□□ 0.05
SYNE1-215	ENST00000460912	SMARCA2	P51531	1590 aa		15.35	■□□□□ 0.05
SYNE1-215	ENST00000460912	CC2D2A	Q9P2K1	1620 aa		15.31	■□□□□ 0.04
SYNE1-215	ENST00000460912	ATAD2B	Q9ULI0	1458 aa		15.3	■□□□□ 0.04
SYNE1-215	ENST00000460912	PABPN1	Q86U42	306 aa	Known RBP eCLIP	15.29	■□□□□ 0.04
SYNE1-215	ENST00000460912	NCAPD3	P42695	1498 aa		15.26	■□□□□ 0.03
SYNE1-215	ENST00000460912	PRDM2	Q13029	1718 aa		15.24	■□□□□ 0.03
SYNE1-215	ENST00000460912	SUPT5H	O00267	1087 aa	Known RBP	15.22	■□□□□ 0.03
SYNE1-215	ENST00000460912	CHIC1	Q5VXU3	224 aa		15.18	■□□□□ 0.02
SYNE1-215	ENST00000460912	CCDC88B	A6NC98	1476 aa		15.04	■□□□□ -0
SYNE1-215	ENST00000460912	BAZ1B	Q9UIG0	1483 aa	Known RBP	15.04	■□□□□ -0
SYNE1-215	ENST00000460912	CFTR	P13569	1480 aa		14.86	□□□□□ -0.03
SYNE1-215	ENST00000460912	LAMC3	Q9Y6N6	1575 aa		14.83	□□□□□ -0.04
SYNE1-215	ENST00000460912	BIVM-ERCC5	R4GMW8	1640 aa		14.82	□□□□□ -0.04
SYNE1-215	ENST00000460912	DNAJC5B	Q9UF47	199 aa		14.79	□□□□□ -0.04
SYNE1-215	ENST00000460912	KIF21A	Q7Z4S6	1674 aa		14.76	□□□□□ -0.05
SYNE1-215	ENST00000460912	WDR97	A6NE52	1622 aa		14.7	□□□□□ -0.06
SYNE1-215	ENST00000460912	TOP2B	Q02880	1626 aa		14.69	□□□□□ -0.06
SYNE1-215	ENST00000460912	SYNJ1	O43426	1573 aa		14.67	□□□□□ -0.06
SYNE1-215	ENST00000460912	THOC2	Q8NI27	1593 aa	Known RBP	14.65	□□□□□ -0.06
SYNE1-215	ENST00000460912	CADPS	Q9ULU8	1353 aa		14.64	□□□□□ -0.07
SYNE1-215	ENST00000460912	NES	P48681	1621 aa		14.61	□□□□□ -0.07
SYNE1-215	ENST00000460912	CUX1	P39880	1505 aa		14.61	□□□□□ -0.07
SYNE1-215	ENST00000460912	ABCC8	Q09428	1581 aa		14.61	□□□□□ -0.07
SYNE1-215	ENST00000460912	DNMBP	Q6XZF7	1577 aa		14.55	□□□□□ -0.08
SYNE1-215	ENST00000460912	WDR62	O43379	1518 aa		14.55	□□□□□ -0.08
SYNE1-215	ENST00000460912	TARBP1	Q13395	1621 aa	Known RBP	14.51	□□□□□ -0.09
SYNE1-215	ENST00000460912	LOC105371045	A0A1W2PR82	267 aa		14.51	□□□□□ -0.09
SYNE1-215	ENST00000460912	URB2	Q14146	1524 aa	Known RBP	14.5	□□□□□ -0.09
SYNE1-215	ENST00000460912	FANCD2	Q9BXW9	1451 aa		14.5	□□□□□ -0.09
SYNE1-215	ENST00000460912	HRC	P23327	699 aa		14.49	□□□□□ -0.09
SYNE1-215	ENST00000460912	TOPBP1	Q92547	1522 aa		14.44	□□□□□ -0.1
SYNE1-215	ENST00000460912	ABCA5	Q8WWZ7	1642 aa		14.44	□□□□□ -0.1
SYNE1-215	ENST00000460912	WRN	Q14191	1432 aa	Predicted RBP eCLIP	14.41	□□□□□ -0.1
SYNE1-215	ENST00000460912	CEP164	Q9UPV0	1460 aa		14.4	□□□□□ -0.1
SYNE1-215	ENST00000460912	MRC2	Q9UBG0	1479 aa		14.37	□□□□□ -0.11
SYNE1-215	ENST00000460912	PDS5B	Q9NTI5	1447 aa		14.37	□□□□□ -0.11
SYNE1-215	ENST00000460912	CUX2	O14529	1486 aa		14.34	□□□□□ -0.11
SYNE1-215	ENST00000460912	PBRM1	Q86U86	1689 aa		14.34	□□□□□ -0.11
SYNE1-215	ENST00000460912	ABCA10	Q8WWZ4	1543 aa		14.33	□□□□□ -0.12
SYNE1-215	ENST00000460912	POLA1	P09884	1462 aa	Predicted RBP	14.32	□□□□□ -0.12
SYNE1-215	ENST00000460912	TRIM41	Q8WV44	630 aa		14.31	□□□□□ -0.12
SYNE1-215	ENST00000460912	FGD5	Q6ZNL6	1462 aa		14.31	□□□□□ -0.12
SYNE1-215	ENST00000460912	KIF21B	O75037	1637 aa		14.3	□□□□□ -0.12
SYNE1-215	ENST00000460912	PCGF6	Q9BYE7	350 aa		14.25	□□□□□ -0.13
SYNE1-215	ENST00000460912	RUSC2	Q8N2Y8	1516 aa		14.24	□□□□□ -0.13
SYNE1-215	ENST00000460912	TRIM26	Q12899	539 aa	Predicted RBP	14.23	□□□□□ -0.13
SYNE1-215	ENST00000460912	CUL7	Q14999	1698 aa		14.22	□□□□□ -0.13
SYNE1-215	ENST00000460912	EEA1	Q15075	1411 aa		14.21	□□□□□ -0.13
SYNE1-215	ENST00000460912	EIF4G3	O43432	1585 aa	Known RBP	14.21	□□□□□ -0.14
SYNE1-215	ENST00000460912	ERICH3	Q5RHP9	1530 aa		14.19	□□□□□ -0.14
SYNE1-215	ENST00000460912	SOGA1	O94964	1423 aa		14.19	□□□□□ -0.14
SYNE1-215	ENST00000460912	PRX	Q9BXM0	1461 aa		14.17	□□□□□ -0.14
SYNE1-215	ENST00000460912	IFT140	Q96RY7	1462 aa		14.16	□□□□□ -0.14
SYNE1-215	ENST00000460912	ADAMTS12	P58397	1594 aa		14.15	□□□□□ -0.14
SYNE1-215	ENST00000460912	RAD54L2	Q9Y4B4	1467 aa		14.15	□□□□□ -0.14
SYNE1-215	ENST00000460912	CTTNBP2	Q8WZ74	1663 aa		14.12	□□□□□ -0.15
SYNE1-215	ENST00000460912	TNIK	Q9UKE5	1360 aa		14.11	□□□□□ -0.15
SYNE1-215	ENST00000460912	ZNF608	Q9ULD9	1512 aa	Predicted RBP	14.06	□□□□□ -0.16
SYNE1-215	ENST00000460912	CEP162	Q5TB80	1403 aa		14.06	□□□□□ -0.16
SYNE1-215	ENST00000460912	ERCC6	Q03468	1493 aa		14.03	□□□□□ -0.16
SYNE1-215	ENST00000460912	IGF1R	P08069	1367 aa		14.03	□□□□□ -0.16
SYNE1-215	ENST00000460912	GOLGA3	Q08378	1498 aa		14.03	□□□□□ -0.16
SYNE1-215	ENST00000460912	PPARGC1B	Q86YN6	1023 aa	Known RBP	14.02	□□□□□ -0.17
SYNE1-215	ENST00000460912	KIF27	Q86VH2	1401 aa		14.01	□□□□□ -0.17
SYNE1-215	ENST00000460912	GAPVD1	Q14C86	1478 aa		14	□□□□□ -0.17
SYNE1-215	ENST00000460912	CHD1	O14646	1710 aa		14	□□□□□ -0.17
SYNE1-215	ENST00000460912	SHROOM2	Q13796	1616 aa		13.98	□□□□□ -0.17
SYNE1-215	ENST00000460912	SAMD9	Q5K651	1589 aa		13.98	□□□□□ -0.17
SYNE1-215	ENST00000460912	RAPGEF2	Q9Y4G8	1499 aa		13.96	□□□□□ -0.17
SYNE1-215	ENST00000460912	MAGI1	Q96QZ7	1491 aa	Predicted RBP	13.96	□□□□□ -0.18
SYNE1-215	ENST00000460912	GRIN2B	Q13224	1484 aa		13.95	□□□□□ -0.18
SYNE1-215	ENST00000460912	FAM9A	Q8IZU1	332 aa	Predicted RBP	13.95	□□□□□ -0.18
SYNE1-215	ENST00000460912	CEP170	Q5SW79	1584 aa		13.94	□□□□□ -0.18
SYNE1-215	ENST00000460912	LRRIQ1	Q96JM4	1722 aa		13.9	□□□□□ -0.18
SYNE1-215	ENST00000460912	AQR	O60306	1485 aa	Known RBP eCLIP	13.9	□□□□□ -0.18
SYNE1-215	ENST00000460912	CSRNP3	Q8WYN3	585 aa		13.9	□□□□□ -0.18
SYNE1-215	ENST00000460912	CLASP1	Q7Z460	1538 aa		13.9	□□□□□ -0.18

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