RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000271628.8

SF3B4-201, Transcript of splicing factor 3b subunit 4, humanhuman

APPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC

Gene SF3B4, Length 2,085 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Cytosol .

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RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SF3B4-201ENST00000271628 NISCHQ9Y2I1 1504 aa33.88■■■■□ 3.01
SF3B4-201ENST00000271628 CCDC180Q9P1Z9 1646 aa29.4■■■□□ 2.3
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SF3B4-201ENST00000271628 DCAF1Q9Y4B6 1507 aa28.03■■■□□ 2.08
SF3B4-201ENST00000271628 DCAF8L2P0C7V8 631 aa27.95■■■□□ 2.06
SF3B4-201ENST00000271628 SHROOM4Q9ULL8 1493 aa27.82■■■□□ 2.04
SF3B4-201ENST00000271628 MYO15BQ96JP2 1530 aa27.61■■■□□ 2.01
SF3B4-201ENST00000271628 ABCC9O60706 1549 aa27.53■■■□□ 2
SF3B4-201ENST00000271628 NACADO15069 1562 aa27.34■■□□□ 1.97
SF3B4-201ENST00000271628 SCRIBQ14160 1630 aa27.06■■□□□ 1.92
SF3B4-201ENST00000271628 RB1CC1Q8TDY2 1594 aa27.04■■□□□ 1.92
SF3B4-201ENST00000271628 SUPT5HO00267 1087 aaKnown RBP26.96■■□□□ 1.91
SF3B4-201ENST00000271628 UNC13AQ9UPW8 1703 aa26.46■■□□□ 1.83
SF3B4-201ENST00000271628 RSF1Q96T23 1441 aaPredicted RBP26.39■■□□□ 1.82
SF3B4-201ENST00000271628 CECR2Q9BXF3 1484 aa26.27■■□□□ 1.8
SF3B4-201ENST00000271628 MROH2BQ7Z745 1585 aa26.16■■□□□ 1.78
SF3B4-201ENST00000271628 BICRAQ9NZM4 1560 aa26.16■■□□□ 1.78
SF3B4-201ENST00000271628 BAZ1AQ9NRL2 1556 aaPredicted RBP26.16■■□□□ 1.78
SF3B4-201ENST00000271628 PABPN1Q86U42 306 aaKnown RBP eCLIP26.04■■□□□ 1.76
SF3B4-201ENST00000271628 SMARCA4P51532 1647 aa25.97■■□□□ 1.75
SF3B4-201ENST00000271628 WIZO95785 1651 aa25.97■■□□□ 1.75
SF3B4-201ENST00000271628 CHIC1Q5VXU3 224 aa25.95■■□□□ 1.75
SF3B4-201ENST00000271628 TOP2AP11388 1531 aaKnown RBP25.71■■□□□ 1.71
SF3B4-201ENST00000271628 PEG3Q9GZU2 1588 aa25.66■■□□□ 1.7
SF3B4-201ENST00000271628 SMARCA2P51531 1590 aa25.5■■□□□ 1.67
SF3B4-201ENST00000271628 ATAD2BQ9ULI0 1458 aa25.48■■□□□ 1.67
SF3B4-201ENST00000271628 CCDC88BA6NC98 1476 aa25.47■■□□□ 1.67
SF3B4-201ENST00000271628 EIF4G1Q04637 1599 aaKnown RBP25.38■■□□□ 1.65
SF3B4-201ENST00000271628 BAZ1BQ9UIG0 1483 aaKnown RBP25.37■■□□□ 1.65
SF3B4-201ENST00000271628 TRIM41Q8WV44 630 aa25.36■■□□□ 1.65
SF3B4-201ENST00000271628 NCAPD3P42695 1498 aa25.23■■□□□ 1.63
SF3B4-201ENST00000271628 HMGXB3Q12766 1538 aa25.21■■□□□ 1.63
SF3B4-201ENST00000271628 ABCC8Q09428 1581 aa25■■□□□ 1.59
SF3B4-201ENST00000271628 LOC105371045A0A1W2PR82 267 aa24.97■■□□□ 1.59
SF3B4-201ENST00000271628 CC2D2AQ9P2K1 1620 aa24.93■■□□□ 1.58
SF3B4-201ENST00000271628 FAM9AQ8IZU1 332 aaPredicted RBP24.86■■□□□ 1.57
SF3B4-201ENST00000271628 WRNQ14191 1432 aaPredicted RBP eCLIP24.86■■□□□ 1.57
SF3B4-201ENST00000271628 CFTRP13569 1480 aa24.75■■□□□ 1.55
SF3B4-201ENST00000271628 SYNJ1O43426 1573 aa24.69■■□□□ 1.54
SF3B4-201ENST00000271628 EEA1Q15075 1411 aa24.69■■□□□ 1.54
SF3B4-201ENST00000271628 PRDM2Q13029 1718 aa24.62■■□□□ 1.53
SF3B4-201ENST00000271628 CADPSQ9ULU8 1353 aa24.62■■□□□ 1.53
SF3B4-201ENST00000271628 SOGA1O94964 1423 aa24.61■■□□□ 1.53
SF3B4-201ENST00000271628 TOP2BQ02880 1626 aa24.61■■□□□ 1.53
SF3B4-201ENST00000271628 BIVM-ERCC5R4GMW8 1640 aa24.56■■□□□ 1.52
SF3B4-201ENST00000271628 CSRNP3Q8WYN3 585 aa24.52■■□□□ 1.52
SF3B4-201ENST00000271628 RUSC2Q8N2Y8 1516 aa24.48■■□□□ 1.51
SF3B4-201ENST00000271628 EHMT2Q96KQ7 1210 aa24.47■■□□□ 1.51
SF3B4-201ENST00000271628 CUX1P39880 1505 aa24.44■■□□□ 1.5
SF3B4-201ENST00000271628 LAMC3Q9Y6N6 1575 aa24.34■■□□□ 1.49
SF3B4-201ENST00000271628 GOLGA3Q08378 1498 aa24.33■■□□□ 1.48
SF3B4-201ENST00000271628 FANCD2Q9BXW9 1451 aa24.33■■□□□ 1.48
SF3B4-201ENST00000271628 TNIKQ9UKE5 1360 aa24.32■■□□□ 1.48
SF3B4-201ENST00000271628 CEP164Q9UPV0 1460 aa24.31■■□□□ 1.48
SF3B4-201ENST00000271628 KIF21BO75037 1637 aa24.3■■□□□ 1.48
SF3B4-201ENST00000271628 NESP48681 1621 aa24.25■■□□□ 1.47
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SF3B4-201ENST00000271628 KIF27Q86VH2 1401 aa24.22■■□□□ 1.47
SF3B4-201ENST00000271628 CEP162Q5TB80 1403 aa24.18■■□□□ 1.46
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SF3B4-201ENST00000271628 DNAJC5BQ9UF47 199 aa24.17■■□□□ 1.46
SF3B4-201ENST00000271628 PDS5BQ9NTI5 1447 aa24.16■■□□□ 1.46
SF3B4-201ENST00000271628 DNMBPQ6XZF7 1577 aa24.15■■□□□ 1.46
SF3B4-201ENST00000271628 PCGF6Q9BYE7 350 aa24.15■■□□□ 1.46
SF3B4-201ENST00000271628 FGD5Q6ZNL6 1462 aa24.15■■□□□ 1.46
SF3B4-201ENST00000271628 TRIM26Q12899 539 aaPredicted RBP24.12■■□□□ 1.45
SF3B4-201ENST00000271628 ERICH3Q5RHP9 1530 aa24.1■■□□□ 1.45
SF3B4-201ENST00000271628 PRXQ9BXM0 1461 aa24.1■■□□□ 1.45
SF3B4-201ENST00000271628 RAPGEF2Q9Y4G8 1499 aa24.1■■□□□ 1.45
SF3B4-201ENST00000271628 TOPBP1Q92547 1522 aa24.08■■□□□ 1.45
SF3B4-201ENST00000271628 CUX2O14529 1486 aa24.06■■□□□ 1.44
SF3B4-201ENST00000271628 POLA1P09884 1462 aaPredicted RBP23.99■■□□□ 1.43
SF3B4-201ENST00000271628 URB2Q14146 1524 aaKnown RBP23.98■■□□□ 1.43
SF3B4-201ENST00000271628 KIF21AQ7Z4S6 1674 aa23.97■■□□□ 1.43
SF3B4-201ENST00000271628 ABCA10Q8WWZ4 1543 aa23.96■■□□□ 1.43
SF3B4-201ENST00000271628 IGF1RP08069 1367 aa23.95■■□□□ 1.43
SF3B4-201ENST00000271628 CLIP1P30622 1438 aa23.94■■□□□ 1.42
SF3B4-201ENST00000271628 RAD54L2Q9Y4B4 1467 aa23.9■■□□□ 1.42
SF3B4-201ENST00000271628 CARMIL1Q5VZK9 1371 aa23.85■■□□□ 1.41
SF3B4-201ENST00000271628 WDR97A6NE52 1622 aa23.81■■□□□ 1.4
SF3B4-201ENST00000271628 MRC2Q9UBG0 1479 aa23.78■■□□□ 1.4
SF3B4-201ENST00000271628 VPS8Q8N3P4 1428 aa23.78■■□□□ 1.4
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SF3B4-201ENST00000271628 RANGAP1P46060 587 aaPredicted RBP23.71■■□□□ 1.39
SF3B4-201ENST00000271628 ABCA5Q8WWZ7 1642 aa23.71■■□□□ 1.39
SF3B4-201ENST00000271628 TARBP1Q13395 1621 aaKnown RBP23.7■■□□□ 1.38
SF3B4-201ENST00000271628 GAPVD1Q14C86 1478 aa23.68■■□□□ 1.38
SF3B4-201ENST00000271628 TDRD9Q8NDG6 1382 aaKnown RBP23.67■■□□□ 1.38
SF3B4-201ENST00000271628 WDR62O43379 1518 aa23.64■■□□□ 1.38
SF3B4-201ENST00000271628 ARAP1Q96P48 1450 aa23.64■■□□□ 1.37
SF3B4-201ENST00000271628 APLP2Q06481 763 aa23.63■■□□□ 1.37
SF3B4-201ENST00000271628 ERCC6Q03468 1493 aa23.61■■□□□ 1.37
SF3B4-201ENST00000271628 ARHGAP35Q9NRY4 1499 aa23.59■■□□□ 1.37
SF3B4-201ENST00000271628 IFT140Q96RY7 1462 aa23.56■■□□□ 1.36
SF3B4-201ENST00000271628 CTTNBP2Q8WZ74 1663 aa23.51■■□□□ 1.35
SF3B4-201ENST00000271628 PBRM1Q86U86 1689 aa23.5■■□□□ 1.35
SF3B4-201ENST00000271628 TTBK1Q5TCY1 1321 aaPredicted RBP23.49■■□□□ 1.35
SF3B4-201ENST00000271628 THOC2Q8NI27 1593 aaKnown RBP23.48■■□□□ 1.35
SF3B4-201ENST00000271628 AQRO60306 1485 aaKnown RBP eCLIP23.47■■□□□ 1.355e-7■■■■□ 19.9
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