Protein–RNA interactions for Protein: P78396

CCNA1, Cyclin-A1, humanhuman

Predictions only

Length 465 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCNA1P78396 FBLL1-201ENST00000338333 1519 ntAPPRIS P1 BASIC39.88■■■■□ 3.97
CCNA1P78396 SSSCA1-205ENST00000527920 806 ntTSL 3 BASIC39.42■■■■□ 3.9
CCNA1P78396 PPP1CA-203ENST00000376745 1476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38.86■■■■□ 3.81
CCNA1P78396 HRAS-203ENST00000397596 1100 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC38.82■■■■□ 3.8
CCNA1P78396 AES-202ENST00000327141 1608 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38.57■■■■□ 3.77
CCNA1P78396 CSNK1E-204ENST00000403904 1580 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC38.38■■■■□ 3.73
CCNA1P78396 TCF15-201ENST00000246080 1555 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38.32■■■■□ 3.73
CCNA1P78396 AL356512.1-201ENST00000607453 1739 ntBASIC38.09■■■■□ 3.69
CCNA1P78396 ANKRD60-201ENST00000457363 1038 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC37.77■■■■□ 3.64
CCNA1P78396 PPP2CB-204ENST00000518564 691 ntTSL 3 BASIC37.61■■■■□ 3.61
CCNA1P78396 OLFM1-208ENST00000392991 1057 ntTSL 2 BASIC37.43■■■■□ 3.58
CCNA1P78396 TAF5L-202ENST00000366674 492 ntTSL 3 BASIC37.39■■■■□ 3.58
CCNA1P78396 CACNG8-202ENST00000638874 1278 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC37.32■■■■□ 3.56
CCNA1P78396 ZFYVE21-201ENST00000216602 1521 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC37.23■■■■□ 3.55
CCNA1P78396 CDV3-203ENST00000431519 955 ntTSL 1 (best) BASIC37.21■■■■□ 3.55
CCNA1P78396 PHF10-201ENST00000339209 1719 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC37.2■■■■□ 3.55
CCNA1P78396 MPND-201ENST00000262966 1567 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC37.01■■■■□ 3.52
CCNA1P78396 GALR3-201ENST00000249041 1157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.93■■■■□ 3.5
CCNA1P78396 HES6-203ENST00000409160 1600 ntTSL 2 BASIC36.84■■■■□ 3.49
CCNA1P78396 ALYREF-202ENST00000505490 1088 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.66■■■■□ 3.46
CCNA1P78396 CMTM4-202ENST00000394106 1187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.54■■■■□ 3.44
CCNA1P78396 CMTM4-204ENST00000563952 1023 ntTSL 1 (best) BASIC36.54■■■■□ 3.44
CCNA1P78396 PRR5-217ENST00000617066 1726 ntTSL 5 BASIC36.49■■■■□ 3.43
CCNA1P78396 FAM89B-203ENST00000530349 1263 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC36.49■■■■□ 3.43
CCNA1P78396 GIPC1-205ENST00000586027 1386 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC36.49■■■■□ 3.43
CCNA1P78396 AL357033.3-201ENST00000620143 614 ntTSL 3 BASIC36.48■■■■□ 3.43
CCNA1P78396 PTF1A-201ENST00000376504 1537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.41■■■■□ 3.42
CCNA1P78396 INO80B-201ENST00000233331 1261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.39■■■■□ 3.42
CCNA1P78396 PRR5-216ENST00000611394 1843 ntTSL 2 BASIC36.36■■■■□ 3.41
CCNA1P78396 INO80B-203ENST00000409917 796 ntTSL 2 BASIC36.21■■■■□ 3.39
CCNA1P78396 CYBA-201ENST00000261623 797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.1■■■■□ 3.37
CCNA1P78396 MAF-203ENST00000569649 1217 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC35.95■■■■□ 3.35
CCNA1P78396 SLC25A28-201ENST00000370495 1451 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.86■■■■□ 3.33
CCNA1P78396 AC006077.2-201ENST00000623591 457 ntBASIC35.85■■■■□ 3.33
CCNA1P78396 ZNRF2P1-201ENST00000441407 443 ntBASIC35.81■■■■□ 3.32
CCNA1P78396 AC008738.5-201ENST00000587312 482 ntTSL 3 BASIC35.8■■■■□ 3.32
CCNA1P78396 SATB1-AS1-216ENST00000598149 1119 ntTSL 2 BASIC35.72■■■■□ 3.31
CCNA1P78396 AC015813.7-201ENST00000623294 581 ntBASIC35.7■■■■□ 3.31
CCNA1P78396 CSNK1E-206ENST00000413574 1631 ntTSL 5 BASIC35.48■■■■□ 3.27
CCNA1P78396 PRELID2-202ENST00000394450 1102 ntTSL 1 (best) BASIC35.47■■■■□ 3.27
CCNA1P78396 ARTN-201ENST00000372354 1003 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC35.34■■■■□ 3.25
CCNA1P78396 NT5DC2-203ENST00000459839 1639 ntTSL 1 (best) BASIC35.32■■■■□ 3.24
CCNA1P78396 UBE2M-201ENST00000253023 1508 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.3■■■■□ 3.24
CCNA1P78396 C11orf68-202ENST00000449692 1559 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC35.25■■■■□ 3.23
CCNA1P78396 NKAIN4-203ENST00000370316 1430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.22■■■■□ 3.23
CCNA1P78396 NECTIN3-201ENST00000319792 1549 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC35.16■■■■□ 3.22
CCNA1P78396 SEPT3-204ENST00000406029 1866 ntTSL 5 BASIC35.15■■■■□ 3.22
CCNA1P78396 FAM89B-202ENST00000449319 1337 ntTSL 1 (best) BASIC35.09■■■■□ 3.21
CCNA1P78396 CAPNS1-206ENST00000588815 1471 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC35.09■■■■□ 3.21
CCNA1P78396 HAGHL-201ENST00000341413 1701 ntTSL 2 BASIC35.01■■■■□ 3.19
CCNA1P78396 AP002365.1-201ENST00000603448 772 ntBASIC34.9■■■■□ 3.18
CCNA1P78396 CLEC3B-201ENST00000296130 936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.77■■■■□ 3.16
CCNA1P78396 SYNGR1-202ENST00000318801 1361 ntTSL 1 (best) BASIC34.69■■■■□ 3.14
CCNA1P78396 NT5M-207ENST00000616989 1635 ntTSL 1 (best) BASIC34.68■■■■□ 3.14
CCNA1P78396 AC079848.1-201ENST00000511301 327 ntTSL 3 BASIC34.67■■■■□ 3.14
CCNA1P78396 FGF2-203ENST00000614010 867 ntTSL 1 (best) BASIC34.65■■■■□ 3.14
CCNA1P78396 H2AFV-202ENST00000308153 752 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC34.64■■■■□ 3.14
CCNA1P78396 FAM58A-202ENST00000440428 1164 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC34.63■■■■□ 3.13
CCNA1P78396 MBD2-202ENST00000398398 1237 ntTSL 2 BASIC34.61■■■■□ 3.13
CCNA1P78396 MBD2-205ENST00000583046 1182 ntTSL 1 (best) BASIC34.61■■■■□ 3.13
CCNA1P78396 METRNL-201ENST00000320095 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.59■■■■□ 3.13
CCNA1P78396 HOXB3-208ENST00000476342 1420 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.55■■■■□ 3.12
CCNA1P78396 HMGB1-205ENST00000399494 1282 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC34.52■■■■□ 3.12
CCNA1P78396 PQLC1-211ENST00000590381 1247 ntTSL 2 BASIC34.52■■■■□ 3.12
CCNA1P78396 AC005524.1-203ENST00000586528 451 ntTSL 3 BASIC34.5■■■■□ 3.11
CCNA1P78396 ARTN-211ENST00000498139 1303 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC34.46■■■■□ 3.11
CCNA1P78396 AL355297.4-201ENST00000603191 1249 ntTSL 3 BASIC34.44■■■■□ 3.1
CCNA1P78396 LINC01578-201ENST00000553829 732 ntTSL 2 BASIC34.42■■■■□ 3.1
CCNA1P78396 CHCHD4-202ENST00000396914 1405 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.4■■■■□ 3.1
CCNA1P78396 NKX1-1-201ENST00000422806 1236 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC34.37■■■■□ 3.09
CCNA1P78396 RAN-202ENST00000392369 1530 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.35■■■■□ 3.09
CCNA1P78396 NRGN-201ENST00000284292 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.35■■■■□ 3.09
CCNA1P78396 AL136373.1-201ENST00000634804 1449 ntAPPRIS P1 BASIC34.33■■■■□ 3.09
CCNA1P78396 LIMCH1-211ENST00000509638 1570 ntTSL 1 (best) BASIC34.32■■■■□ 3.09
CCNA1P78396 MAP6D1-202ENST00000431348 890 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC34.27■■■■□ 3.08
CCNA1P78396 FAM149A-215ENST00000514153 2070 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC34.25■■■■□ 3.07
CCNA1P78396 AGTRAP-204ENST00000376637 1067 ntTSL 2 BASIC34.24■■■■□ 3.07
CCNA1P78396 AP001107.7-201ENST00000533287 272 ntTSL 2 BASIC34.24■■■■□ 3.07
CCNA1P78396 GSTZ1-201ENST00000216465 1338 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC34.23■■■■□ 3.07
CCNA1P78396 NT5DC2-202ENST00000422318 1795 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC34.21■■■■□ 3.07
CCNA1P78396 CCM2-219ENST00000544363 1620 ntTSL 3 BASIC34.2■■■■□ 3.07
CCNA1P78396 CYHR1-209ENST00000530374 1870 ntTSL 3 BASIC34.16■■■■□ 3.06
CCNA1P78396 CBX4-202ENST00000448310 718 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC34.15■■■■□ 3.06
CCNA1P78396 DYNLL1-207ENST00000549989 719 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.15■■■■□ 3.06
CCNA1P78396 DYNLL1-208ENST00000550178 581 ntBASIC34.15■■■■□ 3.06
CCNA1P78396 HRH3-201ENST00000317393 1419 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC34.13■■■■□ 3.05
CCNA1P78396 MSANTD3-203ENST00000395067 1362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.06■■■■□ 3.04
CCNA1P78396 ECHS1-201ENST00000368547 1617 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.04■■■■□ 3.04
CCNA1P78396 SAP30-201ENST00000296504 1108 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.04■■■■□ 3.04
CCNA1P78396 MPND-207ENST00000599840 1611 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC34.02■■■■□ 3.04
CCNA1P78396 LINC01578-203ENST00000554669 578 ntTSL 5 BASIC34.01■■■■□ 3.03
CCNA1P78396 FAM149A-205ENST00000502970 1990 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC34■■■■□ 3.03
CCNA1P78396 PWWP2B-202ENST00000631148 2013 ntTSL 5 BASIC33.99■■■■□ 3.03
CCNA1P78396 LINC01089-207ENST00000538335 630 ntTSL 3 BASIC33.97■■■■□ 3.03
CCNA1P78396 ANAPC11-203ENST00000392376 687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.94■■■■□ 3.02
CCNA1P78396 PLPP2-203ENST00000434325 1383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.92■■■■□ 3.02
CCNA1P78396 ANKRD65-203ENST00000454272 1506 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC33.92■■■■□ 3.02
CCNA1P78396 AL031258.1-201ENST00000623562 325 ntBASIC33.89■■■■□ 3.02
CCNA1P78396 DRD4-201ENST00000176183 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.86■■■■□ 3.01
CCNA1P78396 INAFM1-201ENST00000552360 1255 ntAPPRIS P1 BASIC33.82■■■■□ 3
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 97.2 ms