Protein–RNA interactions for Protein: O95096

NKX2-2, Homeobox protein Nkx-2.2, humanhuman

Predictions only

Length 273 aa.

Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
NKX2-2O95096 FBLL1-201ENST00000338333 1519 ntAPPRIS P1 BASIC31.54■■■□□ 2.64
NKX2-2O95096 TCF15-201ENST00000246080 1555 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.36■■■□□ 2.61
NKX2-2O95096 AL356512.1-201ENST00000607453 1739 ntBASIC30.85■■■□□ 2.53
NKX2-2O95096 CSNK1E-204ENST00000403904 1580 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC30.77■■■□□ 2.52
NKX2-2O95096 HES6-203ENST00000409160 1600 ntTSL 2 BASIC30.55■■■□□ 2.48
NKX2-2O95096 AES-202ENST00000327141 1608 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.55■■■□□ 2.48
NKX2-2O95096 PPP1CA-203ENST00000376745 1476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.49■■■□□ 2.47
NKX2-2O95096 SEPT3-204ENST00000406029 1866 ntTSL 5 BASIC30.27■■■□□ 2.44
NKX2-2O95096 PRR5-217ENST00000617066 1726 ntTSL 5 BASIC30.26■■■□□ 2.43
NKX2-2O95096 SSSCA1-205ENST00000527920 806 ntTSL 3 BASIC30.05■■■□□ 2.4
NKX2-2O95096 PHF10-201ENST00000339209 1719 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC29.98■■■□□ 2.39
NKX2-2O95096 PRR5-216ENST00000611394 1843 ntTSL 2 BASIC29.96■■■□□ 2.39
NKX2-2O95096 PTF1A-201ENST00000376504 1537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.56■■■□□ 2.32
NKX2-2O95096 ZFYVE21-201ENST00000216602 1521 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC29.51■■■□□ 2.32
NKX2-2O95096 HRAS-203ENST00000397596 1100 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC29.4■■■□□ 2.3
NKX2-2O95096 AC116565.1-201ENST00000610212 2421 ntAPPRIS P1 BASIC29.25■■■□□ 2.27
NKX2-2O95096 NECTIN3-201ENST00000319792 1549 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.15■■■□□ 2.26
NKX2-2O95096 OLFM1-208ENST00000392991 1057 ntTSL 2 BASIC29.14■■■□□ 2.26
NKX2-2O95096 FAM149A-205ENST00000502970 1990 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC29.02■■■□□ 2.24
NKX2-2O95096 MPND-201ENST00000262966 1567 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.99■■■□□ 2.23
NKX2-2O95096 CYHR1-209ENST00000530374 1870 ntTSL 3 BASIC28.95■■■□□ 2.22
NKX2-2O95096 GIPC1-205ENST00000586027 1386 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.92■■■□□ 2.22
NKX2-2O95096 ANKRD60-201ENST00000457363 1038 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.92■■■□□ 2.22
NKX2-2O95096 TAF5L-202ENST00000366674 492 ntTSL 3 BASIC28.91■■■□□ 2.22
NKX2-2O95096 CAPNS1-206ENST00000588815 1471 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.88■■■□□ 2.21
NKX2-2O95096 ZNF358-202ENST00000597229 1954 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.77■■■□□ 2.2
NKX2-2O95096 RAB12-201ENST00000329286 2137 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.74■■■□□ 2.19
NKX2-2O95096 NT5DC2-203ENST00000459839 1639 ntTSL 1 (best) BASIC28.7■■■□□ 2.19
NKX2-2O95096 PPP2CB-204ENST00000518564 691 ntTSL 3 BASIC28.65■■■□□ 2.18
NKX2-2O95096 SLC25A28-201ENST00000370495 1451 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.64■■■□□ 2.17
NKX2-2O95096 MPND-207ENST00000599840 1611 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.53■■■□□ 2.16
NKX2-2O95096 TRIP10-202ENST00000313285 2035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.38■■■□□ 2.13
NKX2-2O95096 FAM149A-215ENST00000514153 2070 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC28.38■■■□□ 2.13
NKX2-2O95096 PPP2CB-201ENST00000221138 2006 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.33■■■□□ 2.13
NKX2-2O95096 CCM2-219ENST00000544363 1620 ntTSL 3 BASIC28.32■■■□□ 2.12
NKX2-2O95096 METRNL-201ENST00000320095 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.3■■■□□ 2.12
NKX2-2O95096 UBE2M-201ENST00000253023 1508 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.23■■■□□ 2.11
NKX2-2O95096 CSNK1E-206ENST00000413574 1631 ntTSL 5 BASIC28.19■■■□□ 2.1
NKX2-2O95096 ACOT7-209ENST00000545482 1804 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.18■■■□□ 2.1
NKX2-2O95096 TGIF1-202ENST00000343820 2076 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.05■■■□□ 2.08
NKX2-2O95096 GALR3-201ENST00000249041 1157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.03■■■□□ 2.08
NKX2-2O95096 CMTM4-202ENST00000394106 1187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.97■■■□□ 2.07
NKX2-2O95096 CMTM4-204ENST00000563952 1023 ntTSL 1 (best) BASIC27.97■■■□□ 2.07
NKX2-2O95096 NKAIN4-203ENST00000370316 1430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.96■■■□□ 2.07
NKX2-2O95096 FOXD1-202ENST00000615637 2272 ntAPPRIS P1 BASIC27.95■■■□□ 2.06
NKX2-2O95096 INO80B-201ENST00000233331 1261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.94■■■□□ 2.06
NKX2-2O95096 NT5DC2-202ENST00000422318 1795 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.92■■■□□ 2.06
NKX2-2O95096 C11orf68-202ENST00000449692 1559 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.86■■■□□ 2.05
NKX2-2O95096 PWWP2B-202ENST00000631148 2013 ntTSL 5 BASIC27.85■■■□□ 2.05
NKX2-2O95096 CDV3-203ENST00000431519 955 ntTSL 1 (best) BASIC27.85■■■□□ 2.05
NKX2-2O95096 AL357033.3-201ENST00000620143 614 ntTSL 3 BASIC27.81■■■□□ 2.04
NKX2-2O95096 CACNG8-202ENST00000638874 1278 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.81■■■□□ 2.04
NKX2-2O95096 INO80B-203ENST00000409917 796 ntTSL 2 BASIC27.77■■■□□ 2.04
NKX2-2O95096 ILK-212ENST00000532063 1617 ntTSL 2 BASIC27.72■■■□□ 2.03
NKX2-2O95096 KHSRP-213ENST00000619396 2226 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.65■■■□□ 2.02
NKX2-2O95096 PABPN1-201ENST00000216727 2001 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.63■■■□□ 2.01
NKX2-2O95096 NT5M-207ENST00000616989 1635 ntTSL 1 (best) BASIC27.63■■■□□ 2.01
NKX2-2O95096 HAPLN2-201ENST00000255039 1771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.6■■■□□ 2.01
NKX2-2O95096 C11orf63-202ENST00000307257 1964 ntTSL 2 BASIC27.6■■■□□ 2.01
NKX2-2O95096 FAM89B-203ENST00000530349 1263 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.59■■■□□ 2.01
NKX2-2O95096 FBRSL1-201ENST00000434748 5568 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.59■■■□□ 2.01
NKX2-2O95096 MAPK3-201ENST00000263025 1861 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.54■■■□□ 2
NKX2-2O95096 INO80B-WBP1-202ENST00000452361 2040 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC27.54■■■□□ 2
NKX2-2O95096 AC015813.7-201ENST00000623294 581 ntBASIC27.53■■■□□ 2
NKX2-2O95096 B4GALT2-203ENST00000372324 2203 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.52■■■□□ 2
NKX2-2O95096 RAN-202ENST00000392369 1530 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.49■■□□□ 1.99
NKX2-2O95096 MAPK3-202ENST00000322266 1743 ntTSL 5 BASIC27.42■■□□□ 1.98
NKX2-2O95096 LMO2-202ENST00000395833 1687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.4■■□□□ 1.98
NKX2-2O95096 CRIP2-201ENST00000329146 1857 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.38■■□□□ 1.97
NKX2-2O95096 FEZF2-203ENST00000486811 2001 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.38■■□□□ 1.97
NKX2-2O95096 C11orf84-201ENST00000294244 2024 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.36■■□□□ 1.97
NKX2-2O95096 LIMCH1-211ENST00000509638 1570 ntTSL 1 (best) BASIC27.33■■□□□ 1.97
NKX2-2O95096 HAGHL-201ENST00000341413 1701 ntTSL 2 BASIC27.32■■□□□ 1.96
NKX2-2O95096 ECHS1-201ENST00000368547 1617 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.31■■□□□ 1.96
NKX2-2O95096 AL136373.1-201ENST00000634804 1449 ntAPPRIS P1 BASIC27.23■■□□□ 1.95
NKX2-2O95096 HOXB3-208ENST00000476342 1420 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.2■■□□□ 1.94
NKX2-2O95096 SATB1-AS1-216ENST00000598149 1119 ntTSL 2 BASIC27.19■■□□□ 1.94
NKX2-2O95096 SLC25A10-203ENST00000545862 1911 ntTSL 1 (best) BASIC27.15■■□□□ 1.94
NKX2-2O95096 CTDNEP1-208ENST00000573600 1724 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.13■■□□□ 1.93
NKX2-2O95096 Z97634.1-201ENST00000412293 1715 ntTSL 1 (best) BASIC27.12■■□□□ 1.93
NKX2-2O95096 AC008738.5-201ENST00000587312 482 ntTSL 3 BASIC27.11■■□□□ 1.93
NKX2-2O95096 KIAA2013-203ENST00000616327 2170 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.11■■□□□ 1.93
NKX2-2O95096 AGAP1-204ENST00000409457 2165 ntTSL 1 (best) BASIC27.07■■□□□ 1.92
NKX2-2O95096 FAM89B-202ENST00000449319 1337 ntTSL 1 (best) BASIC27.04■■□□□ 1.92
NKX2-2O95096 ALYREF-202ENST00000505490 1088 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.03■■□□□ 1.92
NKX2-2O95096 TPRG1L-201ENST00000344579 2189 ntTSL 1 (best) BASIC27.01■■□□□ 1.91
NKX2-2O95096 AC145285.7-201ENST00000614819 1539 ntBASIC26.99■■□□□ 1.91
NKX2-2O95096 CHCHD4-202ENST00000396914 1405 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.99■■□□□ 1.91
NKX2-2O95096 FAM19A5-203ENST00000402357 1508 ntTSL 1 (best) BASIC26.97■■□□□ 1.91
NKX2-2O95096 AC006077.2-201ENST00000623591 457 ntBASIC26.95■■□□□ 1.9
NKX2-2O95096 DRD4-201ENST00000176183 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.94■■□□□ 1.9
NKX2-2O95096 CYBA-201ENST00000261623 797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.93■■□□□ 1.9
NKX2-2O95096 CSNK1E-205ENST00000405675 2127 ntTSL 5 BASIC26.92■■□□□ 1.9
NKX2-2O95096 NT5M-201ENST00000389022 1617 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.91■■□□□ 1.9
NKX2-2O95096 GRASP-206ENST00000552049 1688 ntTSL 1 (best) BASIC26.9■■□□□ 1.9
NKX2-2O95096 RAB43-207ENST00000476465 1627 ntTSL 3 BASIC26.87■■□□□ 1.89
NKX2-2O95096 ANKRD65-203ENST00000454272 1506 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.83■■□□□ 1.89
NKX2-2O95096 SSBP3-204ENST00000371320 2077 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.81■■□□□ 1.88
NKX2-2O95096 ZNRF2P1-201ENST00000441407 443 ntBASIC26.77■■□□□ 1.88
NKX2-2O95096 ADRA2C-201ENST00000330055 2129 ntAPPRIS P1 BASIC26.73■■□□□ 1.87
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 8.5 ms