Protein–RNA interactions for Protein: O95025

SEMA3D, Semaphorin-3D, humanhuman

Predictions only

Length 777 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SEMA3DO95025 FBLL1-201ENST00000338333 1519 ntAPPRIS P1 BASIC32.36■■■□□ 2.77
SEMA3DO95025 TCF15-201ENST00000246080 1555 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.25■■■□□ 2.75
SEMA3DO95025 AL356512.1-201ENST00000607453 1739 ntBASIC31.69■■■□□ 2.66
SEMA3DO95025 CSNK1E-204ENST00000403904 1580 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC31.59■■■□□ 2.65
SEMA3DO95025 HES6-203ENST00000409160 1600 ntTSL 2 BASIC31.46■■■□□ 2.63
SEMA3DO95025 AES-202ENST00000327141 1608 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.35■■■□□ 2.61
SEMA3DO95025 PPP1CA-203ENST00000376745 1476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.27■■■□□ 2.6
SEMA3DO95025 SEPT3-204ENST00000406029 1866 ntTSL 5 BASIC31.18■■■□□ 2.58
SEMA3DO95025 PRR5-217ENST00000617066 1726 ntTSL 5 BASIC31.12■■■□□ 2.57
SEMA3DO95025 PRR5-216ENST00000611394 1843 ntTSL 2 BASIC30.83■■■□□ 2.53
SEMA3DO95025 SSSCA1-205ENST00000527920 806 ntTSL 3 BASIC30.8■■■□□ 2.52
SEMA3DO95025 PHF10-201ENST00000339209 1719 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC30.8■■■□□ 2.52
SEMA3DO95025 PTF1A-201ENST00000376504 1537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.37■■■□□ 2.45
SEMA3DO95025 FBRSL1-201ENST00000434748 5568 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC30.32■■■□□ 2.44
SEMA3DO95025 ZFYVE21-201ENST00000216602 1521 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC30.3■■■□□ 2.44
SEMA3DO95025 AC116565.1-201ENST00000610212 2421 ntAPPRIS P1 BASIC30.12■■■□□ 2.41
SEMA3DO95025 HRAS-203ENST00000397596 1100 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC30.1■■■□□ 2.41
SEMA3DO95025 NECTIN3-201ENST00000319792 1549 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.01■■■□□ 2.39
SEMA3DO95025 FAM149A-205ENST00000502970 1990 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC29.87■■■□□ 2.37
SEMA3DO95025 OLFM1-208ENST00000392991 1057 ntTSL 2 BASIC29.86■■■□□ 2.37
SEMA3DO95025 CYHR1-209ENST00000530374 1870 ntTSL 3 BASIC29.83■■■□□ 2.37
SEMA3DO95025 CAPNS1-206ENST00000588815 1471 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.74■■■□□ 2.35
SEMA3DO95025 MPND-201ENST00000262966 1567 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.73■■■□□ 2.35
SEMA3DO95025 GIPC1-205ENST00000586027 1386 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.67■■■□□ 2.34
SEMA3DO95025 TAF5L-202ENST00000366674 492 ntTSL 3 BASIC29.63■■■□□ 2.33
SEMA3DO95025 ANKRD60-201ENST00000457363 1038 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.62■■■□□ 2.33
SEMA3DO95025 RAB12-201ENST00000329286 2137 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.62■■■□□ 2.33
SEMA3DO95025 ZNF358-202ENST00000597229 1954 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.61■■■□□ 2.33
SEMA3DO95025 NT5DC2-203ENST00000459839 1639 ntTSL 1 (best) BASIC29.46■■■□□ 2.31
SEMA3DO95025 SLC25A28-201ENST00000370495 1451 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.41■■■□□ 2.3
SEMA3DO95025 MPND-207ENST00000599840 1611 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.38■■■□□ 2.29
SEMA3DO95025 PPP2CB-204ENST00000518564 691 ntTSL 3 BASIC29.36■■■□□ 2.29
SEMA3DO95025 FOXD1-202ENST00000615637 2272 ntAPPRIS P1 BASIC29.27■■■□□ 2.28
SEMA3DO95025 PPP2CB-201ENST00000221138 2006 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.23■■■□□ 2.27
SEMA3DO95025 TRIP10-202ENST00000313285 2035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.23■■■□□ 2.27
SEMA3DO95025 FAM149A-215ENST00000514153 2070 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC29.16■■■□□ 2.26
SEMA3DO95025 CCM2-219ENST00000544363 1620 ntTSL 3 BASIC29.12■■■□□ 2.25
SEMA3DO95025 METRNL-201ENST00000320095 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.1■■■□□ 2.25
SEMA3DO95025 ACOT7-209ENST00000545482 1804 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.1■■■□□ 2.25
SEMA3DO95025 UBE2M-201ENST00000253023 1508 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.99■■■□□ 2.23
SEMA3DO95025 TGIF1-202ENST00000343820 2076 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.92■■■□□ 2.22
SEMA3DO95025 CSNK1E-206ENST00000413574 1631 ntTSL 5 BASIC28.91■■■□□ 2.22
SEMA3DO95025 NKAIN4-203ENST00000370316 1430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.71■■■□□ 2.19
SEMA3DO95025 NT5DC2-202ENST00000422318 1795 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.7■■■□□ 2.18
SEMA3DO95025 GALR3-201ENST00000249041 1157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.69■■■□□ 2.18
SEMA3DO95025 CMTM4-202ENST00000394106 1187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.64■■■□□ 2.18
SEMA3DO95025 CMTM4-204ENST00000563952 1023 ntTSL 1 (best) BASIC28.64■■■□□ 2.18
SEMA3DO95025 INO80B-201ENST00000233331 1261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.63■■■□□ 2.17
SEMA3DO95025 PWWP2B-202ENST00000631148 2013 ntTSL 5 BASIC28.59■■■□□ 2.17
SEMA3DO95025 C11orf68-202ENST00000449692 1559 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.58■■■□□ 2.17
SEMA3DO95025 ILK-212ENST00000532063 1617 ntTSL 2 BASIC28.57■■■□□ 2.16
SEMA3DO95025 C11orf63-202ENST00000307257 1964 ntTSL 2 BASIC28.48■■■□□ 2.15
SEMA3DO95025 AL357033.3-201ENST00000620143 614 ntTSL 3 BASIC28.48■■■□□ 2.15
SEMA3DO95025 KHSRP-213ENST00000619396 2226 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.47■■■□□ 2.15
SEMA3DO95025 PABPN1-201ENST00000216727 2001 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.47■■■□□ 2.15
SEMA3DO95025 CDV3-203ENST00000431519 955 ntTSL 1 (best) BASIC28.46■■■□□ 2.15
SEMA3DO95025 CACNG8-202ENST00000638874 1278 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.43■■■□□ 2.14
SEMA3DO95025 MAPK3-201ENST00000263025 1861 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.42■■■□□ 2.14
SEMA3DO95025 HAPLN2-201ENST00000255039 1771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.4■■■□□ 2.14
SEMA3DO95025 INO80B-203ENST00000409917 796 ntTSL 2 BASIC28.4■■■□□ 2.14
SEMA3DO95025 INO80B-WBP1-202ENST00000452361 2040 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC28.4■■■□□ 2.14
SEMA3DO95025 NT5M-207ENST00000616989 1635 ntTSL 1 (best) BASIC28.4■■■□□ 2.14
SEMA3DO95025 B4GALT2-203ENST00000372324 2203 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.29■■■□□ 2.12
SEMA3DO95025 FAM89B-203ENST00000530349 1263 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.26■■■□□ 2.11
SEMA3DO95025 MAPK3-202ENST00000322266 1743 ntTSL 5 BASIC28.25■■■□□ 2.11
SEMA3DO95025 RAN-202ENST00000392369 1530 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.22■■■□□ 2.11
SEMA3DO95025 CRIP2-201ENST00000329146 1857 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.21■■■□□ 2.11
SEMA3DO95025 LMO2-202ENST00000395833 1687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.19■■■□□ 2.1
SEMA3DO95025 AC015813.7-201ENST00000623294 581 ntBASIC28.18■■■□□ 2.1
SEMA3DO95025 FEZF2-203ENST00000486811 2001 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.13■■■□□ 2.09
SEMA3DO95025 C11orf84-201ENST00000294244 2024 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.11■■■□□ 2.09
SEMA3DO95025 LIMCH1-211ENST00000509638 1570 ntTSL 1 (best) BASIC28.07■■■□□ 2.08
SEMA3DO95025 ECHS1-201ENST00000368547 1617 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.05■■■□□ 2.08
SEMA3DO95025 HAGHL-201ENST00000341413 1701 ntTSL 2 BASIC28■■■□□ 2.07
SEMA3DO95025 SLC25A10-203ENST00000545862 1911 ntTSL 1 (best) BASIC27.96■■■□□ 2.07
SEMA3DO95025 CTDNEP1-208ENST00000573600 1724 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.94■■■□□ 2.06
SEMA3DO95025 HOXB3-208ENST00000476342 1420 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.93■■■□□ 2.06
SEMA3DO95025 AL136373.1-201ENST00000634804 1449 ntAPPRIS P1 BASIC27.93■■■□□ 2.06
SEMA3DO95025 KIAA2013-203ENST00000616327 2170 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.89■■■□□ 2.05
SEMA3DO95025 Z97634.1-201ENST00000412293 1715 ntTSL 1 (best) BASIC27.87■■■□□ 2.05
SEMA3DO95025 SATB1-AS1-216ENST00000598149 1119 ntTSL 2 BASIC27.86■■■□□ 2.05
SEMA3DO95025 AGAP1-204ENST00000409457 2165 ntTSL 1 (best) BASIC27.86■■■□□ 2.05
SEMA3DO95025 AC145285.7-201ENST00000614819 1539 ntBASIC27.78■■■□□ 2.04
SEMA3DO95025 TPRG1L-201ENST00000344579 2189 ntTSL 1 (best) BASIC27.78■■■□□ 2.04
SEMA3DO95025 AC008738.5-201ENST00000587312 482 ntTSL 3 BASIC27.75■■■□□ 2.03
SEMA3DO95025 GRASP-206ENST00000552049 1688 ntTSL 1 (best) BASIC27.74■■■□□ 2.03
SEMA3DO95025 CHCHD4-202ENST00000396914 1405 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.69■■■□□ 2.02
SEMA3DO95025 CSNK1E-205ENST00000405675 2127 ntTSL 5 BASIC27.68■■■□□ 2.02
SEMA3DO95025 FAM19A5-203ENST00000402357 1508 ntTSL 1 (best) BASIC27.68■■■□□ 2.02
SEMA3DO95025 NT5M-201ENST00000389022 1617 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.68■■■□□ 2.02
SEMA3DO95025 DRD4-201ENST00000176183 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.68■■■□□ 2.02
SEMA3DO95025 FAM89B-202ENST00000449319 1337 ntTSL 1 (best) BASIC27.66■■■□□ 2.02
SEMA3DO95025 SSBP3-204ENST00000371320 2077 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.62■■■□□ 2.01
SEMA3DO95025 RAB43-207ENST00000476465 1627 ntTSL 3 BASIC27.62■■■□□ 2.01
SEMA3DO95025 ALYREF-202ENST00000505490 1088 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.61■■■□□ 2.01
SEMA3DO95025 AC006077.2-201ENST00000623591 457 ntBASIC27.58■■■□□ 2.01
SEMA3DO95025 GPI-201ENST00000356487 2210 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.57■■■□□ 2
SEMA3DO95025 IFNGR2-201ENST00000290219 2221 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.53■■■□□ 2
SEMA3DO95025 ANKRD65-203ENST00000454272 1506 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.52■■■□□ 2
SEMA3DO95025 CYBA-201ENST00000261623 797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.51■■□□□ 1.99
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 8.7 ms