Protein–RNA interactions for Protein: A6NCS4

NKX2-6, Homeobox protein Nkx-2.6, humanhuman

Predictions only

Length 301 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
NKX2-6A6NCS4 FBLL1-201ENST00000338333 1519 ntAPPRIS P1 BASIC30.46■■■□□ 2.47
NKX2-6A6NCS4 SSSCA1-205ENST00000527920 806 ntTSL 3 BASIC30.05■■■□□ 2.4
NKX2-6A6NCS4 PPP1CA-203ENST00000376745 1476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.64■■■□□ 2.34
NKX2-6A6NCS4 HRAS-203ENST00000397596 1100 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC29.63■■■□□ 2.33
NKX2-6A6NCS4 AES-202ENST00000327141 1608 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.46■■■□□ 2.31
NKX2-6A6NCS4 CSNK1E-204ENST00000403904 1580 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.32■■■□□ 2.28
NKX2-6A6NCS4 TCF15-201ENST00000246080 1555 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.2■■■□□ 2.26
NKX2-6A6NCS4 AL356512.1-201ENST00000607453 1739 ntBASIC29.1■■■□□ 2.25
NKX2-6A6NCS4 ANKRD60-201ENST00000457363 1038 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.84■■■□□ 2.21
NKX2-6A6NCS4 PPP2CB-204ENST00000518564 691 ntTSL 3 BASIC28.73■■■□□ 2.19
NKX2-6A6NCS4 TAF5L-202ENST00000366674 492 ntTSL 3 BASIC28.6■■■□□ 2.17
NKX2-6A6NCS4 OLFM1-208ENST00000392991 1057 ntTSL 2 BASIC28.6■■■□□ 2.17
NKX2-6A6NCS4 CACNG8-202ENST00000638874 1278 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.57■■■□□ 2.16
NKX2-6A6NCS4 CDV3-203ENST00000431519 955 ntTSL 1 (best) BASIC28.53■■■□□ 2.16
NKX2-6A6NCS4 PHF10-201ENST00000339209 1719 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC28.43■■■□□ 2.14
NKX2-6A6NCS4 ZFYVE21-201ENST00000216602 1521 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.42■■■□□ 2.14
NKX2-6A6NCS4 MPND-201ENST00000262966 1567 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.29■■■□□ 2.12
NKX2-6A6NCS4 GALR3-201ENST00000249041 1157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.19■■■□□ 2.1
NKX2-6A6NCS4 HES6-203ENST00000409160 1600 ntTSL 2 BASIC28.04■■■□□ 2.08
NKX2-6A6NCS4 ALYREF-202ENST00000505490 1088 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.01■■■□□ 2.07
NKX2-6A6NCS4 CMTM4-202ENST00000394106 1187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.96■■■□□ 2.07
NKX2-6A6NCS4 CMTM4-204ENST00000563952 1023 ntTSL 1 (best) BASIC27.96■■■□□ 2.07
NKX2-6A6NCS4 AL357033.3-201ENST00000620143 614 ntTSL 3 BASIC27.9■■■□□ 2.06
NKX2-6A6NCS4 GIPC1-205ENST00000586027 1386 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.89■■■□□ 2.06
NKX2-6A6NCS4 PRR5-217ENST00000617066 1726 ntTSL 5 BASIC27.87■■■□□ 2.05
NKX2-6A6NCS4 FAM89B-203ENST00000530349 1263 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.84■■■□□ 2.05
NKX2-6A6NCS4 INO80B-201ENST00000233331 1261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.83■■■□□ 2.05
NKX2-6A6NCS4 PTF1A-201ENST00000376504 1537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.79■■■□□ 2.04
NKX2-6A6NCS4 PRR5-216ENST00000611394 1843 ntTSL 2 BASIC27.75■■■□□ 2.03
NKX2-6A6NCS4 INO80B-203ENST00000409917 796 ntTSL 2 BASIC27.73■■■□□ 2.03
NKX2-6A6NCS4 CYBA-201ENST00000261623 797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.64■■■□□ 2.02
NKX2-6A6NCS4 MAF-203ENST00000569649 1217 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.54■■■□□ 2
NKX2-6A6NCS4 AC116565.1-201ENST00000610212 2421 ntAPPRIS P1 BASIC27.44■■□□□ 1.98
NKX2-6A6NCS4 SLC25A28-201ENST00000370495 1451 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.38■■□□□ 1.97
NKX2-6A6NCS4 AC008738.5-201ENST00000587312 482 ntTSL 3 BASIC27.38■■□□□ 1.97
NKX2-6A6NCS4 ZNRF2P1-201ENST00000441407 443 ntBASIC27.33■■□□□ 1.97
NKX2-6A6NCS4 AC006077.2-201ENST00000623591 457 ntBASIC27.33■■□□□ 1.97
NKX2-6A6NCS4 SEPT3-204ENST00000406029 1866 ntTSL 5 BASIC27.32■■□□□ 1.96
NKX2-6A6NCS4 SATB1-AS1-216ENST00000598149 1119 ntTSL 2 BASIC27.27■■□□□ 1.96
NKX2-6A6NCS4 AC015813.7-201ENST00000623294 581 ntBASIC27.26■■□□□ 1.95
NKX2-6A6NCS4 ARTN-201ENST00000372354 1003 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.15■■□□□ 1.94
NKX2-6A6NCS4 CSNK1E-206ENST00000413574 1631 ntTSL 5 BASIC27.15■■□□□ 1.94
NKX2-6A6NCS4 PRELID2-202ENST00000394450 1102 ntTSL 1 (best) BASIC27.09■■□□□ 1.93
NKX2-6A6NCS4 FBRSL1-201ENST00000434748 5568 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.01■■□□□ 1.91
NKX2-6A6NCS4 NT5DC2-203ENST00000459839 1639 ntTSL 1 (best) BASIC27.01■■□□□ 1.91
NKX2-6A6NCS4 UBE2M-201ENST00000253023 1508 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.95■■□□□ 1.91
NKX2-6A6NCS4 C11orf68-202ENST00000449692 1559 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.91■■□□□ 1.9
NKX2-6A6NCS4 FAM89B-202ENST00000449319 1337 ntTSL 1 (best) BASIC26.9■■□□□ 1.9
NKX2-6A6NCS4 NKAIN4-203ENST00000370316 1430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.83■■□□□ 1.89
NKX2-6A6NCS4 NECTIN3-201ENST00000319792 1549 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.8■■□□□ 1.88
NKX2-6A6NCS4 HAGHL-201ENST00000341413 1701 ntTSL 2 BASIC26.77■■□□□ 1.88
NKX2-6A6NCS4 AP002365.1-201ENST00000603448 772 ntBASIC26.69■■□□□ 1.86
NKX2-6A6NCS4 CAPNS1-206ENST00000588815 1471 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.67■■□□□ 1.86
NKX2-6A6NCS4 RAB12-201ENST00000329286 2137 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.64■■□□□ 1.86
NKX2-6A6NCS4 CLEC3B-201ENST00000296130 936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.51■■□□□ 1.83
NKX2-6A6NCS4 MBD2-202ENST00000398398 1237 ntTSL 2 BASIC26.51■■□□□ 1.83
NKX2-6A6NCS4 FAM58A-202ENST00000440428 1164 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC26.51■■□□□ 1.83
NKX2-6A6NCS4 MBD2-205ENST00000583046 1182 ntTSL 1 (best) BASIC26.51■■□□□ 1.83
NKX2-6A6NCS4 H2AFV-202ENST00000308153 752 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC26.5■■□□□ 1.83
NKX2-6A6NCS4 AC079848.1-201ENST00000511301 327 ntTSL 3 BASIC26.5■■□□□ 1.83
NKX2-6A6NCS4 FGF2-203ENST00000614010 867 ntTSL 1 (best) BASIC26.49■■□□□ 1.83
NKX2-6A6NCS4 PQLC1-211ENST00000590381 1247 ntTSL 2 BASIC26.45■■□□□ 1.82
NKX2-6A6NCS4 SYNGR1-202ENST00000318801 1361 ntTSL 1 (best) BASIC26.44■■□□□ 1.82
NKX2-6A6NCS4 FOXD1-202ENST00000615637 2272 ntAPPRIS P1 BASIC26.44■■□□□ 1.82
NKX2-6A6NCS4 HMGB1-205ENST00000399494 1282 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.43■■□□□ 1.82
NKX2-6A6NCS4 ARTN-211ENST00000498139 1303 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC26.4■■□□□ 1.82
NKX2-6A6NCS4 NT5M-207ENST00000616989 1635 ntTSL 1 (best) BASIC26.4■■□□□ 1.82
NKX2-6A6NCS4 METRNL-201ENST00000320095 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.38■■□□□ 1.81
NKX2-6A6NCS4 AC005524.1-203ENST00000586528 451 ntTSL 3 BASIC26.36■■□□□ 1.81
NKX2-6A6NCS4 AL355297.4-201ENST00000603191 1249 ntTSL 3 BASIC26.36■■□□□ 1.81
NKX2-6A6NCS4 HOXB3-208ENST00000476342 1420 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.34■■□□□ 1.81
NKX2-6A6NCS4 PPP2CB-201ENST00000221138 2006 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.32■■□□□ 1.8
NKX2-6A6NCS4 CHCHD4-202ENST00000396914 1405 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.3■■□□□ 1.8
NKX2-6A6NCS4 NKX1-1-201ENST00000422806 1236 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.27■■□□□ 1.8
NKX2-6A6NCS4 LINC01578-201ENST00000553829 732 ntTSL 2 BASIC26.27■■□□□ 1.8
NKX2-6A6NCS4 RAN-202ENST00000392369 1530 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.25■■□□□ 1.79
NKX2-6A6NCS4 NRGN-201ENST00000284292 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.25■■□□□ 1.79
NKX2-6A6NCS4 FAM149A-215ENST00000514153 2070 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC26.25■■□□□ 1.79
NKX2-6A6NCS4 MAP6D1-202ENST00000431348 890 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.24■■□□□ 1.79
NKX2-6A6NCS4 AL136373.1-201ENST00000634804 1449 ntAPPRIS P1 BASIC26.23■■□□□ 1.79
NKX2-6A6NCS4 LIMCH1-211ENST00000509638 1570 ntTSL 1 (best) BASIC26.21■■□□□ 1.79
NKX2-6A6NCS4 CBX4-202ENST00000448310 718 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC26.19■■□□□ 1.78
NKX2-6A6NCS4 AP001107.7-201ENST00000533287 272 ntTSL 2 BASIC26.19■■□□□ 1.78
NKX2-6A6NCS4 CYHR1-209ENST00000530374 1870 ntTSL 3 BASIC26.19■■□□□ 1.78
NKX2-6A6NCS4 HRH3-201ENST00000317393 1419 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.15■■□□□ 1.78
NKX2-6A6NCS4 AGTRAP-204ENST00000376637 1067 ntTSL 2 BASIC26.13■■□□□ 1.77
NKX2-6A6NCS4 DYNLL1-207ENST00000549989 719 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.13■■□□□ 1.77
NKX2-6A6NCS4 DYNLL1-208ENST00000550178 581 ntBASIC26.13■■□□□ 1.77
NKX2-6A6NCS4 GSTZ1-201ENST00000216465 1338 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.12■■□□□ 1.77
NKX2-6A6NCS4 MSANTD3-203ENST00000395067 1362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.11■■□□□ 1.77
NKX2-6A6NCS4 NT5DC2-202ENST00000422318 1795 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.11■■□□□ 1.77
NKX2-6A6NCS4 CCM2-219ENST00000544363 1620 ntTSL 3 BASIC26.09■■□□□ 1.77
NKX2-6A6NCS4 FAM149A-205ENST00000502970 1990 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC26.04■■□□□ 1.76
NKX2-6A6NCS4 LINC01578-203ENST00000554669 578 ntTSL 5 BASIC26.03■■□□□ 1.76
NKX2-6A6NCS4 PWWP2B-202ENST00000631148 2013 ntTSL 5 BASIC26.03■■□□□ 1.76
NKX2-6A6NCS4 SAP30-201ENST00000296504 1108 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.02■■□□□ 1.76
NKX2-6A6NCS4 ECHS1-201ENST00000368547 1617 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.99■■□□□ 1.75
NKX2-6A6NCS4 ACOT7-209ENST00000545482 1804 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.98■■□□□ 1.75
NKX2-6A6NCS4 ANAPC11-203ENST00000392376 687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.95■■□□□ 1.74
NKX2-6A6NCS4 INAFM1-201ENST00000552360 1255 ntAPPRIS P1 BASIC25.91■■□□□ 1.74
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 18 ms