Protein–RNA interactions for Protein: Q12874

SF3A3, Splicing factor 3A subunit 3, humanhuman

Known RBP eCLIP

Length 501 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SF3A3Q12874 PDCD6-208ENST00000511482 878 ntTSL 57.84□□□□□ -1.154e-8■■■■□ 23.8
SF3A3Q12874 PDCD6-205ENST00000507473 486 ntTSL 37.74□□□□□ -1.174e-8■■■■□ 23.8
SF3A3Q12874 DGKD-213ENST00000490764 2902 ntTSL 1 (best)14.01□□□□□ -0.172e-6■■■■□ 23.8
SF3A3Q12874 BIRC2-206ENST00000530675 1927 ntTSL 2 BASIC19.75■□□□□ 0.755e-6■■■■□ 23.8
SF3A3Q12874 BIRC2-209ENST00000532832 505 ntTSL 218.95■□□□□ 0.625e-6■■■■□ 23.8
SF3A3Q12874 BIRC2-210ENST00000533742 720 ntTSL 218.7■□□□□ 0.585e-6■■■■□ 23.8
SF3A3Q12874 BIRC2-203ENST00000527808 709 ntTSL 217.35■□□□□ 0.375e-6■■■■□ 23.8
SF3A3Q12874 BIRC2-214ENST00000621637 3331 ntTSL 5 BASIC16.24■□□□□ 0.195e-6■■■■□ 23.8
SF3A3Q12874 BIRC2-212ENST00000534646 562 ntTSL 416.22■□□□□ 0.195e-6■■■■□ 23.8
SF3A3Q12874 BIRC2-208ENST00000532672 2617 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.7□□□□□ -0.065e-6■■■■□ 23.8
SF3A3Q12874 BIRC2-213ENST00000613397 4066 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.78□□□□□ -0.25e-6■■■■□ 23.8
SF3A3Q12874 BIRC2-207ENST00000531259 572 ntTSL 512.8□□□□□ -0.365e-6■■■■□ 23.8
SF3A3Q12874 BIRC2-204ENST00000527910 4073 ntTSL 1 (best)12.32□□□□□ -0.445e-6■■■■□ 23.8
SF3A3Q12874 BIRC2-201ENST00000227758 3743 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC11.83□□□□□ -0.525e-6■■■■□ 23.8
SF3A3Q12874 BIRC2-202ENST00000527465 595 ntTSL 49.02□□□□□ -0.975e-6■■■■□ 23.8
SF3A3Q12874 MRPL27-201ENST00000225969 716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.01□□□□□ -0.333e-7■■■■□ 23.8
SF3A3Q12874 MRPL27-202ENST00000442592 2441 ntTSL 2 BASIC10.98□□□□□ -0.653e-7■■■■□ 23.8
SF3A3Q12874 MRPL27-204ENST00000507088 732 ntTSL 3 BASIC10.15□□□□□ -0.783e-7■■■■□ 23.8
SF3A3Q12874 MRPL27-206ENST00000511860 869 ntTSL 5 BASIC10.15□□□□□ -0.783e-7■■■■□ 23.8
SF3A3Q12874 MRPL27-205ENST00000508200 636 ntTSL 39.99□□□□□ -0.813e-7■■■■□ 23.8
SF3A3Q12874 MRPL27-203ENST00000503633 742 ntTSL 3 BASIC8.26□□□□□ -1.093e-7■■■■□ 23.8
SF3A3Q12874 SRRM2-219ENST00000574340 579 ntTSL 317.98■□□□□ 0.479e-9■■■■□ 23.8
SF3A3Q12874 PIH1D1-211ENST00000596895 438 ntTSL 212.18□□□□□ -0.469e-9■■■■□ 23.8
SF3A3Q12874 RNU6-31P-201ENST00000384388 108 ntBASIC5.8□□□□□ -1.489e-9■■■■□ 23.8
SF3A3Q12874 NME4-209ENST00000460297 1652 ntTSL 523.5■■□□□ 1.351e-6■■■■□ 23.8
SF3A3Q12874 NME4-204ENST00000433358 966 ntTSL 320.26■□□□□ 0.831e-6■■■■□ 23.8
SF3A3Q12874 NME4-206ENST00000448828 1167 ntTSL 219.9■□□□□ 0.781e-6■■■■□ 23.8
SF3A3Q12874 NME4-210ENST00000468031 1861 ntTSL 219.23■□□□□ 0.671e-6■■■■□ 23.8
SF3A3Q12874 NME4-201ENST00000219479 995 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.651e-6■■■■□ 23.8
SF3A3Q12874 NME4-202ENST00000382940 766 ntTSL 3 BASIC19.13■□□□□ 0.651e-6■■■■□ 23.8
SF3A3Q12874 NME4-211ENST00000620944 1193 ntTSL 2 BASIC19.13■□□□□ 0.651e-6■■■■□ 23.8
SF3A3Q12874 NME4-207ENST00000450036 985 ntTSL 3 BASIC15.28■□□□□ 0.041e-6■■■■□ 23.8
SF3A3Q12874 NME4-212ENST00000621774 904 ntTSL 3 BASIC14.39□□□□□ -0.111e-6■■■■□ 23.8
SF3A3Q12874 NME4-203ENST00000397722 1232 ntTSL 2 BASIC13.22□□□□□ -0.291e-6■■■■□ 23.8
SF3A3Q12874 CERS4-215ENST00000599275 710 ntTSL 216.72■□□□□ 0.277e-6■■■■□ 23.8
SF3A3Q12874 AUP1-201ENST00000377526 1695 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.561e-8■■■■□ 23.8
SF3A3Q12874 AUP1-204ENST00000463900 1645 ntTSL 1 (best)16.78■□□□□ 0.281e-8■■■■□ 23.8
SF3A3Q12874 AUP1-202ENST00000425118 1581 ntTSL 1 (best)15.75■□□□□ 0.111e-8■■■■□ 23.8
SF3A3Q12874 AUP1-206ENST00000466894 1658 ntTSL 515.35■□□□□ 0.051e-8■■■■□ 23.8
SF3A3Q12874 TUBGCP2-204ENST00000417178 4029 ntTSL 2 BASIC17.59■□□□□ 0.411e-6■■■■□ 23.8
SF3A3Q12874 TUBGCP2-203ENST00000368563 4218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.341e-6■■■■□ 23.8
SF3A3Q12874 TUBGCP2-210ENST00000543663 4302 ntTSL 1 (best) BASIC14.74□□□□□ -0.051e-6■■■■□ 23.8
SF3A3Q12874 TUBGCP2-201ENST00000252936 3885 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.41□□□□□ -0.261e-6■■■■□ 23.8
SF3A3Q12874 TUBGCP2-208ENST00000482278 3553 ntTSL 212.99□□□□□ -0.331e-6■■■■□ 23.8
SF3A3Q12874 CSNK2B-206ENST00000468255 1792 ntTSL 515.7■□□□□ 0.12e-6■■■■□ 23.8
SF3A3Q12874 CSNK2B-203ENST00000375882 948 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.68□□□□□ -0.382e-6■■■■□ 23.8
SF3A3Q12874 CSNK2B-201ENST00000375865 908 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC12.08□□□□□ -0.482e-6■■■■□ 23.8
SF3A3Q12874 CSNK2B-204ENST00000375885 1061 ntTSL 5 BASIC9.88□□□□□ -0.832e-6■■■■□ 23.8
SF3A3Q12874 CSNK2B-202ENST00000375866 936 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC7.04□□□□□ -1.282e-6■■■■□ 23.8
SF3A3Q12874 MST1-205ENST00000480268 648 ntTSL 314.62□□□□□ -0.079e-14■■■■□ 23.8
SF3A3Q12874 CTDSP2-202ENST00000547169 1340 ntTSL 214.43□□□□□ -0.11e-8■■■■□ 23.7
SF3A3Q12874 CHD3-203ENST00000380358 7356 ntTSL 2 BASIC14.22□□□□□ -0.139e-16■■■■□ 23.7
SF3A3Q12874 CHD3-208ENST00000470531 3744 ntTSL 212.28□□□□□ -0.449e-16■■■■□ 23.7
SF3A3Q12874 CHD3-201ENST00000330494 7328 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC11.34□□□□□ -0.599e-16■■■■□ 23.7
SF3A3Q12874 CHD3-202ENST00000358181 7286 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC11□□□□□ -0.659e-16■■■■□ 23.7
SF3A3Q12874 FASTK-205ENST00000461979 720 ntTSL 518.89■□□□□ 0.612e-8■■■■□ 23.7
SF3A3Q12874 FASTK-210ENST00000478477 826 ntTSL 315.05■□□□□ -02e-8■■■■□ 23.7
SF3A3Q12874 ZNF276-203ENST00000561536 1947 ntTSL 219.75■□□□□ 0.752e-7■■■■□ 23.7
SF3A3Q12874 EHMT2-201ENST00000375528 4047 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.84■□□□□ 0.137e-7■■■■□ 23.7
SF3A3Q12874 EHMT2-204ENST00000395728 4129 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.097e-7■■■■□ 23.7
SF3A3Q12874 EHMT2-203ENST00000375537 3965 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC14.22□□□□□ -0.137e-7■■■■□ 23.7
SF3A3Q12874 EHMT2-202ENST00000375530 3856 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.16□□□□□ -0.147e-7■■■■□ 23.7
SF3A3Q12874 MED15-202ENST00000292733 3252 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.96■□□□□ 0.313e-6■■■■□ 23.7
SF3A3Q12874 MED15-211ENST00000433831 3267 ntTSL 515.95■□□□□ 0.143e-6■■■■□ 23.7
SF3A3Q12874 MED15-203ENST00000382974 2235 ntTSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.073e-6■■■■□ 23.7
SF3A3Q12874 MED15-204ENST00000406969 3210 ntTSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.013e-6■■■■□ 23.7
SF3A3Q12874 MED15-201ENST00000263205 3351 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.3□□□□□ -0.123e-6■■■■□ 23.7
SF3A3Q12874 SH3PXD2A-204ENST00000420222 3251 ntTSL 216.73■□□□□ 0.272e-6■■■■□ 23.7
SF3A3Q12874 SH3PXD2A-203ENST00000369774 11468 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.47□□□□□ -0.092e-6■■■■□ 23.7
SF3A3Q12874 SH3PXD2A-201ENST00000315994 5504 ntTSL 1 (best)13.69□□□□□ -0.222e-6■■■■□ 23.7
SF3A3Q12874 SH3PXD2A-202ENST00000355946 11245 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC9.13□□□□□ -0.952e-6■■■■□ 23.7
SF3A3Q12874 FN1-208ENST00000426059 2388 ntTSL 1 (best) BASIC17.53■□□□□ 0.44e-14■■■■□ 23.7
SF3A3Q12874 D2HGDH-211ENST00000467427 555 ntTSL 317.66■□□□□ 0.424e-7■■■■□ 23.7
SF3A3Q12874 PRODH2-204ENST00000588266 567 ntTSL 314.42□□□□□ -0.11e-6■■■■□ 23.7
SF3A3Q12874 MYO19-215ENST00000616159 963 ntTSL 215.89■□□□□ 0.136e-7■■■■□ 23.7
SF3A3Q12874 MYO19-227ENST00000622055 897 ntTSL 310.73□□□□□ -0.696e-7■■■■□ 23.7
SF3A3Q12874 HDAC6-202ENST00000376610 736 ntTSL 515.6■□□□□ 0.095e-7■■■■□ 23.7
SF3A3Q12874 HDAC6-213ENST00000462730 1999 ntTSL 1 (best)14.72□□□□□ -0.055e-7■■■■□ 23.7
SF3A3Q12874 HDAC6-204ENST00000376643 907 ntTSL 512.4□□□□□ -0.425e-7■■■■□ 23.7
SF3A3Q12874 HDAC6-206ENST00000426196 882 ntTSL 311.09□□□□□ -0.635e-7■■■■□ 23.7
SF3A3Q12874 HDAC6-217ENST00000469223 796 ntTSL 511.03□□□□□ -0.645e-7■■■■□ 23.7
SF3A3Q12874 HDAC6-226ENST00000483656 585 ntTSL 59.95□□□□□ -0.825e-7■■■■□ 23.7
SF3A3Q12874 HDAC6-211ENST00000443563 568 ntTSL 49.85□□□□□ -0.835e-7■■■■□ 23.7
SF3A3Q12874 HDAC6-209ENST00000440653 658 ntTSL 49.2□□□□□ -0.945e-7■■■■□ 23.7
SF3A3Q12874 HDAC6-216ENST00000468949 572 ntTSL 47.73□□□□□ -1.175e-7■■■■□ 23.7
SF3A3Q12874 HDAC6-221ENST00000477561 764 ntTSL 57.67□□□□□ -1.185e-7■■■■□ 23.7
SF3A3Q12874 HDAC6-210ENST00000441703 599 ntTSL 36.51□□□□□ -1.375e-7■■■■□ 23.7
SF3A3Q12874 PPP1R10-201ENST00000376511 4525 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.06□□□□□ -0.163e-6■■■■□ 23.7
SF3A3Q12874 HSF1-202ENST00000527328 2336 ntTSL 219.06■□□□□ 0.646e-7■■■■□ 23.6
SF3A3Q12874 RPN2-201ENST00000237530 2515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.67■□□□□ 0.582e-8■■■■□ 23.6
SF3A3Q12874 RPN2-202ENST00000373622 2348 ntTSL 2 BASIC14.87□□□□□ -0.032e-8■■■■□ 23.6
SF3A3Q12874 THOP1-211ENST00000590970 1104 ntTSL 315.94■□□□□ 0.144e-7■■■■□ 23.6
SF3A3Q12874 THOP1-213ENST00000591363 639 ntTSL 514.52□□□□□ -0.094e-7■■■■□ 23.6
SF3A3Q12874 OSBPL2-211ENST00000622332 754 ntTSL 39.15□□□□□ -0.942e-6■■■■□ 23.6
SF3A3Q12874 SERPINF2-204ENST00000453066 842 ntTSL 515.45■□□□□ 0.065e-11■■■■□ 23.6
SF3A3Q12874 GPAT4-201ENST00000396987 6298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.192e-6■■■■□ 23.6
SF3A3Q12874 GPAT4-204ENST00000519921 997 ntTSL 510.96□□□□□ -0.652e-6■■■■□ 23.6
SF3A3Q12874 GPAT4-210ENST00000521806 873 ntTSL 510.56□□□□□ -0.722e-6■■■■□ 23.6
SF3A3Q12874 NELFCD-207ENST00000479207 1112 ntTSL 310.61□□□□□ -0.711e-6■■■■□ 23.6
SF3A3Q12874 IMPDH2-212ENST00000496837 760 ntTSL 212.94□□□□□ -0.346e-10■■■■□ 23.6
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