Protein–RNA interactions for Protein: Q9P1Q0

VPS54, Vacuolar protein sorting-associated protein 54, humanhuman

Predictions only

Length 977 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS54Q9P1Q0 SLC25A47-201ENST00000361529 1738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
VPS54Q9P1Q0 GPR42-201ENST00000454971 1804 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
VPS54Q9P1Q0 PRR23B-201ENST00000329447 1896 ntAPPRIS P1 BASIC21.8■■□□□ 1.08
VPS54Q9P1Q0 VBP1-201ENST00000286428 1686 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
VPS54Q9P1Q0 CYP2D8P-201ENST00000433633 1490 ntBASIC21.8■■□□□ 1.08
VPS54Q9P1Q0 KATNBL1P6-202ENST00000562413 1466 ntBASIC21.8■■□□□ 1.08
VPS54Q9P1Q0 MDK-205ENST00000405308 1166 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC21.8■■□□□ 1.08
VPS54Q9P1Q0 TYROBP-209ENST00000589517 415 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
VPS54Q9P1Q0 HCN2-201ENST00000251287 3408 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
VPS54Q9P1Q0 LIPG-203ENST00000577628 2323 ntTSL 2 BASIC21.8■■□□□ 1.08
VPS54Q9P1Q0 YY1AP1-213ENST00000405763 2011 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
VPS54Q9P1Q0 C6orf223-202ENST00000439969 2757 ntTSL 2 BASIC21.8■■□□□ 1.08
VPS54Q9P1Q0 AC004408.2-201ENST00000623613 2777 ntBASIC21.8■■□□□ 1.08
VPS54Q9P1Q0 GJA4-201ENST00000342280 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
VPS54Q9P1Q0 TNFRSF19-202ENST00000382258 1625 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
VPS54Q9P1Q0 KRT8P3-201ENST00000519669 1449 ntBASIC21.8■■□□□ 1.08
VPS54Q9P1Q0 ANKRD40-201ENST00000285243 4184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
VPS54Q9P1Q0 ATPIF1-202ENST00000465645 1855 ntTSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
VPS54Q9P1Q0 SLC27A3-204ENST00000368661 2410 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
VPS54Q9P1Q0 TCTN1-223ENST00000550703 2149 ntTSL 2 BASIC21.79■■□□□ 1.08
VPS54Q9P1Q0 IGFBP7-AS1-201ENST00000499667 1389 ntTSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
VPS54Q9P1Q0 JAKMIP1-208ENST00000637373 1362 ntTSL 5 BASIC21.79■■□□□ 1.08
VPS54Q9P1Q0 ADAP2-201ENST00000330889 2934 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
VPS54Q9P1Q0 SNAP47-202ENST00000366759 2362 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
VPS54Q9P1Q0 GDPD1-201ENST00000284116 1821 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
VPS54Q9P1Q0 VCY1B-201ENST00000250823 550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
VPS54Q9P1Q0 VCY-201ENST00000250825 550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
VPS54Q9P1Q0 TMIGD2-201ENST00000301272 1262 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
VPS54Q9P1Q0 ZFYVE1-202ENST00000394207 1183 ntTSL 2 BASIC21.79■■□□□ 1.08
VPS54Q9P1Q0 CACYBP-202ENST00000405362 1059 ntTSL 5 BASIC21.79■■□□□ 1.08
VPS54Q9P1Q0 CT47A1-201ENST00000433030 1288 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
VPS54Q9P1Q0 AL365295.1-202ENST00000456100 562 ntTSL 4 BASIC21.79■■□□□ 1.08
VPS54Q9P1Q0 BX088651.1-201ENST00000540551 451 ntBASIC21.79■■□□□ 1.08
VPS54Q9P1Q0 AC008763.3-201ENST00000597959 777 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC21.79■■□□□ 1.08
VPS54Q9P1Q0 AC020913.2-201ENST00000601929 629 ntTSL 5 BASIC21.79■■□□□ 1.08
VPS54Q9P1Q0 AC008622.2-201ENST00000617006 1229 ntBASIC21.79■■□□□ 1.08
VPS54Q9P1Q0 WNT6-201ENST00000233948 1703 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
VPS54Q9P1Q0 ZNF623-203ENST00000526926 2612 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.79■■□□□ 1.08
VPS54Q9P1Q0 METRN-204ENST00000568223 3325 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
VPS54Q9P1Q0 P2RX5-203ENST00000547178 1998 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
VPS54Q9P1Q0 IL4I1-201ENST00000341114 2349 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
VPS54Q9P1Q0 SPSB1-201ENST00000328089 3120 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
VPS54Q9P1Q0 P2RX2-206ENST00000389110 1867 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
VPS54Q9P1Q0 SLC35A2-217ENST00000635589 1424 ntTSL 2 BASIC21.79■■□□□ 1.08
VPS54Q9P1Q0 PLK5-201ENST00000334770 2106 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC21.79■■□□□ 1.08
VPS54Q9P1Q0 AC093503.3-201ENST00000624917 2352 ntBASIC21.79■■□□□ 1.08
VPS54Q9P1Q0 GALE-201ENST00000374497 1488 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
VPS54Q9P1Q0 MRPL3-201ENST00000264995 1706 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
VPS54Q9P1Q0 ORAI2-204ENST00000473939 2493 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
VPS54Q9P1Q0 SMIM1-203ENST00000561886 491 ntTSL 2 BASIC21.78■■□□□ 1.08
VPS54Q9P1Q0 DIO1-201ENST00000322679 1658 ntTSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
VPS54Q9P1Q0 DIO1-217ENST00000617230 1656 ntTSL 5 BASIC21.78■■□□□ 1.08
VPS54Q9P1Q0 ANKDD1B-204ENST00000601380 2569 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.78■■□□□ 1.08
VPS54Q9P1Q0 GHDC-212ENST00000593209 1827 ntTSL 5 BASIC21.78■■□□□ 1.08
VPS54Q9P1Q0 AIPL1-209ENST00000575265 2111 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.08
VPS54Q9P1Q0 FPGS-203ENST00000373247 2279 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.08
VPS54Q9P1Q0 CMTM7-201ENST00000334983 2038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.08
VPS54Q9P1Q0 CD151-201ENST00000322008 1548 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.08
VPS54Q9P1Q0 CROCCP3-202ENST00000420820 1947 ntBASIC21.77■■□□□ 1.08
VPS54Q9P1Q0 AD000671.2-201ENST00000589807 1925 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.77■■□□□ 1.08
VPS54Q9P1Q0 MMP23A-201ENST00000234610 1017 ntBASIC21.77■■□□□ 1.08
VPS54Q9P1Q0 KRAS-201ENST00000256078 1119 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.08
VPS54Q9P1Q0 MLF2-210ENST00000542154 838 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.77■■□□□ 1.08
VPS54Q9P1Q0 GLDC-219ENST00000640208 420 ntTSL 2 BASIC21.77■■□□□ 1.08
VPS54Q9P1Q0 AP003356.1-202ENST00000517910 2770 ntTSL 2 BASIC21.77■■□□□ 1.08
VPS54Q9P1Q0 PSRC1-202ENST00000369904 1584 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.08
VPS54Q9P1Q0 ACAA1-209ENST00000450296 1570 ntTSL 5 BASIC21.77■■□□□ 1.08
VPS54Q9P1Q0 FAM20B-201ENST00000263733 5984 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.08
VPS54Q9P1Q0 SLC39A4-201ENST00000276833 2297 ntTSL 2 BASIC21.77■■□□□ 1.08
VPS54Q9P1Q0 CDC14B-208ENST00000463569 1734 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.77■■□□□ 1.08
VPS54Q9P1Q0 TMEM91-210ENST00000542945 1610 ntTSL 2 BASIC21.77■■□□□ 1.07
VPS54Q9P1Q0 TCIRG1-213ENST00000532635 2457 ntTSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.07
VPS54Q9P1Q0 SLC31A2-201ENST00000259392 1785 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
VPS54Q9P1Q0 MFSD10-202ENST00000355443 1753 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
VPS54Q9P1Q0 SPATA20-226ENST00000619622 2769 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.76■■□□□ 1.07
VPS54Q9P1Q0 AIRN-201ENST00000601203 4374 ntBASIC21.76■■□□□ 1.07
VPS54Q9P1Q0 ZNF302-214ENST00000613363 2893 ntAPPRIS ALT2 TSL 4 BASIC21.76■■□□□ 1.07
VPS54Q9P1Q0 UTP18-201ENST00000225298 1894 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
VPS54Q9P1Q0 HIST1H2APS4-201ENST00000362070 348 ntBASIC21.76■■□□□ 1.07
VPS54Q9P1Q0 TIMM17B-201ENST00000376582 950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
VPS54Q9P1Q0 ELF3-AS1-202ENST00000419190 788 ntTSL 2 BASIC21.76■■□□□ 1.07
VPS54Q9P1Q0 AL731557.1-201ENST00000425264 744 ntTSL 3 BASIC21.76■■□□□ 1.07
VPS54Q9P1Q0 NCAM1-AS1-201ENST00000526229 1081 ntTSL 2 BASIC21.76■■□□□ 1.07
VPS54Q9P1Q0 PNMA8A-203ENST00000602246 572 ntAPPRIS ALT2 TSL 4 BASIC21.76■■□□□ 1.07
VPS54Q9P1Q0 FFAR4-203ENST00000604414 1142 ntTSL 3 BASIC21.76■■□□□ 1.07
VPS54Q9P1Q0 ATG4B-226ENST00000625810 370 ntTSL 4 BASIC21.76■■□□□ 1.07
VPS54Q9P1Q0 RPS27A-211ENST00000639844 606 ntTSL 5 BASIC21.76■■□□□ 1.07
VPS54Q9P1Q0 KMT5B-201ENST00000304363 5837 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.76■■□□□ 1.07
VPS54Q9P1Q0 AL512353.2-201ENST00000448759 1962 ntBASIC21.76■■□□□ 1.07
VPS54Q9P1Q0 CDKN2C-201ENST00000262662 2904 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.76■■□□□ 1.07
VPS54Q9P1Q0 SYBU-232ENST00000533171 2498 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.75■■□□□ 1.07
VPS54Q9P1Q0 RMND5A-201ENST00000283632 6301 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
VPS54Q9P1Q0 CCDC106-201ENST00000308964 1546 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
VPS54Q9P1Q0 SYN2-206ENST00000621198 2674 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
VPS54Q9P1Q0 PLA2G7-201ENST00000274793 1882 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
VPS54Q9P1Q0 CASC2-205ENST00000454781 2216 ntTSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
VPS54Q9P1Q0 HDAC11-221ENST00000522202 1559 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.75■■□□□ 1.07
VPS54Q9P1Q0 WNT1-201ENST00000293549 1185 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
VPS54Q9P1Q0 INGX-201ENST00000359239 846 ntBASIC21.75■■□□□ 1.07
VPS54Q9P1Q0 TNNT3-206ENST00000381579 1042 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 35 ms