Protein–RNA interactions for Protein: Q9NZR4

VSX1, Visual system homeobox 1, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 365 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VSX1Q9NZR4 LRP8-204ENST00000371454 3322 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
VSX1Q9NZR4 FLYWCH1-201ENST00000253928 5037 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
VSX1Q9NZR4 HOXD11-201ENST00000249504 1533 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.2■□□□□ 0.34
VSX1Q9NZR4 KRT18-202ENST00000388837 1420 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.2■□□□□ 0.34
VSX1Q9NZR4 CD55-201ENST00000314754 2220 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
VSX1Q9NZR4 HOXB9-201ENST00000311177 2581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
VSX1Q9NZR4 PLPBP-201ENST00000328195 2558 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
VSX1Q9NZR4 ANKDD1B-204ENST00000601380 2569 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.2■□□□□ 0.34
VSX1Q9NZR4 ADAP1-217ENST00000611167 2118 ntTSL 5 BASIC17.2■□□□□ 0.34
VSX1Q9NZR4 MYO9A-214ENST00000566885 5111 ntTSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
VSX1Q9NZR4 KSR1-205ENST00000509603 2731 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.2■□□□□ 0.34
VSX1Q9NZR4 FAM87B-201ENST00000326734 1947 ntTSL 2 BASIC17.19■□□□□ 0.34
VSX1Q9NZR4 ERLIN2-202ENST00000335171 1742 ntTSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
VSX1Q9NZR4 ZNF302-215ENST00000627982 1723 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.19■□□□□ 0.34
VSX1Q9NZR4 MORC4-201ENST00000255495 2940 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
VSX1Q9NZR4 HIGD1A-201ENST00000321331 1373 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
VSX1Q9NZR4 ACD-202ENST00000393919 1974 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
VSX1Q9NZR4 H3F3A-204ENST00000366816 799 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.19■□□□□ 0.34
VSX1Q9NZR4 AL355802.2-201ENST00000402069 882 ntBASIC17.19■□□□□ 0.34
VSX1Q9NZR4 ZNF295-AS1-201ENST00000412906 952 ntTSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
VSX1Q9NZR4 CT47A12-201ENST00000419982 1165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
VSX1Q9NZR4 AC073316.3-201ENST00000437354 982 ntTSL 3 BASIC17.19■□□□□ 0.34
VSX1Q9NZR4 IDH1-AS1-202ENST00000448588 489 ntTSL 3 BASIC17.19■□□□□ 0.34
VSX1Q9NZR4 TMEM218-207ENST00000528724 1117 ntTSL 5 BASIC17.19■□□□□ 0.34
VSX1Q9NZR4 TMEM218-214ENST00000532156 954 ntTSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
VSX1Q9NZR4 SMAGP-206ENST00000604188 433 ntTSL 3 BASIC17.19■□□□□ 0.34
VSX1Q9NZR4 C15orf56-202ENST00000623360 2129 ntTSL 2 BASIC17.19■□□□□ 0.34
VSX1Q9NZR4 TMC5-203ENST00000396229 4917 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.19■□□□□ 0.34
VSX1Q9NZR4 ANHX-202ENST00000545940 3452 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.19■□□□□ 0.34
VSX1Q9NZR4 MAEA-208ENST00000505839 1444 ntTSL 2 BASIC17.19■□□□□ 0.34
VSX1Q9NZR4 GTF3C5-202ENST00000372097 2406 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
VSX1Q9NZR4 NFATC1-217ENST00000591814 4819 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
VSX1Q9NZR4 SMAD7-201ENST00000262158 3087 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
VSX1Q9NZR4 DACT2-204ENST00000610183 2088 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
VSX1Q9NZR4 CFP-203ENST00000396992 1592 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
VSX1Q9NZR4 DTWD1-202ENST00000403028 1584 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
VSX1Q9NZR4 ATPAF2-206ENST00000474627 1564 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
VSX1Q9NZR4 ANKRD65-201ENST00000427211 1976 ntTSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
VSX1Q9NZR4 CDK13-201ENST00000181839 7298 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
VSX1Q9NZR4 TREX2-203ENST00000338525 2116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
VSX1Q9NZR4 SDCBP-204ENST00000447182 2103 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
VSX1Q9NZR4 MLST8-232ENST00000569417 1870 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
VSX1Q9NZR4 P2RY2-201ENST00000311131 2660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
VSX1Q9NZR4 DBNL-219ENST00000490734 2004 ntTSL 2 BASIC17.18■□□□□ 0.34
VSX1Q9NZR4 HIC1-201ENST00000322941 3053 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.18■□□□□ 0.34
VSX1Q9NZR4 SAAL1-204ENST00000529318 1503 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.18■□□□□ 0.34
VSX1Q9NZR4 GTF3C5-201ENST00000342018 1905 ntTSL 5 BASIC17.18■□□□□ 0.34
VSX1Q9NZR4 RTN4-201ENST00000317610 2333 ntTSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
VSX1Q9NZR4 NDOR1-203ENST00000427047 2315 ntTSL 2 BASIC17.18■□□□□ 0.34
VSX1Q9NZR4 KLHL2-201ENST00000226725 3134 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
VSX1Q9NZR4 UBE2Z-201ENST00000360943 3122 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
VSX1Q9NZR4 ECEL1-201ENST00000304546 2865 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
VSX1Q9NZR4 WWOX-205ENST00000539474 1670 ntTSL 5 BASIC17.18■□□□□ 0.34
VSX1Q9NZR4 HLA-L-209ENST00000420110 1011 ntBASIC17.18■□□□□ 0.34
VSX1Q9NZR4 AC127496.6-201ENST00000576215 338 ntTSL 3 BASIC17.18■□□□□ 0.34
VSX1Q9NZR4 PSME3-210ENST00000590720 998 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
VSX1Q9NZR4 AC005225.2-202ENST00000617980 408 ntTSL 4 BASIC17.18■□□□□ 0.34
VSX1Q9NZR4 IL15RA-221ENST00000620865 1037 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
VSX1Q9NZR4 AP003356.1-202ENST00000517910 2770 ntTSL 2 BASIC17.18■□□□□ 0.34
VSX1Q9NZR4 ANXA2-201ENST00000332680 1444 ntTSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
VSX1Q9NZR4 TMEM191A-208ENST00000450925 1961 ntTSL 2 BASIC17.18■□□□□ 0.34
VSX1Q9NZR4 AC020763.4-201ENST00000623414 4170 ntBASIC17.18■□□□□ 0.34
VSX1Q9NZR4 CDK18-217ENST00000506784 2143 ntTSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
VSX1Q9NZR4 AC093627.4-201ENST00000484550 5008 ntTSL 2 BASIC17.18■□□□□ 0.34
VSX1Q9NZR4 PCCA-201ENST00000376279 2418 ntTSL 2 BASIC17.18■□□□□ 0.34
VSX1Q9NZR4 GCGR-202ENST00000570996 1872 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.18■□□□□ 0.34
VSX1Q9NZR4 ARRB2-216ENST00000574954 1348 ntTSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
VSX1Q9NZR4 ILKAP-201ENST00000254654 1490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
VSX1Q9NZR4 KCNC3-203ENST00000477616 3176 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
VSX1Q9NZR4 FAM83A-205ENST00000522648 1604 ntTSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
VSX1Q9NZR4 ORAI2-204ENST00000473939 2493 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
VSX1Q9NZR4 AC004408.2-201ENST00000623613 2777 ntBASIC17.17■□□□□ 0.34
VSX1Q9NZR4 SYTL1-201ENST00000318074 1900 ntTSL 2 BASIC17.17■□□□□ 0.34
VSX1Q9NZR4 FNBP1-203ENST00000443566 5227 ntTSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
VSX1Q9NZR4 SLC27A1-204ENST00000598424 2681 ntTSL 2 BASIC17.17■□□□□ 0.34
VSX1Q9NZR4 CACNA1B-203ENST00000371355 9647 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.17■□□□□ 0.34
VSX1Q9NZR4 PRDM8-202ENST00000415738 3124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
VSX1Q9NZR4 KCNK4-202ENST00000422670 1697 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
VSX1Q9NZR4 TCTA-201ENST00000273590 2146 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
VSX1Q9NZR4 CACNA1A-227ENST00000636549 6792 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.17■□□□□ 0.34
VSX1Q9NZR4 TRAM1L1-201ENST00000310754 2023 ntAPPRIS P1 BASIC17.17■□□□□ 0.34
VSX1Q9NZR4 SLC25A20-201ENST00000319017 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
VSX1Q9NZR4 C6orf48-205ENST00000375640 1053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
VSX1Q9NZR4 AC035140.1-201ENST00000507957 493 ntTSL 3 BASIC17.17■□□□□ 0.34
VSX1Q9NZR4 EXOSC4-202ENST00000525936 606 ntTSL 3 BASIC17.17■□□□□ 0.34
VSX1Q9NZR4 LINC01578-208ENST00000557147 490 ntTSL 3 BASIC17.17■□□□□ 0.34
VSX1Q9NZR4 NOL3-204ENST00000564053 1592 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.17■□□□□ 0.34
VSX1Q9NZR4 SYNGR4-202ENST00000595322 533 ntTSL 3 BASIC17.17■□□□□ 0.34
VSX1Q9NZR4 ZCCHC24-202ENST00000372336 4933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
VSX1Q9NZR4 EML3-217ENST00000531557 2509 ntTSL 5 BASIC17.17■□□□□ 0.34
VSX1Q9NZR4 REEP2-201ENST00000254901 2099 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
VSX1Q9NZR4 SLC31A2-201ENST00000259392 1785 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
VSX1Q9NZR4 NAT6-204ENST00000443094 1464 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
VSX1Q9NZR4 HR-202ENST00000381418 6336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
VSX1Q9NZR4 LIN54-209ENST00000510557 2257 ntTSL 2 BASIC17.17■□□□□ 0.34
VSX1Q9NZR4 OTOP2-201ENST00000331427 2147 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.17■□□□□ 0.34
VSX1Q9NZR4 HIBADH-201ENST00000265395 1990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
VSX1Q9NZR4 RREB1-201ENST00000334984 5789 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
VSX1Q9NZR4 KANK4-204ENST00000371153 4665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
VSX1Q9NZR4 PDLIM2-204ENST00000397760 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 40.1 ms