Protein–RNA interactions for Protein: Q12874

SF3A3, Splicing factor 3A subunit 3, humanhuman

Known RBP eCLIP

Length 501 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SF3A3Q12874 TRRAP-202ENST00000359863 12677 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC7.82□□□□□ -1.165e-7■■■■□ 25.9
SF3A3Q12874 TRRAP-207ENST00000628380 12644 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC7.67□□□□□ -1.185e-7■■■■□ 25.9
SF3A3Q12874 TRRAP-204ENST00000446306 12492 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC6.49□□□□□ -1.375e-7■■■■□ 25.9
SF3A3Q12874 KIFC1-211ENST00000428849 2706 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.41■□□□□ 0.382e-6■■■■□ 25.9
SF3A3Q12874 MAN2C1-216ENST00000563622 2961 ntTSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.013e-7■■■■□ 25.9
SF3A3Q12874 MAN2C1-242ENST00000569482 3177 ntTSL 1 (best) BASIC14.22□□□□□ -0.133e-7■■■■□ 25.9
SF3A3Q12874 MAN2C1-201ENST00000267978 3284 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.64□□□□□ -0.233e-7■■■■□ 25.9
SF3A3Q12874 MAN2C1-224ENST00000565683 3300 ntTSL 1 (best) BASIC12.85□□□□□ -0.353e-7■■■■□ 25.9
SF3A3Q12874 GOLGA2-209ENST00000490257 1964 ntTSL 218.82■□□□□ 0.67e-9■■■■□ 25.9
SF3A3Q12874 PNPLA3-203ENST00000423180 2222 ntTSL 2 BASIC16.21■□□□□ 0.181e-7■■■■□ 25.9
SF3A3Q12874 PNPLA3-201ENST00000216180 2805 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.161e-7■■■■□ 25.9
SF3A3Q12874 PNPLA3-202ENST00000406117 1480 ntTSL 213.8□□□□□ -0.21e-7■■■■□ 25.9
SF3A3Q12874 SIRT1-205ENST00000473922 576 ntTSL 421.76■■□□□ 1.073e-6■■■■□ 25.8
SF3A3Q12874 SIRT1-201ENST00000212015 4094 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.813e-6■■■■□ 25.8
SF3A3Q12874 GLTPD2-201ENST00000331264 1023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.34■□□□□ 0.693e-6■■■■□ 25.8
SF3A3Q12874 SLC27A5-205ENST00000595851 2003 ntTSL 219.22■□□□□ 0.673e-6■■■■□ 25.8
SF3A3Q12874 SIRT1-204ENST00000432464 3587 ntTSL 5 BASIC13.19□□□□□ -0.33e-6■■■■□ 25.8
SF3A3Q12874 SIRT1-206ENST00000497639 673 ntTSL 59.18□□□□□ -0.943e-6■■■■□ 25.8
SF3A3Q12874 KIAA0753-201ENST00000361413 4859 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC8.15□□□□□ -1.113e-6■■■■□ 25.8
SF3A3Q12874 KIAA0753-207ENST00000572370 3263 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC6.52□□□□□ -1.373e-6■■■■□ 25.8
SF3A3Q12874 KIAA0753-204ENST00000570790 3403 ntTSL 25.41□□□□□ -1.543e-6■■■■□ 25.8
SF3A3Q12874 KIAA0753-206ENST00000572235 851 ntTSL 35.15□□□□□ -1.593e-6■■■■□ 25.8
SF3A3Q12874 DIP2A-201ENST00000400274 7023 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.92■□□□□ 0.31e-6■■■■□ 25.8
SF3A3Q12874 DIP2A-202ENST00000417564 6967 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC11.21□□□□□ -0.621e-6■■■■□ 25.8
SF3A3Q12874 ERF-205ENST00000595941 227 ntTSL 48.16□□□□□ -1.14e-6■■■■□ 25.8
SF3A3Q12874 GAS5-202ENST00000414075 413 ntTSL 2 BASIC5.52□□□□□ -1.532e-20■■■■□ 25.8
SF3A3Q12874 TRIM15-208ENST00000433744 491 ntTSL 312.74□□□□□ -0.372e-7■■■■□ 25.8
SF3A3Q12874 NAGK-207ENST00000455197 763 ntTSL 517.61■□□□□ 0.413e-6■■■■□ 25.8
SF3A3Q12874 FDXR-208ENST00000578473 2482 ntTSL 1 (best)22.77■■□□□ 1.244e-7■■■■□ 25.8
SF3A3Q12874 FDXR-201ENST00000293195 1875 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.984e-7■■■■□ 25.8
SF3A3Q12874 FDXR-217ENST00000582944 1766 ntTSL 2 BASIC19.93■□□□□ 0.784e-7■■■■□ 25.8
SF3A3Q12874 FDXR-206ENST00000577509 1912 ntTSL 219.83■□□□□ 0.774e-7■■■■□ 25.8
SF3A3Q12874 FDXR-209ENST00000579482 2157 ntTSL 219.83■□□□□ 0.764e-7■■■■□ 25.8
SF3A3Q12874 FDXR-219ENST00000583917 1762 ntTSL 5 BASIC19.83■□□□□ 0.764e-7■■■■□ 25.8
SF3A3Q12874 FDXR-204ENST00000442102 1967 ntTSL 2 BASIC19.82■□□□□ 0.764e-7■■■■□ 25.8
SF3A3Q12874 FDXR-203ENST00000420580 1705 ntTSL 2 BASIC19.01■□□□□ 0.634e-7■■■■□ 25.8
SF3A3Q12874 FDXR-218ENST00000583881 1561 ntTSL 218.98■□□□□ 0.634e-7■■■■□ 25.8
SF3A3Q12874 FDXR-202ENST00000413947 1809 ntTSL 2 BASIC18.81■□□□□ 0.64e-7■■■■□ 25.8
SF3A3Q12874 FDXR-214ENST00000581530 1827 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.77■□□□□ 0.594e-7■■■■□ 25.8
SF3A3Q12874 GPS1-204ENST00000392358 2276 ntTSL 1 (best) BASIC25.81■■□□□ 1.723e-7■■■■□ 25.8
SF3A3Q12874 GPS1-201ENST00000306823 1842 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.73■□□□□ 0.593e-7■■■■□ 25.8
SF3A3Q12874 GPS1-226ENST00000623691 1839 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.2■□□□□ 0.343e-7■■■■□ 25.8
SF3A3Q12874 GPS1-228ENST00000624957 1825 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.82■□□□□ 0.283e-7■■■■□ 25.8
SF3A3Q12874 GPS1-224ENST00000584460 1855 ntTSL 216.81■□□□□ 0.283e-7■■■■□ 25.8
SF3A3Q12874 GPS1-202ENST00000320548 1949 ntTSL 2 BASIC16.76■□□□□ 0.273e-7■■■■□ 25.8
SF3A3Q12874 GPS1-208ENST00000578552 1874 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.173e-7■■■■□ 25.8
SF3A3Q12874 GPS1-227ENST00000623761 1943 ntTSL 2 BASIC15.75■□□□□ 0.113e-7■■■■□ 25.8
SF3A3Q12874 GPS1-203ENST00000392357 4076 ntTSL 1 (best)15.34■□□□□ 0.053e-7■■■■□ 25.8
SF3A3Q12874 TSC2-222ENST00000568454 5434 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.33■□□□□ 0.525e-8■■■■□ 25.8
SF3A3Q12874 TSC2-204ENST00000401874 5421 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.525e-8■■■■□ 25.8
SF3A3Q12874 TSC2-201ENST00000219476 6156 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC18.16■□□□□ 0.55e-8■■■■□ 25.8
SF3A3Q12874 TSC2-207ENST00000439673 5287 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.87■□□□□ 0.455e-8■■■■□ 25.8
SF3A3Q12874 TSC2-202ENST00000350773 5532 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.6■□□□□ 0.415e-8■■■■□ 25.8
SF3A3Q12874 TSC2-206ENST00000439117 5073 ntTSL 1 (best)16.48■□□□□ 0.235e-8■■■■□ 25.8
SF3A3Q12874 TSC2-203ENST00000382538 5264 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.9■□□□□ 0.145e-8■■■■□ 25.8
SF3A3Q12874 ATP13A1-204ENST00000467160 2431 ntTSL 219.05■□□□□ 0.646e-9■■■■□ 25.8
SF3A3Q12874 SMARCA4-219ENST00000592604 2940 ntTSL 1 (best)15.92■□□□□ 0.142e-6■■■■□ 25.8
SF3A3Q12874 DUS1L-213ENST00000580731 725 ntTSL 515.17■□□□□ 0.026e-7■■■■□ 25.8
SF3A3Q12874 ALDH18A1-205ENST00000489386 543 ntTSL 35.55□□□□□ -1.521e-6■■■■□ 25.8
SF3A3Q12874 PDXK-215ENST00000476313 1704 ntTSL 319.63■□□□□ 0.733e-7■■■■□ 25.8
SF3A3Q12874 PDXK-202ENST00000327574 2583 ntTSL 2 BASIC17.29■□□□□ 0.363e-7■■■■□ 25.8
SF3A3Q12874 PDXK-213ENST00000472777 460 ntTSL 510.58□□□□□ -0.723e-7■■■■□ 25.8
SF3A3Q12874 CAPN15-201ENST00000219611 4744 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.88■□□□□ 0.618e-7■■■■□ 25.8
SF3A3Q12874 MGEA5-208ENST00000479811 695 ntTSL 59.16□□□□□ -0.947e-8■■■■□ 25.8
SF3A3Q12874 MGEA5-209ENST00000482611 1664 ntTSL 1 (best)6.65□□□□□ -1.357e-8■■■■□ 25.8
SF3A3Q12874 MGEA5-210ENST00000492204 519 ntTSL 26.28□□□□□ -1.47e-8■■■■□ 25.8
SF3A3Q12874 MGEA5-211ENST00000494347 712 ntTSL 25.34□□□□□ -1.557e-8■■■■□ 25.8
SF3A3Q12874 RABL6-207ENST00000461992 763 ntTSL 1 (best)11.44□□□□□ -0.588e-9■■■■□ 25.8
SF3A3Q12874 ARHGAP17-218ENST00000575656 978 ntTSL 37.24□□□□□ -1.253e-6■■■■□ 25.8
SF3A3Q12874 ARHGAP17-219ENST00000575975 681 ntTSL 1 (best)5.95□□□□□ -1.463e-6■■■■□ 25.8
SF3A3Q12874 TTC38-201ENST00000381031 2610 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.021e-6■■■■□ 25.7
SF3A3Q12874 ASAP2-201ENST00000281419 5712 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.343e-6■■■■□ 25.7
SF3A3Q12874 ASAP2-202ENST00000315273 5582 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.233e-6■■■■□ 25.7
SF3A3Q12874 HAUS5-206ENST00000587439 2758 ntTSL 218.4■□□□□ 0.543e-6■■■■□ 25.7
SF3A3Q12874 HAUS5-205ENST00000585968 2762 ntTSL 1 (best)17.6■□□□□ 0.413e-6■■■■□ 25.7
SF3A3Q12874 HAUS5-202ENST00000424522 4462 ntTSL 513.57□□□□□ -0.243e-6■■■■□ 25.7
SF3A3Q12874 HAUS5-201ENST00000203166 4283 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.3□□□□□ -0.283e-6■■■■□ 25.7
SF3A3Q12874 HAUS5-203ENST00000428854 4387 ntTSL 513.09□□□□□ -0.313e-6■■■■□ 25.7
SF3A3Q12874 RPS11-204ENST00000599167 1133 ntTSL 511.56□□□□□ -0.562e-22■■■■□ 25.7
SF3A3Q12874 RPS11-206ENST00000600027 944 ntTSL 511.56□□□□□ -0.562e-22■■■■□ 25.7
SF3A3Q12874 RPS11-201ENST00000270625 614 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC8.33□□□□□ -1.082e-22■■■■□ 25.7
SF3A3Q12874 RPS11-202ENST00000594493 575 ntTSL 3 BASIC8.33□□□□□ -1.082e-22■■■■□ 25.7
SF3A3Q12874 RPS11-209ENST00000602252 751 ntTSL 28.33□□□□□ -1.082e-22■■■■□ 25.7
SF3A3Q12874 RPS11-207ENST00000601216 602 ntTSL 47.72□□□□□ -1.172e-22■■■■□ 25.7
SF3A3Q12874 RPS11-208ENST00000601306 547 ntTSL 37.63□□□□□ -1.192e-22■■■■□ 25.7
SF3A3Q12874 RPS11-203ENST00000596873 583 ntTSL 2 BASIC7.52□□□□□ -1.212e-22■■■■□ 25.7
SF3A3Q12874 RPS11-205ENST00000599561 430 ntTSL 5 BASIC5.96□□□□□ -1.462e-22■■■■□ 25.7
SF3A3Q12874 AXIN1-201ENST00000262320 3643 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC19.76■□□□□ 0.752e-6■■■■□ 25.7
SF3A3Q12874 AXIN1-204ENST00000461023 6340 ntTSL 217.11■□□□□ 0.332e-6■■■■□ 25.7
SF3A3Q12874 AXIN1-202ENST00000354866 3324 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.6□□□□□ -0.232e-6■■■■□ 25.7
SF3A3Q12874 LAMA5-201ENST00000252999 11426 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.87□□□□□ -0.356e-7■■■■□ 25.7
SF3A3Q12874 ANKFY1-211ENST00000575298 665 ntTSL 512.18□□□□□ -0.462e-6■■■■□ 25.6
SF3A3Q12874 USP31-201ENST00000219689 10699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.65□□□□□ -0.383e-8■■■■□ 25.6
SF3A3Q12874 MPC1-207ENST00000621685 1192 ntTSL 5 BASIC21.42■■□□□ 1.022e-6■■■■□ 25.6
SF3A3Q12874 MPC1-206ENST00000621630 977 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.42■■□□□ 1.022e-6■■■■□ 25.6
SF3A3Q12874 MPC1-201ENST00000341756 976 ntTSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.022e-6■■■■□ 25.6
SF3A3Q12874 MPC1-202ENST00000360961 962 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18.59■□□□□ 0.572e-6■■■■□ 25.6
SF3A3Q12874 CNOT3-208ENST00000613073 2778 ntTSL 217.9■□□□□ 0.463e-6■■■■□ 25.6
SF3A3Q12874 CNOT3-204ENST00000447684 2765 ntTSL 2 BASIC17.83■□□□□ 0.443e-6■■■■□ 25.6
SF3A3Q12874 CNOT3-201ENST00000221232 2852 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.133e-6■■■■□ 25.6
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