Protein–RNA interactions for Protein: Q9UK41

VPS28, Vacuolar protein sorting-associated protein 28 homolog, humanhuman

Predictions only

Length 221 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS28Q9UK41 MBP-237ENST00000579129 1052 ntTSL 5 BASIC26.39■■□□□ 1.82
VPS28Q9UK41 MIR3648-2-201ENST00000581792 180 ntBASIC26.39■■□□□ 1.82
VPS28Q9UK41 MIR3648-1-201ENST00000615959 180 ntBASIC26.39■■□□□ 1.82
VPS28Q9UK41 AMZ2-201ENST00000359783 1722 ntTSL 5 BASIC26.39■■□□□ 1.81
VPS28Q9UK41 C16orf59-202ENST00000483320 1709 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.39■■□□□ 1.81
VPS28Q9UK41 P2RX2-203ENST00000350048 1344 ntTSL 1 (best) BASIC26.39■■□□□ 1.81
VPS28Q9UK41 RRAGC-201ENST00000373001 2732 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.38■■□□□ 1.81
VPS28Q9UK41 DUX4L13-201ENST00000554103 1267 ntBASIC26.38■■□□□ 1.81
VPS28Q9UK41 DUX4L15-201ENST00000611059 1267 ntBASIC26.38■■□□□ 1.81
VPS28Q9UK41 DUX4L23-201ENST00000615195 1269 ntBASIC26.38■■□□□ 1.81
VPS28Q9UK41 DUX4L24-201ENST00000617576 1269 ntBASIC26.38■■□□□ 1.81
VPS28Q9UK41 DUX4L22-201ENST00000618238 1269 ntBASIC26.38■■□□□ 1.81
VPS28Q9UK41 DUX4L20-201ENST00000619712 1269 ntBASIC26.38■■□□□ 1.81
VPS28Q9UK41 DUX4L21-201ENST00000622058 1269 ntBASIC26.38■■□□□ 1.81
VPS28Q9UK41 DUX4L10-201ENST00000622460 1267 ntBASIC26.38■■□□□ 1.81
VPS28Q9UK41 DUX4L25-201ENST00000624915 1269 ntBASIC26.38■■□□□ 1.81
VPS28Q9UK41 GDI1-215ENST00000630693 786 ntTSL 4 BASIC26.38■■□□□ 1.81
VPS28Q9UK41 EXOC3L4-201ENST00000380069 2293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.38■■□□□ 1.81
VPS28Q9UK41 ADAT3-201ENST00000329478 1620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.38■■□□□ 1.81
VPS28Q9UK41 SLC16A11-201ENST00000308009 1803 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.37■■□□□ 1.81
VPS28Q9UK41 FOXE3-201ENST00000335071 1981 ntAPPRIS P1 BASIC26.37■■□□□ 1.81
VPS28Q9UK41 WHAMMP2-203ENST00000563942 1603 ntBASIC26.37■■□□□ 1.81
VPS28Q9UK41 CR559946.2-201ENST00000623684 991 ntBASIC26.37■■□□□ 1.81
VPS28Q9UK41 CHML-204ENST00000638121 920 ntTSL 2 BASIC26.37■■□□□ 1.81
VPS28Q9UK41 PHOX2A-201ENST00000298231 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.37■■□□□ 1.81
VPS28Q9UK41 CGREF1-203ENST00000402394 1906 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC26.37■■□□□ 1.81
VPS28Q9UK41 RUNX2-203ENST00000371436 1588 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.37■■□□□ 1.81
VPS28Q9UK41 RRAD-202ENST00000420652 1476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.36■■□□□ 1.81
VPS28Q9UK41 PQLC1-202ENST00000357575 2475 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC26.36■■□□□ 1.81
VPS28Q9UK41 RANBP1-202ENST00000402752 1132 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.36■■□□□ 1.81
VPS28Q9UK41 HSD17B1-201ENST00000225929 1265 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.35■■□□□ 1.81
VPS28Q9UK41 RHOC-202ENST00000339083 1418 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.35■■□□□ 1.81
VPS28Q9UK41 HOXB3-212ENST00000498678 2196 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.35■■□□□ 1.81
VPS28Q9UK41 AC016575.1-201ENST00000607026 382 ntBASIC26.35■■□□□ 1.81
VPS28Q9UK41 SLC35D2-203ENST00000375259 1361 ntTSL 1 (best) BASIC26.34■■□□□ 1.81
VPS28Q9UK41 AURKAIP1-203ENST00000338370 1072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.34■■□□□ 1.81
VPS28Q9UK41 AC231981.1-201ENST00000450917 974 ntTSL 3 BASIC26.34■■□□□ 1.81
VPS28Q9UK41 ACOT12-204ENST00000513751 612 ntTSL 1 (best) BASIC26.34■■□□□ 1.81
VPS28Q9UK41 CAPNS1-211ENST00000590874 926 ntTSL 5 BASIC26.34■■□□□ 1.81
VPS28Q9UK41 ATF4-201ENST00000337304 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.34■■□□□ 1.81
VPS28Q9UK41 SIRT3-201ENST00000382743 2543 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.33■■□□□ 1.81
VPS28Q9UK41 FGF18-201ENST00000274625 1986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.33■■□□□ 1.8
VPS28Q9UK41 PRELID2-207ENST00000511435 1894 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC26.32■■□□□ 1.8
VPS28Q9UK41 GADD45G-201ENST00000252506 1065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.32■■□□□ 1.8
VPS28Q9UK41 ING2-201ENST00000302327 1189 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.32■■□□□ 1.8
VPS28Q9UK41 KRT18-201ENST00000388835 1562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.32■■□□□ 1.8
VPS28Q9UK41 C2orf88-204ENST00000409870 1441 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.31■■□□□ 1.8
VPS28Q9UK41 EXOC3-209ENST00000512944 2825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.31■■□□□ 1.8
VPS28Q9UK41 EMC10-202ENST00000376918 2014 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.31■■□□□ 1.8
VPS28Q9UK41 CAAP1-205ENST00000520187 773 ntTSL 5 BASIC26.31■■□□□ 1.8
VPS28Q9UK41 RPS2-202ENST00000526522 924 ntTSL 2 BASIC26.31■■□□□ 1.8
VPS28Q9UK41 SHF-206ENST00000560471 2499 ntTSL 5 BASIC26.31■■□□□ 1.8
VPS28Q9UK41 MARCKSL1-201ENST00000329421 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.3■■□□□ 1.8
VPS28Q9UK41 FOXQ1-201ENST00000296839 2309 ntAPPRIS P1 BASIC26.3■■□□□ 1.8
VPS28Q9UK41 TNFRSF25-204ENST00000356876 1625 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.29■■□□□ 1.8
VPS28Q9UK41 KCTD17-202ENST00000403888 1763 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.29■■□□□ 1.8
VPS28Q9UK41 AL118558.1-203ENST00000553701 447 ntTSL 3 BASIC26.29■■□□□ 1.8
VPS28Q9UK41 SP8-201ENST00000361443 1714 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.28■■□□□ 1.8
VPS28Q9UK41 HES6-205ENST00000409356 528 ntTSL 2 BASIC26.27■■□□□ 1.8
VPS28Q9UK41 MAPK8IP1P1-201ENST00000574657 1439 ntBASIC26.27■■□□□ 1.8
VPS28Q9UK41 ANKRD16-201ENST00000191063 1567 ntTSL 3 BASIC26.27■■□□□ 1.8
VPS28Q9UK41 SLC35D2-201ENST00000253270 1613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.27■■□□□ 1.8
VPS28Q9UK41 CUL4A-202ENST00000375440 2364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.26■■□□□ 1.79
VPS28Q9UK41 TPRA1-209ENST00000489960 1903 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.26■■□□□ 1.79
VPS28Q9UK41 MKRN1-202ENST00000443720 1601 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.26■■□□□ 1.79
VPS28Q9UK41 INPP4A-203ENST00000409463 1565 ntTSL 1 (best) BASIC26.26■■□□□ 1.79
VPS28Q9UK41 NKX2-1-204ENST00000522719 1417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.26■■□□□ 1.79
VPS28Q9UK41 MIR639-201ENST00000384974 98 ntBASIC26.26■■□□□ 1.79
VPS28Q9UK41 PGM5P2-201ENST00000613141 1980 ntTSL 1 (best) BASIC26.26■■□□□ 1.79
VPS28Q9UK41 GIPC1-203ENST00000393033 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.26■■□□□ 1.79
VPS28Q9UK41 ITPKA-201ENST00000260386 1824 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.25■■□□□ 1.79
VPS28Q9UK41 EFNA3-201ENST00000368408 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.25■■□□□ 1.79
VPS28Q9UK41 EID2-201ENST00000390658 1629 ntAPPRIS P1 BASIC26.25■■□□□ 1.79
VPS28Q9UK41 AP004833.2-201ENST00000532228 1454 ntBASIC26.24■■□□□ 1.79
VPS28Q9UK41 AL139393.2-201ENST00000608721 2025 ntBASIC26.24■■□□□ 1.79
VPS28Q9UK41 FAAP20-202ENST00000378546 729 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.24■■□□□ 1.79
VPS28Q9UK41 CHST11-202ENST00000546689 756 ntTSL 2 BASIC26.24■■□□□ 1.79
VPS28Q9UK41 RASL10A-202ENST00000401450 1720 ntTSL 2 BASIC26.23■■□□□ 1.79
VPS28Q9UK41 RCC1L-202ENST00000614461 2419 ntTSL 1 (best) BASIC26.23■■□□□ 1.79
VPS28Q9UK41 LZTS2-201ENST00000370220 5741 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.23■■□□□ 1.79
VPS28Q9UK41 RUNDC3A-206ENST00000590941 1675 ntTSL 1 (best) BASIC26.22■■□□□ 1.79
VPS28Q9UK41 FZD2-201ENST00000315323 2112 ntAPPRIS P1 BASIC26.22■■□□□ 1.79
VPS28Q9UK41 MEST-211ENST00000437945 1455 ntTSL 5 BASIC26.21■■□□□ 1.79
VPS28Q9UK41 CIB2-201ENST00000258930 1598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.2■■□□□ 1.79
VPS28Q9UK41 MAZ-205ENST00000562337 1574 ntTSL 3 BASIC26.2■■□□□ 1.79
VPS28Q9UK41 SLC16A8-201ENST00000320521 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.2■■□□□ 1.78
VPS28Q9UK41 PARD6A-201ENST00000219255 1248 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.2■■□□□ 1.78
VPS28Q9UK41 CTXN1-201ENST00000318978 1274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.2■■□□□ 1.78
VPS28Q9UK41 GSX2-202ENST00000503800 1181 ntTSL 5 BASIC26.2■■□□□ 1.78
VPS28Q9UK41 TMEM147-202ENST00000392204 935 ntTSL 2 BASIC26.19■■□□□ 1.78
VPS28Q9UK41 C16orf95-205ENST00000567970 1031 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.19■■□□□ 1.78
VPS28Q9UK41 ZFAND2B-208ENST00000409594 2021 ntTSL 2 BASIC26.17■■□□□ 1.78
VPS28Q9UK41 RPUSD1-208ENST00000567114 1835 ntTSL 2 BASIC26.17■■□□□ 1.78
VPS28Q9UK41 EIF5A-202ENST00000336458 1511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.17■■□□□ 1.78
VPS28Q9UK41 ATP8B2-201ENST00000368487 1523 ntTSL 1 (best) BASIC26.17■■□□□ 1.78
VPS28Q9UK41 DNPEP-201ENST00000273075 2425 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.17■■□□□ 1.78
VPS28Q9UK41 ZNF470-206ENST00000601902 1640 ntTSL 1 (best) BASIC26.17■■□□□ 1.78
VPS28Q9UK41 PHF20L1-207ENST00000395379 1998 ntTSL 5 BASIC26.15■■□□□ 1.78
VPS28Q9UK41 METRNL-202ENST00000570778 967 ntTSL 5 BASIC26.15■■□□□ 1.78
VPS28Q9UK41 AC110285.7-201ENST00000624417 1536 ntBASIC26.14■■□□□ 1.78
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 36.4 ms