Protein–RNA interactions for Protein: Q8N1M1

BEST3, Bestrophin-3, humanhuman

Predictions only

Length 668 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
BEST3Q8N1M1 C1QTNF8-201ENST00000328449 1627 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.79■■□□□ 1.4
BEST3Q8N1M1 AC135983.2-203ENST00000454486 1613 ntBASIC23.79■■□□□ 1.4
BEST3Q8N1M1 RASSF8-202ENST00000381352 2320 ntTSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
BEST3Q8N1M1 LDB1-202ENST00000425280 2089 ntTSL 5 BASIC23.79■■□□□ 1.4
BEST3Q8N1M1 WHAMMP2-203ENST00000563942 1603 ntBASIC23.78■■□□□ 1.4
BEST3Q8N1M1 ACOT7-201ENST00000361521 2429 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.78■■□□□ 1.4
BEST3Q8N1M1 C16orf59-202ENST00000483320 1709 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.77■■□□□ 1.4
BEST3Q8N1M1 CLDND1-226ENST00000513287 999 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.76■■□□□ 1.39
BEST3Q8N1M1 AC092902.2-221ENST00000628476 965 ntTSL 5 BASIC23.76■■□□□ 1.39
BEST3Q8N1M1 CIC-201ENST00000160740 6111 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.76■■□□□ 1.39
BEST3Q8N1M1 U2AF1-201ENST00000291552 962 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
BEST3Q8N1M1 AC009041.3-201ENST00000564390 879 ntTSL 5 BASIC23.75■■□□□ 1.39
BEST3Q8N1M1 U2AF1L5-202ENST00000619610 813 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
BEST3Q8N1M1 TM6SF1-202ENST00000322019 2074 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
BEST3Q8N1M1 ARL6IP4-211ENST00000454885 1318 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
BEST3Q8N1M1 RUNX2-205ENST00000465038 1770 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC23.75■■□□□ 1.39
BEST3Q8N1M1 MBD2-201ENST00000256429 5188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
BEST3Q8N1M1 BCL3-201ENST00000164227 2038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
BEST3Q8N1M1 HNRNPAB-202ENST00000358344 1796 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
BEST3Q8N1M1 GAL3ST1-205ENST00000406361 1819 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.74■■□□□ 1.39
BEST3Q8N1M1 RPS20-211ENST00000524349 752 ntTSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
BEST3Q8N1M1 CCDC160-202ENST00000517294 1790 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.73■■□□□ 1.39
BEST3Q8N1M1 UBAC1-201ENST00000371756 1867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
BEST3Q8N1M1 MORF4L1-203ENST00000426013 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
BEST3Q8N1M1 SLC52A2-201ENST00000329994 1896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
BEST3Q8N1M1 TMEM147-202ENST00000392204 935 ntTSL 2 BASIC23.71■■□□□ 1.39
BEST3Q8N1M1 ST7-AS1-201ENST00000456775 1889 ntBASIC23.7■■□□□ 1.39
BEST3Q8N1M1 ARHGEF7-206ENST00000375741 5525 ntTSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.38
BEST3Q8N1M1 HSD17B1P1-201ENST00000590052 955 ntBASIC23.7■■□□□ 1.38
BEST3Q8N1M1 ZNF787-203ENST00000610935 1925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.38
BEST3Q8N1M1 MARCKSL1-201ENST00000329421 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.38
BEST3Q8N1M1 ABHD17AP3-201ENST00000503096 1137 ntBASIC23.69■■□□□ 1.38
BEST3Q8N1M1 BCL7B-202ENST00000411832 1458 ntTSL 2 BASIC23.68■■□□□ 1.38
BEST3Q8N1M1 ARL8A-201ENST00000272217 1793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
BEST3Q8N1M1 POLR3H-201ENST00000337566 1330 ntTSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
BEST3Q8N1M1 CLTA-207ENST00000470744 1102 ntTSL 2 BASIC23.68■■□□□ 1.38
BEST3Q8N1M1 CRNDE-206ENST00000559432 587 ntTSL 3 BASIC23.68■■□□□ 1.38
BEST3Q8N1M1 ESRRA-201ENST00000000442 2215 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
BEST3Q8N1M1 VEGFA-202ENST00000324450 954 ntTSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
BEST3Q8N1M1 VEGFA-203ENST00000372055 1286 ntTSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
BEST3Q8N1M1 VEGFA-213ENST00000482630 1146 ntTSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
BEST3Q8N1M1 GSX2-202ENST00000503800 1181 ntTSL 5 BASIC23.67■■□□□ 1.38
BEST3Q8N1M1 EIF5A-208ENST00000573542 1089 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.67■■□□□ 1.38
BEST3Q8N1M1 VEGFA-227ENST00000615393 984 ntTSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
BEST3Q8N1M1 VEGFA-228ENST00000617771 1116 ntTSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
BEST3Q8N1M1 VEGFA-229ENST00000621747 1116 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
BEST3Q8N1M1 VEGFA-230ENST00000640482 1065 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
BEST3Q8N1M1 VEGFA-232ENST00000640653 1170 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
BEST3Q8N1M1 PPP4R4-202ENST00000328839 876 ntTSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
BEST3Q8N1M1 UBA52-204ENST00000595158 743 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.66■■□□□ 1.38
BEST3Q8N1M1 MAPK8IP1P1-201ENST00000574657 1439 ntBASIC23.66■■□□□ 1.38
BEST3Q8N1M1 PI4KAP2-202ENST00000450651 2294 ntTSL 5 BASIC23.66■■□□□ 1.38
BEST3Q8N1M1 MARCH11-201ENST00000332432 1741 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.65■■□□□ 1.38
BEST3Q8N1M1 SURF1-201ENST00000371974 1093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
BEST3Q8N1M1 SURF1-205ENST00000615505 991 ntTSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
BEST3Q8N1M1 SLC16A11-201ENST00000308009 1803 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
BEST3Q8N1M1 ZNF513-201ENST00000323703 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
BEST3Q8N1M1 COL13A1-210ENST00000517713 2007 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.64■■□□□ 1.38
BEST3Q8N1M1 TSPAN4-207ENST00000397411 1025 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.64■■□□□ 1.37
BEST3Q8N1M1 AC073111.5-206ENST00000642087 859 ntAPPRIS P1 BASIC23.64■■□□□ 1.37
BEST3Q8N1M1 BCL7C-201ENST00000215115 1740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.37
BEST3Q8N1M1 FTCD-204ENST00000397748 1955 ntTSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
BEST3Q8N1M1 MRPL51-201ENST00000229238 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
BEST3Q8N1M1 TMEM268-201ENST00000288502 2314 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
BEST3Q8N1M1 TPM2-203ENST00000378292 2147 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
BEST3Q8N1M1 IRX1-201ENST00000302006 1858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
BEST3Q8N1M1 SHOX2-204ENST00000483851 1866 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.62■■□□□ 1.37
BEST3Q8N1M1 NKX2-1-204ENST00000522719 1417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
BEST3Q8N1M1 S1PR4-201ENST00000246115 1565 ntAPPRIS P1 BASIC23.61■■□□□ 1.37
BEST3Q8N1M1 CAPNS1-201ENST00000246533 1918 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
BEST3Q8N1M1 AC110285.7-201ENST00000624417 1536 ntBASIC23.61■■□□□ 1.37
BEST3Q8N1M1 SRP68-213ENST00000629930 165 ntTSL 5 BASIC23.61■■□□□ 1.37
BEST3Q8N1M1 TSPAN33-201ENST00000486685 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
BEST3Q8N1M1 TSPAN3-203ENST00000424443 1530 ntTSL 2 BASIC23.6■■□□□ 1.37
BEST3Q8N1M1 BRD4-212ENST00000630599 726 ntTSL 2 BASIC23.6■■□□□ 1.37
BEST3Q8N1M1 YAP1-204ENST00000526343 2393 ntTSL 5 BASIC23.6■■□□□ 1.37
BEST3Q8N1M1 RUNX2-211ENST00000625924 1458 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
BEST3Q8N1M1 ARHGEF7-205ENST00000375739 5375 ntTSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
BEST3Q8N1M1 EIF5A-202ENST00000336458 1511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
BEST3Q8N1M1 MKRN1-202ENST00000443720 1601 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
BEST3Q8N1M1 RASL10A-202ENST00000401450 1720 ntTSL 2 BASIC23.59■■□□□ 1.37
BEST3Q8N1M1 AP000911.3-201ENST00000526377 1130 ntTSL 3 BASIC23.59■■□□□ 1.37
BEST3Q8N1M1 AC016595.1-201ENST00000559410 383 ntTSL 3 BASIC23.59■■□□□ 1.37
BEST3Q8N1M1 EFNA1-202ENST00000368407 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
BEST3Q8N1M1 SLC35D2-201ENST00000253270 1613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
BEST3Q8N1M1 RDX-210ENST00000530301 1549 ntTSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
BEST3Q8N1M1 INPP4A-203ENST00000409463 1565 ntTSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
BEST3Q8N1M1 MEX3D-201ENST00000402693 2850 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
BEST3Q8N1M1 ZNF470-206ENST00000601902 1640 ntTSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.36
BEST3Q8N1M1 ST6GALNAC6-203ENST00000373142 2448 ntTSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.36
BEST3Q8N1M1 PRELID2-207ENST00000511435 1894 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC23.58■■□□□ 1.36
BEST3Q8N1M1 AMZ2-201ENST00000359783 1722 ntTSL 5 BASIC23.57■■□□□ 1.36
BEST3Q8N1M1 FAM168B-201ENST00000389915 944 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.57■■□□□ 1.36
BEST3Q8N1M1 AC008813.1-201ENST00000536597 885 ntBASIC23.57■■□□□ 1.36
BEST3Q8N1M1 TMEM55B-202ENST00000398020 1696 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
BEST3Q8N1M1 EID2-201ENST00000390658 1629 ntAPPRIS P1 BASIC23.56■■□□□ 1.36
BEST3Q8N1M1 PIGX-201ENST00000296333 953 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.56■■□□□ 1.36
BEST3Q8N1M1 TPT1-202ENST00000379055 948 ntTSL 2 BASIC23.56■■□□□ 1.36
BEST3Q8N1M1 LINC01896-206ENST00000575722 1256 ntTSL 2 BASIC23.56■■□□□ 1.36
BEST3Q8N1M1 LAGE3-201ENST00000357360 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 26.5 ms