Protein–RNA interactions for Protein: Q13263

TRIM28, Transcription intermediary factor 1-beta, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 835 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TRIM28Q13263 CRNDE-206ENST00000559432 587 ntTSL 3 BASIC32.48■■■□□ 2.79
TRIM28Q13263 SURF1-205ENST00000615505 991 ntTSL 1 (best) BASIC32.48■■■□□ 2.79
TRIM28Q13263 ARL8A-201ENST00000272217 1793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.47■■■□□ 2.79
TRIM28Q13263 EIF5A-202ENST00000336458 1511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.46■■■□□ 2.79
TRIM28Q13263 ST7-AS1-201ENST00000456775 1889 ntBASIC32.46■■■□□ 2.79
TRIM28Q13263 SLC52A2-201ENST00000329994 1896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.46■■■□□ 2.79
TRIM28Q13263 NKX2-1-204ENST00000522719 1417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.45■■■□□ 2.79
TRIM28Q13263 AP000911.3-201ENST00000526377 1130 ntTSL 3 BASIC32.45■■■□□ 2.79
TRIM28Q13263 BCL7C-201ENST00000215115 1740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.44■■■□□ 2.78
TRIM28Q13263 CERS2-201ENST00000271688 2544 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC32.44■■■□□ 2.78
TRIM28Q13263 CCDC160-202ENST00000517294 1790 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC32.43■■■□□ 2.78
TRIM28Q13263 PIGX-201ENST00000296333 953 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC32.43■■■□□ 2.78
TRIM28Q13263 AC073111.5-206ENST00000642087 859 ntAPPRIS P1 BASIC32.43■■■□□ 2.78
TRIM28Q13263 SHOX2-204ENST00000483851 1866 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC32.42■■■□□ 2.78
TRIM28Q13263 AC008813.1-201ENST00000536597 885 ntBASIC32.42■■■□□ 2.78
TRIM28Q13263 PPP4R4-202ENST00000328839 876 ntTSL 1 (best) BASIC32.41■■■□□ 2.78
TRIM28Q13263 LINC01896-206ENST00000575722 1256 ntTSL 2 BASIC32.41■■■□□ 2.78
TRIM28Q13263 RUNX2-211ENST00000625924 1458 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC32.41■■■□□ 2.78
TRIM28Q13263 RASSF8-202ENST00000381352 2320 ntTSL 1 (best) BASIC32.4■■■□□ 2.78
TRIM28Q13263 FBRSL1-201ENST00000434748 5568 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC32.4■■■□□ 2.78
TRIM28Q13263 SLC16A11-201ENST00000308009 1803 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC32.4■■■□□ 2.78
TRIM28Q13263 CAPNS1-201ENST00000246533 1918 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC32.39■■■□□ 2.78
TRIM28Q13263 UBALD1-203ENST00000587649 707 ntTSL 3 BASIC32.39■■■□□ 2.78
TRIM28Q13263 PTPRF-216ENST00000617451 1129 ntTSL 5 BASIC32.39■■■□□ 2.78
TRIM28Q13263 BRD4-212ENST00000630599 726 ntTSL 2 BASIC32.39■■■□□ 2.78
TRIM28Q13263 MAPK8IP1P1-201ENST00000574657 1439 ntBASIC32.39■■■□□ 2.78
TRIM28Q13263 PHF23-201ENST00000320316 2037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.39■■■□□ 2.78
TRIM28Q13263 RASL10A-202ENST00000401450 1720 ntTSL 2 BASIC32.38■■■□□ 2.77
TRIM28Q13263 RDX-210ENST00000530301 1549 ntTSL 1 (best) BASIC32.37■■■□□ 2.77
TRIM28Q13263 TSPAN4-207ENST00000397411 1025 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC32.37■■■□□ 2.77
TRIM28Q13263 RAMP2-AS1-202ENST00000589716 1985 ntTSL 5 BASIC32.37■■■□□ 2.77
TRIM28Q13263 IRX1-201ENST00000302006 1858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.36■■■□□ 2.77
TRIM28Q13263 POU3F1-201ENST00000373012 2184 ntAPPRIS P1 BASIC32.36■■■□□ 2.77
TRIM28Q13263 ITPKA-201ENST00000260386 1824 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.35■■■□□ 2.77
TRIM28Q13263 BOK-AS1-201ENST00000434306 643 ntTSL 1 (best) BASIC32.35■■■□□ 2.77
TRIM28Q13263 MKRN1-202ENST00000443720 1601 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC32.35■■■□□ 2.77
TRIM28Q13263 TSPAN33-201ENST00000486685 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.35■■■□□ 2.77
TRIM28Q13263 AC110285.7-201ENST00000624417 1536 ntBASIC32.35■■■□□ 2.77
TRIM28Q13263 IGFBPL1-201ENST00000377694 1093 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC32.34■■■□□ 2.77
TRIM28Q13263 TM6SF1-202ENST00000322019 2074 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.34■■■□□ 2.77
TRIM28Q13263 MEST-211ENST00000437945 1455 ntTSL 5 BASIC32.34■■■□□ 2.77
TRIM28Q13263 MARCH11-201ENST00000332432 1741 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC32.34■■■□□ 2.77
TRIM28Q13263 TSPAN3-203ENST00000424443 1530 ntTSL 2 BASIC32.33■■■□□ 2.77
TRIM28Q13263 PKIG-207ENST00000372894 1191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.33■■■□□ 2.77
TRIM28Q13263 U2AF1-203ENST00000398137 1019 ntTSL 1 (best) BASIC32.33■■■□□ 2.77
TRIM28Q13263 U2AF1L5-212ENST00000639996 1019 ntTSL 1 (best) BASIC32.33■■■□□ 2.77
TRIM28Q13263 ZBTB25-202ENST00000555220 1440 ntTSL 1 (best) BASIC32.33■■■□□ 2.77
TRIM28Q13263 ZNF470-206ENST00000601902 1640 ntTSL 1 (best) BASIC32.33■■■□□ 2.77
TRIM28Q13263 PRELID2-207ENST00000511435 1894 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC32.32■■■□□ 2.76
TRIM28Q13263 C16orf74-204ENST00000602719 1002 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC32.32■■■□□ 2.76
TRIM28Q13263 SLC35D2-201ENST00000253270 1613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.31■■■□□ 2.76
TRIM28Q13263 EID2-201ENST00000390658 1629 ntAPPRIS P1 BASIC32.31■■■□□ 2.76
TRIM28Q13263 PEX7-203ENST00000541292 945 ntTSL 5 BASIC32.3■■■□□ 2.76
TRIM28Q13263 LFNG-201ENST00000222725 2377 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC32.3■■■□□ 2.76
TRIM28Q13263 BAX-202ENST00000345358 793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.29■■■□□ 2.76
TRIM28Q13263 NME2-205ENST00000512737 826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.29■■■□□ 2.76
TRIM28Q13263 BANF1-208ENST00000533166 1135 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC32.29■■■□□ 2.76
TRIM28Q13263 TMEM55B-202ENST00000398020 1696 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC32.29■■■□□ 2.76
TRIM28Q13263 MAZ-205ENST00000562337 1574 ntTSL 3 BASIC32.28■■■□□ 2.76
TRIM28Q13263 AP004833.2-201ENST00000532228 1454 ntBASIC32.28■■■□□ 2.76
TRIM28Q13263 LINC01918-201ENST00000436841 797 ntTSL 2 BASIC32.27■■■□□ 2.76
TRIM28Q13263 INPP4A-203ENST00000409463 1565 ntTSL 1 (best) BASIC32.27■■■□□ 2.76
TRIM28Q13263 COL13A1-210ENST00000517713 2007 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC32.26■■■□□ 2.76
TRIM28Q13263 TPT1-202ENST00000379055 948 ntTSL 2 BASIC32.26■■■□□ 2.75
TRIM28Q13263 FAM168B-201ENST00000389915 944 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC32.26■■■□□ 2.75
TRIM28Q13263 RPS2-210ENST00000530225 765 ntTSL 2 BASIC32.26■■■□□ 2.75
TRIM28Q13263 OVOL2-201ENST00000278780 1555 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.26■■■□□ 2.75
TRIM28Q13263 TNFRSF25-204ENST00000356876 1625 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC32.26■■■□□ 2.75
TRIM28Q13263 AC007383.2-202ENST00000435627 482 ntTSL 2 BASIC32.25■■■□□ 2.75
TRIM28Q13263 CHST11-203ENST00000547956 936 ntTSL 2 BASIC32.25■■■□□ 2.75
TRIM28Q13263 AMZ2-201ENST00000359783 1722 ntTSL 5 BASIC32.25■■■□□ 2.75
TRIM28Q13263 SLC16A8-201ENST00000320521 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.25■■■□□ 2.75
TRIM28Q13263 PLEKHF2-202ENST00000519516 1144 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC32.24■■■□□ 2.75
TRIM28Q13263 BLOC1S3-202ENST00000587722 732 ntAPPRIS P1 BASIC32.24■■■□□ 2.75
TRIM28Q13263 AC148477.6-201ENST00000623746 465 ntBASIC32.24■■■□□ 2.75
TRIM28Q13263 HOMER3-202ENST00000392351 1557 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC32.24■■■□□ 2.75
TRIM28Q13263 FTCD-204ENST00000397748 1955 ntTSL 1 (best) BASIC32.23■■■□□ 2.75
TRIM28Q13263 GPX1-201ENST00000419349 1106 ntBASIC32.23■■■□□ 2.75
TRIM28Q13263 C14orf80-203ENST00000354560 1553 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC32.23■■■□□ 2.75
TRIM28Q13263 LSM7-201ENST00000252622 529 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.22■■■□□ 2.75
TRIM28Q13263 CIB2-201ENST00000258930 1598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.21■■■□□ 2.75
TRIM28Q13263 PTPMT1-203ENST00000426530 1014 ntTSL 1 (best) BASIC32.21■■■□□ 2.75
TRIM28Q13263 CBWD5-202ENST00000377384 1347 ntTSL 1 (best) BASIC32.21■■■□□ 2.75
TRIM28Q13263 EFNA1-202ENST00000368407 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.2■■■□□ 2.75
TRIM28Q13263 TPM2-203ENST00000378292 2147 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC32.2■■■□□ 2.75
TRIM28Q13263 MAP3K8-203ENST00000375322 932 ntTSL 2 BASIC32.2■■■□□ 2.75
TRIM28Q13263 AC068134.2-201ENST00000437095 576 ntTSL 3 BASIC32.2■■■□□ 2.75
TRIM28Q13263 TXNL4A-208ENST00000588162 752 ntTSL 2 BASIC32.2■■■□□ 2.75
TRIM28Q13263 KIF13A-207ENST00000502704 1330 ntTSL 1 (best) BASIC32.2■■■□□ 2.74
TRIM28Q13263 CBLN1-201ENST00000219197 2435 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.19■■■□□ 2.74
TRIM28Q13263 DCDC2C-201ENST00000399143 1476 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC32.19■■■□□ 2.74
TRIM28Q13263 IFNGR2-201ENST00000290219 2221 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC32.19■■■□□ 2.74
TRIM28Q13263 CCDC88C-205ENST00000553403 1651 ntTSL 1 (best) BASIC32.18■■■□□ 2.74
TRIM28Q13263 PDF-201ENST00000288022 1158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.18■■■□□ 2.74
TRIM28Q13263 RNF126P1-201ENST00000567452 1320 ntBASIC32.18■■■□□ 2.74
TRIM28Q13263 AC078883.1-202ENST00000450443 1397 ntTSL 3 BASIC32.18■■■□□ 2.74
TRIM28Q13263 FEZ1-201ENST00000278919 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.17■■■□□ 2.74
TRIM28Q13263 ZNF513-201ENST00000323703 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.17■■■□□ 2.74
TRIM28Q13263 TAZ-201ENST00000369776 1596 ntTSL 1 (best) BASIC32.17■■■□□ 2.74
TRIM28Q13263 RARRES2P2-201ENST00000394842 485 ntBASIC32.17■■■□□ 2.74
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