Protein–RNA interactions for Protein: O75533

SF3B1, Splicing factor 3B subunit 1, humanhuman

Known RBP eCLIP

Length 1,304 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SF3B1O75533 ATG4C-201ENST00000317868 2938 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.28□□□□□ -0.122e-7■■■■■ 143.6
SF3B1O75533 VMP1-217ENST00000593168 558 ntTSL 314.18□□□□□ -0.142e-7■■■■■ 143.6
SF3B1O75533 VMP1-201ENST00000262291 2712 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.87□□□□□ -0.192e-7■■■■■ 143.6
SF3B1O75533 NPL-205ENST00000367555 1536 ntTSL 1 (best) BASIC13.7□□□□□ -0.222e-7■■■■■ 143.6
SF3B1O75533 VMP1-202ENST00000585847 545 ntTSL 213.47□□□□□ -0.252e-7■■■■■ 143.6
SF3B1O75533 ATG4C-203ENST00000371120 2890 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.64□□□□□ -0.392e-7■■■■■ 143.6
SF3B1O75533 ZC3H14-211ENST00000555755 2529 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC10.96□□□□□ -0.663e-6■■■■■ 143.6
SF3B1O75533 PPP4R3A-212ENST00000557382 844 ntTSL 1 (best)9.3□□□□□ -0.925e-14■■■■■ 143.6
SF3B1O75533 ZC3H14-203ENST00000318308 1384 ntTSL 1 (best) BASIC8.57□□□□□ -1.043e-6■■■■■ 143.6
SF3B1O75533 NPL-210ENST00000479721 585 ntTSL 38.17□□□□□ -1.12e-7■■■■■ 143.6
SF3B1O75533 ZC3H14-201ENST00000251038 18281 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC6.13□□□□□ -1.433e-6■■■■■ 143.6
SF3B1O75533 ZC3H14-216ENST00000556000 2092 ntTSL 1 (best)5.49□□□□□ -1.533e-6■■■■■ 143.6
SF3B1O75533 ZC3H14-205ENST00000393514 2195 ntTSL 5 BASIC5.13□□□□□ -1.593e-6■■■■■ 143.6
SF3B1O75533 ZC3H14-215ENST00000555900 1762 ntTSL 5 BASIC4.9□□□□□ -1.623e-6■■■■■ 143.6
SF3B1O75533 WDHD1-205ENST00000567693 2348 ntTSL 24.59□□□□□ -1.685e-8■■■■■ 143.6
SF3B1O75533 PPP4R3A-210ENST00000555718 819 ntTSL 54.1□□□□□ -1.755e-14■■■■■ 143.6
SF3B1O75533 ZC3H14-206ENST00000406216 1341 ntTSL 3 BASIC3.81□□□□□ -1.83e-6■■■■■ 143.6
SF3B1O75533 ZC3H7A-205ENST00000571198 2343 ntTSL 216.07■□□□□ 0.166e-7■■■■■ 143.5
SF3B1O75533 ZC3H7A-201ENST00000355758 3825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.18□□□□□ -0.786e-7■■■■■ 143.5
SF3B1O75533 LPGAT1-201ENST00000366996 2035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.27□□□□□ -0.131e-7■■■■■ 143.5
SF3B1O75533 AP3D1-209ENST00000591284 580 ntTSL 521.08■□□□□ 0.973e-8■■■■■ 143.5
SF3B1O75533 CLEC16A-203ENST00000409790 6891 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.37■□□□□ 0.053e-6■■■■■ 143.4
SF3B1O75533 HECTD4-212ENST00000550724 587 ntTSL 315.86■□□□□ 0.133e-6■■■■■ 143.4
SF3B1O75533 B3GNTL1-208ENST00000572977 2446 ntTSL 215.35■□□□□ 0.052e-6■■■■■ 143.4
SF3B1O75533 PCCA-201ENST00000376279 2418 ntTSL 2 BASIC19.62■□□□□ 0.734e-6■■■■■ 143.3
SF3B1O75533 PCCA-203ENST00000376286 2481 ntTSL 2 BASIC19.2■□□□□ 0.664e-6■■■■■ 143.3
SF3B1O75533 PCCA-202ENST00000376285 2494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.81■□□□□ 0.64e-6■■■■■ 143.3
SF3B1O75533 PCCA-215ENST00000637657 2118 ntTSL 513.64□□□□□ -0.234e-6■■■■■ 143.3
SF3B1O75533 PCCA-211ENST00000636366 1654 ntTSL 512.02□□□□□ -0.494e-6■■■■■ 143.3
SF3B1O75533 PCCA-213ENST00000636475 1971 ntTSL 510.36□□□□□ -0.754e-6■■■■■ 143.3
SF3B1O75533 UBAC2-205ENST00000460562 2350 ntTSL 214.49□□□□□ -0.092e-6■■■■■ 143.3
SF3B1O75533 GALNT10-203ENST00000425427 4344 ntTSL 2 BASIC17.43■□□□□ 0.384e-6■■■■■ 143.1
SF3B1O75533 GALNT10-209ENST00000521781 703 ntTSL 510.24□□□□□ -0.774e-6■■■■■ 143.1
SF3B1O75533 ADGRD1-201ENST00000261654 5168 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.38□□□□□ -0.271e-6■■■■■ 143.1
SF3B1O75533 ADGRD1-203ENST00000376682 4135 ntTSL 212.07□□□□□ -0.481e-6■■■■■ 143.1
SF3B1O75533 ADGRD1-205ENST00000535015 2776 ntTSL 1 (best) BASIC10.34□□□□□ -0.751e-6■■■■■ 143.1
SF3B1O75533 MRE11-201ENST00000323929 6897 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC7.78□□□□□ -1.162e-6■■■■■ 143.1
SF3B1O75533 MRE11-204ENST00000407439 2684 ntTSL 2 BASIC6.65□□□□□ -1.342e-6■■■■■ 143.1
SF3B1O75533 MRE11-203ENST00000393241 2604 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC6.19□□□□□ -1.422e-6■■■■■ 143.1
SF3B1O75533 MRE11-202ENST00000323977 2588 ntTSL 1 (best) BASIC4.15□□□□□ -1.742e-6■■■■■ 143.1
SF3B1O75533 LTBP4-211ENST00000594537 657 ntTSL 524.92■■□□□ 1.582e-6■■■■■ 142.9
SF3B1O75533 THOC6-210ENST00000576143 960 ntTSL 324.28■■□□□ 1.482e-6■■■■■ 142.9
SF3B1O75533 THOC6-205ENST00000573704 991 ntTSL 524.28■■□□□ 1.482e-6■■■■■ 142.9
SF3B1O75533 THOC6-202ENST00000326266 1419 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.452e-6■■■■■ 142.9
SF3B1O75533 LTBP4-227ENST00000600026 723 ntTSL 323.64■■□□□ 1.382e-6■■■■■ 142.9
SF3B1O75533 LTBP4-224ENST00000599016 726 ntTSL 323.39■■□□□ 1.342e-6■■■■■ 142.9
SF3B1O75533 THOC6-208ENST00000574957 1143 ntTSL 1 (best)23.33■■□□□ 1.332e-6■■■■■ 142.9
SF3B1O75533 THOC6-209ENST00000575576 1360 ntTSL 5 BASIC21.41■■□□□ 1.022e-6■■■■■ 142.9
SF3B1O75533 LTBP4-208ENST00000593738 302 ntTSL 320.89■□□□□ 0.932e-6■■■■■ 142.9
SF3B1O75533 THOC6-206ENST00000574498 788 ntTSL 319.89■□□□□ 0.772e-6■■■■■ 142.9
SF3B1O75533 THOC6-204ENST00000571057 988 ntTSL 1 (best)18.71■□□□□ 0.592e-6■■■■■ 142.9
SF3B1O75533 THOC6-207ENST00000574549 1300 ntTSL 1 (best) BASIC15.83■□□□□ 0.132e-6■■■■■ 142.9
SF3B1O75533 THOC6-201ENST00000253952 1246 ntTSL 2 BASIC15.79■□□□□ 0.122e-6■■■■■ 142.9
SF3B1O75533 SPTLC2-201ENST00000216484 8170 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.024e-6■■■■■ 142.9
SF3B1O75533 KDM3B-207ENST00000510866 6324 ntTSL 1 (best)7.42□□□□□ -1.221e-6■■■■■ 142.9
SF3B1O75533 KDM3B-209ENST00000542866 3634 ntTSL 2 BASIC5.46□□□□□ -1.541e-6■■■■■ 142.9
SF3B1O75533 CELSR3-201ENST00000164024 11956 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.65□□□□□ -0.382e-9■■■■■ 142.8
SF3B1O75533 MFAP3-204ENST00000519325 944 ntTSL 37.47□□□□□ -1.213e-6■■■■■ 142.8
SF3B1O75533 UBXN7-205ENST00000429160 3158 ntTSL 212.02□□□□□ -0.483e-6■■■■■ 142.8
SF3B1O75533 UBXN7-201ENST00000296328 10568 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC5.35□□□□□ -1.553e-6■■■■■ 142.8
SF3B1O75533 UBXN7-204ENST00000428095 1173 ntTSL 1 (best) BASIC3.45□□□□□ -1.863e-6■■■■■ 142.8
SF3B1O75533 PPIL2-207ENST00000462188 1735 ntTSL 217.4■□□□□ 0.381e-6■■■■■ 142.7
SF3B1O75533 PSMG2-201ENST00000317615 1686 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -02e-7■■■■■ 142.6
SF3B1O75533 SMAD3-208ENST00000558827 552 ntTSL 413.69□□□□□ -0.225e-6■■■■■ 142.6
SF3B1O75533 AC022098.1-201ENST00000588387 2861 ntTSL 1 (best) BASIC13.65□□□□□ -0.223e-6■■■■■ 142.6
SF3B1O75533 SMAD3-205ENST00000558428 554 ntTSL 413.42□□□□□ -0.265e-6■■■■■ 142.6
SF3B1O75533 SMAD3-204ENST00000540846 1567 ntTSL 1 (best) BASIC13.16□□□□□ -0.35e-6■■■■■ 142.6
SF3B1O75533 PSMG2-207ENST00000586587 711 ntTSL 312.3□□□□□ -0.442e-7■■■■■ 142.6
SF3B1O75533 SMAD3-202ENST00000439724 1530 ntTSL 1 (best) BASIC12.22□□□□□ -0.455e-6■■■■■ 142.6
SF3B1O75533 GPATCH4-201ENST00000368232 1972 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC10.77□□□□□ -0.692e-10■■■■■ 142.6
SF3B1O75533 PSMG2-210ENST00000590217 1036 ntTSL 1 (best) BASIC10.38□□□□□ -0.752e-7■■■■■ 142.6
SF3B1O75533 SMAD3-203ENST00000537194 1147 ntTSL 1 (best) BASIC9.91□□□□□ -0.825e-6■■■■■ 142.6
SF3B1O75533 PSMG2-206ENST00000586445 646 ntTSL 56.64□□□□□ -1.352e-7■■■■■ 142.6
SF3B1O75533 SMAD3-209ENST00000558894 797 ntTSL 56.09□□□□□ -1.435e-6■■■■■ 142.6
SF3B1O75533 PSMG2-204ENST00000585331 983 ntTSL 1 (best) BASIC4.3□□□□□ -1.722e-7■■■■■ 142.6
SF3B1O75533 CAPN15-202ENST00000562370 942 ntTSL 229.32■■■□□ 2.281e-7■■■■■ 142.6
SF3B1O75533 CAPN15-207ENST00000568988 911 ntTSL 329.32■■■□□ 2.281e-7■■■■■ 142.6
SF3B1O75533 ERI3-203ENST00000452396 764 ntTSL 324.32■■□□□ 1.486e-7■■■■■ 142.6
SF3B1O75533 ERI3-201ENST00000372257 1684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.386e-7■■■■■ 142.6
SF3B1O75533 SQLE-206ENST00000523430 1879 ntTSL 2 BASIC21.63■■□□□ 1.051e-6■■■■■ 142.6
SF3B1O75533 SQLE-201ENST00000265896 2961 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.341e-6■■■■■ 142.6
SF3B1O75533 NDE1-205ENST00000572756 915 ntTSL 517.65■□□□□ 0.425e-9■■■■■ 142.4
SF3B1O75533 NDE1-207ENST00000573203 762 ntTSL 39.93□□□□□ -0.825e-9■■■■■ 142.4
SF3B1O75533 GYG2-205ENST00000398806 1956 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.595e-6■■■■■ 142.4
SF3B1O75533 GYG2-204ENST00000381163 3393 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.62□□□□□ -0.235e-6■■■■■ 142.4
SF3B1O75533 GYG2-203ENST00000381161 2852 ntTSL 211.98□□□□□ -0.495e-6■■■■■ 142.4
SF3B1O75533 LMBR1-210ENST00000434503 930 ntTSL 522.83■■□□□ 1.254e-7■■■■■ 142.3
SF3B1O75533 LMBR1-213ENST00000454132 2922 ntTSL 220.24■□□□□ 0.834e-7■■■■■ 142.3
SF3B1O75533 LMBR1-204ENST00000415428 3457 ntTSL 1 (best)6.92□□□□□ -1.34e-7■■■■■ 142.3
SF3B1O75533 SLC29A2-201ENST00000311161 2262 ntTSL 1 (best) BASIC19.46■□□□□ 0.711e-6■■■■■ 142.2
SF3B1O75533 SLC29A2-204ENST00000541567 2272 ntTSL 1 (best)19.02■□□□□ 0.641e-6■■■■■ 142.2
SF3B1O75533 SLC29A2-206ENST00000546034 2509 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.03■□□□□ 0.481e-6■■■■■ 142.2
SF3B1O75533 SLC29A2-202ENST00000357440 2514 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.34■□□□□ 0.371e-6■■■■■ 142.2
SF3B1O75533 SLC29A2-205ENST00000544554 2505 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.25■□□□□ 0.351e-6■■■■■ 142.2
SF3B1O75533 SLC29A2-203ENST00000540386 2474 ntTSL 1 (best)16.54■□□□□ 0.241e-6■■■■■ 142.2
SF3B1O75533 SLC29A2-207ENST00000619145 2380 ntTSL 5 BASIC16.18■□□□□ 0.181e-6■■■■■ 142.2
SF3B1O75533 KIAA1551-205ENST00000535606 391 ntTSL 322.41■■□□□ 1.181e-7■■■■■ 142.2
SF3B1O75533 ANKRD27-206ENST00000588700 773 ntTSL 518.59■□□□□ 0.576e-15■■■■■ 142.2
SF3B1O75533 ANKRD27-202ENST00000586463 743 ntTSL 518.28■□□□□ 0.526e-15■■■■■ 142.2
SF3B1O75533 ANKRD27-203ENST00000586693 557 ntTSL 315.38■□□□□ 0.056e-15■■■■■ 142.2
Retrieved 100 of 46,956 protein–RNA pairs in 1241 ms