Protein–RNA interactions for Protein: Q9BUN5

CCDC28B, Coiled-coil domain-containing protein 28B, humanhuman

Predictions only

Length 200 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC28BQ9BUN5 FAM78B-202ENST00000354422 1475 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.17■■□□□ 1.62
CCDC28BQ9BUN5 AL133380.1-201ENST00000506013 324 ntBASIC25.17■■□□□ 1.62
CCDC28BQ9BUN5 LINC01578-204ENST00000554894 556 ntTSL 3 BASIC25.17■■□□□ 1.62
CCDC28BQ9BUN5 LINC01578-207ENST00000556895 802 ntTSL 2 BASIC25.17■■□□□ 1.62
CCDC28BQ9BUN5 HRH3-201ENST00000317393 1419 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
CCDC28BQ9BUN5 GNAS-211ENST00000371095 1931 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
CCDC28BQ9BUN5 TMEM200C-201ENST00000383490 1920 ntAPPRIS P1 BASIC25.16■■□□□ 1.62
CCDC28BQ9BUN5 STUB1-205ENST00000565677 1560 ntTSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
CCDC28BQ9BUN5 MAF-203ENST00000569649 1217 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.16■■□□□ 1.62
CCDC28BQ9BUN5 BMP8A-201ENST00000331593 1692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
CCDC28BQ9BUN5 C11orf80-218ENST00000540737 1786 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.15■■□□□ 1.62
CCDC28BQ9BUN5 ZNF768-201ENST00000380412 2315 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.62
CCDC28BQ9BUN5 CCKBR-201ENST00000334619 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.62
CCDC28BQ9BUN5 MAP6D1-202ENST00000431348 890 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.14■■□□□ 1.62
CCDC28BQ9BUN5 F8A3-201ENST00000622749 1759 ntAPPRIS P1 BASIC25.13■■□□□ 1.61
CCDC28BQ9BUN5 SLC16A8-201ENST00000320521 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
CCDC28BQ9BUN5 GNAS-207ENST00000354359 1975 ntTSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
CCDC28BQ9BUN5 GNAS-210ENST00000371085 1972 ntTSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
CCDC28BQ9BUN5 AHSA2-201ENST00000357022 2437 ntTSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
CCDC28BQ9BUN5 C17orf97-201ENST00000360127 1839 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
CCDC28BQ9BUN5 CCND3-202ENST00000372988 2133 ntTSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
CCDC28BQ9BUN5 CDH23-208ENST00000461841 2000 ntTSL 5 BASIC25.12■■□□□ 1.61
CCDC28BQ9BUN5 BX255925.1-201ENST00000566954 1854 ntBASIC25.12■■□□□ 1.61
CCDC28BQ9BUN5 CSNK1E-203ENST00000396832 2791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
CCDC28BQ9BUN5 CYB5R3-201ENST00000352397 2124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
CCDC28BQ9BUN5 HOMER2-202ENST00000450735 1950 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
CCDC28BQ9BUN5 FAM107B-205ENST00000378467 2374 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
CCDC28BQ9BUN5 ECI1-207ENST00000570258 1512 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.11■■□□□ 1.61
CCDC28BQ9BUN5 HDGF-201ENST00000357325 2380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.1■■□□□ 1.61
CCDC28BQ9BUN5 KLF16-203ENST00000592313 508 ntTSL 3 BASIC25.1■■□□□ 1.61
CCDC28BQ9BUN5 PAPD7-201ENST00000230859 5459 ntTSL 1 (best) BASIC25.1■■□□□ 1.61
CCDC28BQ9BUN5 PIK3R2-208ENST00000617642 1446 ntTSL 5 BASIC25.1■■□□□ 1.61
CCDC28BQ9BUN5 PROC-203ENST00000409048 1586 ntTSL 5 BASIC25.1■■□□□ 1.61
CCDC28BQ9BUN5 AP004833.2-201ENST00000532228 1454 ntBASIC25.09■■□□□ 1.61
CCDC28BQ9BUN5 PSMG1-201ENST00000331573 2154 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.09■■□□□ 1.61
CCDC28BQ9BUN5 BTBD19-203ENST00000450269 1572 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.09■■□□□ 1.61
CCDC28BQ9BUN5 UBE2L6-201ENST00000287156 1354 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.61
CCDC28BQ9BUN5 EVC-203ENST00000509451 1960 ntTSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.61
CCDC28BQ9BUN5 ANKS1B-203ENST00000341752 2115 ntTSL 2 BASIC25.08■■□□□ 1.61
CCDC28BQ9BUN5 TNFRSF25-204ENST00000356876 1625 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.6
CCDC28BQ9BUN5 ARHGEF7-206ENST00000375741 5525 ntTSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
CCDC28BQ9BUN5 AC025431.1-201ENST00000559684 874 ntTSL 3 BASIC25.07■■□□□ 1.6
CCDC28BQ9BUN5 SLC35A1-203ENST00000369557 1653 ntTSL 2 BASIC25.07■■□□□ 1.6
CCDC28BQ9BUN5 OTUD5-208ENST00000610466 2487 ntTSL 5 BASIC25.06■■□□□ 1.6
CCDC28BQ9BUN5 SIGMAR1-205ENST00000477726 840 ntTSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
CCDC28BQ9BUN5 AL355297.4-201ENST00000603191 1249 ntTSL 3 BASIC25.06■■□□□ 1.6
CCDC28BQ9BUN5 CAPN10-208ENST00000404753 2570 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.05■■□□□ 1.6
CCDC28BQ9BUN5 GATA3-AS1-201ENST00000355358 2214 ntTSL 2 BASIC25.05■■□□□ 1.6
CCDC28BQ9BUN5 DERA-201ENST00000428559 1705 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
CCDC28BQ9BUN5 CAMKK1-201ENST00000158166 2459 ntTSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
CCDC28BQ9BUN5 PCK2-202ENST00000396973 1830 ntTSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
CCDC28BQ9BUN5 SHOX2-201ENST00000389589 2072 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
CCDC28BQ9BUN5 HDGFL1-201ENST00000510882 2174 ntAPPRIS P1 BASIC25.04■■□□□ 1.6
CCDC28BQ9BUN5 SHF-208ENST00000560734 1731 ntTSL 3 BASIC25.04■■□□□ 1.6
CCDC28BQ9BUN5 RAB40C-204ENST00000538492 2569 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.04■■□□□ 1.6
CCDC28BQ9BUN5 RASSF5-204ENST00000580449 1932 ntTSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
CCDC28BQ9BUN5 GRK6-206ENST00000507633 1660 ntTSL 5 BASIC25.04■■□□□ 1.6
CCDC28BQ9BUN5 SLC25A6-201ENST00000381401 2062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
CCDC28BQ9BUN5 FHL2-202ENST00000344213 1769 ntTSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
CCDC28BQ9BUN5 ARTN-203ENST00000414809 1943 ntAPPRIS P4 TSL 3 BASIC25.02■■□□□ 1.6
CCDC28BQ9BUN5 AC079305.1-201ENST00000428541 499 ntTSL 3 BASIC25.02■■□□□ 1.6
CCDC28BQ9BUN5 HDHD5-202ENST00000336737 1799 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
CCDC28BQ9BUN5 C1orf122-204ENST00000468084 1234 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.01■■□□□ 1.59
CCDC28BQ9BUN5 FAH-213ENST00000561421 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
CCDC28BQ9BUN5 MPP6-203ENST00000409761 1703 ntTSL 5 BASIC25■■□□□ 1.59
CCDC28BQ9BUN5 MXRA7-203ENST00000449428 1881 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
CCDC28BQ9BUN5 RCAN1-201ENST00000313806 2490 ntTSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
CCDC28BQ9BUN5 GNPTAB-202ENST00000392919 760 ntTSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
CCDC28BQ9BUN5 NRGN-202ENST00000412681 1106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
CCDC28BQ9BUN5 ARHGEF7-205ENST00000375739 5375 ntTSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
CCDC28BQ9BUN5 MFSD12-202ENST00000389395 2039 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
CCDC28BQ9BUN5 NRTN-201ENST00000303212 1109 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.99■■□□□ 1.59
CCDC28BQ9BUN5 REXO4-201ENST00000371935 1899 ntTSL 3 BASIC24.99■■□□□ 1.59
CCDC28BQ9BUN5 NDEL1-202ENST00000380025 2181 ntTSL 5 BASIC24.98■■□□□ 1.59
CCDC28BQ9BUN5 PHF20L1-207ENST00000395379 1998 ntTSL 5 BASIC24.98■■□□□ 1.59
CCDC28BQ9BUN5 FRAT2-201ENST00000371019 2213 ntAPPRIS P1 BASIC24.98■■□□□ 1.59
CCDC28BQ9BUN5 TRADD-201ENST00000345057 1877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
CCDC28BQ9BUN5 ENKD1-201ENST00000243878 1579 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
CCDC28BQ9BUN5 MBD2-202ENST00000398398 1237 ntTSL 2 BASIC24.97■■□□□ 1.59
CCDC28BQ9BUN5 MBD2-205ENST00000583046 1182 ntTSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
CCDC28BQ9BUN5 TAZ-213ENST00000601016 1889 ntTSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
CCDC28BQ9BUN5 DNAJC21-201ENST00000342382 2309 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
CCDC28BQ9BUN5 RAB3IL1-202ENST00000394836 2284 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
CCDC28BQ9BUN5 PRELID2-207ENST00000511435 1894 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC24.96■■□□□ 1.59
CCDC28BQ9BUN5 INPP5A-202ENST00000368593 1432 ntTSL 1 (best) BASIC24.95■■□□□ 1.59
CCDC28BQ9BUN5 HNRNPAB-204ENST00000504898 1785 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.95■■□□□ 1.59
CCDC28BQ9BUN5 NXPH3-201ENST00000328741 2179 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.95■■□□□ 1.58
CCDC28BQ9BUN5 MYLIP-202ENST00000356840 1666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
CCDC28BQ9BUN5 ABHD17C-202ENST00000558464 1976 ntTSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
CCDC28BQ9BUN5 ADGRB2-204ENST00000398542 5176 ntTSL 5 BASIC24.94■■□□□ 1.58
CCDC28BQ9BUN5 STUB1-201ENST00000219548 1472 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
CCDC28BQ9BUN5 MORF4L1-202ENST00000379535 2274 ntTSL 2 BASIC24.93■■□□□ 1.58
CCDC28BQ9BUN5 ANKRD53-201ENST00000272421 2185 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
CCDC28BQ9BUN5 TNFRSF25-205ENST00000377782 1632 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
CCDC28BQ9BUN5 RNF19B-201ENST00000235150 2334 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.92■■□□□ 1.58
CCDC28BQ9BUN5 MYCL-202ENST00000372816 1688 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.92■■□□□ 1.58
CCDC28BQ9BUN5 MORF4L1-203ENST00000426013 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.92■■□□□ 1.58
CCDC28BQ9BUN5 CPTP-201ENST00000343938 2190 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.91■■□□□ 1.58
CCDC28BQ9BUN5 RALY-201ENST00000246194 1789 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
CCDC28BQ9BUN5 ABL2-203ENST00000392043 2140 ntTSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 26 ms