Protein–RNA interactions for Protein: P31431

SDC4, Syndecan-4, humanhuman

Predictions only

Length 198 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SDC4P31431 MIR6090-201ENST00000622481 60 ntBASIC27.21■■□□□ 1.95
SDC4P31431 ACTG1-210ENST00000575842 2256 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.21■■□□□ 1.95
SDC4P31431 TESK1-206ENST00000620767 2438 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.21■■□□□ 1.95
SDC4P31431 DTNBP1-202ENST00000344537 1403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.2■■□□□ 1.94
SDC4P31431 SIGMAR1-203ENST00000378892 1743 ntTSL 2 BASIC27.2■■□□□ 1.94
SDC4P31431 COX4I1-203ENST00000562336 873 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.2■■□□□ 1.94
SDC4P31431 AC044849.2-201ENST00000606596 710 ntBASIC27.2■■□□□ 1.94
SDC4P31431 LZTS2-201ENST00000370220 5741 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.2■■□□□ 1.94
SDC4P31431 TPRA1-202ENST00000355552 1933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.19■■□□□ 1.94
SDC4P31431 CERS2-205ENST00000368954 2505 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.18■■□□□ 1.94
SDC4P31431 SECTM1-201ENST00000269389 2235 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.17■■□□□ 1.94
SDC4P31431 MACROD1-201ENST00000255681 1205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.17■■□□□ 1.94
SDC4P31431 COQ2-202ENST00000311469 1641 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.16■■□□□ 1.94
SDC4P31431 GGA1-204ENST00000381756 2107 ntTSL 1 (best) BASIC27.16■■□□□ 1.94
SDC4P31431 SLC30A10-202ENST00000366926 1915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.16■■□□□ 1.94
SDC4P31431 SMIM12-205ENST00000456842 918 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.15■■□□□ 1.94
SDC4P31431 C14orf80-202ENST00000334656 1358 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.14■■□□□ 1.94
SDC4P31431 VAX2-201ENST00000234392 1147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.14■■□□□ 1.94
SDC4P31431 RPS2P35-201ENST00000443417 897 ntBASIC27.14■■□□□ 1.94
SDC4P31431 MORF4L1-203ENST00000426013 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.14■■□□□ 1.94
SDC4P31431 BARX1-201ENST00000253968 1533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.14■■□□□ 1.94
SDC4P31431 TPI1-201ENST00000229270 1763 ntTSL 1 (best) BASIC27.13■■□□□ 1.93
SDC4P31431 SRSF9-201ENST00000229390 1201 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.12■■□□□ 1.93
SDC4P31431 PPP1R35-201ENST00000292330 1031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.12■■□□□ 1.93
SDC4P31431 AC009097.4-201ENST00000566738 777 ntTSL 2 BASIC27.12■■□□□ 1.93
SDC4P31431 SPATA5L1-208ENST00000638607 1863 ntTSL 2 BASIC27.12■■□□□ 1.93
SDC4P31431 C1QTNF8-201ENST00000328449 1627 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.12■■□□□ 1.93
SDC4P31431 MTCH1-202ENST00000373627 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.12■■□□□ 1.93
SDC4P31431 ST6GALNAC6-203ENST00000373142 2448 ntTSL 1 (best) BASIC27.11■■□□□ 1.93
SDC4P31431 PDPK1-203ENST00000389224 2416 ntTSL 2 BASIC27.11■■□□□ 1.93
SDC4P31431 DOCK5-202ENST00000410074 786 ntTSL 2 BASIC27.11■■□□□ 1.93
SDC4P31431 CCDC160-202ENST00000517294 1790 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.1■■□□□ 1.93
SDC4P31431 ZFAND2B-208ENST00000409594 2021 ntTSL 2 BASIC27.1■■□□□ 1.93
SDC4P31431 EXOC3L4-201ENST00000380069 2293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.1■■□□□ 1.93
SDC4P31431 COL13A1-214ENST00000522165 2061 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.09■■□□□ 1.93
SDC4P31431 HDGF-210ENST00000537739 2073 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.09■■□□□ 1.93
SDC4P31431 CIB2-204ENST00000557846 934 ntTSL 3 BASIC27.09■■□□□ 1.93
SDC4P31431 UBE2A-207ENST00000628549 934 ntTSL 2 BASIC27.09■■□□□ 1.93
SDC4P31431 ARHGAP22-202ENST00000374170 2107 ntTSL 5 BASIC27.08■■□□□ 1.93
SDC4P31431 EI24-212ENST00000615917 1407 ntTSL 2 BASIC27.08■■□□□ 1.93
SDC4P31431 TNFRSF25-204ENST00000356876 1625 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.08■■□□□ 1.93
SDC4P31431 SLC16A11-201ENST00000308009 1803 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.06■■□□□ 1.92
SDC4P31431 BOD1-201ENST00000285908 1286 ntTSL 1 (best) BASIC27.06■■□□□ 1.92
SDC4P31431 BOD1-206ENST00000480951 814 ntTSL 2 BASIC27.06■■□□□ 1.92
SDC4P31431 AC104109.3-201ENST00000519718 483 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.06■■□□□ 1.92
SDC4P31431 PRELID2-207ENST00000511435 1894 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC27.06■■□□□ 1.92
SDC4P31431 HDAC11-206ENST00000405025 576 ntTSL 4 BASIC27.05■■□□□ 1.92
SDC4P31431 VEGFA-207ENST00000413642 1197 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.05■■□□□ 1.92
SDC4P31431 PARD6A-202ENST00000458121 1260 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.05■■□□□ 1.92
SDC4P31431 AP004833.2-201ENST00000532228 1454 ntBASIC27.05■■□□□ 1.92
SDC4P31431 UBAC1-201ENST00000371756 1867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.04■■□□□ 1.92
SDC4P31431 NPC2-207ENST00000555619 1035 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.03■■□□□ 1.92
SDC4P31431 SHF-206ENST00000560471 2499 ntTSL 5 BASIC27.02■■□□□ 1.92
SDC4P31431 FEV-201ENST00000295727 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.01■■□□□ 1.91
SDC4P31431 FAM189B-210ENST00000621094 1335 ntTSL 1 (best) BASIC27■■□□□ 1.91
SDC4P31431 PXDC1-202ENST00000380283 2190 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27■■□□□ 1.91
SDC4P31431 COPRS-202ENST00000378634 1041 ntTSL 2 BASIC27■■□□□ 1.91
SDC4P31431 SMDT1-201ENST00000331479 1567 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27■■□□□ 1.91
SDC4P31431 DPF1-202ENST00000412732 2303 ntTSL 1 (best) BASIC27■■□□□ 1.91
SDC4P31431 SHARPIN-202ENST00000398712 1765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.99■■□□□ 1.91
SDC4P31431 ADAP1-201ENST00000265846 2363 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.98■■□□□ 1.91
SDC4P31431 PAPD7-201ENST00000230859 5459 ntTSL 1 (best) BASIC26.98■■□□□ 1.91
SDC4P31431 PPP1CC-208ENST00000551676 1581 ntTSL 2 BASIC26.97■■□□□ 1.91
SDC4P31431 CMC4-202ENST00000369484 1107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.97■■□□□ 1.91
SDC4P31431 TESK1-201ENST00000336395 2421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.96■■□□□ 1.91
SDC4P31431 JMJD8-202ENST00000562111 823 ntTSL 2 BASIC26.96■■□□□ 1.91
SDC4P31431 F8A3-201ENST00000622749 1759 ntAPPRIS P1 BASIC26.96■■□□□ 1.91
SDC4P31431 PHF20L1-207ENST00000395379 1998 ntTSL 5 BASIC26.95■■□□□ 1.9
SDC4P31431 GKAP1-202ENST00000376365 1511 ntTSL 1 (best) BASIC26.94■■□□□ 1.9
SDC4P31431 QDPR-201ENST00000281243 1648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.94■■□□□ 1.9
SDC4P31431 CLK2-201ENST00000355560 2120 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC26.93■■□□□ 1.9
SDC4P31431 PQLC1-203ENST00000397778 2555 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.93■■□□□ 1.9
SDC4P31431 AC004837.3-201ENST00000420748 565 ntTSL 4 BASIC26.93■■□□□ 1.9
SDC4P31431 THAP11-201ENST00000303596 2114 ntAPPRIS P1 BASIC26.93■■□□□ 1.9
SDC4P31431 CHST14-202ENST00000559991 1968 ntTSL 5 BASIC26.93■■□□□ 1.9
SDC4P31431 LINC00273-201ENST00000539813 1452 ntBASIC26.93■■□□□ 1.9
SDC4P31431 ITPKA-201ENST00000260386 1824 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.93■■□□□ 1.9
SDC4P31431 DNPEP-201ENST00000273075 2425 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.92■■□□□ 1.9
SDC4P31431 TNFSF12-201ENST00000293825 1553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.92■■□□□ 1.9
SDC4P31431 RP9P-201ENST00000381639 1303 ntTSL 1 (best) BASIC26.92■■□□□ 1.9
SDC4P31431 DNLZ-201ENST00000371738 724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.92■■□□□ 1.9
SDC4P31431 HSD11B1L-202ENST00000339423 1660 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.92■■□□□ 1.9
SDC4P31431 PIP4K2B-204ENST00000619039 5734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.91■■□□□ 1.9
SDC4P31431 MPP6-203ENST00000409761 1703 ntTSL 5 BASIC26.91■■□□□ 1.9
SDC4P31431 NPHP3-202ENST00000383282 782 ntTSL 1 (best) BASIC26.91■■□□□ 1.9
SDC4P31431 FHL2-202ENST00000344213 1769 ntTSL 1 (best) BASIC26.91■■□□□ 1.9
SDC4P31431 INPP4A-203ENST00000409463 1565 ntTSL 1 (best) BASIC26.9■■□□□ 1.9
SDC4P31431 DUX4L29-201ENST00000425409 679 ntBASIC26.9■■□□□ 1.9
SDC4P31431 AC021231.2-201ENST00000594613 730 ntBASIC26.9■■□□□ 1.9
SDC4P31431 VEGFA-226ENST00000611736 1239 ntTSL 1 (best) BASIC26.9■■□□□ 1.9
SDC4P31431 ANKS1B-203ENST00000341752 2115 ntTSL 2 BASIC26.9■■□□□ 1.9
SDC4P31431 AC135983.2-203ENST00000454486 1613 ntBASIC26.9■■□□□ 1.9
SDC4P31431 PRSS41-201ENST00000399677 1127 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.89■■□□□ 1.9
SDC4P31431 EID2-201ENST00000390658 1629 ntAPPRIS P1 BASIC26.89■■□□□ 1.9
SDC4P31431 IL17D-201ENST00000304920 1861 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.89■■□□□ 1.89
SDC4P31431 C16orf59-202ENST00000483320 1709 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.88■■□□□ 1.89
SDC4P31431 SLC35D2-201ENST00000253270 1613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.88■■□□□ 1.89
SDC4P31431 CALM3-209ENST00000597743 577 ntTSL 4 BASIC26.88■■□□□ 1.89
SDC4P31431 U2AF1L5-201ENST00000610664 897 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC26.88■■□□□ 1.89
SDC4P31431 SLC12A2-202ENST00000343225 5509 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.87■■□□□ 1.89
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 16.2 ms