Protein–RNA interactions for Protein: P29074

PTPN4, Tyrosine-protein phosphatase non-receptor type 4, humanhuman

Predictions only

Length 926 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PTPN4P29074 HNRNPAB-202ENST00000358344 1796 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.8■■□□□ 1.72
PTPN4P29074 MTCH1-202ENST00000373627 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.8■■□□□ 1.72
PTPN4P29074 ZFAND2B-206ENST00000409336 944 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.8■■□□□ 1.72
PTPN4P29074 AC009097.4-201ENST00000566738 777 ntTSL 2 BASIC25.8■■□□□ 1.72
PTPN4P29074 ZFAND2B-221ENST00000621130 1070 ntTSL 5 BASIC25.8■■□□□ 1.72
PTPN4P29074 YAP1-204ENST00000526343 2393 ntTSL 5 BASIC25.8■■□□□ 1.72
PTPN4P29074 SHF-207ENST00000560540 2062 ntTSL 5 BASIC25.78■■□□□ 1.72
PTPN4P29074 RNF130-201ENST00000261947 1766 ntTSL 1 (best) BASIC25.78■■□□□ 1.72
PTPN4P29074 DUX4L28-201ENST00000623687 678 ntBASIC25.78■■□□□ 1.72
PTPN4P29074 RASSF8-202ENST00000381352 2320 ntTSL 1 (best) BASIC25.78■■□□□ 1.72
PTPN4P29074 DBP-205ENST00000601104 1489 ntTSL 1 (best) BASIC25.78■■□□□ 1.72
PTPN4P29074 LRRC61-202ENST00000359623 1877 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.77■■□□□ 1.72
PTPN4P29074 THRA-204ENST00000546243 1909 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.77■■□□□ 1.72
PTPN4P29074 INPP5A-202ENST00000368593 1432 ntTSL 1 (best) BASIC25.77■■□□□ 1.72
PTPN4P29074 CARM1-202ENST00000344150 2722 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.77■■□□□ 1.72
PTPN4P29074 NFYB-205ENST00000551727 1727 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.77■■□□□ 1.72
PTPN4P29074 TLE6-201ENST00000246112 2100 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.76■■□□□ 1.71
PTPN4P29074 PAPD7-201ENST00000230859 5459 ntTSL 1 (best) BASIC25.76■■□□□ 1.71
PTPN4P29074 AC087741.3-201ENST00000624270 1347 ntBASIC25.76■■□□□ 1.71
PTPN4P29074 HDGF-201ENST00000357325 2380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.76■■□□□ 1.71
PTPN4P29074 TNIP2-201ENST00000315423 1974 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.75■■□□□ 1.71
PTPN4P29074 NPHP3-202ENST00000383282 782 ntTSL 1 (best) BASIC25.75■■□□□ 1.71
PTPN4P29074 AC005559.1-201ENST00000589661 871 ntBASIC25.75■■□□□ 1.71
PTPN4P29074 ARHGEF7-206ENST00000375741 5525 ntTSL 1 (best) BASIC25.75■■□□□ 1.71
PTPN4P29074 CCKBR-201ENST00000334619 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.75■■□□□ 1.71
PTPN4P29074 FGF18-201ENST00000274625 1986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.75■■□□□ 1.71
PTPN4P29074 MSX1-201ENST00000382723 1939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.75■■□□□ 1.71
PTPN4P29074 AL135925.1-201ENST00000605920 1701 ntBASIC25.74■■□□□ 1.71
PTPN4P29074 BTBD7-201ENST00000298896 2621 ntTSL 1 (best) BASIC25.74■■□□□ 1.71
PTPN4P29074 TCF24-201ENST00000563496 2450 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.74■■□□□ 1.71
PTPN4P29074 RTN2-202ENST00000344680 2063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.74■■□□□ 1.71
PTPN4P29074 RCAN1-201ENST00000313806 2490 ntTSL 1 (best) BASIC25.74■■□□□ 1.71
PTPN4P29074 NREP-202ENST00000379671 2581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.73■■□□□ 1.71
PTPN4P29074 DENR-202ENST00000455982 1052 ntTSL 5 BASIC25.73■■□□□ 1.71
PTPN4P29074 AP000911.1-206ENST00000531938 711 ntTSL 3 BASIC25.73■■□□□ 1.71
PTPN4P29074 CPNE1-202ENST00000352393 2147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.72■■□□□ 1.71
PTPN4P29074 PLEKHF1-201ENST00000436066 2084 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.72■■□□□ 1.71
PTPN4P29074 AC012629.2-201ENST00000606513 377 ntTSL 5 BASIC25.72■■□□□ 1.71
PTPN4P29074 WASH5P-204ENST00000632292 975 ntBASIC25.72■■□□□ 1.71
PTPN4P29074 CAPNS1-204ENST00000587718 1558 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.7■■□□□ 1.71
PTPN4P29074 FAM107B-205ENST00000378467 2374 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.7■■□□□ 1.7
PTPN4P29074 TMEM187-201ENST00000369982 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.69■■□□□ 1.7
PTPN4P29074 DRD5P2-201ENST00000421395 2012 ntBASIC25.68■■□□□ 1.7
PTPN4P29074 NKIRAS2-202ENST00000316082 833 ntTSL 5 BASIC25.68■■□□□ 1.7
PTPN4P29074 GFRA4-202ENST00000319242 900 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.68■■□□□ 1.7
PTPN4P29074 AC044849.2-201ENST00000606596 710 ntBASIC25.68■■□□□ 1.7
PTPN4P29074 PCSK6-216ENST00000615296 2921 ntTSL 5 BASIC25.67■■□□□ 1.7
PTPN4P29074 PHF23-205ENST00000571362 1768 ntTSL 2 BASIC25.67■■□□□ 1.7
PTPN4P29074 DEAF1-201ENST00000382409 2500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.67■■□□□ 1.7
PTPN4P29074 ARHGEF7-205ENST00000375739 5375 ntTSL 1 (best) BASIC25.67■■□□□ 1.7
PTPN4P29074 ZNF768-201ENST00000380412 2315 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.66■■□□□ 1.7
PTPN4P29074 IHH-201ENST00000295731 2023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.66■■□□□ 1.7
PTPN4P29074 REXO4-202ENST00000371942 2360 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.64■■□□□ 1.7
PTPN4P29074 MISP3-201ENST00000269720 1424 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.64■■□□□ 1.7
PTPN4P29074 RCC1L-205ENST00000618035 1409 ntTSL 1 (best) BASIC25.64■■□□□ 1.7
PTPN4P29074 CACNG6-201ENST00000252729 1853 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.64■■□□□ 1.7
PTPN4P29074 MBD2-201ENST00000256429 5188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.64■■□□□ 1.69
PTPN4P29074 AC104109.3-201ENST00000519718 483 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.63■■□□□ 1.69
PTPN4P29074 TMEM55B-201ENST00000250489 1961 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.62■■□□□ 1.69
PTPN4P29074 ABHD17AP4-201ENST00000411545 909 ntBASIC25.62■■□□□ 1.69
PTPN4P29074 RAB40C-204ENST00000538492 2569 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.62■■□□□ 1.69
PTPN4P29074 FADD-201ENST00000301838 1841 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.62■■□□□ 1.69
PTPN4P29074 HES7-202ENST00000541682 1674 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.61■■□□□ 1.69
PTPN4P29074 HYAL2-202ENST00000395139 2136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.61■■□□□ 1.69
PTPN4P29074 HSPB11-201ENST00000194214 915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.61■■□□□ 1.69
PTPN4P29074 COPRS-202ENST00000378634 1041 ntTSL 2 BASIC25.61■■□□□ 1.69
PTPN4P29074 SMIM12-205ENST00000456842 918 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.61■■□□□ 1.69
PTPN4P29074 ARTN-203ENST00000414809 1943 ntAPPRIS P4 TSL 3 BASIC25.61■■□□□ 1.69
PTPN4P29074 CYB5R3-201ENST00000352397 2124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.6■■□□□ 1.69
PTPN4P29074 MLEC-202ENST00000412616 841 ntTSL 3 BASIC25.6■■□□□ 1.69
PTPN4P29074 CHMP4B-201ENST00000217402 1646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.59■■□□□ 1.69
PTPN4P29074 SSU72-201ENST00000291386 1290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.59■■□□□ 1.69
PTPN4P29074 AL139393.2-201ENST00000608721 2025 ntBASIC25.59■■□□□ 1.69
PTPN4P29074 FRAT2-201ENST00000371019 2213 ntAPPRIS P1 BASIC25.59■■□□□ 1.69
PTPN4P29074 CCM2L-201ENST00000262659 2523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.58■■□□□ 1.69
PTPN4P29074 SERPING1-205ENST00000403558 2231 ntTSL 5 BASIC25.58■■□□□ 1.69
PTPN4P29074 VIPR2-203ENST00000402066 1926 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.58■■□□□ 1.69
PTPN4P29074 CIC-201ENST00000160740 6111 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC25.58■■□□□ 1.69
PTPN4P29074 TAZ-205ENST00000475699 1862 ntTSL 1 (best) BASIC25.57■■□□□ 1.68
PTPN4P29074 FOXG1-201ENST00000313071 4890 ntAPPRIS P1 BASIC25.57■■□□□ 1.68
PTPN4P29074 POU3F3-201ENST00000361360 3064 ntAPPRIS P1 BASIC25.57■■□□□ 1.68
PTPN4P29074 COMMD7-201ENST00000278980 1900 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.57■■□□□ 1.68
PTPN4P29074 TNFSF12-201ENST00000293825 1553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.56■■□□□ 1.68
PTPN4P29074 ATPAF1-202ENST00000371937 1827 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.56■■□□□ 1.68
PTPN4P29074 NXNL1-201ENST00000301944 946 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.56■■□□□ 1.68
PTPN4P29074 HNRNPAB-206ENST00000506339 1747 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.55■■□□□ 1.68
PTPN4P29074 RHEB-201ENST00000262187 2075 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.54■■□□□ 1.68
PTPN4P29074 CAMKK1-201ENST00000158166 2459 ntTSL 1 (best) BASIC25.54■■□□□ 1.68
PTPN4P29074 SRSF9-201ENST00000229390 1201 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.54■■□□□ 1.68
PTPN4P29074 GSTP1-202ENST00000398606 965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.54■■□□□ 1.68
PTPN4P29074 MIR7108-201ENST00000614319 87 ntBASIC25.54■■□□□ 1.68
PTPN4P29074 MPST-206ENST00000429360 1331 ntTSL 1 (best) BASIC25.54■■□□□ 1.68
PTPN4P29074 HOXB3-212ENST00000498678 2196 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.54■■□□□ 1.68
PTPN4P29074 JAG2-201ENST00000331782 5835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.54■■□□□ 1.68
PTPN4P29074 LANCL3-203ENST00000614025 1469 ntTSL 2 BASIC25.53■■□□□ 1.68
PTPN4P29074 NOG-201ENST00000332822 1892 ntAPPRIS P1 BASIC25.53■■□□□ 1.68
PTPN4P29074 PLBD2-202ENST00000545182 2321 ntTSL 2 BASIC25.52■■□□□ 1.68
PTPN4P29074 NAA50-207ENST00000493900 962 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC25.52■■□□□ 1.68
PTPN4P29074 TCEA2-204ENST00000395053 1733 ntTSL 1 (best) BASIC25.51■■□□□ 1.68
PTPN4P29074 CDKN2A-201ENST00000304494 1218 ntTSL 1 (best) BASIC25.51■■□□□ 1.67
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 15 ms