Protein–RNA interactions for Protein: Q96S90

LYSMD1, LysM and putative peptidoglycan-binding domain-containing protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 227 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LYSMD1Q96S90 CDKN2A-201ENST00000304494 1218 ntTSL 1 (best) BASIC26.39■■□□□ 1.82
LYSMD1Q96S90 AP000911.1-206ENST00000531938 711 ntTSL 3 BASIC26.39■■□□□ 1.82
LYSMD1Q96S90 AC009097.4-201ENST00000566738 777 ntTSL 2 BASIC26.39■■□□□ 1.82
LYSMD1Q96S90 ST7-AS1-201ENST00000456775 1889 ntBASIC26.38■■□□□ 1.81
LYSMD1Q96S90 ARL8A-201ENST00000272217 1793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.38■■□□□ 1.81
LYSMD1Q96S90 CMC4-202ENST00000369484 1107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.37■■□□□ 1.81
LYSMD1Q96S90 STUB1-205ENST00000565677 1560 ntTSL 1 (best) BASIC26.37■■□□□ 1.81
LYSMD1Q96S90 AC108673.1-201ENST00000510422 1159 ntBASIC26.36■■□□□ 1.81
LYSMD1Q96S90 TSPAN33-201ENST00000486685 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.36■■□□□ 1.81
LYSMD1Q96S90 SMIM12-205ENST00000456842 918 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.35■■□□□ 1.81
LYSMD1Q96S90 COL13A1-210ENST00000517713 2007 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.35■■□□□ 1.81
LYSMD1Q96S90 GAL3ST1-205ENST00000406361 1819 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.35■■□□□ 1.81
LYSMD1Q96S90 POLR1D-201ENST00000302979 1166 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.34■■□□□ 1.81
LYSMD1Q96S90 RCE1-201ENST00000309657 1485 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.34■■□□□ 1.81
LYSMD1Q96S90 HNRNPAB-202ENST00000358344 1796 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC26.33■■□□□ 1.8
LYSMD1Q96S90 KLC2-205ENST00000394078 1557 ntTSL 5 BASIC26.33■■□□□ 1.8
LYSMD1Q96S90 VAX2-201ENST00000234392 1147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.32■■□□□ 1.8
LYSMD1Q96S90 MFAP2-202ENST00000375535 1260 ntTSL 1 (best) BASIC26.32■■□□□ 1.8
LYSMD1Q96S90 ABHD17A-202ENST00000292577 1757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.32■■□□□ 1.8
LYSMD1Q96S90 ATPAF1-202ENST00000371937 1827 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.32■■□□□ 1.8
LYSMD1Q96S90 SLC52A2-201ENST00000329994 1896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.32■■□□□ 1.8
LYSMD1Q96S90 HNRNPAB-204ENST00000504898 1785 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC26.31■■□□□ 1.8
LYSMD1Q96S90 CBX4-201ENST00000269397 2664 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.31■■□□□ 1.8
LYSMD1Q96S90 MIR6090-201ENST00000622481 60 ntBASIC26.31■■□□□ 1.8
LYSMD1Q96S90 MISP3-202ENST00000587086 1535 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.3■■□□□ 1.8
LYSMD1Q96S90 AP002884.3-203ENST00000419895 1711 ntTSL 2 BASIC26.29■■□□□ 1.8
LYSMD1Q96S90 AC104109.3-201ENST00000519718 483 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.29■■□□□ 1.8
LYSMD1Q96S90 SRSF9-201ENST00000229390 1201 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.28■■□□□ 1.8
LYSMD1Q96S90 COPRS-202ENST00000378634 1041 ntTSL 2 BASIC26.27■■□□□ 1.8
LYSMD1Q96S90 AGAP3-216ENST00000479901 1881 ntTSL 5 BASIC26.26■■□□□ 1.79
LYSMD1Q96S90 DTNBP1-202ENST00000344537 1403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.26■■□□□ 1.79
LYSMD1Q96S90 SH3BP2-221ENST00000511747 2351 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.26■■□□□ 1.79
LYSMD1Q96S90 SHOX2-204ENST00000483851 1866 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.25■■□□□ 1.79
LYSMD1Q96S90 BOD1-201ENST00000285908 1286 ntTSL 1 (best) BASIC26.25■■□□□ 1.79
LYSMD1Q96S90 BOD1-206ENST00000480951 814 ntTSL 2 BASIC26.25■■□□□ 1.79
LYSMD1Q96S90 BHLHE23-201ENST00000370346 1057 ntAPPRIS P1 BASIC26.24■■□□□ 1.79
LYSMD1Q96S90 ZNF513-201ENST00000323703 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.23■■□□□ 1.79
LYSMD1Q96S90 HDAC11-206ENST00000405025 576 ntTSL 4 BASIC26.23■■□□□ 1.79
LYSMD1Q96S90 VEGFA-207ENST00000413642 1197 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.23■■□□□ 1.79
LYSMD1Q96S90 AMN-201ENST00000299155 1907 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.23■■□□□ 1.79
LYSMD1Q96S90 FSD1L-208ENST00000495708 1906 ntTSL 1 (best) BASIC26.23■■□□□ 1.79
LYSMD1Q96S90 TM6SF1-202ENST00000322019 2074 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.23■■□□□ 1.79
LYSMD1Q96S90 CCDC88C-205ENST00000553403 1651 ntTSL 1 (best) BASIC26.22■■□□□ 1.79
LYSMD1Q96S90 ENKD1-201ENST00000243878 1579 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.22■■□□□ 1.79
LYSMD1Q96S90 DOCK5-202ENST00000410074 786 ntTSL 2 BASIC26.22■■□□□ 1.79
LYSMD1Q96S90 MKNK2-202ENST00000309340 1744 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.22■■□□□ 1.79
LYSMD1Q96S90 NPHP3-202ENST00000383282 782 ntTSL 1 (best) BASIC26.21■■□□□ 1.79
LYSMD1Q96S90 HNRNPAB-205ENST00000506259 1674 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.21■■□□□ 1.79
LYSMD1Q96S90 PHOX2A-201ENST00000298231 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.2■■□□□ 1.78
LYSMD1Q96S90 EBAG9-202ENST00000395785 1467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.2■■□□□ 1.78
LYSMD1Q96S90 UBE2A-207ENST00000628549 934 ntTSL 2 BASIC26.19■■□□□ 1.78
LYSMD1Q96S90 RASSF8-202ENST00000381352 2320 ntTSL 1 (best) BASIC26.18■■□□□ 1.78
LYSMD1Q96S90 ABCB10P1-201ENST00000614297 2181 ntBASIC26.18■■□□□ 1.78
LYSMD1Q96S90 GRK6-206ENST00000507633 1660 ntTSL 5 BASIC26.18■■□□□ 1.78
LYSMD1Q96S90 RDX-210ENST00000530301 1549 ntTSL 1 (best) BASIC26.18■■□□□ 1.78
LYSMD1Q96S90 BCL7C-201ENST00000215115 1740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.17■■□□□ 1.78
LYSMD1Q96S90 CIB2-204ENST00000557846 934 ntTSL 3 BASIC26.17■■□□□ 1.78
LYSMD1Q96S90 DCBLD1-201ENST00000296955 1979 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.16■■□□□ 1.78
LYSMD1Q96S90 GLTP-201ENST00000318348 2356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.16■■□□□ 1.78
LYSMD1Q96S90 ZNF787-203ENST00000610935 1925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.16■■□□□ 1.78
LYSMD1Q96S90 C14orf80-202ENST00000334656 1358 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.15■■□□□ 1.78
LYSMD1Q96S90 LRRC10B-201ENST00000378075 2219 ntAPPRIS P1 BASIC26.14■■□□□ 1.78
LYSMD1Q96S90 CGREF1-203ENST00000402394 1906 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC26.14■■□□□ 1.77
LYSMD1Q96S90 DNLZ-201ENST00000371738 724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.13■■□□□ 1.77
LYSMD1Q96S90 KCTD17-202ENST00000403888 1763 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.12■■□□□ 1.77
LYSMD1Q96S90 RUNX2-205ENST00000465038 1770 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC26.12■■□□□ 1.77
LYSMD1Q96S90 TOMM40-201ENST00000252487 1707 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.12■■□□□ 1.77
LYSMD1Q96S90 TOMM40-202ENST00000405636 1709 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.12■■□□□ 1.77
LYSMD1Q96S90 NME2-202ENST00000393190 866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.12■■□□□ 1.77
LYSMD1Q96S90 AC004837.3-201ENST00000420748 565 ntTSL 4 BASIC26.12■■□□□ 1.77
LYSMD1Q96S90 COQ2-202ENST00000311469 1641 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.12■■□□□ 1.77
LYSMD1Q96S90 IRX1-201ENST00000302006 1858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.12■■□□□ 1.77
LYSMD1Q96S90 EI24-212ENST00000615917 1407 ntTSL 2 BASIC26.12■■□□□ 1.77
LYSMD1Q96S90 BARX1-201ENST00000253968 1533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.1■■□□□ 1.77
LYSMD1Q96S90 AC127502.1-201ENST00000399971 1502 ntBASIC26.1■■□□□ 1.77
LYSMD1Q96S90 PI4KAP2-202ENST00000450651 2294 ntTSL 5 BASIC26.09■■□□□ 1.77
LYSMD1Q96S90 KCNF1-201ENST00000295082 2289 ntAPPRIS P1 BASIC26.09■■□□□ 1.77
LYSMD1Q96S90 NEUROG2-201ENST00000313341 2287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.09■■□□□ 1.77
LYSMD1Q96S90 ZFAND2B-206ENST00000409336 944 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.08■■□□□ 1.77
LYSMD1Q96S90 DUX4L29-201ENST00000425409 679 ntBASIC26.08■■□□□ 1.77
LYSMD1Q96S90 AC021231.2-201ENST00000594613 730 ntBASIC26.08■■□□□ 1.77
LYSMD1Q96S90 ZFAND2B-221ENST00000621130 1070 ntTSL 5 BASIC26.08■■□□□ 1.77
LYSMD1Q96S90 MPST-206ENST00000429360 1331 ntTSL 1 (best) BASIC26.08■■□□□ 1.77
LYSMD1Q96S90 MLEC-202ENST00000412616 841 ntTSL 3 BASIC26.07■■□□□ 1.76
LYSMD1Q96S90 FOXE3-201ENST00000335071 1981 ntAPPRIS P1 BASIC26.07■■□□□ 1.76
LYSMD1Q96S90 RP9P-201ENST00000381639 1303 ntTSL 1 (best) BASIC26.07■■□□□ 1.76
LYSMD1Q96S90 AC004540.2-201ENST00000451368 611 ntTSL 2 BASIC26.06■■□□□ 1.76
LYSMD1Q96S90 ANKRD13D-211ENST00000511455 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.06■■□□□ 1.76
LYSMD1Q96S90 GIPC1-203ENST00000393033 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.06■■□□□ 1.76
LYSMD1Q96S90 HINT2-201ENST00000259667 628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.05■■□□□ 1.76
LYSMD1Q96S90 CCDC149-203ENST00000502801 1079 ntTSL 1 (best) BASIC26.05■■□□□ 1.76
LYSMD1Q96S90 EFNA3-201ENST00000368408 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.05■■□□□ 1.76
LYSMD1Q96S90 SLC35D2-202ENST00000375257 889 ntTSL 2 BASIC26.04■■□□□ 1.76
LYSMD1Q96S90 PABPC1L2B-AS1-201ENST00000416989 1167 ntTSL 3 BASIC26.04■■□□□ 1.76
LYSMD1Q96S90 AL662864.1-201ENST00000454388 1167 ntTSL 3 BASIC26.04■■□□□ 1.76
LYSMD1Q96S90 ZNF706-207ENST00000519882 959 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC26.04■■□□□ 1.76
LYSMD1Q96S90 ZNF706-213ENST00000521272 732 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.04■■□□□ 1.76
LYSMD1Q96S90 HGH1-207ENST00000628266 258 ntTSL 5 BASIC26.04■■□□□ 1.76
LYSMD1Q96S90 EMC10-202ENST00000376918 2014 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.03■■□□□ 1.76
LYSMD1Q96S90 SMDT1-201ENST00000331479 1567 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.03■■□□□ 1.76
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 26.5 ms