Protein–RNA interactions for Protein: Q95604

HLA-C, HLA class I histocompatibility antigen, Cw-17 alpha chain, humanhuman

Predictions only

Length 372 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HLA-CQ95604 U2AF1-203ENST00000398137 1019 ntTSL 1 (best) BASIC28.2■■■□□ 2.1
HLA-CQ95604 CDKN3-211ENST00000611205 874 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.2■■■□□ 2.1
HLA-CQ95604 U2AF1L5-212ENST00000639996 1019 ntTSL 1 (best) BASIC28.2■■■□□ 2.1
HLA-CQ95604 PKIG-207ENST00000372894 1191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.19■■■□□ 2.1
HLA-CQ95604 AC005540.1-201ENST00000413911 919 ntTSL 3 BASIC28.19■■■□□ 2.1
HLA-CQ95604 POLR3H-201ENST00000337566 1330 ntTSL 1 (best) BASIC28.18■■■□□ 2.1
HLA-CQ95604 CSNK1E-205ENST00000405675 2127 ntTSL 5 BASIC28.18■■■□□ 2.1
HLA-CQ95604 TPT1-202ENST00000379055 948 ntTSL 2 BASIC28.18■■■□□ 2.1
HLA-CQ95604 AC012354.3-201ENST00000623734 483 ntBASIC28.18■■■□□ 2.1
HLA-CQ95604 ADRA2C-201ENST00000330055 2129 ntAPPRIS P1 BASIC28.18■■■□□ 2.1
HLA-CQ95604 CTDNEP1-201ENST00000318988 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.18■■■□□ 2.1
HLA-CQ95604 ACTR3B-202ENST00000377776 1566 ntTSL 1 (best) BASIC28.17■■■□□ 2.1
HLA-CQ95604 RPS20-211ENST00000524349 752 ntTSL 1 (best) BASIC28.17■■■□□ 2.1
HLA-CQ95604 CTXN1-201ENST00000318978 1274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.16■■■□□ 2.1
HLA-CQ95604 JUND-201ENST00000252818 1863 ntAPPRIS P1 BASIC28.16■■■□□ 2.1
HLA-CQ95604 UBA52-204ENST00000595158 743 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC28.15■■■□□ 2.1
HLA-CQ95604 HNRNPUL1-221ENST00000617305 1018 ntTSL 1 (best) BASIC28.15■■■□□ 2.1
HLA-CQ95604 IGFBP2-201ENST00000233809 1439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.15■■■□□ 2.1
HLA-CQ95604 SERINC2-201ENST00000373709 1997 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.14■■■□□ 2.1
HLA-CQ95604 NTF6A-201ENST00000591175 560 ntBASIC28.14■■■□□ 2.1
HLA-CQ95604 BLOC1S3-202ENST00000587722 732 ntAPPRIS P1 BASIC28.13■■■□□ 2.09
HLA-CQ95604 BRF1-221ENST00000619151 1530 ntTSL 5 BASIC28.13■■■□□ 2.09
HLA-CQ95604 RPRML-201ENST00000322329 1093 ntAPPRIS P1 BASIC28.11■■■□□ 2.09
HLA-CQ95604 AC092902.2-221ENST00000628476 965 ntTSL 5 BASIC28.1■■■□□ 2.09
HLA-CQ95604 CBWD5-202ENST00000377384 1347 ntTSL 1 (best) BASIC28.1■■■□□ 2.09
HLA-CQ95604 CEP120-209ENST00000515110 606 ntTSL 3 BASIC28.09■■■□□ 2.09
HLA-CQ95604 METTL24-201ENST00000338882 1119 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.07■■■□□ 2.08
HLA-CQ95604 AGO3-204ENST00000397828 1035 ntTSL 2 BASIC28.07■■■□□ 2.08
HLA-CQ95604 AP000251.1-201ENST00000433071 822 ntTSL 1 (best) BASIC28.07■■■□□ 2.08
HLA-CQ95604 RUNX2-203ENST00000371436 1588 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.07■■■□□ 2.08
HLA-CQ95604 MXD3-208ENST00000513063 861 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.06■■■□□ 2.08
HLA-CQ95604 RUNX2-211ENST00000625924 1458 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.05■■■□□ 2.08
HLA-CQ95604 FAM168B-201ENST00000389915 944 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC28.04■■■□□ 2.08
HLA-CQ95604 KMT2E-AS1-201ENST00000453677 736 ntTSL 3 BASIC28.04■■■□□ 2.08
HLA-CQ95604 EI24-212ENST00000615917 1407 ntTSL 2 BASIC28.03■■■□□ 2.08
HLA-CQ95604 C1orf122-201ENST00000373042 973 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.03■■■□□ 2.08
HLA-CQ95604 ATP8B2-201ENST00000368487 1523 ntTSL 1 (best) BASIC28.02■■■□□ 2.08
HLA-CQ95604 MRPL23-202ENST00000381519 643 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC28.02■■■□□ 2.08
HLA-CQ95604 MRPL23-205ENST00000397298 736 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.02■■■□□ 2.08
HLA-CQ95604 SLC9A3R2-202ENST00000432365 1564 ntTSL 1 (best) BASIC28.02■■■□□ 2.08
HLA-CQ95604 RAD51-210ENST00000557850 1397 ntTSL 2 BASIC28.01■■■□□ 2.07
HLA-CQ95604 CHST11-202ENST00000546689 756 ntTSL 2 BASIC28.01■■■□□ 2.07
HLA-CQ95604 MDFIC-208ENST00000614186 1068 ntTSL 1 (best) BASIC28.01■■■□□ 2.07
HLA-CQ95604 CLTA-207ENST00000470744 1102 ntTSL 2 BASIC28■■■□□ 2.07
HLA-CQ95604 RNF130-201ENST00000261947 1766 ntTSL 1 (best) BASIC28■■■□□ 2.07
HLA-CQ95604 BANF1-208ENST00000533166 1135 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.99■■■□□ 2.07
HLA-CQ95604 AC018358.1-201ENST00000631079 1402 ntBASIC27.99■■■□□ 2.07
HLA-CQ95604 GALK1-205ENST00000588479 1866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.98■■■□□ 2.07
HLA-CQ95604 AC073111.5-206ENST00000642087 859 ntAPPRIS P1 BASIC27.98■■■□□ 2.07
HLA-CQ95604 PTCH1-210ENST00000468211 1254 ntTSL 1 (best) BASIC27.97■■■□□ 2.07
HLA-CQ95604 ATP6V1E2-204ENST00000522587 1559 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC27.96■■■□□ 2.07
HLA-CQ95604 ENHO-201ENST00000399775 1082 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.96■■■□□ 2.07
HLA-CQ95604 LIME1-206ENST00000487026 805 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.96■■■□□ 2.07
HLA-CQ95604 ZSCAN1-202ENST00000391700 952 ntTSL 1 (best) BASIC27.95■■■□□ 2.06
HLA-CQ95604 SNX5-219ENST00000606602 885 ntTSL 1 (best) BASIC27.95■■■□□ 2.06
HLA-CQ95604 GNPTAB-206ENST00000549940 1678 ntTSL 1 (best) BASIC27.94■■■□□ 2.06
HLA-CQ95604 AGPAT2-202ENST00000371696 1512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.93■■■□□ 2.06
HLA-CQ95604 AL033527.3-201ENST00000566366 1196 ntBASIC27.93■■■□□ 2.06
HLA-CQ95604 AC022413.1-201ENST00000624602 984 ntBASIC27.93■■■□□ 2.06
HLA-CQ95604 ABHD17A-201ENST00000250974 1630 ntTSL 1 (best) BASIC27.92■■■□□ 2.06
HLA-CQ95604 WHRN-203ENST00000374057 1718 ntTSL 2 BASIC27.92■■■□□ 2.06
HLA-CQ95604 AC231981.1-201ENST00000450917 974 ntTSL 3 BASIC27.91■■■□□ 2.06
HLA-CQ95604 ACOT1-202ENST00000557556 1271 ntTSL 1 (best) BASIC27.91■■■□□ 2.06
HLA-CQ95604 HES4-202ENST00000428771 1040 ntTSL 2 BASIC27.9■■■□□ 2.06
HLA-CQ95604 C11orf96-203ENST00000617612 1294 ntAPPRIS P1 BASIC27.9■■■□□ 2.06
HLA-CQ95604 S1PR4-201ENST00000246115 1565 ntAPPRIS P1 BASIC27.9■■■□□ 2.06
HLA-CQ95604 AC008813.1-201ENST00000536597 885 ntBASIC27.89■■■□□ 2.06
HLA-CQ95604 PABPN1-201ENST00000216727 2001 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.89■■■□□ 2.05
HLA-CQ95604 BMP7-202ENST00000395864 1746 ntTSL 5 BASIC27.88■■■□□ 2.05
HLA-CQ95604 MANF-204ENST00000528157 1153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.87■■■□□ 2.05
HLA-CQ95604 SSBP4-202ENST00000348495 1721 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC27.87■■■□□ 2.05
HLA-CQ95604 CHPT1-201ENST00000229266 1585 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.86■■■□□ 2.05
HLA-CQ95604 HSD17B12-202ENST00000395700 994 ntTSL 1 (best) BASIC27.86■■■□□ 2.05
HLA-CQ95604 NOXA1-201ENST00000341349 1678 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.86■■■□□ 2.05
HLA-CQ95604 BTBD19-203ENST00000450269 1572 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.86■■■□□ 2.05
HLA-CQ95604 CAPNS1-216ENST00000628306 1389 ntTSL 5 BASIC27.86■■■□□ 2.05
HLA-CQ95604 C2orf88-204ENST00000409870 1441 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.84■■■□□ 2.05
HLA-CQ95604 ZDHHC16-201ENST00000345745 1519 ntTSL 1 (best) BASIC27.84■■■□□ 2.05
HLA-CQ95604 BAX-202ENST00000345358 793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.84■■■□□ 2.05
HLA-CQ95604 CPNE1-203ENST00000397442 1695 ntTSL 5 BASIC27.83■■■□□ 2.05
HLA-CQ95604 MXD3-203ENST00000439742 1483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.83■■■□□ 2.04
HLA-CQ95604 PXMP2-201ENST00000317479 957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.82■■■□□ 2.04
HLA-CQ95604 TSR3-201ENST00000007390 1243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.82■■■□□ 2.04
HLA-CQ95604 TWIST1-201ENST00000242261 1666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.81■■■□□ 2.04
HLA-CQ95604 AL590677.1-201ENST00000438431 380 ntTSL 5 BASIC27.8■■■□□ 2.04
HLA-CQ95604 KIF13A-207ENST00000502704 1330 ntTSL 1 (best) BASIC27.8■■■□□ 2.04
HLA-CQ95604 TMEM80-202ENST00000397512 1572 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.79■■■□□ 2.04
HLA-CQ95604 SURF1-201ENST00000371974 1093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.78■■■□□ 2.04
HLA-CQ95604 SURF1-205ENST00000615505 991 ntTSL 1 (best) BASIC27.78■■■□□ 2.04
HLA-CQ95604 ANKRD16-201ENST00000191063 1567 ntTSL 3 BASIC27.77■■■□□ 2.04
HLA-CQ95604 LINC01918-201ENST00000436841 797 ntTSL 2 BASIC27.77■■■□□ 2.04
HLA-CQ95604 LINC02323-201ENST00000559946 1603 ntTSL 3 BASIC27.77■■■□□ 2.04
HLA-CQ95604 KCNQ5-204ENST00000370392 1469 ntTSL 1 (best) BASIC27.76■■■□□ 2.04
HLA-CQ95604 C1orf232-201ENST00000634842 643 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC27.76■■■□□ 2.03
HLA-CQ95604 PIK3R2-208ENST00000617642 1446 ntTSL 5 BASIC27.75■■■□□ 2.03
HLA-CQ95604 PXMP2-205ENST00000543589 632 ntTSL 3 BASIC27.75■■■□□ 2.03
HLA-CQ95604 MAZ-208ENST00000563402 1461 ntTSL 5 BASIC27.75■■■□□ 2.03
HLA-CQ95604 MAZ-210ENST00000566906 1455 ntTSL 5 BASIC27.75■■■□□ 2.03
HLA-CQ95604 NPW-202ENST00000566435 991 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.74■■■□□ 2.03
HLA-CQ95604 QDPR-208ENST00000513615 1188 ntTSL 2 BASIC27.73■■■□□ 2.03
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 23.1 ms