Protein–RNA interactions for Protein: Q7Z3B4

NUP54, Nucleoporin p54, humanhuman

Predictions only

Length 507 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
NUP54Q7Z3B4 CHPT1-205ENST00000549872 2001 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.28■■□□□ 1.48
NUP54Q7Z3B4 TMEM158-201ENST00000503771 1813 ntAPPRIS P1 BASIC24.28■■□□□ 1.48
NUP54Q7Z3B4 MAD2L2-205ENST00000376669 864 ntTSL 3 BASIC24.28■■□□□ 1.48
NUP54Q7Z3B4 PLEKHG6-206ENST00000536531 1683 ntTSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
NUP54Q7Z3B4 BATF3-201ENST00000243440 980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
NUP54Q7Z3B4 TPM2-203ENST00000378292 2147 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
NUP54Q7Z3B4 BCL3-201ENST00000164227 2038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
NUP54Q7Z3B4 MYLIP-202ENST00000356840 1666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
NUP54Q7Z3B4 CDKN2A-201ENST00000304494 1218 ntTSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
NUP54Q7Z3B4 GXYLT1-201ENST00000280876 1937 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
NUP54Q7Z3B4 AL135925.1-201ENST00000605920 1701 ntBASIC24.24■■□□□ 1.47
NUP54Q7Z3B4 MBD2-201ENST00000256429 5188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
NUP54Q7Z3B4 PPP3CC-204ENST00000518852 1598 ntTSL 2 BASIC24.24■■□□□ 1.47
NUP54Q7Z3B4 ATP6V1E2-204ENST00000522587 1559 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.24■■□□□ 1.47
NUP54Q7Z3B4 FAM149A-201ENST00000227065 2708 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
NUP54Q7Z3B4 SMIM12-205ENST00000456842 918 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.23■■□□□ 1.47
NUP54Q7Z3B4 AC108673.1-201ENST00000510422 1159 ntBASIC24.23■■□□□ 1.47
NUP54Q7Z3B4 FOXG1-201ENST00000313071 4890 ntAPPRIS P1 BASIC24.23■■□□□ 1.47
NUP54Q7Z3B4 NOXA1-201ENST00000341349 1678 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
NUP54Q7Z3B4 SH3GL3-202ENST00000427482 1806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
NUP54Q7Z3B4 GAL3ST1-204ENST00000402369 1712 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.22■■□□□ 1.47
NUP54Q7Z3B4 CMC4-202ENST00000369484 1107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
NUP54Q7Z3B4 UBE2S-203ENST00000589978 496 ntTSL 5 BASIC24.22■■□□□ 1.47
NUP54Q7Z3B4 AC010864.1-201ENST00000609407 1511 ntBASIC24.21■■□□□ 1.47
NUP54Q7Z3B4 PHOX2A-201ENST00000298231 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
NUP54Q7Z3B4 CHPT1-201ENST00000229266 1585 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.47
NUP54Q7Z3B4 GLTP-201ENST00000318348 2356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
NUP54Q7Z3B4 MFAP2-202ENST00000375535 1260 ntTSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
NUP54Q7Z3B4 CARS2-201ENST00000257347 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
NUP54Q7Z3B4 SRSF9-201ENST00000229390 1201 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
NUP54Q7Z3B4 VAX2-201ENST00000234392 1147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
NUP54Q7Z3B4 PELI3-203ENST00000524466 1671 ntTSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
NUP54Q7Z3B4 HAUS7-201ENST00000370210 1593 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.18■■□□□ 1.46
NUP54Q7Z3B4 TSPAN33-201ENST00000486685 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
NUP54Q7Z3B4 PI4KAP2-202ENST00000450651 2294 ntTSL 5 BASIC24.17■■□□□ 1.46
NUP54Q7Z3B4 COL13A1-210ENST00000517713 2007 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.17■■□□□ 1.46
NUP54Q7Z3B4 ECI1-207ENST00000570258 1512 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.17■■□□□ 1.46
NUP54Q7Z3B4 BOD1-201ENST00000285908 1286 ntTSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
NUP54Q7Z3B4 BOD1-206ENST00000480951 814 ntTSL 2 BASIC24.17■■□□□ 1.46
NUP54Q7Z3B4 BHLHE23-201ENST00000370346 1057 ntAPPRIS P1 BASIC24.16■■□□□ 1.46
NUP54Q7Z3B4 AC104109.3-201ENST00000519718 483 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.16■■□□□ 1.46
NUP54Q7Z3B4 COPRS-202ENST00000378634 1041 ntTSL 2 BASIC24.15■■□□□ 1.46
NUP54Q7Z3B4 ABCB10P1-201ENST00000614297 2181 ntBASIC24.15■■□□□ 1.46
NUP54Q7Z3B4 RCE1-201ENST00000309657 1485 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.46
NUP54Q7Z3B4 KCTD17-202ENST00000403888 1763 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.46
NUP54Q7Z3B4 MISP3-202ENST00000587086 1535 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.45
NUP54Q7Z3B4 STUB1-205ENST00000565677 1560 ntTSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
NUP54Q7Z3B4 MIR6090-201ENST00000622481 60 ntBASIC24.13■■□□□ 1.45
NUP54Q7Z3B4 ARL8A-201ENST00000272217 1793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
NUP54Q7Z3B4 PLPPR3-204ENST00000520876 2328 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
NUP54Q7Z3B4 NPHP3-202ENST00000383282 782 ntTSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
NUP54Q7Z3B4 ANKRD13D-211ENST00000511455 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
NUP54Q7Z3B4 KLC2-205ENST00000394078 1557 ntTSL 5 BASIC24.12■■□□□ 1.45
NUP54Q7Z3B4 ST7-AS1-201ENST00000456775 1889 ntBASIC24.11■■□□□ 1.45
NUP54Q7Z3B4 DCBLD1-201ENST00000296955 1979 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
NUP54Q7Z3B4 LDB1-202ENST00000425280 2089 ntTSL 5 BASIC24.11■■□□□ 1.45
NUP54Q7Z3B4 ABHD17A-202ENST00000292577 1757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
NUP54Q7Z3B4 POLR1D-201ENST00000302979 1166 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
NUP54Q7Z3B4 FOXA2-202ENST00000419308 2422 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
NUP54Q7Z3B4 NGB-201ENST00000298352 1884 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
NUP54Q7Z3B4 VEGFA-207ENST00000413642 1197 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
NUP54Q7Z3B4 CIB2-204ENST00000557846 934 ntTSL 3 BASIC24.09■■□□□ 1.45
NUP54Q7Z3B4 UBE2A-207ENST00000628549 934 ntTSL 2 BASIC24.09■■□□□ 1.45
NUP54Q7Z3B4 AMN-201ENST00000299155 1907 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
NUP54Q7Z3B4 CGREF1-203ENST00000402394 1906 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC24.09■■□□□ 1.45
NUP54Q7Z3B4 ATPAF1-202ENST00000371937 1827 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
NUP54Q7Z3B4 ESRRA-201ENST00000000442 2215 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
NUP54Q7Z3B4 HNRNPAB-204ENST00000504898 1785 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.44
NUP54Q7Z3B4 HDAC11-206ENST00000405025 576 ntTSL 4 BASIC24.07■■□□□ 1.44
NUP54Q7Z3B4 DOCK5-202ENST00000410074 786 ntTSL 2 BASIC24.07■■□□□ 1.44
NUP54Q7Z3B4 DTNBP1-202ENST00000344537 1403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
NUP54Q7Z3B4 AP002884.3-203ENST00000419895 1711 ntTSL 2 BASIC24.06■■□□□ 1.44
NUP54Q7Z3B4 HNRNPAB-202ENST00000358344 1796 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
NUP54Q7Z3B4 GAL3ST1-205ENST00000406361 1819 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.05■■□□□ 1.44
NUP54Q7Z3B4 CCDC88C-205ENST00000553403 1651 ntTSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
NUP54Q7Z3B4 SNX24-201ENST00000261369 2158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
NUP54Q7Z3B4 CUEDC1-201ENST00000360238 2193 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.05■■□□□ 1.44
NUP54Q7Z3B4 SLC52A2-201ENST00000329994 1896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
NUP54Q7Z3B4 GIPC1-203ENST00000393033 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
NUP54Q7Z3B4 GGA1-204ENST00000381756 2107 ntTSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
NUP54Q7Z3B4 ACTG1-210ENST00000575842 2256 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
NUP54Q7Z3B4 MATK-201ENST00000310132 2133 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
NUP54Q7Z3B4 ZFAND2B-206ENST00000409336 944 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.02■■□□□ 1.44
NUP54Q7Z3B4 ZFAND2B-221ENST00000621130 1070 ntTSL 5 BASIC24.02■■□□□ 1.44
NUP54Q7Z3B4 DUX4L29-201ENST00000425409 679 ntBASIC24.01■■□□□ 1.43
NUP54Q7Z3B4 MAGI2-211ENST00000535697 6146 ntTSL 5 BASIC24■■□□□ 1.43
NUP54Q7Z3B4 HOXD13-201ENST00000392539 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
NUP54Q7Z3B4 SHOX2-204ENST00000483851 1866 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24■■□□□ 1.43
NUP54Q7Z3B4 FSD1L-208ENST00000495708 1906 ntTSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
NUP54Q7Z3B4 MLEC-202ENST00000412616 841 ntTSL 3 BASIC23.99■■□□□ 1.43
NUP54Q7Z3B4 ENKD1-201ENST00000243878 1579 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
NUP54Q7Z3B4 EI24-212ENST00000615917 1407 ntTSL 2 BASIC23.98■■□□□ 1.43
NUP54Q7Z3B4 EBAG9-202ENST00000395785 1467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
NUP54Q7Z3B4 HNRNPAB-205ENST00000506259 1674 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
NUP54Q7Z3B4 MKNK2-202ENST00000309340 1744 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
NUP54Q7Z3B4 MAPK13-201ENST00000211287 2052 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.97■■□□□ 1.43
NUP54Q7Z3B4 NME2-202ENST00000393190 866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.97■■□□□ 1.43
NUP54Q7Z3B4 RTN2-201ENST00000245923 2293 ntTSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
NUP54Q7Z3B4 ZNF513-201ENST00000323703 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
NUP54Q7Z3B4 RDX-210ENST00000530301 1549 ntTSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 106.8 ms