Protein–RNA interactions for Protein: Q3L8U1

CHD9, Chromodomain-helicase-DNA-binding protein 9, humanhuman

Predictions only

Length 2,897 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHD9Q3L8U1 NOXA1-201ENST00000341349 1678 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.76■■■□□ 2.19
CHD9Q3L8U1 SLC9A3R2-202ENST00000432365 1564 ntTSL 1 (best) BASIC28.76■■■□□ 2.19
CHD9Q3L8U1 EBPL-201ENST00000242827 914 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.76■■■□□ 2.19
CHD9Q3L8U1 C11orf95-204ENST00000546282 390 ntTSL 3 BASIC28.75■■■□□ 2.19
CHD9Q3L8U1 ARL6IP4-211ENST00000454885 1318 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.75■■■□□ 2.19
CHD9Q3L8U1 IGFBP2-201ENST00000233809 1439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.75■■■□□ 2.19
CHD9Q3L8U1 BRF1-221ENST00000619151 1530 ntTSL 5 BASIC28.75■■■□□ 2.19
CHD9Q3L8U1 MAPK3-205ENST00000395202 1008 ntTSL 1 (best) BASIC28.72■■■□□ 2.19
CHD9Q3L8U1 SDCCAG3-204ENST00000371725 2129 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.71■■■□□ 2.19
CHD9Q3L8U1 UBA52-204ENST00000595158 743 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC28.71■■■□□ 2.19
CHD9Q3L8U1 AC012615.2-201ENST00000586259 447 ntTSL 4 BASIC28.7■■■□□ 2.18
CHD9Q3L8U1 GNPTAB-206ENST00000549940 1678 ntTSL 1 (best) BASIC28.69■■■□□ 2.18
CHD9Q3L8U1 ATP6V1E2-204ENST00000522587 1559 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC28.69■■■□□ 2.18
CHD9Q3L8U1 GPX1-201ENST00000419349 1106 ntBASIC28.68■■■□□ 2.18
CHD9Q3L8U1 BLOC1S3-202ENST00000587722 732 ntAPPRIS P1 BASIC28.68■■■□□ 2.18
CHD9Q3L8U1 NADK2-202ENST00000381937 2243 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.67■■■□□ 2.18
CHD9Q3L8U1 PKIG-207ENST00000372894 1191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.65■■■□□ 2.18
CHD9Q3L8U1 SCX-201ENST00000567180 999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.65■■■□□ 2.18
CHD9Q3L8U1 CTDNEP1-201ENST00000318988 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.64■■■□□ 2.18
CHD9Q3L8U1 SSBP4-202ENST00000348495 1721 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC28.64■■■□□ 2.18
CHD9Q3L8U1 MXD3-203ENST00000439742 1483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.64■■■□□ 2.18
CHD9Q3L8U1 RPS20-211ENST00000524349 752 ntTSL 1 (best) BASIC28.63■■■□□ 2.17
CHD9Q3L8U1 VEGFA-202ENST00000324450 954 ntTSL 1 (best) BASIC28.63■■■□□ 2.17
CHD9Q3L8U1 VEGFA-203ENST00000372055 1286 ntTSL 1 (best) BASIC28.63■■■□□ 2.17
CHD9Q3L8U1 VEGFA-213ENST00000482630 1146 ntTSL 1 (best) BASIC28.63■■■□□ 2.17
CHD9Q3L8U1 VEGFA-227ENST00000615393 984 ntTSL 1 (best) BASIC28.63■■■□□ 2.17
CHD9Q3L8U1 VEGFA-228ENST00000617771 1116 ntTSL 1 (best) BASIC28.63■■■□□ 2.17
CHD9Q3L8U1 VEGFA-229ENST00000621747 1116 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.63■■■□□ 2.17
CHD9Q3L8U1 VEGFA-230ENST00000640482 1065 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.63■■■□□ 2.17
CHD9Q3L8U1 VEGFA-232ENST00000640653 1170 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.63■■■□□ 2.17
CHD9Q3L8U1 CAPNS1-216ENST00000628306 1389 ntTSL 5 BASIC28.63■■■□□ 2.17
CHD9Q3L8U1 ABHD17A-201ENST00000250974 1630 ntTSL 1 (best) BASIC28.62■■■□□ 2.17
CHD9Q3L8U1 RUNX2-203ENST00000371436 1588 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.62■■■□□ 2.17
CHD9Q3L8U1 MAP3K8-203ENST00000375322 932 ntTSL 2 BASIC28.61■■■□□ 2.17
CHD9Q3L8U1 BMP7-202ENST00000395864 1746 ntTSL 5 BASIC28.61■■■□□ 2.17
CHD9Q3L8U1 RASGEF1C-207ENST00000615330 2268 ntTSL 5 BASIC28.61■■■□□ 2.17
CHD9Q3L8U1 AC068134.2-201ENST00000437095 576 ntTSL 3 BASIC28.6■■■□□ 2.17
CHD9Q3L8U1 HNRNPUL1-221ENST00000617305 1018 ntTSL 1 (best) BASIC28.6■■■□□ 2.17
CHD9Q3L8U1 CHPT1-201ENST00000229266 1585 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.59■■■□□ 2.17
CHD9Q3L8U1 CRNDE-206ENST00000559432 587 ntTSL 3 BASIC28.59■■■□□ 2.17
CHD9Q3L8U1 PTCH1-210ENST00000468211 1254 ntTSL 1 (best) BASIC28.59■■■□□ 2.17
CHD9Q3L8U1 TGIF1-202ENST00000343820 2076 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.57■■■□□ 2.16
CHD9Q3L8U1 NTF6A-201ENST00000591175 560 ntBASIC28.57■■■□□ 2.16
CHD9Q3L8U1 TMEM80-202ENST00000397512 1572 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.57■■■□□ 2.16
CHD9Q3L8U1 ENHO-201ENST00000399775 1082 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.56■■■□□ 2.16
CHD9Q3L8U1 ATP8B2-201ENST00000368487 1523 ntTSL 1 (best) BASIC28.56■■■□□ 2.16
CHD9Q3L8U1 IL1R1-201ENST00000409288 1735 ntTSL 5 BASIC28.56■■■□□ 2.16
CHD9Q3L8U1 SDCCAG3-202ENST00000357365 2304 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC28.56■■■□□ 2.16
CHD9Q3L8U1 AP000251.1-201ENST00000433071 822 ntTSL 1 (best) BASIC28.54■■■□□ 2.16
CHD9Q3L8U1 LINC01918-201ENST00000436841 797 ntTSL 2 BASIC28.54■■■□□ 2.16
CHD9Q3L8U1 CHML-204ENST00000638121 920 ntTSL 2 BASIC28.52■■■□□ 2.16
CHD9Q3L8U1 WHRN-203ENST00000374057 1718 ntTSL 2 BASIC28.52■■■□□ 2.16
CHD9Q3L8U1 MAPK3-201ENST00000263025 1861 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.51■■■□□ 2.16
CHD9Q3L8U1 C1orf232-201ENST00000634842 643 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC28.5■■■□□ 2.15
CHD9Q3L8U1 HOXB3-207ENST00000472863 1909 ntTSL 2 BASIC28.5■■■□□ 2.15
CHD9Q3L8U1 CTXN1-201ENST00000318978 1274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.5■■■□□ 2.15
CHD9Q3L8U1 ACOT1-202ENST00000557556 1271 ntTSL 1 (best) BASIC28.49■■■□□ 2.15
CHD9Q3L8U1 BTBD19-203ENST00000450269 1572 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.49■■■□□ 2.15
CHD9Q3L8U1 CDKN3-202ENST00000335183 893 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.48■■■□□ 2.15
CHD9Q3L8U1 CDKN3-211ENST00000611205 874 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.48■■■□□ 2.15
CHD9Q3L8U1 S1PR4-201ENST00000246115 1565 ntAPPRIS P1 BASIC28.48■■■□□ 2.15
CHD9Q3L8U1 SLC25A10-203ENST00000545862 1911 ntTSL 1 (best) BASIC28.45■■■□□ 2.15
CHD9Q3L8U1 AC231981.1-201ENST00000450917 974 ntTSL 3 BASIC28.45■■■□□ 2.15
CHD9Q3L8U1 MXD3-208ENST00000513063 861 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.45■■■□□ 2.15
CHD9Q3L8U1 CBWD5-202ENST00000377384 1347 ntTSL 1 (best) BASIC28.45■■■□□ 2.15
CHD9Q3L8U1 NOG-201ENST00000332822 1892 ntAPPRIS P1 BASIC28.45■■■□□ 2.14
CHD9Q3L8U1 METTL24-201ENST00000338882 1119 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.44■■■□□ 2.14
CHD9Q3L8U1 BANF1-208ENST00000533166 1135 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.44■■■□□ 2.14
CHD9Q3L8U1 AGPAT2-202ENST00000371696 1512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.44■■■□□ 2.14
CHD9Q3L8U1 AC012354.3-201ENST00000623734 483 ntBASIC28.44■■■□□ 2.14
CHD9Q3L8U1 TSR3-201ENST00000007390 1243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.44■■■□□ 2.14
CHD9Q3L8U1 INO80B-WBP1-202ENST00000452361 2040 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC28.44■■■□□ 2.14
CHD9Q3L8U1 CLTA-207ENST00000470744 1102 ntTSL 2 BASIC28.44■■■□□ 2.14
CHD9Q3L8U1 TMEM114-202ENST00000568335 899 ntTSL 3 BASIC28.44■■■□□ 2.14
CHD9Q3L8U1 AP002884.3-203ENST00000419895 1711 ntTSL 2 BASIC28.44■■■□□ 2.14
CHD9Q3L8U1 AGO3-204ENST00000397828 1035 ntTSL 2 BASIC28.43■■■□□ 2.14
CHD9Q3L8U1 LIME1-206ENST00000487026 805 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.43■■■□□ 2.14
CHD9Q3L8U1 TMEM251-202ENST00000415050 1303 ntTSL 2 BASIC28.42■■■□□ 2.14
CHD9Q3L8U1 MDFIC-208ENST00000614186 1068 ntTSL 1 (best) BASIC28.42■■■□□ 2.14
CHD9Q3L8U1 AC092902.2-221ENST00000628476 965 ntTSL 5 BASIC28.41■■■□□ 2.14
CHD9Q3L8U1 TWIST1-201ENST00000242261 1666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.41■■■□□ 2.14
CHD9Q3L8U1 RAD51-210ENST00000557850 1397 ntTSL 2 BASIC28.41■■■□□ 2.14
CHD9Q3L8U1 RPRML-201ENST00000322329 1093 ntAPPRIS P1 BASIC28.4■■■□□ 2.14
CHD9Q3L8U1 MYLIP-202ENST00000356840 1666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.4■■■□□ 2.14
CHD9Q3L8U1 TPT1-202ENST00000379055 948 ntTSL 2 BASIC28.4■■■□□ 2.14
CHD9Q3L8U1 NPW-202ENST00000566435 991 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.39■■■□□ 2.14
CHD9Q3L8U1 KCNQ5-204ENST00000370392 1469 ntTSL 1 (best) BASIC28.39■■■□□ 2.13
CHD9Q3L8U1 GRASP-206ENST00000552049 1688 ntTSL 1 (best) BASIC28.38■■■□□ 2.13
CHD9Q3L8U1 CCM2-201ENST00000258781 1894 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.37■■■□□ 2.13
CHD9Q3L8U1 CEP120-209ENST00000515110 606 ntTSL 3 BASIC28.37■■■□□ 2.13
CHD9Q3L8U1 C2orf88-204ENST00000409870 1441 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.37■■■□□ 2.13
CHD9Q3L8U1 EI24-212ENST00000615917 1407 ntTSL 2 BASIC28.36■■■□□ 2.13
CHD9Q3L8U1 MMP28-203ENST00000612672 1092 ntTSL 1 (best) BASIC28.36■■■□□ 2.13
CHD9Q3L8U1 TRIM52-AS1-202ENST00000507434 672 ntTSL 1 (best) BASIC28.35■■■□□ 2.13
CHD9Q3L8U1 AL033527.3-201ENST00000566366 1196 ntBASIC28.35■■■□□ 2.13
CHD9Q3L8U1 PCYT2-206ENST00000571105 1628 ntTSL 5 BASIC28.34■■■□□ 2.13
CHD9Q3L8U1 SMDT1-201ENST00000331479 1567 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.34■■■□□ 2.13
CHD9Q3L8U1 SNX5-219ENST00000606602 885 ntTSL 1 (best) BASIC28.34■■■□□ 2.13
CHD9Q3L8U1 C11orf96-203ENST00000617612 1294 ntAPPRIS P1 BASIC28.34■■■□□ 2.13
CHD9Q3L8U1 RNF215-203ENST00000382363 1992 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.34■■■□□ 2.13
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