Protein–RNA interactions for Protein: Q15465

SHH, Sonic hedgehog protein, humanhuman

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Length 462 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SHHQ15465 ACTR3B-202ENST00000377776 1566 ntTSL 1 (best) BASIC29.2■■■□□ 2.26
SHHQ15465 C11orf95-204ENST00000546282 390 ntTSL 3 BASIC29.19■■■□□ 2.26
SHHQ15465 ZBTB25-202ENST00000555220 1440 ntTSL 1 (best) BASIC29.19■■■□□ 2.26
SHHQ15465 POLR3H-201ENST00000337566 1330 ntTSL 1 (best) BASIC29.19■■■□□ 2.26
SHHQ15465 CTDNEP1-201ENST00000318988 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.17■■■□□ 2.26
SHHQ15465 AC005540.1-201ENST00000413911 919 ntTSL 3 BASIC29.17■■■□□ 2.26
SHHQ15465 CHML-204ENST00000638121 920 ntTSL 2 BASIC29.17■■■□□ 2.26
SHHQ15465 RNF126P1-201ENST00000567452 1320 ntBASIC29.17■■■□□ 2.26
SHHQ15465 RPS20-211ENST00000524349 752 ntTSL 1 (best) BASIC29.16■■■□□ 2.26
SHHQ15465 SSTR4-201ENST00000255008 1427 ntAPPRIS P1 BASIC29.16■■■□□ 2.26
SHHQ15465 IGFBP2-201ENST00000233809 1439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.14■■■□□ 2.26
SHHQ15465 BRF1-221ENST00000619151 1530 ntTSL 5 BASIC29.14■■■□□ 2.25
SHHQ15465 CDKN3-202ENST00000335183 893 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.13■■■□□ 2.25
SHHQ15465 MAP3K8-203ENST00000375322 932 ntTSL 2 BASIC29.13■■■□□ 2.25
SHHQ15465 CDKN3-211ENST00000611205 874 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.13■■■□□ 2.25
SHHQ15465 UBA52-204ENST00000595158 743 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC29.12■■■□□ 2.25
SHHQ15465 CTXN1-201ENST00000318978 1274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.1■■■□□ 2.25
SHHQ15465 CBWD5-202ENST00000377384 1347 ntTSL 1 (best) BASIC29.08■■■□□ 2.25
SHHQ15465 RUNX2-203ENST00000371436 1588 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.07■■■□□ 2.24
SHHQ15465 TPT1-202ENST00000379055 948 ntTSL 2 BASIC29.07■■■□□ 2.24
SHHQ15465 PABPN1-201ENST00000216727 2001 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.06■■■□□ 2.24
SHHQ15465 GALK1-205ENST00000588479 1866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.06■■■□□ 2.24
SHHQ15465 BLOC1S3-202ENST00000587722 732 ntAPPRIS P1 BASIC29.06■■■□□ 2.24
SHHQ15465 AC012354.3-201ENST00000623734 483 ntBASIC29.06■■■□□ 2.24
SHHQ15465 AP000251.1-201ENST00000433071 822 ntTSL 1 (best) BASIC29.05■■■□□ 2.24
SHHQ15465 RNF130-201ENST00000261947 1766 ntTSL 1 (best) BASIC29.05■■■□□ 2.24
SHHQ15465 RUNX2-211ENST00000625924 1458 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.04■■■□□ 2.24
SHHQ15465 NTF6A-201ENST00000591175 560 ntBASIC29.04■■■□□ 2.24
SHHQ15465 HNRNPUL1-221ENST00000617305 1018 ntTSL 1 (best) BASIC29.04■■■□□ 2.24
SHHQ15465 AC092902.2-221ENST00000628476 965 ntTSL 5 BASIC29.04■■■□□ 2.24
SHHQ15465 SLC9A3R2-202ENST00000432365 1564 ntTSL 1 (best) BASIC29.04■■■□□ 2.24
SHHQ15465 RPRML-201ENST00000322329 1093 ntAPPRIS P1 BASIC29.03■■■□□ 2.24
SHHQ15465 ATP6V1E2-204ENST00000522587 1559 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC29.02■■■□□ 2.24
SHHQ15465 CEP120-209ENST00000515110 606 ntTSL 3 BASIC29.02■■■□□ 2.24
SHHQ15465 ATP8B2-201ENST00000368487 1523 ntTSL 1 (best) BASIC28.99■■■□□ 2.23
SHHQ15465 BMP7-202ENST00000395864 1746 ntTSL 5 BASIC28.99■■■□□ 2.23
SHHQ15465 RAD51-210ENST00000557850 1397 ntTSL 2 BASIC28.99■■■□□ 2.23
SHHQ15465 BANF1-208ENST00000533166 1135 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.98■■■□□ 2.23
SHHQ15465 AGO3-204ENST00000397828 1035 ntTSL 2 BASIC28.97■■■□□ 2.23
SHHQ15465 CHST11-202ENST00000546689 756 ntTSL 2 BASIC28.97■■■□□ 2.23
SHHQ15465 GNPTAB-206ENST00000549940 1678 ntTSL 1 (best) BASIC28.96■■■□□ 2.23
SHHQ15465 EI24-212ENST00000615917 1407 ntTSL 2 BASIC28.96■■■□□ 2.23
SHHQ15465 CLTA-207ENST00000470744 1102 ntTSL 2 BASIC28.96■■■□□ 2.23
SHHQ15465 PTCH1-210ENST00000468211 1254 ntTSL 1 (best) BASIC28.95■■■□□ 2.22
SHHQ15465 MXD3-208ENST00000513063 861 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.94■■■□□ 2.22
SHHQ15465 MDFIC-208ENST00000614186 1068 ntTSL 1 (best) BASIC28.94■■■□□ 2.22
SHHQ15465 ABHD17A-201ENST00000250974 1630 ntTSL 1 (best) BASIC28.94■■■□□ 2.22
SHHQ15465 FAM168B-201ENST00000389915 944 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC28.93■■■□□ 2.22
SHHQ15465 ACOT1-202ENST00000557556 1271 ntTSL 1 (best) BASIC28.93■■■□□ 2.22
SHHQ15465 CPNE1-203ENST00000397442 1695 ntTSL 5 BASIC28.93■■■□□ 2.22
SHHQ15465 METTL24-201ENST00000338882 1119 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.92■■■□□ 2.22
SHHQ15465 LIME1-206ENST00000487026 805 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.92■■■□□ 2.22
SHHQ15465 AC073111.5-206ENST00000642087 859 ntAPPRIS P1 BASIC28.92■■■□□ 2.22
SHHQ15465 AGPAT2-202ENST00000371696 1512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.92■■■□□ 2.22
SHHQ15465 CHPT1-201ENST00000229266 1585 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.92■■■□□ 2.22
SHHQ15465 WHRN-203ENST00000374057 1718 ntTSL 2 BASIC28.91■■■□□ 2.22
SHHQ15465 ENHO-201ENST00000399775 1082 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.91■■■□□ 2.22
SHHQ15465 SSBP4-202ENST00000348495 1721 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC28.91■■■□□ 2.22
SHHQ15465 NOXA1-201ENST00000341349 1678 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.9■■■□□ 2.22
SHHQ15465 C1orf122-201ENST00000373042 973 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.9■■■□□ 2.22
SHHQ15465 KMT2E-AS1-201ENST00000453677 736 ntTSL 3 BASIC28.9■■■□□ 2.22
SHHQ15465 MRPL23-202ENST00000381519 643 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC28.88■■■□□ 2.21
SHHQ15465 MRPL23-205ENST00000397298 736 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.88■■■□□ 2.21
SHHQ15465 AC231981.1-201ENST00000450917 974 ntTSL 3 BASIC28.88■■■□□ 2.21
SHHQ15465 AC018358.1-201ENST00000631079 1402 ntBASIC28.87■■■□□ 2.21
SHHQ15465 AL033527.3-201ENST00000566366 1196 ntBASIC28.87■■■□□ 2.21
SHHQ15465 SNX5-219ENST00000606602 885 ntTSL 1 (best) BASIC28.87■■■□□ 2.21
SHHQ15465 MXD3-203ENST00000439742 1483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.85■■■□□ 2.21
SHHQ15465 AC008813.1-201ENST00000536597 885 ntBASIC28.85■■■□□ 2.21
SHHQ15465 AC022413.1-201ENST00000624602 984 ntBASIC28.85■■■□□ 2.21
SHHQ15465 TWIST1-201ENST00000242261 1666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.85■■■□□ 2.21
SHHQ15465 BTBD19-203ENST00000450269 1572 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.84■■■□□ 2.21
SHHQ15465 ZSCAN1-202ENST00000391700 952 ntTSL 1 (best) BASIC28.83■■■□□ 2.21
SHHQ15465 CAPNS1-216ENST00000628306 1389 ntTSL 5 BASIC28.83■■■□□ 2.21
SHHQ15465 TMEM80-202ENST00000397512 1572 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.83■■■□□ 2.21
SHHQ15465 MANF-204ENST00000528157 1153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.82■■■□□ 2.2
SHHQ15465 S1PR4-201ENST00000246115 1565 ntAPPRIS P1 BASIC28.8■■■□□ 2.2
SHHQ15465 KIF13A-207ENST00000502704 1330 ntTSL 1 (best) BASIC28.8■■■□□ 2.2
SHHQ15465 C11orf96-203ENST00000617612 1294 ntAPPRIS P1 BASIC28.8■■■□□ 2.2
SHHQ15465 HSD17B12-202ENST00000395700 994 ntTSL 1 (best) BASIC28.79■■■□□ 2.2
SHHQ15465 B4GALT2-203ENST00000372324 2203 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.78■■■□□ 2.2
SHHQ15465 KCNQ5-204ENST00000370392 1469 ntTSL 1 (best) BASIC28.78■■■□□ 2.2
SHHQ15465 C1orf232-201ENST00000634842 643 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC28.77■■■□□ 2.2
SHHQ15465 TGIF1-202ENST00000343820 2076 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.76■■■□□ 2.19
SHHQ15465 PXMP2-201ENST00000317479 957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.76■■■□□ 2.19
SHHQ15465 C2orf88-204ENST00000409870 1441 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.76■■■□□ 2.19
SHHQ15465 LINC01918-201ENST00000436841 797 ntTSL 2 BASIC28.75■■■□□ 2.19
SHHQ15465 TSR3-201ENST00000007390 1243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.75■■■□□ 2.19
SHHQ15465 PIK3R2-208ENST00000617642 1446 ntTSL 5 BASIC28.75■■■□□ 2.19
SHHQ15465 ZDHHC16-201ENST00000345745 1519 ntTSL 1 (best) BASIC28.74■■■□□ 2.19
SHHQ15465 LINC02323-201ENST00000559946 1603 ntTSL 3 BASIC28.73■■■□□ 2.19
SHHQ15465 BAX-202ENST00000345358 793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.73■■■□□ 2.19
SHHQ15465 HES4-202ENST00000428771 1040 ntTSL 2 BASIC28.73■■■□□ 2.19
SHHQ15465 AP002884.3-203ENST00000419895 1711 ntTSL 2 BASIC28.72■■■□□ 2.19
SHHQ15465 NPW-202ENST00000566435 991 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.72■■■□□ 2.19
SHHQ15465 PCYT2-206ENST00000571105 1628 ntTSL 5 BASIC28.72■■■□□ 2.19
SHHQ15465 TMEM114-202ENST00000568335 899 ntTSL 3 BASIC28.71■■■□□ 2.19
SHHQ15465 VPS37D-201ENST00000324941 1624 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.71■■■□□ 2.19
SHHQ15465 ANKRD16-201ENST00000191063 1567 ntTSL 3 BASIC28.71■■■□□ 2.19
SHHQ15465 TMEM251-202ENST00000415050 1303 ntTSL 2 BASIC28.7■■■□□ 2.19
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