Protein–RNA interactions for Protein: P30531

SLC6A1, Sodium- and chloride-dependent GABA transporter 1, humanhuman

Predictions only

Length 599 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SLC6A1P30531 FAM58A-202ENST00000440428 1164 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.65■■□□□ 1.22
SLC6A1P30531 PLBD2-202ENST00000545182 2321 ntTSL 2 BASIC22.65■■□□□ 1.22
SLC6A1P30531 CNIH2-203ENST00000528852 1524 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
SLC6A1P30531 RASSF5-204ENST00000580449 1932 ntTSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
SLC6A1P30531 OTUD5-202ENST00000376488 2692 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
SLC6A1P30531 MAPK1-202ENST00000398822 1487 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
SLC6A1P30531 NKX1-1-201ENST00000422806 1236 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.63■■□□□ 1.21
SLC6A1P30531 CCND3-202ENST00000372988 2133 ntTSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
SLC6A1P30531 HYAL2-202ENST00000395139 2136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
SLC6A1P30531 LRRC61-202ENST00000359623 1877 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.62■■□□□ 1.21
SLC6A1P30531 POU3F3-201ENST00000361360 3064 ntAPPRIS P1 BASIC22.62■■□□□ 1.21
SLC6A1P30531 VIPR2-203ENST00000402066 1926 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.62■■□□□ 1.21
SLC6A1P30531 CTDNEP1-201ENST00000318988 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
SLC6A1P30531 MBD2-202ENST00000398398 1237 ntTSL 2 BASIC22.61■■□□□ 1.21
SLC6A1P30531 LINC01578-203ENST00000554669 578 ntTSL 5 BASIC22.61■■□□□ 1.21
SLC6A1P30531 MBD2-205ENST00000583046 1182 ntTSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
SLC6A1P30531 AL135925.1-201ENST00000605920 1701 ntBASIC22.61■■□□□ 1.21
SLC6A1P30531 SKOR2-203ENST00000620245 3048 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.6■■□□□ 1.21
SLC6A1P30531 CAMKK1-201ENST00000158166 2459 ntTSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
SLC6A1P30531 CAPN10-208ENST00000404753 2570 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.6■■□□□ 1.21
SLC6A1P30531 PLPPR3-201ENST00000359894 2387 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
SLC6A1P30531 DEDD-212ENST00000545495 2329 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.59■■□□□ 1.21
SLC6A1P30531 ANKRD53-201ENST00000272421 2185 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
SLC6A1P30531 NXPH3-201ENST00000328741 2179 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
SLC6A1P30531 GTF2IP1-204ENST00000616377 2632 ntTSL 2 BASIC22.59■■□□□ 1.21
SLC6A1P30531 HNRNPAB-204ENST00000504898 1785 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
SLC6A1P30531 PQLC1-211ENST00000590381 1247 ntTSL 2 BASIC22.58■■□□□ 1.21
SLC6A1P30531 MSX1-201ENST00000382723 1939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
SLC6A1P30531 RNF130-201ENST00000261947 1766 ntTSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.2
SLC6A1P30531 RHEB-201ENST00000262187 2075 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.2
SLC6A1P30531 SERPING1-205ENST00000403558 2231 ntTSL 5 BASIC22.57■■□□□ 1.2
SLC6A1P30531 SPTSSA-201ENST00000298130 2777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
SLC6A1P30531 AL355297.4-201ENST00000603191 1249 ntTSL 3 BASIC22.56■■□□□ 1.2
SLC6A1P30531 TNFSF12-201ENST00000293825 1553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
SLC6A1P30531 EVC-203ENST00000509451 1960 ntTSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
SLC6A1P30531 AL139393.2-201ENST00000608721 2025 ntBASIC22.54■■□□□ 1.2
SLC6A1P30531 COMMD7-201ENST00000278980 1900 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
SLC6A1P30531 ARTN-211ENST00000498139 1303 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
SLC6A1P30531 AJAP1-201ENST00000378190 2383 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.53■■□□□ 1.2
SLC6A1P30531 MORF4L1-202ENST00000379535 2274 ntTSL 2 BASIC22.52■■□□□ 1.2
SLC6A1P30531 MAPK4-202ENST00000540640 1576 ntTSL 2 BASIC22.51■■□□□ 1.19
SLC6A1P30531 AP001107.7-201ENST00000533287 272 ntTSL 2 BASIC22.51■■□□□ 1.19
SLC6A1P30531 COPS6-201ENST00000303904 1432 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
SLC6A1P30531 RASSF7-201ENST00000397582 1731 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.5■■□□□ 1.19
SLC6A1P30531 ST6GALNAC6-204ENST00000373144 2406 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
SLC6A1P30531 PLPP2-203ENST00000434325 1383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
SLC6A1P30531 PIP4K2B-204ENST00000619039 5734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
SLC6A1P30531 SLC9A3R2-201ENST00000424542 2194 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
SLC6A1P30531 HES7-202ENST00000541682 1674 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
SLC6A1P30531 ABL2-203ENST00000392043 2140 ntTSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
SLC6A1P30531 DYNLL1-207ENST00000549989 719 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
SLC6A1P30531 DYNLL1-208ENST00000550178 581 ntBASIC22.47■■□□□ 1.19
SLC6A1P30531 PSMG1-201ENST00000331573 2154 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
SLC6A1P30531 HOXB3-212ENST00000498678 2196 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.47■■□□□ 1.19
SLC6A1P30531 ATPAF1-202ENST00000371937 1827 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
SLC6A1P30531 CLK2-201ENST00000355560 2120 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.46■■□□□ 1.19
SLC6A1P30531 CACNG7-203ENST00000391767 2688 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.46■■□□□ 1.19
SLC6A1P30531 TAZ-213ENST00000601016 1889 ntTSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
SLC6A1P30531 RPUSD1-207ENST00000565809 1918 ntTSL 2 BASIC22.46■■□□□ 1.19
SLC6A1P30531 DDX42-201ENST00000359353 2783 ntTSL 5 BASIC22.46■■□□□ 1.19
SLC6A1P30531 SAP30-201ENST00000296504 1108 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
SLC6A1P30531 MFSD12-202ENST00000389395 2039 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
SLC6A1P30531 DNAJC21-201ENST00000342382 2309 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
SLC6A1P30531 PTPA-202ENST00000347048 1989 ntTSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
SLC6A1P30531 HMGB1-205ENST00000399494 1282 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.44■■□□□ 1.18
SLC6A1P30531 MAP6D1-202ENST00000431348 890 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.44■■□□□ 1.18
SLC6A1P30531 OXSR1-203ENST00000446845 1908 ntTSL 5 BASIC22.44■■□□□ 1.18
SLC6A1P30531 HAGHL-204ENST00000549114 1820 ntTSL 5 BASIC22.44■■□□□ 1.18
SLC6A1P30531 SLC16A3-214ENST00000582743 2002 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
SLC6A1P30531 PACS2-201ENST00000325438 3708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
SLC6A1P30531 OTUD5-203ENST00000396743 2682 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
SLC6A1P30531 GIPC1-201ENST00000345425 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
SLC6A1P30531 SLC25A6-201ENST00000381401 2062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
SLC6A1P30531 RDX-210ENST00000530301 1549 ntTSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
SLC6A1P30531 BCL7C-202ENST00000380317 2409 ntTSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
SLC6A1P30531 KIAA2013-201ENST00000376572 2815 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
SLC6A1P30531 HNRNPAB-206ENST00000506339 1747 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.4■■□□□ 1.18
SLC6A1P30531 FANCE-201ENST00000229769 2554 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
SLC6A1P30531 DNAJB2-202ENST00000392086 1946 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.4■■□□□ 1.18
SLC6A1P30531 PAPD7-201ENST00000230859 5459 ntTSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
SLC6A1P30531 HDGFL1-201ENST00000510882 2174 ntAPPRIS P1 BASIC22.39■■□□□ 1.17
SLC6A1P30531 SHD-201ENST00000543264 2577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
SLC6A1P30531 SDCCAG3-201ENST00000298537 2314 ntTSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
SLC6A1P30531 ATF4-201ENST00000337304 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
SLC6A1P30531 LINC01089-207ENST00000538335 630 ntTSL 3 BASIC22.38■■□□□ 1.17
SLC6A1P30531 ZDHHC23-206ENST00000498275 2055 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.38■■□□□ 1.17
SLC6A1P30531 NPAS3-203ENST00000357798 2763 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
SLC6A1P30531 PKM-204ENST00000449901 2526 ntTSL 2 BASIC22.37■■□□□ 1.17
SLC6A1P30531 BIN1-210ENST00000393041 2272 ntTSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
SLC6A1P30531 HAUS7-201ENST00000370210 1593 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.37■■□□□ 1.17
SLC6A1P30531 TCEA2-204ENST00000395053 1733 ntTSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
SLC6A1P30531 AKAP17A-202ENST00000381261 2187 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
SLC6A1P30531 CFAP99-207ENST00000635017 2298 ntTSL 5 BASIC22.36■■□□□ 1.17
SLC6A1P30531 GPS1-204ENST00000392358 2276 ntTSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
SLC6A1P30531 KANSL1L-207ENST00000452086 2334 ntTSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
SLC6A1P30531 HRH3-201ENST00000317393 1419 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
SLC6A1P30531 RAB3IL1-202ENST00000394836 2284 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
SLC6A1P30531 NDEL1-202ENST00000380025 2181 ntTSL 5 BASIC22.35■■□□□ 1.17
SLC6A1P30531 SNTA1-201ENST00000217381 2342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
SLC6A1P30531 ZFAND2B-208ENST00000409594 2021 ntTSL 2 BASIC22.34■■□□□ 1.17
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 13.4 ms