Protein–RNA interactions for Protein: P28360

MSX1, Homeobox protein MSX-1, humanhuman

Predictions only

Length 303 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
MSX1P28360 SCX-201ENST00000567180 999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
MSX1P28360 ARMC10-211ENST00000541300 2266 ntTSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
MSX1P28360 NOG-201ENST00000332822 1892 ntAPPRIS P1 BASIC24.07■■□□□ 1.44
MSX1P28360 TSEN34-203ENST00000396388 1349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
MSX1P28360 HLA-V-202ENST00000446817 847 ntBASIC24.06■■□□□ 1.44
MSX1P28360 CDKN2A-201ENST00000304494 1218 ntTSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
MSX1P28360 SLC15A4-201ENST00000266771 2779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
MSX1P28360 HAUS7-201ENST00000370210 1593 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.04■■□□□ 1.44
MSX1P28360 PPP3CC-204ENST00000518852 1598 ntTSL 2 BASIC24.04■■□□□ 1.44
MSX1P28360 BOD1-201ENST00000285908 1286 ntTSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
MSX1P28360 PABPC1L2B-AS1-201ENST00000416989 1167 ntTSL 3 BASIC24.04■■□□□ 1.44
MSX1P28360 AL662864.1-201ENST00000454388 1167 ntTSL 3 BASIC24.04■■□□□ 1.44
MSX1P28360 BOD1-206ENST00000480951 814 ntTSL 2 BASIC24.04■■□□□ 1.44
MSX1P28360 MBP-237ENST00000579129 1052 ntTSL 5 BASIC24.04■■□□□ 1.44
MSX1P28360 AP000547.3-202ENST00000592107 1019 ntTSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
MSX1P28360 PLEKHG6-206ENST00000536531 1683 ntTSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
MSX1P28360 BATF3-201ENST00000243440 980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
MSX1P28360 AC004540.2-201ENST00000451368 611 ntTSL 2 BASIC24.03■■□□□ 1.44
MSX1P28360 CARS2-201ENST00000257347 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
MSX1P28360 GAL3ST1-204ENST00000402369 1712 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.02■■□□□ 1.44
MSX1P28360 PPP1R14B-201ENST00000309318 982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
MSX1P28360 PSMG4-202ENST00000380305 489 ntTSL 5 BASIC24.02■■□□□ 1.44
MSX1P28360 MYLIP-202ENST00000356840 1666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
MSX1P28360 TPM2-203ENST00000378292 2147 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
MSX1P28360 AC010864.1-201ENST00000609407 1511 ntBASIC24.01■■□□□ 1.43
MSX1P28360 TERF2-207ENST00000567296 1129 ntTSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
MSX1P28360 ECI1-207ENST00000570258 1512 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24■■□□□ 1.43
MSX1P28360 PIP4K2B-204ENST00000619039 5734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
MSX1P28360 LDB1-202ENST00000425280 2089 ntTSL 5 BASIC24■■□□□ 1.43
MSX1P28360 ARHGDIG-201ENST00000219409 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
MSX1P28360 U2AF2-206ENST00000590551 1104 ntTSL 3 BASIC24■■□□□ 1.43
MSX1P28360 TXNL4A-210ENST00000591711 669 ntTSL 2 BASIC24■■□□□ 1.43
MSX1P28360 PELI3-203ENST00000524466 1671 ntTSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
MSX1P28360 TCEA2-202ENST00000343484 1235 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
MSX1P28360 COL13A1-210ENST00000517713 2007 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.99■■□□□ 1.43
MSX1P28360 ZNRF2P2-203ENST00000454624 420 ntBASIC23.98■■□□□ 1.43
MSX1P28360 GTF3C4-202ENST00000483873 1417 ntTSL 3 BASIC23.98■■□□□ 1.43
MSX1P28360 ARL8A-201ENST00000272217 1793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
MSX1P28360 ST7-AS1-201ENST00000456775 1889 ntBASIC23.97■■□□□ 1.43
MSX1P28360 TSPAN33-201ENST00000486685 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.97■■□□□ 1.43
MSX1P28360 ATP6V1E2-204ENST00000522587 1559 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.97■■□□□ 1.43
MSX1P28360 PAPD7-201ENST00000230859 5459 ntTSL 1 (best) BASIC23.97■■□□□ 1.43
MSX1P28360 ATPAF1-202ENST00000371937 1827 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
MSX1P28360 NOXA1-201ENST00000341349 1678 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
MSX1P28360 MAD2L2-205ENST00000376669 864 ntTSL 3 BASIC23.96■■□□□ 1.43
MSX1P28360 CBX4-201ENST00000269397 2664 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.42
MSX1P28360 HNRNPAB-202ENST00000358344 1796 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
MSX1P28360 AC108673.1-201ENST00000510422 1159 ntBASIC23.94■■□□□ 1.42
MSX1P28360 CHPT1-201ENST00000229266 1585 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
MSX1P28360 SLC52A2-201ENST00000329994 1896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
MSX1P28360 UBE2S-203ENST00000589978 496 ntTSL 5 BASIC23.93■■□□□ 1.42
MSX1P28360 STUB1-205ENST00000565677 1560 ntTSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
MSX1P28360 AGAP3-216ENST00000479901 1881 ntTSL 5 BASIC23.93■■□□□ 1.42
MSX1P28360 GAL3ST1-205ENST00000406361 1819 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.93■■□□□ 1.42
MSX1P28360 NME2-202ENST00000393190 866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.91■■□□□ 1.42
MSX1P28360 ABHD17A-202ENST00000292577 1757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.91■■□□□ 1.42
MSX1P28360 SHOX2-204ENST00000483851 1866 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.9■■□□□ 1.42
MSX1P28360 SH3BP2-221ENST00000511747 2351 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.9■■□□□ 1.42
MSX1P28360 HGH1-207ENST00000628266 258 ntTSL 5 BASIC23.9■■□□□ 1.42
MSX1P28360 VEGFA-207ENST00000413642 1197 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.89■■□□□ 1.41
MSX1P28360 MTMR1-214ENST00000542156 1227 ntTSL 1 (best) BASIC23.89■■□□□ 1.41
MSX1P28360 PHOX2A-201ENST00000298231 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
MSX1P28360 CCDC88C-205ENST00000553403 1651 ntTSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
MSX1P28360 RDX-210ENST00000530301 1549 ntTSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
MSX1P28360 WNT5A-AS1-201ENST00000469484 500 ntTSL 3 BASIC23.87■■□□□ 1.41
MSX1P28360 AC096888.1-201ENST00000487097 565 ntTSL 4 BASIC23.87■■□□□ 1.41
MSX1P28360 HNRNPAB-204ENST00000504898 1785 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.86■■□□□ 1.41
MSX1P28360 LSM14B-204ENST00000370915 1079 ntTSL 1 (best) BASIC23.86■■□□□ 1.41
MSX1P28360 MFAP2-202ENST00000375535 1260 ntTSL 1 (best) BASIC23.86■■□□□ 1.41
MSX1P28360 HS3ST6-201ENST00000454677 1273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.86■■□□□ 1.41
MSX1P28360 CAPNS1-211ENST00000590874 926 ntTSL 5 BASIC23.86■■□□□ 1.41
MSX1P28360 AMN-201ENST00000299155 1907 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
MSX1P28360 ZNF513-201ENST00000323703 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
MSX1P28360 VAX2-201ENST00000234392 1147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
MSX1P28360 SLC35D2-202ENST00000375257 889 ntTSL 2 BASIC23.84■■□□□ 1.41
MSX1P28360 REPIN1-204ENST00000466559 1022 ntTSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
MSX1P28360 KLC2-205ENST00000394078 1557 ntTSL 5 BASIC23.83■■□□□ 1.41
MSX1P28360 HDAC11-206ENST00000405025 576 ntTSL 4 BASIC23.83■■□□□ 1.41
MSX1P28360 MKNK2-202ENST00000309340 1744 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.83■■□□□ 1.41
MSX1P28360 MISP3-202ENST00000587086 1535 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.83■■□□□ 1.41
MSX1P28360 FSD1L-208ENST00000495708 1906 ntTSL 1 (best) BASIC23.82■■□□□ 1.4
MSX1P28360 LRRC10B-201ENST00000378075 2219 ntAPPRIS P1 BASIC23.82■■□□□ 1.4
MSX1P28360 HNRNPAB-205ENST00000506259 1674 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.81■■□□□ 1.4
MSX1P28360 POLR1D-201ENST00000302979 1166 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.81■■□□□ 1.4
MSX1P28360 DUX4L29-201ENST00000425409 679 ntBASIC23.81■■□□□ 1.4
MSX1P28360 AC187653.1-201ENST00000506382 702 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.81■■□□□ 1.4
MSX1P28360 RCE1-201ENST00000309657 1485 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.81■■□□□ 1.4
MSX1P28360 DCBLD1-201ENST00000296955 1979 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.8■■□□□ 1.4
MSX1P28360 MIR6090-201ENST00000622481 60 ntBASIC23.8■■□□□ 1.4
MSX1P28360 TM6SF1-202ENST00000322019 2074 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.8■■□□□ 1.4
MSX1P28360 KCTD17-202ENST00000403888 1763 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.8■■□□□ 1.4
MSX1P28360 ABCB10P1-201ENST00000614297 2181 ntBASIC23.79■■□□□ 1.4
MSX1P28360 BCL7C-201ENST00000215115 1740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
MSX1P28360 AP002884.3-203ENST00000419895 1711 ntTSL 2 BASIC23.79■■□□□ 1.4
MSX1P28360 KCNF1-201ENST00000295082 2289 ntAPPRIS P1 BASIC23.79■■□□□ 1.4
MSX1P28360 AC013394.1-201ENST00000629685 808 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.79■■□□□ 1.4
MSX1P28360 CIC-201ENST00000160740 6111 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.79■■□□□ 1.4
MSX1P28360 ENKD1-201ENST00000243878 1579 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.78■■□□□ 1.4
MSX1P28360 ACOT12-204ENST00000513751 612 ntTSL 1 (best) BASIC23.78■■□□□ 1.4
MSX1P28360 UBE2A-207ENST00000628549 934 ntTSL 2 BASIC23.78■■□□□ 1.4
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 50.7 ms