Protein–RNA interactions for Protein: O75379

VAMP4, Vesicle-associated membrane protein 4, humanhuman

Predictions only

Length 141 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VAMP4O75379 RASSF8-202ENST00000381352 2320 ntTSL 1 (best) BASIC33.98■■■■□ 3.03
VAMP4O75379 ARL8A-201ENST00000272217 1793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.98■■■■□ 3.03
VAMP4O75379 GAL3ST1-205ENST00000406361 1819 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC33.98■■■■□ 3.03
VAMP4O75379 PPP1R35-201ENST00000292330 1031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.98■■■■□ 3.03
VAMP4O75379 CARS2-201ENST00000257347 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.97■■■■□ 3.03
VAMP4O75379 UBE2S-203ENST00000589978 496 ntTSL 5 BASIC33.95■■■■□ 3.03
VAMP4O75379 HAUS7-201ENST00000370210 1593 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC33.94■■■■□ 3.02
VAMP4O75379 STUB1-205ENST00000565677 1560 ntTSL 1 (best) BASIC33.94■■■■□ 3.02
VAMP4O75379 SCX-201ENST00000567180 999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.94■■■■□ 3.02
VAMP4O75379 AP000911.1-206ENST00000531938 711 ntTSL 3 BASIC33.93■■■■□ 3.02
VAMP4O75379 ECI1-207ENST00000570258 1512 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC33.93■■■■□ 3.02
VAMP4O75379 TM6SF1-202ENST00000322019 2074 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.92■■■■□ 3.02
VAMP4O75379 CMC4-202ENST00000369484 1107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.92■■■■□ 3.02
VAMP4O75379 MIR6090-201ENST00000622481 60 ntBASIC33.92■■■■□ 3.02
VAMP4O75379 ZNF513-201ENST00000323703 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.92■■■■□ 3.02
VAMP4O75379 KLC2-205ENST00000394078 1557 ntTSL 5 BASIC33.91■■■■□ 3.02
VAMP4O75379 TSPAN33-201ENST00000486685 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.9■■■■□ 3.02
VAMP4O75379 GLTP-201ENST00000318348 2356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.9■■■■□ 3.02
VAMP4O75379 VAX2-201ENST00000234392 1147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.9■■■■□ 3.02
VAMP4O75379 MFAP2-202ENST00000375535 1260 ntTSL 1 (best) BASIC33.9■■■■□ 3.02
VAMP4O75379 ABCB10P1-201ENST00000614297 2181 ntBASIC33.89■■■■□ 3.02
VAMP4O75379 CDKN2A-201ENST00000304494 1218 ntTSL 1 (best) BASIC33.89■■■■□ 3.02
VAMP4O75379 AC009097.4-201ENST00000566738 777 ntTSL 2 BASIC33.89■■■■□ 3.02
VAMP4O75379 HNRNPAB-202ENST00000358344 1796 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC33.89■■■■□ 3.02
VAMP4O75379 AP002884.3-203ENST00000419895 1711 ntTSL 2 BASIC33.89■■■■□ 3.02
VAMP4O75379 POLR1D-201ENST00000302979 1166 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC33.88■■■■□ 3.01
VAMP4O75379 AC044849.2-201ENST00000606596 710 ntBASIC33.88■■■■□ 3.01
VAMP4O75379 SLC52A2-201ENST00000329994 1896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.87■■■■□ 3.01
VAMP4O75379 MISP3-202ENST00000587086 1535 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC33.87■■■■□ 3.01
VAMP4O75379 SRSF9-201ENST00000229390 1201 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.86■■■■□ 3.01
VAMP4O75379 HNRNPAB-204ENST00000504898 1785 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC33.85■■■■□ 3.01
VAMP4O75379 AGAP3-216ENST00000479901 1881 ntTSL 5 BASIC33.84■■■■□ 3.01
VAMP4O75379 VEGFA-207ENST00000413642 1197 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC33.84■■■■□ 3.01
VAMP4O75379 AC108673.1-201ENST00000510422 1159 ntBASIC33.84■■■■□ 3.01
VAMP4O75379 DTNBP1-202ENST00000344537 1403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.84■■■■□ 3.01
VAMP4O75379 KIAA2013-202ENST00000376576 2539 ntTSL 2 BASIC33.83■■■■□ 3.01
VAMP4O75379 ATPAF1-202ENST00000371937 1827 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.83■■■■□ 3.01
VAMP4O75379 ABHD17A-202ENST00000292577 1757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.83■■■■□ 3.01
VAMP4O75379 KCNF1-201ENST00000295082 2289 ntAPPRIS P1 BASIC33.82■■■■□ 3
VAMP4O75379 PI4KAP2-202ENST00000450651 2294 ntTSL 5 BASIC33.82■■■■□ 3
VAMP4O75379 HDAC11-206ENST00000405025 576 ntTSL 4 BASIC33.81■■■■□ 3
VAMP4O75379 AMN-201ENST00000299155 1907 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC33.81■■■■□ 3
VAMP4O75379 LRRC10B-201ENST00000378075 2219 ntAPPRIS P1 BASIC33.8■■■■□ 3
VAMP4O75379 FAM149A-201ENST00000227065 2708 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC33.8■■■■□ 3
VAMP4O75379 FSD1L-208ENST00000495708 1906 ntTSL 1 (best) BASIC33.78■■■■□ 3
VAMP4O75379 CCDC88C-205ENST00000553403 1651 ntTSL 1 (best) BASIC33.75■■■□□ 2.99
VAMP4O75379 DCBLD1-201ENST00000296955 1979 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC33.74■■■□□ 2.99
VAMP4O75379 ENKD1-201ENST00000243878 1579 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.74■■■□□ 2.99
VAMP4O75379 EBAG9-202ENST00000395785 1467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.74■■■□□ 2.99
VAMP4O75379 BOD1-201ENST00000285908 1286 ntTSL 1 (best) BASIC33.73■■■□□ 2.99
VAMP4O75379 BOD1-206ENST00000480951 814 ntTSL 2 BASIC33.73■■■□□ 2.99
VAMP4O75379 CGREF1-203ENST00000402394 1906 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC33.73■■■□□ 2.99
VAMP4O75379 NEUROG2-201ENST00000313341 2287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.72■■■□□ 2.99
VAMP4O75379 COPRS-202ENST00000378634 1041 ntTSL 2 BASIC33.72■■■□□ 2.99
VAMP4O75379 DOCK5-202ENST00000410074 786 ntTSL 2 BASIC33.72■■■□□ 2.99
VAMP4O75379 HNRNPAB-205ENST00000506259 1674 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC33.71■■■□□ 2.99
VAMP4O75379 BHLHE23-201ENST00000370346 1057 ntAPPRIS P1 BASIC33.71■■■□□ 2.99
VAMP4O75379 ZNF787-203ENST00000610935 1925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.71■■■□□ 2.99
VAMP4O75379 SHOX2-204ENST00000483851 1866 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC33.7■■■□□ 2.99
VAMP4O75379 TOMM40-201ENST00000252487 1707 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC33.7■■■□□ 2.98
VAMP4O75379 TOMM40-202ENST00000405636 1709 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC33.7■■■□□ 2.98
VAMP4O75379 NPHP3-202ENST00000383282 782 ntTSL 1 (best) BASIC33.68■■■□□ 2.98
VAMP4O75379 NME2-202ENST00000393190 866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.68■■■□□ 2.98
VAMP4O75379 FOXA2-202ENST00000419308 2422 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC33.68■■■□□ 2.98
VAMP4O75379 MKNK2-202ENST00000309340 1744 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC33.67■■■□□ 2.98
VAMP4O75379 GRK6-206ENST00000507633 1660 ntTSL 5 BASIC33.66■■■□□ 2.98
VAMP4O75379 MPST-206ENST00000429360 1331 ntTSL 1 (best) BASIC33.65■■■□□ 2.98
VAMP4O75379 YAP1-204ENST00000526343 2393 ntTSL 5 BASIC33.65■■■□□ 2.98
VAMP4O75379 DNLZ-201ENST00000371738 724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.64■■■□□ 2.98
VAMP4O75379 ANKRD13D-211ENST00000511455 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.64■■■□□ 2.98
VAMP4O75379 CIB2-204ENST00000557846 934 ntTSL 3 BASIC33.63■■■□□ 2.97
VAMP4O75379 PHOX2A-201ENST00000298231 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.63■■■□□ 2.97
VAMP4O75379 IRX1-201ENST00000302006 1858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.62■■■□□ 2.97
VAMP4O75379 AC127502.1-201ENST00000399971 1502 ntBASIC33.61■■■□□ 2.97
VAMP4O75379 RUNX2-205ENST00000465038 1770 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC33.61■■■□□ 2.97
VAMP4O75379 SIRT3-201ENST00000382743 2543 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC33.61■■■□□ 2.97
VAMP4O75379 BCL7C-201ENST00000215115 1740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.61■■■□□ 2.97
VAMP4O75379 GIPC1-203ENST00000393033 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.61■■■□□ 2.97
VAMP4O75379 CUL4A-202ENST00000375440 2364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.61■■■□□ 2.97
VAMP4O75379 KCTD17-202ENST00000403888 1763 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC33.6■■■□□ 2.97
VAMP4O75379 C14orf80-202ENST00000334656 1358 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC33.6■■■□□ 2.97
VAMP4O75379 UBE2A-207ENST00000628549 934 ntTSL 2 BASIC33.59■■■□□ 2.97
VAMP4O75379 COQ2-202ENST00000311469 1641 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC33.59■■■□□ 2.97
VAMP4O75379 FGFRL1-205ENST00000510644 2304 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.59■■■□□ 2.97
VAMP4O75379 RCC1L-202ENST00000614461 2419 ntTSL 1 (best) BASIC33.58■■■□□ 2.97
VAMP4O75379 AC021231.2-201ENST00000594613 730 ntBASIC33.58■■■□□ 2.97
VAMP4O75379 FGF18-201ENST00000274625 1986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.57■■■□□ 2.96
VAMP4O75379 FOXE3-201ENST00000335071 1981 ntAPPRIS P1 BASIC33.57■■■□□ 2.96
VAMP4O75379 ACOT7-201ENST00000361521 2429 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC33.56■■■□□ 2.96
VAMP4O75379 ZFAND2B-206ENST00000409336 944 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC33.56■■■□□ 2.96
VAMP4O75379 ZFAND2B-221ENST00000621130 1070 ntTSL 5 BASIC33.56■■■□□ 2.96
VAMP4O75379 EMC10-202ENST00000376918 2014 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC33.56■■■□□ 2.96
VAMP4O75379 ZNF706-207ENST00000519882 959 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC33.55■■■□□ 2.96
VAMP4O75379 ZNF706-213ENST00000521272 732 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC33.55■■■□□ 2.96
VAMP4O75379 BARX1-201ENST00000253968 1533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.54■■■□□ 2.96
VAMP4O75379 BCL3-201ENST00000164227 2038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.53■■■□□ 2.96
VAMP4O75379 FOXQ1-201ENST00000296839 2309 ntAPPRIS P1 BASIC33.53■■■□□ 2.96
VAMP4O75379 RNF130-205ENST00000521389 2263 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.53■■■□□ 2.96
VAMP4O75379 EFNA3-201ENST00000368408 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.53■■■□□ 2.96
VAMP4O75379 SLC35D2-202ENST00000375257 889 ntTSL 2 BASIC33.53■■■□□ 2.96
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 11.9 ms