Protein–RNA interactions for Protein: Q9UHB6

LIMA1, LIM domain and actin-binding protein 1, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 759 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMA1Q9UHB6 NSUN2-206ENST00000506139 2619 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.94■■□□□ 1.26
LIMA1Q9UHB6 URAD-201ENST00000332715 931 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.94■■□□□ 1.26
LIMA1Q9UHB6 IL20RA-202ENST00000367746 1244 ntTSL 2 BASIC22.94■■□□□ 1.26
LIMA1Q9UHB6 LHPP-203ENST00000392757 840 ntTSL 3 BASIC22.94■■□□□ 1.26
LIMA1Q9UHB6 NKX2-5-202ENST00000424406 1124 ntTSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
LIMA1Q9UHB6 CDKN2A-206ENST00000494262 989 ntTSL 3 BASIC22.94■■□□□ 1.26
LIMA1Q9UHB6 ACAP1-206ENST00000571471 320 ntTSL 2 BASIC22.94■■□□□ 1.26
LIMA1Q9UHB6 MPST-208ENST00000628507 698 ntTSL 5 BASIC22.94■■□□□ 1.26
LIMA1Q9UHB6 ME2-202ENST00000382927 2492 ntTSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
LIMA1Q9UHB6 SPATS2L-204ENST00000409140 2463 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.94■■□□□ 1.26
LIMA1Q9UHB6 MOK-226ENST00000522874 1890 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.94■■□□□ 1.26
LIMA1Q9UHB6 PACRGL-227ENST00000513459 1773 ntTSL 5 BASIC22.94■■□□□ 1.26
LIMA1Q9UHB6 NDUFAF1-201ENST00000260361 1461 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
LIMA1Q9UHB6 SDR39U1-208ENST00000554698 1364 ntTSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
LIMA1Q9UHB6 SLC30A5-201ENST00000380860 1317 ntTSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
LIMA1Q9UHB6 GRINA-201ENST00000313269 1968 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.93■■□□□ 1.26
LIMA1Q9UHB6 CYP21A1P-201ENST00000342991 1971 ntTSL 3 BASIC22.93■■□□□ 1.26
LIMA1Q9UHB6 RUNX3-202ENST00000338888 2629 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
LIMA1Q9UHB6 PCSK1N-201ENST00000218230 1050 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
LIMA1Q9UHB6 KRTAP5-1-201ENST00000382171 942 ntAPPRIS P1 BASIC22.93■■□□□ 1.26
LIMA1Q9UHB6 ZEB1-AS1-201ENST00000423714 456 ntTSL 3 BASIC22.93■■□□□ 1.26
LIMA1Q9UHB6 ITGA9-AS1-210ENST00000457661 738 ntTSL 4 BASIC22.93■■□□□ 1.26
LIMA1Q9UHB6 SCO2-204ENST00000543927 1051 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.93■■□□□ 1.26
LIMA1Q9UHB6 AL355102.2-201ENST00000553811 600 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.93■■□□□ 1.26
LIMA1Q9UHB6 AC012313.1-203ENST00000597980 570 ntTSL 4 BASIC22.93■■□□□ 1.26
LIMA1Q9UHB6 AC092902.2-206ENST00000625484 846 ntTSL 5 BASIC22.93■■□□□ 1.26
LIMA1Q9UHB6 ASCL2-201ENST00000331289 1852 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
LIMA1Q9UHB6 RARG-204ENST00000543726 1779 ntTSL 2 BASIC22.93■■□□□ 1.26
LIMA1Q9UHB6 CNTNAP3B-212ENST00000617422 2170 ntTSL 2 BASIC22.93■■□□□ 1.26
LIMA1Q9UHB6 CCNE1-201ENST00000262643 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
LIMA1Q9UHB6 AL158151.1-201ENST00000372490 2047 ntTSL 2 BASIC22.92■■□□□ 1.26
LIMA1Q9UHB6 PHLPP1-201ENST00000262719 6390 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
LIMA1Q9UHB6 MLST8-202ENST00000382450 1861 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC22.92■■□□□ 1.26
LIMA1Q9UHB6 MLST8-215ENST00000564088 1861 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.92■■□□□ 1.26
LIMA1Q9UHB6 LINC01547-202ENST00000397841 2303 ntTSL 2 BASIC22.92■■□□□ 1.26
LIMA1Q9UHB6 RCN2-202ENST00000394883 1366 ntTSL 5 BASIC22.92■■□□□ 1.26
LIMA1Q9UHB6 TGFBR1-202ENST00000374994 6516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
LIMA1Q9UHB6 RPUSD1-202ENST00000561734 2159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
LIMA1Q9UHB6 ORMDL1-202ENST00000392349 1137 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
LIMA1Q9UHB6 AC008764.7-201ENST00000593779 1081 ntBASIC22.92■■□□□ 1.26
LIMA1Q9UHB6 AC105233.4-201ENST00000642045 216 ntBASIC22.92■■□□□ 1.26
LIMA1Q9UHB6 PLEKHB1-204ENST00000398494 2061 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
LIMA1Q9UHB6 MYO1D-213ENST00000583621 1916 ntTSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
LIMA1Q9UHB6 PRR7-201ENST00000323249 1480 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
LIMA1Q9UHB6 TMEM62-201ENST00000260403 2771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
LIMA1Q9UHB6 BAG1-212ENST00000641048 1038 ntAPPRIS P3 BASIC22.91■■□□□ 1.26
LIMA1Q9UHB6 DUSP28-201ENST00000343217 1555 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.91■■□□□ 1.26
LIMA1Q9UHB6 PTPRJ-201ENST00000418331 5122 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
LIMA1Q9UHB6 TRAF4-205ENST00000444415 1456 ntTSL 5 BASIC22.91■■□□□ 1.26
LIMA1Q9UHB6 ZDHHC7-203ENST00000564466 1488 ntTSL 5 BASIC22.91■■□□□ 1.26
LIMA1Q9UHB6 GFI1-202ENST00000370332 2855 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
LIMA1Q9UHB6 JAKMIP1-203ENST00000409371 2420 ntTSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
LIMA1Q9UHB6 NTN4-207ENST00000553059 1818 ntTSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
LIMA1Q9UHB6 KRTAP17-1-201ENST00000334202 779 ntAPPRIS P1 BASIC22.9■■□□□ 1.26
LIMA1Q9UHB6 FXN-202ENST00000396364 980 ntTSL 5 BASIC22.9■■□□□ 1.26
LIMA1Q9UHB6 AC099791.1-201ENST00000416440 715 ntBASIC22.9■■□□□ 1.26
LIMA1Q9UHB6 AL355987.3-201ENST00000456614 735 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC22.9■■□□□ 1.26
LIMA1Q9UHB6 RNF146-206ENST00000480444 843 ntTSL 2 BASIC22.9■■□□□ 1.26
LIMA1Q9UHB6 MADCAM1-208ENST00000621286 1203 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.9■■□□□ 1.26
LIMA1Q9UHB6 GRK4-203ENST00000398052 2202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
LIMA1Q9UHB6 POMZP3-202ENST00000310842 1490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
LIMA1Q9UHB6 CTU2-210ENST00000567949 1905 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
LIMA1Q9UHB6 TMPO-204ENST00000393053 2374 ntTSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
LIMA1Q9UHB6 WDR4-202ENST00000398208 2122 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
LIMA1Q9UHB6 RCN1-201ENST00000054950 2572 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
LIMA1Q9UHB6 CYP27A1-201ENST00000258415 2286 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.26
LIMA1Q9UHB6 TPCN2-209ENST00000637504 2736 ntTSL 5 BASIC22.89■■□□□ 1.26
LIMA1Q9UHB6 CHRNA3-202ENST00000348639 2030 ntTSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.26
LIMA1Q9UHB6 APBB3-203ENST00000357560 2218 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.89■■□□□ 1.26
LIMA1Q9UHB6 DNAAF3-207ENST00000527223 2228 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.89■■□□□ 1.26
LIMA1Q9UHB6 GATA6-AS1-202ENST00000583490 1788 ntTSL 2 BASIC22.89■■□□□ 1.26
LIMA1Q9UHB6 TSPY26P-201ENST00000476365 1326 ntBASIC22.89■■□□□ 1.26
LIMA1Q9UHB6 ARFRP1-210ENST00000614942 2554 ntTSL 5 BASIC22.89■■□□□ 1.25
LIMA1Q9UHB6 TAF6L-201ENST00000294168 2116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.25
LIMA1Q9UHB6 HSPE1-203ENST00000409729 478 ntTSL 2 BASIC22.89■■□□□ 1.25
LIMA1Q9UHB6 ZFAS1-206ENST00000450535 1075 ntTSL 3 BASIC22.89■■□□□ 1.25
LIMA1Q9UHB6 MYDGF-203ENST00000599630 713 ntTSL 2 BASIC22.89■■□□□ 1.25
LIMA1Q9UHB6 FBXL15-202ENST00000369956 2344 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.25
LIMA1Q9UHB6 RNH1-222ENST00000533410 1829 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.89■■□□□ 1.25
LIMA1Q9UHB6 SLC46A3-202ENST00000380814 2121 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
LIMA1Q9UHB6 BX005040.4-201ENST00000637145 1518 ntBASIC22.88■■□□□ 1.25
LIMA1Q9UHB6 LINC00682-201ENST00000498940 1625 ntTSL 3 BASIC22.88■■□□□ 1.25
LIMA1Q9UHB6 CMTM4-201ENST00000330687 3414 ntTSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
LIMA1Q9UHB6 TMED4-203ENST00000457408 2322 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
LIMA1Q9UHB6 PPCS-203ENST00000372561 1431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
LIMA1Q9UHB6 TERF2IP-201ENST00000300086 2118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
LIMA1Q9UHB6 ZFP69B-202ENST00000411995 2109 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.88■■□□□ 1.25
LIMA1Q9UHB6 PPP1CC-201ENST00000335007 2559 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
LIMA1Q9UHB6 BLCAP-208ENST00000414542 2205 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.88■■□□□ 1.25
LIMA1Q9UHB6 RELT-202ENST00000393580 2669 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
LIMA1Q9UHB6 SSBP3-216ENST00000610401 3168 ntTSL 5 BASIC22.87■■□□□ 1.25
LIMA1Q9UHB6 HLA-G-204ENST00000376828 1490 ntAPPRIS ALT2 BASIC22.87■■□□□ 1.25
LIMA1Q9UHB6 RORB-AS1-201ENST00000417576 1178 ntTSL 5 BASIC22.87■■□□□ 1.25
LIMA1Q9UHB6 CAMTA1-208ENST00000473578 567 ntTSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
LIMA1Q9UHB6 TMEM179B-205ENST00000533861 797 ntTSL 5 BASIC22.87■■□□□ 1.25
LIMA1Q9UHB6 AC093249.6-202ENST00000568500 1142 ntTSL 2 BASIC22.87■■□□□ 1.25
LIMA1Q9UHB6 DIRAS1-202ENST00000585334 774 ntAPPRIS P1 BASIC22.87■■□□□ 1.25
LIMA1Q9UHB6 PLEKHJ1-213ENST00000591099 1092 ntTSL 2 BASIC22.87■■□□□ 1.25
LIMA1Q9UHB6 CYP1B1-207ENST00000614273 2174 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.87■■□□□ 1.25
LIMA1Q9UHB6 CSNK1G3-206ENST00000511130 1356 ntTSL 2 BASIC22.87■■□□□ 1.25
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 41.9 ms