Protein–RNA interactions for Protein: Q9UN37

VPS4A, Vacuolar protein sorting-associated protein 4A, humanhuman

Predictions only

Length 437 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS4AQ9UN37 AC009097.4-201ENST00000566738 777 ntTSL 2 BASIC25.57■■□□□ 1.68
VPS4AQ9UN37 TMEM268-201ENST00000288502 2314 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.56■■□□□ 1.68
VPS4AQ9UN37 SNX24-201ENST00000261369 2158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.56■■□□□ 1.68
VPS4AQ9UN37 ESRRA-201ENST00000000442 2215 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.56■■□□□ 1.68
VPS4AQ9UN37 PQLC1-202ENST00000357575 2475 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC25.56■■□□□ 1.68
VPS4AQ9UN37 MBOAT7-203ENST00000391754 1797 ntTSL 1 (best) BASIC25.55■■□□□ 1.68
VPS4AQ9UN37 CATIP-201ENST00000289388 1323 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.55■■□□□ 1.68
VPS4AQ9UN37 FOXA2-202ENST00000419308 2422 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.54■■□□□ 1.68
VPS4AQ9UN37 CACNG6-201ENST00000252729 1853 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.54■■□□□ 1.68
VPS4AQ9UN37 SLC22A23-201ENST00000380298 1574 ntTSL 1 (best) BASIC25.54■■□□□ 1.68
VPS4AQ9UN37 MIR3665-201ENST00000578708 105 ntBASIC25.54■■□□□ 1.68
VPS4AQ9UN37 MLST8-203ENST00000397124 1691 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC25.52■■□□□ 1.68
VPS4AQ9UN37 HSPB11-201ENST00000194214 915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.51■■□□□ 1.67
VPS4AQ9UN37 H2AFV-205ENST00000381124 628 ntTSL 3 BASIC25.51■■□□□ 1.67
VPS4AQ9UN37 PVT1-219ENST00000523427 938 ntTSL 3 BASIC25.51■■□□□ 1.67
VPS4AQ9UN37 COX4I1-203ENST00000562336 873 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.51■■□□□ 1.67
VPS4AQ9UN37 GSC2-201ENST00000086933 1033 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.51■■□□□ 1.67
VPS4AQ9UN37 ST6GALNAC6-203ENST00000373142 2448 ntTSL 1 (best) BASIC25.5■■□□□ 1.67
VPS4AQ9UN37 MLEC-202ENST00000412616 841 ntTSL 3 BASIC25.5■■□□□ 1.67
VPS4AQ9UN37 FAM185A-202ENST00000413034 1179 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC25.5■■□□□ 1.67
VPS4AQ9UN37 ANKS1B-202ENST00000333732 1675 ntTSL 2 BASIC25.49■■□□□ 1.67
VPS4AQ9UN37 ANKRD13D-211ENST00000511455 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
VPS4AQ9UN37 GXYLT1-201ENST00000280876 1937 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
VPS4AQ9UN37 TMEM158-201ENST00000503771 1813 ntAPPRIS P1 BASIC25.47■■□□□ 1.67
VPS4AQ9UN37 ABHD12-201ENST00000339157 2117 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.46■■□□□ 1.67
VPS4AQ9UN37 CGREF1-202ENST00000312734 1610 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC25.46■■□□□ 1.67
VPS4AQ9UN37 HOXD13-201ENST00000392539 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.46■■□□□ 1.67
VPS4AQ9UN37 CNIH2-203ENST00000528852 1524 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.46■■□□□ 1.67
VPS4AQ9UN37 PIP4K2B-204ENST00000619039 5734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.45■■□□□ 1.66
VPS4AQ9UN37 MATK-201ENST00000310132 2133 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
VPS4AQ9UN37 HLA-V-202ENST00000446817 847 ntBASIC25.44■■□□□ 1.66
VPS4AQ9UN37 MSANTD2-203ENST00000524950 1109 ntTSL 2 BASIC25.44■■□□□ 1.66
VPS4AQ9UN37 HMX1-201ENST00000400677 1895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
VPS4AQ9UN37 UCK1-201ENST00000372208 2063 ntTSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
VPS4AQ9UN37 RCC1L-202ENST00000614461 2419 ntTSL 1 (best) BASIC25.43■■□□□ 1.66
VPS4AQ9UN37 COL13A1-210ENST00000517713 2007 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.43■■□□□ 1.66
VPS4AQ9UN37 HOXB3-210ENST00000489475 1845 ntTSL 2 BASIC25.43■■□□□ 1.66
VPS4AQ9UN37 EBPL-202ENST00000378268 680 ntTSL 3 BASIC25.43■■□□□ 1.66
VPS4AQ9UN37 AL133380.1-201ENST00000506013 324 ntBASIC25.43■■□□□ 1.66
VPS4AQ9UN37 PI4KAP1-202ENST00000611748 1906 ntTSL 1 (best) BASIC25.43■■□□□ 1.66
VPS4AQ9UN37 ECI1-203ENST00000562238 948 ntTSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
VPS4AQ9UN37 CDKN2D-202ENST00000393599 1422 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
VPS4AQ9UN37 NGB-201ENST00000298352 1884 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
VPS4AQ9UN37 AP000911.1-206ENST00000531938 711 ntTSL 3 BASIC25.41■■□□□ 1.66
VPS4AQ9UN37 AL161658.1-201ENST00000623641 1967 ntBASIC25.41■■□□□ 1.66
VPS4AQ9UN37 CUEDC1-201ENST00000360238 2193 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.41■■□□□ 1.66
VPS4AQ9UN37 PAPD7-201ENST00000230859 5459 ntTSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
VPS4AQ9UN37 ACTR3B-202ENST00000377776 1566 ntTSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
VPS4AQ9UN37 GALK1-205ENST00000588479 1866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.66
VPS4AQ9UN37 MBP-237ENST00000579129 1052 ntTSL 5 BASIC25.39■■□□□ 1.66
VPS4AQ9UN37 SH3GL3-202ENST00000427482 1806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.65
VPS4AQ9UN37 PHOX2A-201ENST00000298231 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.65
VPS4AQ9UN37 DCBLD1-201ENST00000296955 1979 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.38■■□□□ 1.65
VPS4AQ9UN37 CHMP4B-201ENST00000217402 1646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
VPS4AQ9UN37 PGAM5-201ENST00000317555 1182 ntTSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
VPS4AQ9UN37 CCNYL1-205ENST00000420822 952 ntTSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
VPS4AQ9UN37 CGREF1-203ENST00000402394 1906 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC25.37■■□□□ 1.65
VPS4AQ9UN37 MAPK13-201ENST00000211287 2052 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
VPS4AQ9UN37 C1orf122-204ENST00000468084 1234 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.36■■□□□ 1.65
VPS4AQ9UN37 SLC12A2-202ENST00000343225 5509 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
VPS4AQ9UN37 MSX1-201ENST00000382723 1939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
VPS4AQ9UN37 SSBP4-202ENST00000348495 1721 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC25.35■■□□□ 1.65
VPS4AQ9UN37 CCZ1B-215ENST00000626257 2211 ntTSL 2 BASIC25.35■■□□□ 1.65
VPS4AQ9UN37 RNF130-205ENST00000521389 2263 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
VPS4AQ9UN37 ABCB10P3-201ENST00000561950 2166 ntBASIC25.35■■□□□ 1.65
VPS4AQ9UN37 AC087741.3-201ENST00000624270 1347 ntBASIC25.35■■□□□ 1.65
VPS4AQ9UN37 COPRS-202ENST00000378634 1041 ntTSL 2 BASIC25.34■■□□□ 1.65
VPS4AQ9UN37 AC044849.2-201ENST00000606596 710 ntBASIC25.34■■□□□ 1.65
VPS4AQ9UN37 HNRNPAB-206ENST00000506339 1747 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.34■■□□□ 1.65
VPS4AQ9UN37 PDCD2-209ENST00000542896 1082 ntTSL 2 BASIC25.33■■□□□ 1.65
VPS4AQ9UN37 RTN2-201ENST00000245923 2293 ntTSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.64
VPS4AQ9UN37 PXDC1-202ENST00000380283 2190 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
VPS4AQ9UN37 SIGMAR1-205ENST00000477726 840 ntTSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
VPS4AQ9UN37 ABHD17A-201ENST00000250974 1630 ntTSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
VPS4AQ9UN37 ACOT7-201ENST00000361521 2429 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
VPS4AQ9UN37 FGFRL1-205ENST00000510644 2304 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
VPS4AQ9UN37 LRRC61-202ENST00000359623 1877 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.31■■□□□ 1.64
VPS4AQ9UN37 KCTD17-202ENST00000403888 1763 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
VPS4AQ9UN37 CHPT1-205ENST00000549872 2001 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.3■■□□□ 1.64
VPS4AQ9UN37 MPST-206ENST00000429360 1331 ntTSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
VPS4AQ9UN37 GIPC1-203ENST00000393033 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
VPS4AQ9UN37 LDB1-202ENST00000425280 2089 ntTSL 5 BASIC25.29■■□□□ 1.64
VPS4AQ9UN37 ZNF513-201ENST00000323703 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
VPS4AQ9UN37 TSPAN33-201ENST00000486685 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
VPS4AQ9UN37 JAG2-201ENST00000331782 5835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
VPS4AQ9UN37 FAAP20-204ENST00000400919 1413 ntTSL 3 BASIC25.29■■□□□ 1.64
VPS4AQ9UN37 AC139426.1-201ENST00000568218 2529 ntBASIC25.28■■□□□ 1.64
VPS4AQ9UN37 AMN-201ENST00000299155 1907 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
VPS4AQ9UN37 PGM5-201ENST00000396392 1782 ntTSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
VPS4AQ9UN37 HES7-202ENST00000541682 1674 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
VPS4AQ9UN37 AC104109.3-201ENST00000519718 483 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.27■■□□□ 1.64
VPS4AQ9UN37 HDAC3-201ENST00000305264 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
VPS4AQ9UN37 ST7-AS1-201ENST00000456775 1889 ntBASIC25.26■■□□□ 1.63
VPS4AQ9UN37 DUX4L28-201ENST00000623687 678 ntBASIC25.26■■□□□ 1.63
VPS4AQ9UN37 CHML-205ENST00000638160 705 ntTSL 3 BASIC25.26■■□□□ 1.63
VPS4AQ9UN37 ARL8A-201ENST00000272217 1793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
VPS4AQ9UN37 TSPAN11-203ENST00000545802 1649 ntTSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
VPS4AQ9UN37 RAB26-201ENST00000210187 1675 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
VPS4AQ9UN37 KCNQ5-204ENST00000370392 1469 ntTSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
VPS4AQ9UN37 TPI1-201ENST00000229270 1763 ntTSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 10.3 ms