Protein–RNA interactions for Protein: A2RU48

SMCO3, Single-pass membrane and coiled-coil domain-containing protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 225 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SMCO3A2RU48 PTPRM-201ENST00000332175 6095 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
SMCO3A2RU48 PQLC1-203ENST00000397778 2555 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
SMCO3A2RU48 VWA1-201ENST00000338660 2147 ntTSL 2 BASIC21.38■■□□□ 1.01
SMCO3A2RU48 EMC10-202ENST00000376918 2014 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
SMCO3A2RU48 SLCO3A1-201ENST00000318445 5115 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
SMCO3A2RU48 HMX1-201ENST00000400677 1895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
SMCO3A2RU48 SH3GL3-202ENST00000427482 1806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
SMCO3A2RU48 AMN-201ENST00000299155 1907 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
SMCO3A2RU48 PPP1R26-201ENST00000356818 4932 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
SMCO3A2RU48 GRK2-204ENST00000526285 1458 ntTSL 5 BASIC21.37■■□□□ 1.01
SMCO3A2RU48 MLST8-203ENST00000397124 1691 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC21.37■■□□□ 1.01
SMCO3A2RU48 CTBP1-201ENST00000290921 2297 ntTSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
SMCO3A2RU48 CCM2L-201ENST00000262659 2523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
SMCO3A2RU48 PLPPR3-201ENST00000359894 2387 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
SMCO3A2RU48 RNF130-201ENST00000261947 1766 ntTSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
SMCO3A2RU48 RRNAD1-201ENST00000368216 2254 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
SMCO3A2RU48 SECTM1-201ENST00000269389 2235 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
SMCO3A2RU48 AC006077.2-201ENST00000623591 457 ntBASIC21.34■■□□□ 1.01
SMCO3A2RU48 AC113189.4-201ENST00000575331 5553 ntTSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
SMCO3A2RU48 MAP3K5-201ENST00000359015 5197 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
SMCO3A2RU48 CHCHD4-201ENST00000295767 1603 ntTSL 2 BASIC21.33■■□□□ 1.01
SMCO3A2RU48 FGF2-203ENST00000614010 867 ntTSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
SMCO3A2RU48 FOXP4-203ENST00000373060 5948 ntTSL 5 BASIC21.33■■□□□ 1.01
SMCO3A2RU48 FOXP4-204ENST00000373063 5910 ntTSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
SMCO3A2RU48 TOP2B-204ENST00000435706 5389 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1
SMCO3A2RU48 RTN2-202ENST00000344680 2063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
SMCO3A2RU48 LDB1-202ENST00000425280 2089 ntTSL 5 BASIC21.32■■□□□ 1
SMCO3A2RU48 DENND5A-201ENST00000328194 5031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
SMCO3A2RU48 CERS2-205ENST00000368954 2505 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
SMCO3A2RU48 PLD4-201ENST00000392593 6515 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
SMCO3A2RU48 TSPAN33-201ENST00000486685 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
SMCO3A2RU48 PDPK1-203ENST00000389224 2416 ntTSL 2 BASIC21.31■■□□□ 1
SMCO3A2RU48 WSB2-201ENST00000315436 2646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
SMCO3A2RU48 HOXB3-210ENST00000489475 1845 ntTSL 2 BASIC21.31■■□□□ 1
SMCO3A2RU48 WDSUB1-205ENST00000409990 1920 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.31■■□□□ 1
SMCO3A2RU48 AL360182.2-201ENST00000451656 470 ntTSL 3 BASIC21.3■■□□□ 1
SMCO3A2RU48 AC079848.1-201ENST00000511301 327 ntTSL 3 BASIC21.3■■□□□ 1
SMCO3A2RU48 AGFG1-205ENST00000409979 2089 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.29■■□□□ 1
SMCO3A2RU48 PRELID2-202ENST00000394450 1102 ntTSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
SMCO3A2RU48 ARMC10-205ENST00000428183 2445 ntTSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
SMCO3A2RU48 RTN4R-201ENST00000043402 2157 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
SMCO3A2RU48 YAP1-202ENST00000345877 5284 ntTSL 5 BASIC21.28■■□□□ 1
SMCO3A2RU48 FAM220A-206ENST00000616824 2211 ntTSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
SMCO3A2RU48 CHPT1-205ENST00000549872 2001 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.28■■□□□ 1
SMCO3A2RU48 PCSK6-216ENST00000615296 2921 ntTSL 5 BASIC21.28■■□□□ 1
SMCO3A2RU48 LINC01578-201ENST00000553829 732 ntTSL 2 BASIC21.28■■□□□ 1
SMCO3A2RU48 ST7-AS1-201ENST00000456775 1889 ntBASIC21.28■■□□□ 1
SMCO3A2RU48 NRGN-201ENST00000284292 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
SMCO3A2RU48 COL13A1-203ENST00000398969 2267 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.27■■□□□ 1
SMCO3A2RU48 FEV-201ENST00000295727 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
SMCO3A2RU48 GALK1-205ENST00000588479 1866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
SMCO3A2RU48 CCDC88C-205ENST00000553403 1651 ntTSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
SMCO3A2RU48 PLSCR3-202ENST00000535512 2067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
SMCO3A2RU48 PLSCR3-214ENST00000619711 2066 ntTSL 5 BASIC21.26■□□□□ 0.99
SMCO3A2RU48 TMEM9-201ENST00000367330 1959 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
SMCO3A2RU48 AC091230.1-202ENST00000564823 5356 ntTSL 2 BASIC21.25■□□□□ 0.99
SMCO3A2RU48 CNIH2-203ENST00000528852 1524 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
SMCO3A2RU48 CYBA-201ENST00000261623 797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
SMCO3A2RU48 SH3GL1-202ENST00000417295 1404 ntTSL 2 BASIC21.25■□□□□ 0.99
SMCO3A2RU48 ARL8A-201ENST00000272217 1793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
SMCO3A2RU48 FAM89A-201ENST00000366654 1495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
SMCO3A2RU48 ITGA9-203ENST00000422441 2282 ntTSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
SMCO3A2RU48 PACS2-201ENST00000325438 3708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
SMCO3A2RU48 MSX1-201ENST00000382723 1939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
SMCO3A2RU48 RAB40C-201ENST00000248139 2699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
SMCO3A2RU48 SIGMAR1-203ENST00000378892 1743 ntTSL 2 BASIC21.23■□□□□ 0.99
SMCO3A2RU48 PGM5-201ENST00000396392 1782 ntTSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
SMCO3A2RU48 TM6SF1-202ENST00000322019 2074 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
SMCO3A2RU48 NREP-202ENST00000379671 2581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
SMCO3A2RU48 RHOQ-201ENST00000238738 2975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
SMCO3A2RU48 DBP-205ENST00000601104 1489 ntTSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
SMCO3A2RU48 AC243773.2-204ENST00000621428 1462 ntTSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
SMCO3A2RU48 PPP2R2D-201ENST00000455566 5738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
SMCO3A2RU48 SP8-201ENST00000361443 1714 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
SMCO3A2RU48 GSTZ1-201ENST00000216465 1338 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
SMCO3A2RU48 TMEM185A-207ENST00000600449 2840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
SMCO3A2RU48 GAL3ST1-205ENST00000406361 1819 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.18■□□□□ 0.98
SMCO3A2RU48 CACNG6-201ENST00000252729 1853 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.98
SMCO3A2RU48 FAAH-201ENST00000243167 2094 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.98
SMCO3A2RU48 RAB26-201ENST00000210187 1675 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
SMCO3A2RU48 ARHGAP22-202ENST00000374170 2107 ntTSL 5 BASIC21.15■□□□□ 0.98
SMCO3A2RU48 LRRC61-202ENST00000359623 1877 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.15■□□□□ 0.98
SMCO3A2RU48 FOXQ1-201ENST00000296839 2309 ntAPPRIS P1 BASIC21.15■□□□□ 0.98
SMCO3A2RU48 CGREF1-202ENST00000312734 1610 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.15■□□□□ 0.98
SMCO3A2RU48 TM9SF3-201ENST00000371142 6141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
SMCO3A2RU48 FOXE3-201ENST00000335071 1981 ntAPPRIS P1 BASIC21.14■□□□□ 0.98
SMCO3A2RU48 RSG1-201ENST00000375599 1545 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.97
SMCO3A2RU48 GABRA5-203ENST00000400081 2761 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.14■□□□□ 0.97
SMCO3A2RU48 YAP1-204ENST00000526343 2393 ntTSL 5 BASIC21.13■□□□□ 0.97
SMCO3A2RU48 ZNRF2P1-201ENST00000441407 443 ntBASIC21.13■□□□□ 0.97
SMCO3A2RU48 SLC52A2-201ENST00000329994 1896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
SMCO3A2RU48 REPS2-202ENST00000357277 7953 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
SMCO3A2RU48 AP003068.2-202ENST00000526623 1662 ntTSL 2 BASIC21.12■□□□□ 0.97
SMCO3A2RU48 TCFL5-201ENST00000217162 2453 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
SMCO3A2RU48 TCFL5-202ENST00000335351 2456 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
SMCO3A2RU48 AC005524.1-203ENST00000586528 451 ntTSL 3 BASIC21.11■□□□□ 0.97
SMCO3A2RU48 RUNDC3A-206ENST00000590941 1675 ntTSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
SMCO3A2RU48 MAF-202ENST00000393350 6384 ntAPPRIS ALT2 BASIC21.11■□□□□ 0.97
SMCO3A2RU48 TSPOAP1-AS1-203ENST00000579527 2042 ntTSL 2 BASIC21.11■□□□□ 0.97
SMCO3A2RU48 SLC12A2-201ENST00000262461 6885 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 11.5 ms