Protein–RNA interactions for Protein: Q15427

SF3B4, Splicing factor 3B subunit 4, humanhuman

Known RBP eCLIP

Length 424 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SF3B4Q15427 PSMA2-203ENST00000436986 1453 ntTSL 38.15□□□□□ -1.17e-7■□□□□ 10.5
SF3B4Q15427 PSMA2-204ENST00000445517 683 ntTSL 2 BASIC7.55□□□□□ -1.27e-7■□□□□ 10.5
SF3B4Q15427 PSMA2-205ENST00000457444 801 ntTSL 37.34□□□□□ -1.237e-7■□□□□ 10.5
SF3B4Q15427 AC010132.3-201ENST00000442788 2430 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC5.06□□□□□ -1.67e-7■□□□□ 10.5
SF3B4Q15427 R3HDM4-205ENST00000589445 705 ntTSL 320.18■□□□□ 0.828e-19■□□□□ 10.5
SF3B4Q15427 MCM3AP-205ENST00000479557 364 ntTSL 25.77□□□□□ -1.498e-17■□□□□ 10.5
SF3B4Q15427 PAPOLA-223ENST00000557320 3264 ntTSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.085e-12■□□□□ 10.5
SF3B4Q15427 TP53INP2-204ENST00000451665 477 ntTSL 518.86■□□□□ 0.612e-7■□□□□ 10.5
SF3B4Q15427 TP53INP2-201ENST00000374809 4018 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.72□□□□□ -0.052e-7■□□□□ 10.5
SF3B4Q15427 RPH3AL-205ENST00000570893 594 ntTSL 314.68□□□□□ -0.062e-7■□□□□ 10.5
SF3B4Q15427 TP53INP2-203ENST00000414082 442 ntTSL 314.34□□□□□ -0.112e-7■□□□□ 10.5
SF3B4Q15427 RPH3AL-219ENST00000576001 647 ntTSL 314.14□□□□□ -0.152e-7■□□□□ 10.5
SF3B4Q15427 TP53INP2-202ENST00000374810 4184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.02□□□□□ -0.322e-7■□□□□ 10.5
SF3B4Q15427 RPH3AL-206ENST00000570954 568 ntTSL 411.15□□□□□ -0.622e-7■□□□□ 10.5
SF3B4Q15427 GPR35-204ENST00000430267 1399 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.55■□□□□ 0.724e-10■□□□□ 10.5
SF3B4Q15427 GPR35-201ENST00000319838 2249 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC19.09■□□□□ 0.654e-10■□□□□ 10.5
SF3B4Q15427 GPR35-202ENST00000403859 2032 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC18.35■□□□□ 0.534e-10■□□□□ 10.5
SF3B4Q15427 GPR35-203ENST00000407714 1258 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.484e-10■□□□□ 10.5
SF3B4Q15427 GPR35-205ENST00000438013 3821 ntAPPRIS P3 BASIC13.36□□□□□ -0.274e-10■□□□□ 10.5
SF3B4Q15427 MFGE8-214ENST00000560937 801 ntTSL 216.27■□□□□ 0.22e-8■□□□□ 10.5
SF3B4Q15427 ACSL3-207ENST00000474422 760 ntTSL 37.44□□□□□ -1.222e-8■□□□□ 10.5
SF3B4Q15427 ACSL3-203ENST00000407441 538 ntTSL 34.41□□□□□ -1.72e-8■□□□□ 10.5
SF3B4Q15427 ACSL3-208ENST00000495541 749 ntTSL 23.74□□□□□ -1.812e-8■□□□□ 10.5
SF3B4Q15427 SNORD11-201ENST00000459124 84 ntBASIC1.72□□□□□ -2.137e-17■□□□□ 10.5
SF3B4Q15427 SRPRA-203ENST00000528744 856 ntTSL 210.42□□□□□ -0.741e-6■□□□□ 10.5
SF3B4Q15427 ZNF160-214ENST00000601421 4688 ntTSL 1 (best) BASIC8.84□□□□□ -0.996e-7■□□□□ 10.5
SF3B4Q15427 ZNF160-215ENST00000601982 668 ntTSL 36.3□□□□□ -1.46e-7■□□□□ 10.5
SF3B4Q15427 PHYKPL-217ENST00000511716 562 ntTSL 38.44□□□□□ -1.064e-15■□□□□ 10.4
SF3B4Q15427 PHYKPL-205ENST00000476170 824 ntTSL 4 BASIC7.45□□□□□ -1.224e-15■□□□□ 10.4
SF3B4Q15427 BRD8-219ENST00000472478 745 ntTSL 39.26□□□□□ -0.932e-21■□□□□ 10.4
SF3B4Q15427 VPS41-209ENST00000457055 465 ntTSL 45.38□□□□□ -1.556e-8■□□□□ 10.4
SF3B4Q15427 VPS41-205ENST00000414632 548 ntTSL 44.33□□□□□ -1.726e-8■□□□□ 10.4
SF3B4Q15427 VPS41-206ENST00000418457 532 ntTSL 52.61□□□□□ -1.996e-8■□□□□ 10.4
SF3B4Q15427 EIF2B1-201ENST00000424014 2477 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.6■□□□□ 0.413e-11■□□□□ 10.4
SF3B4Q15427 EIF2B1-204ENST00000537073 1768 ntTSL 2 BASIC17.48■□□□□ 0.393e-11■□□□□ 10.4
SF3B4Q15427 EIF2B1-203ENST00000534960 618 ntTSL 512.82□□□□□ -0.363e-11■□□□□ 10.4
SF3B4Q15427 EIF2B1-205ENST00000539951 848 ntTSL 5 BASIC12.58□□□□□ -0.43e-11■□□□□ 10.4
SF3B4Q15427 AP3D1-205ENST00000586370 911 ntTSL 26.51□□□□□ -1.373e-6■□□□□ 10.4
SF3B4Q15427 FDXR-215ENST00000581969 568 ntTSL 418.17■□□□□ 0.59e-7■□□□□ 10.4
SF3B4Q15427 BRI3-206ENST00000491463 567 ntTSL 49.75□□□□□ -0.852e-7■□□□□ 10.4
SF3B4Q15427 PRMT1-209ENST00000527866 968 ntTSL 215.5■□□□□ 0.076e-8■□□□□ 10.4
SF3B4Q15427 CNOT3-209ENST00000617930 2047 ntTSL 215.94■□□□□ 0.142e-6■□□□□ 10.4
SF3B4Q15427 CNOT3-206ENST00000471126 541 ntTSL 313.75□□□□□ -0.212e-6■□□□□ 10.4
SF3B4Q15427 DCAF6-211ENST00000489398 1727 ntTSL 26.87□□□□□ -1.316e-8■□□□□ 10.4
SF3B4Q15427 TARDBP-228ENST00000629725 1031 ntTSL 5 BASIC18.49■□□□□ 0.552e-7■□□□□ 10.4
SF3B4Q15427 TARDBP-203ENST00000439080 1388 ntTSL 215.22■□□□□ 0.032e-7■□□□□ 10.4
SF3B4Q15427 TARDBP-225ENST00000621715 816 ntTSL 315.17■□□□□ 0.022e-7■□□□□ 10.4
SF3B4Q15427 TARDBP-204ENST00000472476 1001 ntTSL 513.04□□□□□ -0.322e-7■□□□□ 10.4
SF3B4Q15427 TARDBP-217ENST00000616545 920 ntTSL 5 BASIC10.5□□□□□ -0.732e-7■□□□□ 10.4
SF3B4Q15427 TARDBP-226ENST00000621790 1008 ntTSL 5 BASIC10.5□□□□□ -0.732e-7■□□□□ 10.4
SF3B4Q15427 TARDBP-229ENST00000638264 774 ntTSL 1 (best) BASIC10.5□□□□□ -0.732e-7■□□□□ 10.4
SF3B4Q15427 TARDBP-230ENST00000639083 2269 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC9.33□□□□□ -0.922e-7■□□□□ 10.4
SF3B4Q15427 TARDBP-218ENST00000617172 980 ntTSL 58.9□□□□□ -0.982e-7■□□□□ 10.4
SF3B4Q15427 TARDBP-227ENST00000622057 706 ntTSL 58.53□□□□□ -1.042e-7■□□□□ 10.4
SF3B4Q15427 COMT-210ENST00000467943 546 ntTSL 222■■□□□ 1.112e-6■□□□□ 10.4
SF3B4Q15427 COCH-208ENST00000555117 619 ntTSL 220.19■□□□□ 0.827e-7■□□□□ 10.4
SF3B4Q15427 SRSF5-214ENST00000556436 611 ntTSL 211.72□□□□□ -0.531e-23■□□□□ 10.4
SF3B4Q15427 TMEM107-205ENST00000449985 1210 ntTSL 1 (best) BASIC11.18□□□□□ -0.621e-323■□□□□ 10.4
SF3B4Q15427 SNORD118-201ENST00000363593 134 ntBASIC0.52□□□□□ -2.331e-323■□□□□ 10.4
SF3B4Q15427 SP5-201ENST00000375281 2033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.085e-10■□□□□ 10.4
SF3B4Q15427 SP5-202ENST00000487037 257 ntTSL 315.05■□□□□ -05e-10■□□□□ 10.4
SF3B4Q15427 RAB17-205ENST00000411462 663 ntTSL 213.67□□□□□ -0.227e-7■□□□□ 10.4
SF3B4Q15427 RAB17-208ENST00000430445 421 ntTSL 512.61□□□□□ -0.397e-7■□□□□ 10.4
SF3B4Q15427 DYNC1LI2-207ENST00000564559 563 ntTSL 48.81□□□□□ -12e-7■□□□□ 10.4
SF3B4Q15427 DYNC1LI2-205ENST00000563628 355 ntTSL 53.68□□□□□ -1.822e-7■□□□□ 10.4
SF3B4Q15427 ZNF655-221ENST00000489320 671 ntTSL 214.87□□□□□ -0.035e-13■□□□□ 10.4
SF3B4Q15427 TUBE1-208ENST00000604743 959 ntTSL 313.06□□□□□ -0.325e-13■□□□□ 10.4
SF3B4Q15427 TUBE1-211ENST00000605457 1645 ntTSL 512.82□□□□□ -0.365e-13■□□□□ 10.4
SF3B4Q15427 TUBE1-202ENST00000368662 2142 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.99□□□□□ -0.655e-13■□□□□ 10.4
SF3B4Q15427 CPED1-209ENST00000520801 553 ntTSL 410.48□□□□□ -0.735e-25■□□□□ 10.4
SF3B4Q15427 TUBE1-210ENST00000604967 582 ntTSL 59.54□□□□□ -0.885e-13■□□□□ 10.4
SF3B4Q15427 TUBE1-207ENST00000604689 3610 nt7.53□□□□□ -1.25e-13■□□□□ 10.4
SF3B4Q15427 TUBE1-209ENST00000604814 1784 ntTSL 54.78□□□□□ -1.645e-13■□□□□ 10.4
SF3B4Q15427 TUBE1-203ENST00000441191 625 ntTSL 53.95□□□□□ -1.785e-13■□□□□ 10.4
SF3B4Q15427 RLF-201ENST00000372771 6246 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.6□□□□□ -0.234e-6■□□□□ 10.4
SF3B4Q15427 AKT2-242ENST00000601166 554 ntTSL 59.15□□□□□ -0.941e-6■□□□□ 10.4
SF3B4Q15427 EFR3A-205ENST00000521940 804 ntTSL 34.6□□□□□ -1.672e-8■□□□□ 10.4
SF3B4Q15427 EFR3A-207ENST00000523074 831 ntTSL 33.29□□□□□ -1.882e-8■□□□□ 10.4
SF3B4Q15427 ATF2-221ENST00000538946 1325 ntTSL 5 BASIC3.75□□□□□ -1.814e-6■□□□□ 10.4
SF3B4Q15427 ATF2-220ENST00000478905 697 ntTSL 33.12□□□□□ -1.914e-6■□□□□ 10.4
SF3B4Q15427 PUM1-222ENST00000531867 549 ntTSL 45.06□□□□□ -1.61e-9■□□□□ 10.4
SF3B4Q15427 BRD8-212ENST00000450756 590 ntTSL 47.54□□□□□ -1.22e-6■□□□□ 10.4
SF3B4Q15427 BRD8-210ENST00000432618 956 ntTSL 45.58□□□□□ -1.522e-6■□□□□ 10.4
SF3B4Q15427 BRD8-208ENST00000428808 754 ntTSL 45.02□□□□□ -1.612e-6■□□□□ 10.4
SF3B4Q15427 BRD8-206ENST00000425764 546 ntTSL 44.29□□□□□ -1.722e-6■□□□□ 10.4
SF3B4Q15427 GDF15-204ENST00000597765 562 ntTSL 412.34□□□□□ -0.436e-9■□□□□ 10.4
SF3B4Q15427 GDF15-205ENST00000604609 506 ntTSL 38.7□□□□□ -1.026e-9■□□□□ 10.4
SF3B4Q15427 SYNCRIP-202ENST00000369622 3023 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.22e-7■□□□□ 10.4
SF3B4Q15427 MARK3-222ENST00000560731 432 ntTSL 36.73□□□□□ -1.332e-8■□□□□ 10.4
SF3B4Q15427 P4HB-208ENST00000473021 914 ntTSL 1 (best)14.21□□□□□ -0.136e-8■□□□□ 10.4
SF3B4Q15427 HSPG2-208ENST00000471322 1602 ntTSL 515.22■□□□□ 0.036e-8■□□□□ 10.4
SF3B4Q15427 PATL1-201ENST00000300146 4072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC5.07□□□□□ -1.62e-6■□□□□ 10.4
SF3B4Q15427 RSRC2-214ENST00000527796 3156 ntTSL 59.51□□□□□ -0.893e-8■□□□□ 10.4
SF3B4Q15427 MBOAT7-202ENST00000338624 2076 ntTSL 2 BASIC24.04■■□□□ 1.449e-7■□□□□ 10.4
SF3B4Q15427 MBOAT7-201ENST00000245615 2529 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.269e-7■□□□□ 10.4
SF3B4Q15427 MBOAT7-205ENST00000431666 2471 ntTSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.249e-7■□□□□ 10.4
SF3B4Q15427 MBOAT7-206ENST00000437868 2033 ntTSL 1 (best)20.03■□□□□ 0.89e-7■□□□□ 10.4
SF3B4Q15427 MBOAT7-207ENST00000449249 707 ntTSL 518.51■□□□□ 0.559e-7■□□□□ 10.4
SF3B4Q15427 PPP1CC-202ENST00000340766 1472 ntTSL 2 BASIC25.6■■□□□ 1.693e-6■□□□□ 10.4
SF3B4Q15427 PPP1CC-208ENST00000551676 1581 ntTSL 2 BASIC22.55■■□□□ 1.23e-6■□□□□ 10.4
Retrieved 100 of 47,349 protein–RNA pairs in 661.7 ms