Protein–RNA interactions for Protein: Q93096

PTP4A1, Protein tyrosine phosphatase type IVA 1, humanhuman

Predictions only

Length 173 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PTP4A1Q93096 PQLC1-211ENST00000590381 1247 ntTSL 2 BASIC24.4■■□□□ 1.5
PTP4A1Q93096 RRAGC-201ENST00000373001 2732 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
PTP4A1Q93096 CHCHD4-201ENST00000295767 1603 ntTSL 2 BASIC24.39■■□□□ 1.5
PTP4A1Q93096 PQLC1-202ENST00000357575 2475 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.39■■□□□ 1.5
PTP4A1Q93096 FAM58A-202ENST00000440428 1164 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC24.39■■□□□ 1.49
PTP4A1Q93096 CTDNEP1-201ENST00000318988 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.49
PTP4A1Q93096 TNK2-201ENST00000333602 5270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.49
PTP4A1Q93096 H2AFV-202ENST00000308153 752 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
PTP4A1Q93096 ABHD12-201ENST00000339157 2117 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.37■■□□□ 1.49
PTP4A1Q93096 AP001107.7-201ENST00000533287 272 ntTSL 2 BASIC24.37■■□□□ 1.49
PTP4A1Q93096 CCZ1B-215ENST00000626257 2211 ntTSL 2 BASIC24.37■■□□□ 1.49
PTP4A1Q93096 SAP30-201ENST00000296504 1108 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
PTP4A1Q93096 ACOT7-201ENST00000361521 2429 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
PTP4A1Q93096 ST6GALNAC6-203ENST00000373142 2448 ntTSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
PTP4A1Q93096 RNF130-205ENST00000521389 2263 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
PTP4A1Q93096 CUEDC1-201ENST00000360238 2193 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.35■■□□□ 1.49
PTP4A1Q93096 ABCB10P3-201ENST00000561950 2166 ntBASIC24.35■■□□□ 1.49
PTP4A1Q93096 MAPK13-201ENST00000211287 2052 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
PTP4A1Q93096 UCK1-201ENST00000372208 2063 ntTSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
PTP4A1Q93096 RNF130-201ENST00000261947 1766 ntTSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
PTP4A1Q93096 SMARCD3-201ENST00000262188 1993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
PTP4A1Q93096 DBP-205ENST00000601104 1489 ntTSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
PTP4A1Q93096 FGFRL1-205ENST00000510644 2304 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
PTP4A1Q93096 RTN2-201ENST00000245923 2293 ntTSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
PTP4A1Q93096 RCC1L-202ENST00000614461 2419 ntTSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.48
PTP4A1Q93096 NGB-201ENST00000298352 1884 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
PTP4A1Q93096 AC243773.2-204ENST00000621428 1462 ntTSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
PTP4A1Q93096 COL13A1-210ENST00000517713 2007 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.31■■□□□ 1.48
PTP4A1Q93096 GXYLT1-201ENST00000280876 1937 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
PTP4A1Q93096 CGREF1-203ENST00000402394 1906 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC24.29■■□□□ 1.48
PTP4A1Q93096 DCBLD1-201ENST00000296955 1979 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
PTP4A1Q93096 EBPL-203ENST00000378270 579 ntTSL 2 BASIC24.28■■□□□ 1.48
PTP4A1Q93096 AL031258.1-201ENST00000623562 325 ntBASIC24.27■■□□□ 1.48
PTP4A1Q93096 TMEM158-201ENST00000503771 1813 ntAPPRIS P1 BASIC24.26■■□□□ 1.47
PTP4A1Q93096 MBOAT7-203ENST00000391754 1797 ntTSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
PTP4A1Q93096 MLST8-203ENST00000397124 1691 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC24.24■■□□□ 1.47
PTP4A1Q93096 MBD2-202ENST00000398398 1237 ntTSL 2 BASIC24.24■■□□□ 1.47
PTP4A1Q93096 MBD2-205ENST00000583046 1182 ntTSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
PTP4A1Q93096 ARTN-211ENST00000498139 1303 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
PTP4A1Q93096 TPI1-201ENST00000229270 1763 ntTSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
PTP4A1Q93096 BIN1-204ENST00000348750 2074 ntTSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
PTP4A1Q93096 TESK1-206ENST00000620767 2438 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.22■■□□□ 1.47
PTP4A1Q93096 GIPC1-203ENST00000393033 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
PTP4A1Q93096 CACNG6-201ENST00000252729 1853 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
PTP4A1Q93096 RSG1-201ENST00000375599 1545 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
PTP4A1Q93096 SH3GL3-202ENST00000427482 1806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
PTP4A1Q93096 PHOX2A-201ENST00000298231 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
PTP4A1Q93096 AL355297.4-201ENST00000603191 1249 ntTSL 3 BASIC24.19■■□□□ 1.46
PTP4A1Q93096 AC139426.1-201ENST00000568218 2529 ntBASIC24.19■■□□□ 1.46
PTP4A1Q93096 KCTD17-202ENST00000403888 1763 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
PTP4A1Q93096 CUL4A-202ENST00000375440 2364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
PTP4A1Q93096 EXOC3L4-201ENST00000380069 2293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
PTP4A1Q93096 PI4KAP1-202ENST00000611748 1906 ntTSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
PTP4A1Q93096 ZNF513-201ENST00000323703 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
PTP4A1Q93096 EFNA1-202ENST00000368407 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
PTP4A1Q93096 MAP6D1-202ENST00000431348 890 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.17■■□□□ 1.46
PTP4A1Q93096 AMN-201ENST00000299155 1907 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
PTP4A1Q93096 CCND3-203ENST00000372991 2085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
PTP4A1Q93096 HMX1-201ENST00000400677 1895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
PTP4A1Q93096 SHF-206ENST00000560471 2499 ntTSL 5 BASIC24.16■■□□□ 1.46
PTP4A1Q93096 HOXB3-210ENST00000489475 1845 ntTSL 2 BASIC24.15■■□□□ 1.46
PTP4A1Q93096 SIRT3-201ENST00000382743 2543 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
PTP4A1Q93096 TPRA1-202ENST00000355552 1933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.46
PTP4A1Q93096 TSPAN33-201ENST00000486685 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.45
PTP4A1Q93096 LDB1-202ENST00000425280 2089 ntTSL 5 BASIC24.14■■□□□ 1.45
PTP4A1Q93096 GALK1-205ENST00000588479 1866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
PTP4A1Q93096 ST7-AS1-201ENST00000456775 1889 ntBASIC24.13■■□□□ 1.45
PTP4A1Q93096 SLC22A23-201ENST00000380298 1574 ntTSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
PTP4A1Q93096 HRH3-201ENST00000317393 1419 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
PTP4A1Q93096 CHPT1-205ENST00000549872 2001 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.12■■□□□ 1.45
PTP4A1Q93096 CNIH2-203ENST00000528852 1524 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
PTP4A1Q93096 CGREF1-202ENST00000312734 1610 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC24.12■■□□□ 1.45
PTP4A1Q93096 ARL8A-201ENST00000272217 1793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
PTP4A1Q93096 ANKS1B-202ENST00000333732 1675 ntTSL 2 BASIC24.1■■□□□ 1.45
PTP4A1Q93096 VWA1-201ENST00000338660 2147 ntTSL 2 BASIC24.1■■□□□ 1.45
PTP4A1Q93096 ANAPC11-203ENST00000392376 687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
PTP4A1Q93096 EMC10-202ENST00000376918 2014 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
PTP4A1Q93096 MSX1-201ENST00000382723 1939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
PTP4A1Q93096 TPRA1-209ENST00000489960 1903 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.08■■□□□ 1.44
PTP4A1Q93096 CATIP-201ENST00000289388 1323 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
PTP4A1Q93096 HNRNPAB-206ENST00000506339 1747 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.07■■□□□ 1.44
PTP4A1Q93096 WDSUB1-205ENST00000409990 1920 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.06■■□□□ 1.44
PTP4A1Q93096 SSBP4-202ENST00000348495 1721 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC24.05■■□□□ 1.44
PTP4A1Q93096 ACTR3B-202ENST00000377776 1566 ntTSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
PTP4A1Q93096 SSBP4-206ENST00000599699 793 ntTSL 2 BASIC24.05■■□□□ 1.44
PTP4A1Q93096 CCDC88C-205ENST00000553403 1651 ntTSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
PTP4A1Q93096 LRRC61-202ENST00000359623 1877 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.04■■□□□ 1.44
PTP4A1Q93096 PGM5-201ENST00000396392 1782 ntTSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
PTP4A1Q93096 PQLC1-203ENST00000397778 2555 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
PTP4A1Q93096 GAL3ST1-205ENST00000406361 1819 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.03■■□□□ 1.44
PTP4A1Q93096 AGFG1-205ENST00000409979 2089 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.03■■□□□ 1.44
PTP4A1Q93096 RTN4R-201ENST00000043402 2157 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
PTP4A1Q93096 HMGB1-205ENST00000399494 1282 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.02■■□□□ 1.44
PTP4A1Q93096 EXOC3-209ENST00000512944 2825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
PTP4A1Q93096 SECTM1-201ENST00000269389 2235 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
PTP4A1Q93096 CERS2-205ENST00000368954 2505 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
PTP4A1Q93096 TM6SF1-202ENST00000322019 2074 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
PTP4A1Q93096 FZD2-201ENST00000315323 2112 ntAPPRIS P1 BASIC23.99■■□□□ 1.43
PTP4A1Q93096 NEUROG2-201ENST00000313341 2287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
PTP4A1Q93096 ABHD17A-201ENST00000250974 1630 ntTSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 35.4 ms