Protein–RNA interactions for Protein: Q70EL1

USP54, Inactive ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 54, humanhuman

Predictions only

Length 1,684 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP54Q70EL1 NMB-202ENST00000394588 1017 ntTSL 1 (best) BASIC37.18■■■■□ 3.54
USP54Q70EL1 DPP6-204ENST00000406326 2012 ntTSL 1 (best) BASIC37.17■■■■□ 3.54
USP54Q70EL1 NXNL1-201ENST00000301944 946 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.17■■■■□ 3.54
USP54Q70EL1 VEGFA-231ENST00000640499 1188 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC37.17■■■■□ 3.54
USP54Q70EL1 HSPB11-201ENST00000194214 915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.15■■■■□ 3.54
USP54Q70EL1 CHMP4B-201ENST00000217402 1646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.12■■■■□ 3.53
USP54Q70EL1 LANCL3-203ENST00000614025 1469 ntTSL 2 BASIC37.12■■■■□ 3.53
USP54Q70EL1 ATRAID-201ENST00000380171 1240 ntTSL 1 (best) BASIC37.11■■■■□ 3.53
USP54Q70EL1 HDAC3-201ENST00000305264 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.1■■■■□ 3.53
USP54Q70EL1 NKIRAS2-202ENST00000316082 833 ntTSL 5 BASIC37.1■■■■□ 3.53
USP54Q70EL1 RPS2-209ENST00000529806 993 ntTSL 3 BASIC37.09■■■■□ 3.53
USP54Q70EL1 SMARCD3-201ENST00000262188 1993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.09■■■■□ 3.53
USP54Q70EL1 UBALD1-202ENST00000587615 799 ntTSL 2 BASIC37.06■■■■□ 3.52
USP54Q70EL1 SMIM12-205ENST00000456842 918 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC37.05■■■■□ 3.52
USP54Q70EL1 KCNK1-202ENST00000366621 2161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.05■■■■□ 3.52
USP54Q70EL1 ZNF706-207ENST00000519882 959 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC37.04■■■■□ 3.52
USP54Q70EL1 ZNF706-213ENST00000521272 732 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC37.04■■■■□ 3.52
USP54Q70EL1 CPNE1-203ENST00000397442 1695 ntTSL 5 BASIC37.02■■■■□ 3.52
USP54Q70EL1 SRSF9-201ENST00000229390 1201 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.01■■■■□ 3.52
USP54Q70EL1 CDKN2A-201ENST00000304494 1218 ntTSL 1 (best) BASIC37.01■■■■□ 3.52
USP54Q70EL1 FEZF2-201ENST00000283268 2074 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.99■■■■□ 3.51
USP54Q70EL1 MIR7108-201ENST00000614319 87 ntBASIC36.99■■■■□ 3.51
USP54Q70EL1 GSTP1-202ENST00000398606 965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.98■■■■□ 3.51
USP54Q70EL1 ARHGDIG-201ENST00000219409 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.97■■■■□ 3.51
USP54Q70EL1 PPP1R14B-201ENST00000309318 982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.97■■■■□ 3.51
USP54Q70EL1 ABHD17AP4-201ENST00000411545 909 ntBASIC36.97■■■■□ 3.51
USP54Q70EL1 TRAM2-AS1-201ENST00000453216 664 ntTSL 3 BASIC36.97■■■■□ 3.51
USP54Q70EL1 AC004540.2-201ENST00000451368 611 ntTSL 2 BASIC36.94■■■■□ 3.5
USP54Q70EL1 BMP7-202ENST00000395864 1746 ntTSL 5 BASIC36.94■■■■□ 3.5
USP54Q70EL1 GTF3C4-202ENST00000483873 1417 ntTSL 3 BASIC36.93■■■■□ 3.5
USP54Q70EL1 HDAC11-206ENST00000405025 576 ntTSL 4 BASIC36.92■■■■□ 3.5
USP54Q70EL1 TERF2-207ENST00000567296 1129 ntTSL 1 (best) BASIC36.92■■■■□ 3.5
USP54Q70EL1 RNF130-201ENST00000261947 1766 ntTSL 1 (best) BASIC36.91■■■■□ 3.5
USP54Q70EL1 NME2-202ENST00000393190 866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.91■■■■□ 3.5
USP54Q70EL1 MAD2L2-205ENST00000376669 864 ntTSL 3 BASIC36.9■■■■□ 3.5
USP54Q70EL1 DUSP14-206ENST00000617516 1537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.89■■■■□ 3.5
USP54Q70EL1 GNPTAB-206ENST00000549940 1678 ntTSL 1 (best) BASIC36.89■■■■□ 3.5
USP54Q70EL1 PABPC1L2B-AS1-201ENST00000416989 1167 ntTSL 3 BASIC36.87■■■■□ 3.49
USP54Q70EL1 AL662864.1-201ENST00000454388 1167 ntTSL 3 BASIC36.87■■■■□ 3.49
USP54Q70EL1 NAA50-207ENST00000493900 962 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC36.87■■■■□ 3.49
USP54Q70EL1 BOD1-201ENST00000285908 1286 ntTSL 1 (best) BASIC36.86■■■■□ 3.49
USP54Q70EL1 BOD1-206ENST00000480951 814 ntTSL 2 BASIC36.86■■■■□ 3.49
USP54Q70EL1 ACTR3B-202ENST00000377776 1566 ntTSL 1 (best) BASIC36.86■■■■□ 3.49
USP54Q70EL1 NADK2-202ENST00000381937 2243 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC36.85■■■■□ 3.49
USP54Q70EL1 CTDNEP1-201ENST00000318988 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.84■■■■□ 3.49
USP54Q70EL1 CGREF1-202ENST00000312734 1610 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC36.83■■■■□ 3.49
USP54Q70EL1 VPS37D-201ENST00000324941 1624 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.83■■■■□ 3.49
USP54Q70EL1 CRIP1-201ENST00000330233 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.83■■■■□ 3.49
USP54Q70EL1 LSM14B-204ENST00000370915 1079 ntTSL 1 (best) BASIC36.82■■■■□ 3.48
USP54Q70EL1 PSMG4-202ENST00000380305 489 ntTSL 5 BASIC36.81■■■■□ 3.48
USP54Q70EL1 BRF1-221ENST00000619151 1530 ntTSL 5 BASIC36.81■■■■□ 3.48
USP54Q70EL1 RNF150-204ENST00000507500 1530 ntTSL 1 (best) BASIC36.78■■■■□ 3.48
USP54Q70EL1 TCEA2-202ENST00000343484 1235 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.78■■■■□ 3.48
USP54Q70EL1 AC096888.1-201ENST00000487097 565 ntTSL 4 BASIC36.78■■■■□ 3.48
USP54Q70EL1 PRKAR1B-201ENST00000360274 2007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.78■■■■□ 3.48
USP54Q70EL1 HGH1-207ENST00000628266 258 ntTSL 5 BASIC36.77■■■■□ 3.48
USP54Q70EL1 SSBP4-202ENST00000348495 1721 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC36.76■■■■□ 3.48
USP54Q70EL1 TMEM80-202ENST00000397512 1572 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC36.76■■■■□ 3.47
USP54Q70EL1 MTMR1-214ENST00000542156 1227 ntTSL 1 (best) BASIC36.75■■■■□ 3.47
USP54Q70EL1 ABHD17A-201ENST00000250974 1630 ntTSL 1 (best) BASIC36.74■■■■□ 3.47
USP54Q70EL1 HSD11B1L-209ENST00000577917 1553 ntTSL 1 (best) BASIC36.73■■■■□ 3.47
USP54Q70EL1 MXD3-203ENST00000439742 1483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.73■■■■□ 3.47
USP54Q70EL1 VEGFA-207ENST00000413642 1197 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC36.73■■■■□ 3.47
USP54Q70EL1 MNX1-207ENST00000543409 1620 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC36.72■■■■□ 3.47
USP54Q70EL1 SCARA3-202ENST00000337221 1910 ntTSL 1 (best) BASIC36.72■■■■□ 3.47
USP54Q70EL1 HLA-V-202ENST00000446817 847 ntBASIC36.71■■■■□ 3.47
USP54Q70EL1 TXNL4A-210ENST00000591711 669 ntTSL 2 BASIC36.71■■■■□ 3.47
USP54Q70EL1 RNF215-203ENST00000382363 1992 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC36.7■■■■□ 3.47
USP54Q70EL1 SLC35D2-202ENST00000375257 889 ntTSL 2 BASIC36.7■■■■□ 3.47
USP54Q70EL1 MFAP2-202ENST00000375535 1260 ntTSL 1 (best) BASIC36.7■■■■□ 3.47
USP54Q70EL1 CCZ1-201ENST00000325974 1802 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.69■■■■□ 3.46
USP54Q70EL1 PDCD2-209ENST00000542896 1082 ntTSL 2 BASIC36.69■■■■□ 3.46
USP54Q70EL1 DEXI-201ENST00000331808 1561 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.68■■■■□ 3.46
USP54Q70EL1 RCE1-201ENST00000309657 1485 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.68■■■■□ 3.46
USP54Q70EL1 AP000547.3-202ENST00000592107 1019 ntTSL 1 (best) BASIC36.68■■■■□ 3.46
USP54Q70EL1 ADRA2C-202ENST00000509482 1600 ntTSL 3 BASIC36.67■■■■□ 3.46
USP54Q70EL1 AL139393.1-201ENST00000417479 573 ntTSL 5 BASIC36.67■■■■□ 3.46
USP54Q70EL1 STUB1-201ENST00000219548 1472 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.65■■■■□ 3.46
USP54Q70EL1 SERINC2-201ENST00000373709 1997 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.64■■■■□ 3.46
USP54Q70EL1 ACOT12-204ENST00000513751 612 ntTSL 1 (best) BASIC36.64■■■■□ 3.46
USP54Q70EL1 PVT1-219ENST00000523427 938 ntTSL 3 BASIC36.64■■■■□ 3.46
USP54Q70EL1 SDCCAG3-204ENST00000371725 2129 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC36.63■■■■□ 3.45
USP54Q70EL1 SLC2A4RG-201ENST00000266077 1731 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.63■■■■□ 3.45
USP54Q70EL1 FAM78B-202ENST00000354422 1475 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC36.63■■■■□ 3.45
USP54Q70EL1 UBE2L6-201ENST00000287156 1354 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.63■■■■□ 3.45
USP54Q70EL1 SDCCAG3-202ENST00000357365 2304 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC36.62■■■■□ 3.45
USP54Q70EL1 POLR1D-201ENST00000302979 1166 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC36.61■■■■□ 3.45
USP54Q70EL1 CGREF1-204ENST00000402550 1575 ntTSL 2 BASIC36.6■■■■□ 3.45
USP54Q70EL1 ZNRF2P2-203ENST00000454624 420 ntBASIC36.6■■■■□ 3.45
USP54Q70EL1 AC013394.1-201ENST00000629685 808 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC36.58■■■■□ 3.45
USP54Q70EL1 FOXD1-202ENST00000615637 2272 ntAPPRIS P1 BASIC36.57■■■■□ 3.45
USP54Q70EL1 HS3ST6-201ENST00000454677 1273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.57■■■■□ 3.44
USP54Q70EL1 KCNQ5-204ENST00000370392 1469 ntTSL 1 (best) BASIC36.56■■■■□ 3.44
USP54Q70EL1 REPIN1-204ENST00000466559 1022 ntTSL 1 (best) BASIC36.55■■■■□ 3.44
USP54Q70EL1 VAX2-201ENST00000234392 1147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.54■■■■□ 3.44
USP54Q70EL1 U2AF2-206ENST00000590551 1104 ntTSL 3 BASIC36.54■■■■□ 3.44
USP54Q70EL1 DNLZ-201ENST00000371738 724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.54■■■■□ 3.44
USP54Q70EL1 CCDC149-203ENST00000502801 1079 ntTSL 1 (best) BASIC36.53■■■■□ 3.44
USP54Q70EL1 MBP-237ENST00000579129 1052 ntTSL 5 BASIC36.53■■■■□ 3.44
USP54Q70EL1 SLC9A3R2-202ENST00000432365 1564 ntTSL 1 (best) BASIC36.52■■■■□ 3.44
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 12 ms