Protein–RNA interactions for Protein: Q2NKJ3

CTC1, CST complex subunit CTC1, humanhuman

Predictions only

Length 1,217 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CTC1Q2NKJ3 ST7-208ENST00000393451 2110 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.32■■■□□ 2.28
CTC1Q2NKJ3 MTMR1-214ENST00000542156 1227 ntTSL 1 (best) BASIC29.32■■■□□ 2.28
CTC1Q2NKJ3 POU3F1-201ENST00000373012 2184 ntAPPRIS P1 BASIC29.31■■■□□ 2.28
CTC1Q2NKJ3 DENR-202ENST00000455982 1052 ntTSL 5 BASIC29.31■■■□□ 2.28
CTC1Q2NKJ3 MISP3-201ENST00000269720 1424 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.3■■■□□ 2.28
CTC1Q2NKJ3 CDKN2A-201ENST00000304494 1218 ntTSL 1 (best) BASIC29.3■■■□□ 2.28
CTC1Q2NKJ3 NME2-202ENST00000393190 866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.27■■■□□ 2.28
CTC1Q2NKJ3 HS3ST6-201ENST00000454677 1273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.27■■■□□ 2.28
CTC1Q2NKJ3 SDCCAG3-204ENST00000371725 2129 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.27■■■□□ 2.28
CTC1Q2NKJ3 INPP5A-202ENST00000368593 1432 ntTSL 1 (best) BASIC29.26■■■□□ 2.27
CTC1Q2NKJ3 CHCHD4-201ENST00000295767 1603 ntTSL 2 BASIC29.25■■■□□ 2.27
CTC1Q2NKJ3 AC096888.1-201ENST00000487097 565 ntTSL 4 BASIC29.25■■■□□ 2.27
CTC1Q2NKJ3 HGH1-207ENST00000628266 258 ntTSL 5 BASIC29.24■■■□□ 2.27
CTC1Q2NKJ3 CMAS-201ENST00000229329 1787 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.24■■■□□ 2.27
CTC1Q2NKJ3 SERINC2-201ENST00000373709 1997 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.23■■■□□ 2.27
CTC1Q2NKJ3 MAPK3-202ENST00000322266 1743 ntTSL 5 BASIC29.23■■■□□ 2.27
CTC1Q2NKJ3 SLC22A23-201ENST00000380298 1574 ntTSL 1 (best) BASIC29.22■■■□□ 2.27
CTC1Q2NKJ3 GNB5-202ENST00000358784 1735 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC29.22■■■□□ 2.27
CTC1Q2NKJ3 UBP1-201ENST00000283628 2074 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC29.21■■■□□ 2.27
CTC1Q2NKJ3 GIPC1-201ENST00000345425 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.21■■■□□ 2.27
CTC1Q2NKJ3 ACOT12-204ENST00000513751 612 ntTSL 1 (best) BASIC29.2■■■□□ 2.26
CTC1Q2NKJ3 LSM14B-204ENST00000370915 1079 ntTSL 1 (best) BASIC29.19■■■□□ 2.26
CTC1Q2NKJ3 NAA50-207ENST00000493900 962 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC29.19■■■□□ 2.26
CTC1Q2NKJ3 AC187653.1-201ENST00000506382 702 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.18■■■□□ 2.26
CTC1Q2NKJ3 AC013394.1-201ENST00000629685 808 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.18■■■□□ 2.26
CTC1Q2NKJ3 VEGFA-207ENST00000413642 1197 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.17■■■□□ 2.26
CTC1Q2NKJ3 TUBB6-201ENST00000317702 2064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.16■■■□□ 2.26
CTC1Q2NKJ3 NFKBIA-209ENST00000557389 1537 ntTSL 2 BASIC29.16■■■□□ 2.26
CTC1Q2NKJ3 RPS2-201ENST00000343262 985 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.14■■■□□ 2.26
CTC1Q2NKJ3 NREP-216ENST00000508870 540 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC29.14■■■□□ 2.26
CTC1Q2NKJ3 RPS2-202ENST00000526522 924 ntTSL 2 BASIC29.14■■■□□ 2.26
CTC1Q2NKJ3 LANCL3-203ENST00000614025 1469 ntTSL 2 BASIC29.14■■■□□ 2.26
CTC1Q2NKJ3 SLC35D2-202ENST00000375257 889 ntTSL 2 BASIC29.13■■■□□ 2.25
CTC1Q2NKJ3 MIR4449-201ENST00000578365 66 ntBASIC29.13■■■□□ 2.25
CTC1Q2NKJ3 TSEN34-203ENST00000396388 1349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.13■■■□□ 2.25
CTC1Q2NKJ3 CYP26C1-201ENST00000285949 1569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.13■■■□□ 2.25
CTC1Q2NKJ3 TCEA2-202ENST00000343484 1235 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.11■■■□□ 2.25
CTC1Q2NKJ3 REPIN1-204ENST00000466559 1022 ntTSL 1 (best) BASIC29.11■■■□□ 2.25
CTC1Q2NKJ3 AKR1E2-201ENST00000298375 1566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.1■■■□□ 2.25
CTC1Q2NKJ3 VEGFA-231ENST00000640499 1188 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.1■■■□□ 2.25
CTC1Q2NKJ3 CSNK1E-205ENST00000405675 2127 ntTSL 5 BASIC29.09■■■□□ 2.25
CTC1Q2NKJ3 HDAC11-206ENST00000405025 576 ntTSL 4 BASIC29.08■■■□□ 2.25
CTC1Q2NKJ3 AL451007.3-201ENST00000640271 588 ntAPPRIS P1 BASIC29.08■■■□□ 2.25
CTC1Q2NKJ3 MAPK4-202ENST00000540640 1576 ntTSL 2 BASIC29.06■■■□□ 2.24
CTC1Q2NKJ3 VAX2-201ENST00000234392 1147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.06■■■□□ 2.24
CTC1Q2NKJ3 SSU72-201ENST00000291386 1290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.06■■■□□ 2.24
CTC1Q2NKJ3 LAPTM4B-203ENST00000521545 915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.05■■■□□ 2.24
CTC1Q2NKJ3 PPP1R14B-201ENST00000309318 982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.04■■■□□ 2.24
CTC1Q2NKJ3 DUX4L29-201ENST00000425409 679 ntBASIC29.03■■■□□ 2.24
CTC1Q2NKJ3 WASH5P-204ENST00000632292 975 ntBASIC29.03■■■□□ 2.24
CTC1Q2NKJ3 MIR639-201ENST00000384974 98 ntBASIC29.02■■■□□ 2.24
CTC1Q2NKJ3 ARTN-202ENST00000372359 1921 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.02■■■□□ 2.24
CTC1Q2NKJ3 CCM2-218ENST00000541586 1719 ntTSL 3 BASIC29.01■■■□□ 2.23
CTC1Q2NKJ3 GSC-201ENST00000238558 1264 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.99■■■□□ 2.23
CTC1Q2NKJ3 FEZF2-202ENST00000475839 1918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.98■■■□□ 2.23
CTC1Q2NKJ3 MACF1-219ENST00000484793 834 ntTSL 2 BASIC28.98■■■□□ 2.23
CTC1Q2NKJ3 RPS2-209ENST00000529806 993 ntTSL 3 BASIC28.98■■■□□ 2.23
CTC1Q2NKJ3 B4GALT7-201ENST00000029410 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.97■■■□□ 2.23
CTC1Q2NKJ3 TFEB-204ENST00000373033 2331 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.97■■■□□ 2.23
CTC1Q2NKJ3 SEPT3-203ENST00000396426 2586 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC28.96■■■□□ 2.23
CTC1Q2NKJ3 ST7-205ENST00000393446 2114 ntTSL 5 BASIC28.96■■■□□ 2.23
CTC1Q2NKJ3 CBX4-201ENST00000269397 2664 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.96■■■□□ 2.23
CTC1Q2NKJ3 TPRG1L-202ENST00000378344 2414 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.95■■■□□ 2.22
CTC1Q2NKJ3 PSMG4-202ENST00000380305 489 ntTSL 5 BASIC28.94■■■□□ 2.22
CTC1Q2NKJ3 GSTP1-202ENST00000398606 965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.94■■■□□ 2.22
CTC1Q2NKJ3 NMB-202ENST00000394588 1017 ntTSL 1 (best) BASIC28.93■■■□□ 2.22
CTC1Q2NKJ3 GRASP-206ENST00000552049 1688 ntTSL 1 (best) BASIC28.91■■■□□ 2.22
CTC1Q2NKJ3 MPST-201ENST00000341116 1504 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.9■■■□□ 2.22
CTC1Q2NKJ3 MAD2L2-205ENST00000376669 864 ntTSL 3 BASIC28.9■■■□□ 2.22
CTC1Q2NKJ3 AC021231.2-201ENST00000594613 730 ntBASIC28.9■■■□□ 2.22
CTC1Q2NKJ3 AC116407.1-201ENST00000398832 1599 ntTSL 2 BASIC28.89■■■□□ 2.22
CTC1Q2NKJ3 MFAP2-202ENST00000375535 1260 ntTSL 1 (best) BASIC28.89■■■□□ 2.22
CTC1Q2NKJ3 AL118558.1-203ENST00000553701 447 ntTSL 3 BASIC28.89■■■□□ 2.22
CTC1Q2NKJ3 DBP-205ENST00000601104 1489 ntTSL 1 (best) BASIC28.89■■■□□ 2.22
CTC1Q2NKJ3 RP9-201ENST00000297157 1121 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.88■■■□□ 2.21
CTC1Q2NKJ3 ST7-202ENST00000323984 2142 ntTSL 5 BASIC28.87■■■□□ 2.21
CTC1Q2NKJ3 ST7-207ENST00000393449 2127 ntTSL 5 BASIC28.87■■■□□ 2.21
CTC1Q2NKJ3 RP9P-201ENST00000381639 1303 ntTSL 1 (best) BASIC28.87■■■□□ 2.21
CTC1Q2NKJ3 CTDNEP1-208ENST00000573600 1724 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.86■■■□□ 2.21
CTC1Q2NKJ3 CCDC149-203ENST00000502801 1079 ntTSL 1 (best) BASIC28.86■■■□□ 2.21
CTC1Q2NKJ3 DDN-AS1-203ENST00000552284 934 ntTSL 3 BASIC28.86■■■□□ 2.21
CTC1Q2NKJ3 SLC15A4-201ENST00000266771 2779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.86■■■□□ 2.21
CTC1Q2NKJ3 KCTD17-201ENST00000402077 1691 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.86■■■□□ 2.21
CTC1Q2NKJ3 SDCCAG3-202ENST00000357365 2304 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC28.85■■■□□ 2.21
CTC1Q2NKJ3 TERF2-207ENST00000567296 1129 ntTSL 1 (best) BASIC28.85■■■□□ 2.21
CTC1Q2NKJ3 AGAP1-204ENST00000409457 2165 ntTSL 1 (best) BASIC28.85■■■□□ 2.21
CTC1Q2NKJ3 STK25-202ENST00000401869 2251 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.84■■■□□ 2.21
CTC1Q2NKJ3 CENPV-201ENST00000299736 1165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.83■■■□□ 2.21
CTC1Q2NKJ3 NADK2-202ENST00000381937 2243 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.83■■■□□ 2.21
CTC1Q2NKJ3 GTF3C4-202ENST00000483873 1417 ntTSL 3 BASIC28.82■■■□□ 2.2
CTC1Q2NKJ3 HSD11B1L-209ENST00000577917 1553 ntTSL 1 (best) BASIC28.82■■■□□ 2.2
CTC1Q2NKJ3 SAMD1-202ENST00000533683 2164 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC28.82■■■□□ 2.2
CTC1Q2NKJ3 MIR3648-2-201ENST00000581792 180 ntBASIC28.81■■■□□ 2.2
CTC1Q2NKJ3 MIR3648-1-201ENST00000615959 180 ntBASIC28.81■■■□□ 2.2
CTC1Q2NKJ3 HSD17B1P1-201ENST00000590052 955 ntBASIC28.8■■■□□ 2.2
CTC1Q2NKJ3 CALM3-209ENST00000597743 577 ntTSL 4 BASIC28.8■■■□□ 2.2
CTC1Q2NKJ3 SFRP5-201ENST00000266066 1836 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.79■■■□□ 2.2
CTC1Q2NKJ3 HINT2-201ENST00000259667 628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.79■■■□□ 2.2
CTC1Q2NKJ3 ATRAID-201ENST00000380171 1240 ntTSL 1 (best) BASIC28.79■■■□□ 2.2
CTC1Q2NKJ3 AC016575.1-201ENST00000607026 382 ntBASIC28.78■■■□□ 2.2
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 67 ms