Protein–RNA interactions for Protein: Q01955

COL4A3, Collagen alpha-3(IV) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,670 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL4A3Q01955 AC004540.2-201ENST00000451368 611 ntTSL 2 BASIC28.29■■■□□ 2.12
COL4A3Q01955 UBALD1-202ENST00000587615 799 ntTSL 2 BASIC28.29■■■□□ 2.12
COL4A3Q01955 CAPNS1-211ENST00000590874 926 ntTSL 5 BASIC28.29■■■□□ 2.12
COL4A3Q01955 PABPC1L2B-AS1-201ENST00000416989 1167 ntTSL 3 BASIC28.28■■■□□ 2.12
COL4A3Q01955 AL662864.1-201ENST00000454388 1167 ntTSL 3 BASIC28.28■■■□□ 2.12
COL4A3Q01955 DENR-202ENST00000455982 1052 ntTSL 5 BASIC28.28■■■□□ 2.12
COL4A3Q01955 KCTD17-201ENST00000402077 1691 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.26■■■□□ 2.12
COL4A3Q01955 GRASP-206ENST00000552049 1688 ntTSL 1 (best) BASIC28.26■■■□□ 2.11
COL4A3Q01955 MPST-201ENST00000341116 1504 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.26■■■□□ 2.11
COL4A3Q01955 TRAPPC10-202ENST00000380221 1763 ntTSL 1 (best) BASIC28.24■■■□□ 2.11
COL4A3Q01955 AC234582.1-201ENST00000447623 923 ntTSL 5 BASIC28.23■■■□□ 2.11
COL4A3Q01955 IL1R1-201ENST00000409288 1735 ntTSL 5 BASIC28.22■■■□□ 2.11
COL4A3Q01955 ARHGDIG-201ENST00000219409 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.22■■■□□ 2.11
COL4A3Q01955 VEGFA-231ENST00000640499 1188 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.22■■■□□ 2.11
COL4A3Q01955 MISP3-201ENST00000269720 1424 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.22■■■□□ 2.11
COL4A3Q01955 LSM14B-204ENST00000370915 1079 ntTSL 1 (best) BASIC28.21■■■□□ 2.11
COL4A3Q01955 RPS2-202ENST00000526522 924 ntTSL 2 BASIC28.21■■■□□ 2.11
COL4A3Q01955 HDAC11-206ENST00000405025 576 ntTSL 4 BASIC28.2■■■□□ 2.11
COL4A3Q01955 C11orf63-202ENST00000307257 1964 ntTSL 2 BASIC28.2■■■□□ 2.11
COL4A3Q01955 TSEN34-203ENST00000396388 1349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.2■■■□□ 2.1
COL4A3Q01955 VEGFA-207ENST00000413642 1197 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.19■■■□□ 2.1
COL4A3Q01955 ZNRF2P2-203ENST00000454624 420 ntBASIC28.19■■■□□ 2.1
COL4A3Q01955 ACOT12-204ENST00000513751 612 ntTSL 1 (best) BASIC28.18■■■□□ 2.1
COL4A3Q01955 CACNG6-201ENST00000252729 1853 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.17■■■□□ 2.1
COL4A3Q01955 JUND-201ENST00000252818 1863 ntAPPRIS P1 BASIC28.17■■■□□ 2.1
COL4A3Q01955 HGH1-207ENST00000628266 258 ntTSL 5 BASIC28.17■■■□□ 2.1
COL4A3Q01955 CCM2-218ENST00000541586 1719 ntTSL 3 BASIC28.17■■■□□ 2.1
COL4A3Q01955 DBP-205ENST00000601104 1489 ntTSL 1 (best) BASIC28.17■■■□□ 2.1
COL4A3Q01955 BOD1-201ENST00000285908 1286 ntTSL 1 (best) BASIC28.16■■■□□ 2.1
COL4A3Q01955 WNT5A-AS1-201ENST00000469484 500 ntTSL 3 BASIC28.16■■■□□ 2.1
COL4A3Q01955 BOD1-206ENST00000480951 814 ntTSL 2 BASIC28.16■■■□□ 2.1
COL4A3Q01955 CDKN2A-201ENST00000304494 1218 ntTSL 1 (best) BASIC28.16■■■□□ 2.1
COL4A3Q01955 CTDNEP1-210ENST00000574322 1708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.15■■■□□ 2.1
COL4A3Q01955 LANCL3-203ENST00000614025 1469 ntTSL 2 BASIC28.14■■■□□ 2.1
COL4A3Q01955 KCNK1-202ENST00000366621 2161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.13■■■□□ 2.09
COL4A3Q01955 WASH5P-204ENST00000632292 975 ntBASIC28.13■■■□□ 2.09
COL4A3Q01955 DPP6-204ENST00000406326 2012 ntTSL 1 (best) BASIC28.13■■■□□ 2.09
COL4A3Q01955 SMARCD3-201ENST00000262188 1993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.12■■■□□ 2.09
COL4A3Q01955 AC096888.1-201ENST00000487097 565 ntTSL 4 BASIC28.1■■■□□ 2.09
COL4A3Q01955 TWIST1-201ENST00000242261 1666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.1■■■□□ 2.09
COL4A3Q01955 HS3ST6-201ENST00000454677 1273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.1■■■□□ 2.09
COL4A3Q01955 SLC35D2-202ENST00000375257 889 ntTSL 2 BASIC28.09■■■□□ 2.09
COL4A3Q01955 NADK2-202ENST00000381937 2243 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.09■■■□□ 2.09
COL4A3Q01955 RPS2-209ENST00000529806 993 ntTSL 3 BASIC28.07■■■□□ 2.08
COL4A3Q01955 NMB-202ENST00000394588 1017 ntTSL 1 (best) BASIC28.07■■■□□ 2.08
COL4A3Q01955 AC187653.1-201ENST00000506382 702 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.06■■■□□ 2.08
COL4A3Q01955 SSU72-201ENST00000291386 1290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.05■■■□□ 2.08
COL4A3Q01955 PPP1R14B-201ENST00000309318 982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.05■■■□□ 2.08
COL4A3Q01955 NREP-216ENST00000508870 540 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC28.05■■■□□ 2.08
COL4A3Q01955 U2AF2-206ENST00000590551 1104 ntTSL 3 BASIC28.05■■■□□ 2.08
COL4A3Q01955 CHMP4B-201ENST00000217402 1646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.05■■■□□ 2.08
COL4A3Q01955 MFAP2-202ENST00000375535 1260 ntTSL 1 (best) BASIC28.04■■■□□ 2.08
COL4A3Q01955 TCEA2-202ENST00000343484 1235 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.03■■■□□ 2.08
COL4A3Q01955 GTF3C4-202ENST00000483873 1417 ntTSL 3 BASIC28.03■■■□□ 2.08
COL4A3Q01955 HDAC3-201ENST00000305264 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.02■■■□□ 2.08
COL4A3Q01955 AC013394.1-201ENST00000629685 808 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.02■■■□□ 2.08
COL4A3Q01955 RPS2-201ENST00000343262 985 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28■■■□□ 2.07
COL4A3Q01955 MAD2L2-205ENST00000376669 864 ntTSL 3 BASIC28■■■□□ 2.07
COL4A3Q01955 NAA50-207ENST00000493900 962 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC28■■■□□ 2.07
COL4A3Q01955 AL451007.3-201ENST00000640271 588 ntAPPRIS P1 BASIC28■■■□□ 2.07
COL4A3Q01955 AC116407.1-201ENST00000398832 1599 ntTSL 2 BASIC27.99■■■□□ 2.07
COL4A3Q01955 ATRAID-201ENST00000380171 1240 ntTSL 1 (best) BASIC27.98■■■□□ 2.07
COL4A3Q01955 DUSP14-206ENST00000617516 1537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.98■■■□□ 2.07
COL4A3Q01955 TERF2-207ENST00000567296 1129 ntTSL 1 (best) BASIC27.97■■■□□ 2.07
COL4A3Q01955 SDCCAG3-202ENST00000357365 2304 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC27.96■■■□□ 2.07
COL4A3Q01955 PSMG4-202ENST00000380305 489 ntTSL 5 BASIC27.95■■■□□ 2.07
COL4A3Q01955 CPNE1-203ENST00000397442 1695 ntTSL 5 BASIC27.95■■■□□ 2.07
COL4A3Q01955 REPIN1-204ENST00000466559 1022 ntTSL 1 (best) BASIC27.95■■■□□ 2.07
COL4A3Q01955 BMP7-202ENST00000395864 1746 ntTSL 5 BASIC27.93■■■□□ 2.06
COL4A3Q01955 GRPEL2-204ENST00000513661 546 ntTSL 2 BASIC27.93■■■□□ 2.06
COL4A3Q01955 GSC-201ENST00000238558 1264 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.92■■■□□ 2.06
COL4A3Q01955 FEZF2-201ENST00000283268 2074 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.91■■■□□ 2.06
COL4A3Q01955 RCE1-201ENST00000309657 1485 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.91■■■□□ 2.06
COL4A3Q01955 PRKAR1B-201ENST00000360274 2007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.9■■■□□ 2.06
COL4A3Q01955 VAX2-201ENST00000234392 1147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.9■■■□□ 2.06
COL4A3Q01955 MNX1-207ENST00000543409 1620 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.89■■■□□ 2.06
COL4A3Q01955 GSTP1-202ENST00000398606 965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.88■■■□□ 2.05
COL4A3Q01955 SDCCAG3-204ENST00000371725 2129 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.88■■■□□ 2.05
COL4A3Q01955 DUX4L29-201ENST00000425409 679 ntBASIC27.87■■■□□ 2.05
COL4A3Q01955 CCDC149-203ENST00000502801 1079 ntTSL 1 (best) BASIC27.87■■■□□ 2.05
COL4A3Q01955 LAPTM4B-203ENST00000521545 915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.86■■■□□ 2.05
COL4A3Q01955 MIR4449-201ENST00000578365 66 ntBASIC27.86■■■□□ 2.05
COL4A3Q01955 AC021231.2-201ENST00000594613 730 ntBASIC27.86■■■□□ 2.05
COL4A3Q01955 RNF130-201ENST00000261947 1766 ntTSL 1 (best) BASIC27.86■■■□□ 2.05
COL4A3Q01955 GNPTAB-206ENST00000549940 1678 ntTSL 1 (best) BASIC27.85■■■□□ 2.05
COL4A3Q01955 CGREF1-202ENST00000312734 1610 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC27.83■■■□□ 2.05
COL4A3Q01955 SCARA3-202ENST00000337221 1910 ntTSL 1 (best) BASIC27.81■■■□□ 2.04
COL4A3Q01955 VPS37D-201ENST00000324941 1624 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.81■■■□□ 2.04
COL4A3Q01955 SERINC2-201ENST00000373709 1997 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.8■■■□□ 2.04
COL4A3Q01955 RNF215-203ENST00000382363 1992 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.8■■■□□ 2.04
COL4A3Q01955 ACTR3B-202ENST00000377776 1566 ntTSL 1 (best) BASIC27.8■■■□□ 2.04
COL4A3Q01955 AL118558.1-203ENST00000553701 447 ntTSL 3 BASIC27.79■■■□□ 2.04
COL4A3Q01955 HSD11B1L-209ENST00000577917 1553 ntTSL 1 (best) BASIC27.79■■■□□ 2.04
COL4A3Q01955 CTDNEP1-201ENST00000318988 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.79■■■□□ 2.04
COL4A3Q01955 BRF1-221ENST00000619151 1530 ntTSL 5 BASIC27.77■■■□□ 2.04
COL4A3Q01955 AC016575.1-201ENST00000607026 382 ntBASIC27.77■■■□□ 2.04
COL4A3Q01955 KRT18-201ENST00000388835 1562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.77■■■□□ 2.04
COL4A3Q01955 CCZ1-201ENST00000325974 1802 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.76■■■□□ 2.04
COL4A3Q01955 DNLZ-201ENST00000371738 724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.76■■■□□ 2.03
COL4A3Q01955 RP9-201ENST00000297157 1121 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.75■■■□□ 2.03
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 42.6 ms