Protein–RNA interactions for Protein: P55344

LIM2, Lens fiber membrane intrinsic protein, humanhuman

Predictions only

Length 173 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIM2P55344 KCNF1-201ENST00000295082 2289 ntAPPRIS P1 BASIC25.85■■□□□ 1.73
LIM2P55344 SLC2A4RG-201ENST00000266077 1731 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.84■■□□□ 1.73
LIM2P55344 SH3BP2-221ENST00000511747 2351 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.83■■□□□ 1.73
LIM2P55344 KHDRBS3-201ENST00000355849 1977 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.82■■□□□ 1.72
LIM2P55344 ARMC10-211ENST00000541300 2266 ntTSL 1 (best) BASIC25.81■■□□□ 1.72
LIM2P55344 LGALS3-201ENST00000254301 1146 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.81■■□□□ 1.72
LIM2P55344 ARTN-204ENST00000438616 889 ntTSL 1 (best) BASIC25.81■■□□□ 1.72
LIM2P55344 GNAI2-202ENST00000313601 2464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.81■■□□□ 1.72
LIM2P55344 FAM149A-201ENST00000227065 2708 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.8■■□□□ 1.72
LIM2P55344 RAMP2-AS1-202ENST00000589716 1985 ntTSL 5 BASIC25.8■■□□□ 1.72
LIM2P55344 FOXD3-201ENST00000371116 2086 ntAPPRIS P1 BASIC25.79■■□□□ 1.72
LIM2P55344 CGREF1-202ENST00000312734 1610 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC25.78■■□□□ 1.72
LIM2P55344 SHC2-201ENST00000264554 2494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.77■■□□□ 1.72
LIM2P55344 AC136428.2-201ENST00000563187 214 ntBASIC25.76■■□□□ 1.71
LIM2P55344 AC097358.2-201ENST00000607541 1159 ntBASIC25.76■■□□□ 1.71
LIM2P55344 CHMP4B-201ENST00000217402 1646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.76■■□□□ 1.71
LIM2P55344 TRNP1-201ENST00000522111 1958 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.76■■□□□ 1.71
LIM2P55344 TRIOBP-205ENST00000407319 2125 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.76■■□□□ 1.71
LIM2P55344 AUTS2-202ENST00000403018 957 ntTSL 1 (best) BASIC25.75■■□□□ 1.71
LIM2P55344 AC068152.1-210ENST00000574741 836 ntTSL 3 BASIC25.75■■□□□ 1.71
LIM2P55344 KCNK3-202ENST00000620977 1956 ntTSL 1 (best) BASIC25.75■■□□□ 1.71
LIM2P55344 UBALD2-203ENST00000589240 660 ntTSL 2 BASIC25.74■■□□□ 1.71
LIM2P55344 MZT2B-202ENST00000409255 769 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.73■■□□□ 1.71
LIM2P55344 LY6K-203ENST00000519387 963 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.73■■□□□ 1.71
LIM2P55344 AL109917.1-201ENST00000412228 906 ntTSL 2 BASIC25.72■■□□□ 1.71
LIM2P55344 C1orf122-204ENST00000468084 1234 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.72■■□□□ 1.71
LIM2P55344 MARCH2-202ENST00000381035 1192 ntTSL 5 BASIC25.71■■□□□ 1.71
LIM2P55344 ACTR3B-202ENST00000377776 1566 ntTSL 1 (best) BASIC25.7■■□□□ 1.71
LIM2P55344 PCBD2-201ENST00000254908 1223 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.7■■□□□ 1.7
LIM2P55344 LRRC75B-201ENST00000318753 1238 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.7■■□□□ 1.7
LIM2P55344 SIGMAR1-205ENST00000477726 840 ntTSL 1 (best) BASIC25.7■■□□□ 1.7
LIM2P55344 FTCD-203ENST00000397746 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.7■■□□□ 1.7
LIM2P55344 NADK2-210ENST00000514504 1233 ntTSL 5 BASIC25.68■■□□□ 1.7
LIM2P55344 WASH5P-204ENST00000632292 975 ntBASIC25.67■■□□□ 1.7
LIM2P55344 ZBTB12-201ENST00000375527 1875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.66■■□□□ 1.7
LIM2P55344 HDAC3-201ENST00000305264 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.65■■□□□ 1.7
LIM2P55344 FTCD-202ENST00000397743 1834 ntTSL 1 (best) BASIC25.65■■□□□ 1.7
LIM2P55344 ZFAND2B-204ENST00000409217 886 ntTSL 2 BASIC25.65■■□□□ 1.7
LIM2P55344 NRXN1-228ENST00000628364 2444 ntTSL 5 BASIC25.62■■□□□ 1.69
LIM2P55344 SSBP4-202ENST00000348495 1721 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC25.61■■□□□ 1.69
LIM2P55344 CCNYL1-205ENST00000420822 952 ntTSL 1 (best) BASIC25.61■■□□□ 1.69
LIM2P55344 CAHM-201ENST00000604200 896 ntBASIC25.61■■□□□ 1.69
LIM2P55344 ELK4-201ENST00000289703 2118 ntTSL 1 (best) BASIC25.6■■□□□ 1.69
LIM2P55344 AL133346.1-201ENST00000435287 495 ntTSL 2 BASIC25.6■■□□□ 1.69
LIM2P55344 AC006486.1-201ENST00000594664 634 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.6■■□□□ 1.69
LIM2P55344 AL391121.1-201ENST00000607967 1349 ntBASIC25.59■■□□□ 1.69
LIM2P55344 LRRC10B-201ENST00000378075 2219 ntAPPRIS P1 BASIC25.59■■□□□ 1.69
LIM2P55344 RNF150-204ENST00000507500 1530 ntTSL 1 (best) BASIC25.58■■□□□ 1.69
LIM2P55344 PHF23-201ENST00000320316 2037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.58■■□□□ 1.69
LIM2P55344 FTCDNL1-201ENST00000416668 944 ntTSL 1 (best) BASIC25.58■■□□□ 1.69
LIM2P55344 ABHD17A-201ENST00000250974 1630 ntTSL 1 (best) BASIC25.58■■□□□ 1.69
LIM2P55344 AGAP3-211ENST00000473312 2039 ntTSL 1 (best) BASIC25.58■■□□□ 1.68
LIM2P55344 PANK2-207ENST00000610179 1807 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.56■■□□□ 1.68
LIM2P55344 RHOC-208ENST00000369642 1355 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.56■■□□□ 1.68
LIM2P55344 FGF3-201ENST00000334134 892 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.55■■□□□ 1.68
LIM2P55344 PDCD2-215ENST00000614056 1287 ntTSL 2 BASIC25.55■■□□□ 1.68
LIM2P55344 COMMD3-201ENST00000376836 1342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.55■■□□□ 1.68
LIM2P55344 HOXD-AS2-202ENST00000440016 999 ntTSL 5 BASIC25.54■■□□□ 1.68
LIM2P55344 MBOAT7-202ENST00000338624 2076 ntTSL 2 BASIC25.54■■□□□ 1.68
LIM2P55344 GNPTAB-202ENST00000392919 760 ntTSL 1 (best) BASIC25.52■■□□□ 1.68
LIM2P55344 INPP5A-202ENST00000368593 1432 ntTSL 1 (best) BASIC25.52■■□□□ 1.68
LIM2P55344 DUSP15-202ENST00000339738 1454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.51■■□□□ 1.67
LIM2P55344 EBPL-202ENST00000378268 680 ntTSL 3 BASIC25.5■■□□□ 1.67
LIM2P55344 AC092755.2-201ENST00000560199 402 ntTSL 3 BASIC25.49■■□□□ 1.67
LIM2P55344 MAF-201ENST00000326043 2646 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.48■■□□□ 1.67
LIM2P55344 AC234582.1-201ENST00000447623 923 ntTSL 5 BASIC25.48■■□□□ 1.67
LIM2P55344 PCSK6-201ENST00000331826 2309 ntTSL 5 BASIC25.48■■□□□ 1.67
LIM2P55344 HNRNPAB-206ENST00000506339 1747 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.48■■□□□ 1.67
LIM2P55344 KCNQ5-204ENST00000370392 1469 ntTSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
LIM2P55344 KLHL35-204ENST00000539798 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
LIM2P55344 SUZ12P1-203ENST00000578195 985 ntBASIC25.46■■□□□ 1.67
LIM2P55344 CNIH2-203ENST00000528852 1524 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.46■■□□□ 1.67
LIM2P55344 MLST8-203ENST00000397124 1691 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC25.45■■□□□ 1.66
LIM2P55344 MAFA-201ENST00000333480 2347 ntAPPRIS P1 BASIC25.44■■□□□ 1.66
LIM2P55344 ACTG1-210ENST00000575842 2256 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
LIM2P55344 COL13A1-212ENST00000520133 1833 ntTSL 5 BASIC25.44■■□□□ 1.66
LIM2P55344 AL161658.1-201ENST00000623641 1967 ntBASIC25.43■■□□□ 1.66
LIM2P55344 FADS3-201ENST00000278829 1779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.43■■□□□ 1.66
LIM2P55344 PI4KAP2-202ENST00000450651 2294 ntTSL 5 BASIC25.43■■□□□ 1.66
LIM2P55344 LMO1-202ENST00000428101 1038 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
LIM2P55344 TSPAN11-203ENST00000545802 1649 ntTSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
LIM2P55344 GSC2-201ENST00000086933 1033 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.41■■□□□ 1.66
LIM2P55344 MAPK12-201ENST00000215659 1918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
LIM2P55344 PSMG4-205ENST00000419065 629 ntTSL 2 BASIC25.4■■□□□ 1.66
LIM2P55344 GGA1-204ENST00000381756 2107 ntTSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
LIM2P55344 GLTP-201ENST00000318348 2356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.65
LIM2P55344 SLC9A3R2-202ENST00000432365 1564 ntTSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.65
LIM2P55344 FSD1L-204ENST00000469022 1836 ntTSL 1 (best) BASIC25.38■■□□□ 1.65
LIM2P55344 MSX1-201ENST00000382723 1939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.38■■□□□ 1.65
LIM2P55344 HOPX-206ENST00000503639 1248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.38■■□□□ 1.65
LIM2P55344 UCK1-201ENST00000372208 2063 ntTSL 1 (best) BASIC25.38■■□□□ 1.65
LIM2P55344 TNK2-201ENST00000333602 5270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
LIM2P55344 ABHD12-201ENST00000339157 2117 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.36■■□□□ 1.65
LIM2P55344 HOXB3-210ENST00000489475 1845 ntTSL 2 BASIC25.36■■□□□ 1.65
LIM2P55344 TPGS1-201ENST00000359315 1114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
LIM2P55344 MBOAT7-203ENST00000391754 1797 ntTSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
LIM2P55344 SSU72-201ENST00000291386 1290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
LIM2P55344 DENR-202ENST00000455982 1052 ntTSL 5 BASIC25.35■■□□□ 1.65
LIM2P55344 CGREF1-204ENST00000402550 1575 ntTSL 2 BASIC25.35■■□□□ 1.65
LIM2P55344 FTCD-204ENST00000397748 1955 ntTSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 16.5 ms