Protein–RNA interactions for Protein: P55289

CDH12, Cadherin-12, humanhuman

Predictions only

Length 794 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CDH12P55289 HOXD8-201ENST00000313173 1917 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC25.2■■□□□ 1.62
CDH12P55289 FAM89A-201ENST00000366654 1495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.62
CDH12P55289 CLEC3B-201ENST00000296130 936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
CDH12P55289 AP001107.7-201ENST00000533287 272 ntTSL 2 BASIC25.19■■□□□ 1.62
CDH12P55289 MAPK13-201ENST00000211287 2052 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
CDH12P55289 CCZ1B-215ENST00000626257 2211 ntTSL 2 BASIC25.18■■□□□ 1.62
CDH12P55289 CUEDC1-201ENST00000360238 2193 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.18■■□□□ 1.62
CDH12P55289 PQLC1-211ENST00000590381 1247 ntTSL 2 BASIC25.18■■□□□ 1.62
CDH12P55289 AL031258.1-201ENST00000623562 325 ntBASIC25.18■■□□□ 1.62
CDH12P55289 MAPK4-202ENST00000540640 1576 ntTSL 2 BASIC25.17■■□□□ 1.62
CDH12P55289 ABCB10P3-201ENST00000561950 2166 ntBASIC25.17■■□□□ 1.62
CDH12P55289 UCK1-201ENST00000372208 2063 ntTSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
CDH12P55289 RNF130-205ENST00000521389 2263 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
CDH12P55289 AP002365.1-201ENST00000603448 772 ntBASIC25.15■■□□□ 1.62
CDH12P55289 GRK2-204ENST00000526285 1458 ntTSL 5 BASIC25.15■■□□□ 1.62
CDH12P55289 GIPC1-201ENST00000345425 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
CDH12P55289 NGB-201ENST00000298352 1884 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
CDH12P55289 RCC1L-202ENST00000614461 2419 ntTSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
CDH12P55289 EBPL-203ENST00000378270 579 ntTSL 2 BASIC25.13■■□□□ 1.61
CDH12P55289 FAM58A-202ENST00000440428 1164 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC25.13■■□□□ 1.61
CDH12P55289 FGFRL1-205ENST00000510644 2304 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
CDH12P55289 H2AFV-202ENST00000308153 752 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
CDH12P55289 RTN2-201ENST00000245923 2293 ntTSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
CDH12P55289 FTCD-202ENST00000397743 1834 ntTSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
CDH12P55289 ABHD12-201ENST00000339157 2117 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.11■■□□□ 1.61
CDH12P55289 CHCHD4-201ENST00000295767 1603 ntTSL 2 BASIC25.07■■□□□ 1.6
CDH12P55289 DCBLD1-201ENST00000296955 1979 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
CDH12P55289 TESK1-206ENST00000620767 2438 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.06■■□□□ 1.6
CDH12P55289 CTDNEP1-201ENST00000318988 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
CDH12P55289 COL13A1-210ENST00000517713 2007 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.05■■□□□ 1.6
CDH12P55289 CGREF1-203ENST00000402394 1906 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC25.05■■□□□ 1.6
CDH12P55289 TPI1-201ENST00000229270 1763 ntTSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
CDH12P55289 BIN1-204ENST00000348750 2074 ntTSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
CDH12P55289 GXYLT1-201ENST00000280876 1937 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
CDH12P55289 EFNA1-202ENST00000368407 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
CDH12P55289 EXOC3L4-201ENST00000380069 2293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
CDH12P55289 TMEM158-201ENST00000503771 1813 ntAPPRIS P1 BASIC25.01■■□□□ 1.59
CDH12P55289 ARTN-211ENST00000498139 1303 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
CDH12P55289 SHF-206ENST00000560471 2499 ntTSL 5 BASIC25■■□□□ 1.59
CDH12P55289 RSG1-201ENST00000375599 1545 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
CDH12P55289 PHOX2A-201ENST00000298231 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.99■■□□□ 1.59
CDH12P55289 MBOAT7-203ENST00000391754 1797 ntTSL 1 (best) BASIC24.99■■□□□ 1.59
CDH12P55289 AC139426.1-201ENST00000568218 2529 ntBASIC24.98■■□□□ 1.59
CDH12P55289 GIPC1-203ENST00000393033 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
CDH12P55289 SMARCD3-201ENST00000262188 1993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
CDH12P55289 SSBP4-206ENST00000599699 793 ntTSL 2 BASIC24.97■■□□□ 1.59
CDH12P55289 AC243773.2-204ENST00000621428 1462 ntTSL 1 (best) BASIC24.96■■□□□ 1.59
CDH12P55289 RNF130-201ENST00000261947 1766 ntTSL 1 (best) BASIC24.96■■□□□ 1.59
CDH12P55289 PIP4K2B-204ENST00000619039 5734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.96■■□□□ 1.59
CDH12P55289 TPRA1-202ENST00000355552 1933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.96■■□□□ 1.59
CDH12P55289 SIRT3-201ENST00000382743 2543 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
CDH12P55289 ZNF513-201ENST00000323703 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
CDH12P55289 CUL4A-202ENST00000375440 2364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
CDH12P55289 KCTD17-202ENST00000403888 1763 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
CDH12P55289 MLST8-203ENST00000397124 1691 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC24.92■■□□□ 1.58
CDH12P55289 DBP-205ENST00000601104 1489 ntTSL 1 (best) BASIC24.92■■□□□ 1.58
CDH12P55289 SH3GL3-202ENST00000427482 1806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.92■■□□□ 1.58
CDH12P55289 PI4KAP1-202ENST00000611748 1906 ntTSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
CDH12P55289 HMGB1-205ENST00000399494 1282 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.91■■□□□ 1.58
CDH12P55289 HRH3-201ENST00000317393 1419 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
CDH12P55289 ANAPC11-203ENST00000392376 687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
CDH12P55289 MAP6D1-202ENST00000431348 890 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.9■■□□□ 1.58
CDH12P55289 AMN-201ENST00000299155 1907 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
CDH12P55289 HMX1-201ENST00000400677 1895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.57
CDH12P55289 MBD2-202ENST00000398398 1237 ntTSL 2 BASIC24.88■■□□□ 1.57
CDH12P55289 MBD2-205ENST00000583046 1182 ntTSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
CDH12P55289 AL355297.4-201ENST00000603191 1249 ntTSL 3 BASIC24.88■■□□□ 1.57
CDH12P55289 TPRA1-209ENST00000489960 1903 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.87■■□□□ 1.57
CDH12P55289 ANKS1B-202ENST00000333732 1675 ntTSL 2 BASIC24.86■■□□□ 1.57
CDH12P55289 CATIP-201ENST00000289388 1323 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
CDH12P55289 PAPD7-201ENST00000230859 5459 ntTSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
CDH12P55289 RCC1L-201ENST00000610322 2300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
CDH12P55289 VWA1-201ENST00000338660 2147 ntTSL 2 BASIC24.85■■□□□ 1.57
CDH12P55289 EMC10-202ENST00000376918 2014 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
CDH12P55289 TSPAN33-201ENST00000486685 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
CDH12P55289 LDB1-202ENST00000425280 2089 ntTSL 5 BASIC24.84■■□□□ 1.57
CDH12P55289 FZD2-201ENST00000315323 2112 ntAPPRIS P1 BASIC24.84■■□□□ 1.57
CDH12P55289 HOXB3-210ENST00000489475 1845 ntTSL 2 BASIC24.84■■□□□ 1.57
CDH12P55289 AL161658.1-201ENST00000623641 1967 ntBASIC24.84■■□□□ 1.57
CDH12P55289 CACNG6-201ENST00000252729 1853 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.56
CDH12P55289 ST7-AS1-201ENST00000456775 1889 ntBASIC24.82■■□□□ 1.56
CDH12P55289 MSX2-202ENST00000507785 1188 ntTSL 2 BASIC24.82■■□□□ 1.56
CDH12P55289 CHPT1-205ENST00000549872 2001 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.81■■□□□ 1.56
CDH12P55289 SLC22A23-201ENST00000380298 1574 ntTSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
CDH12P55289 PQLC1-203ENST00000397778 2555 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
CDH12P55289 SECTM1-201ENST00000269389 2235 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
CDH12P55289 GALK1-205ENST00000588479 1866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
CDH12P55289 SLC12A2-202ENST00000343225 5509 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
CDH12P55289 WDSUB1-205ENST00000409990 1920 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.79■■□□□ 1.56
CDH12P55289 LINC01578-204ENST00000554894 556 ntTSL 3 BASIC24.79■■□□□ 1.56
CDH12P55289 LINC01578-207ENST00000556895 802 ntTSL 2 BASIC24.79■■□□□ 1.56
CDH12P55289 ARL8A-201ENST00000272217 1793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
CDH12P55289 CNIH2-203ENST00000528852 1524 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
CDH12P55289 EXOC3-209ENST00000512944 2825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
CDH12P55289 AGFG1-205ENST00000409979 2089 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.77■■□□□ 1.56
CDH12P55289 CERS2-205ENST00000368954 2505 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
CDH12P55289 ARHGEF7-206ENST00000375741 5525 ntTSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
CDH12P55289 CCDC88C-205ENST00000553403 1651 ntTSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
CDH12P55289 RTN4R-201ENST00000043402 2157 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
CDH12P55289 MSX1-201ENST00000382723 1939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 15.7 ms