Protein–RNA interactions for Protein: O75533

SF3B1, Splicing factor 3B subunit 1, humanhuman

Known RBP eCLIP

Length 1,304 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SF3B1O75533 IFT140-206ENST00000565298 4727 ntTSL 219.79■□□□□ 0.766e-11■■■■■ 310.2
SF3B1O75533 ITGB5-207ENST00000481591 1202 ntTSL 519.76■□□□□ 0.751e-13■■■■■ 310.2
SF3B1O75533 SLC25A20-201ENST00000319017 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.72■□□□□ 0.751e-13■■■■■ 310.2
SF3B1O75533 SPAG6-207ENST00000488555 555 ntTSL 219.7■□□□□ 0.741e-13■■■■■ 310.2
SF3B1O75533 SLC25A20-203ENST00000440964 1383 ntTSL 218.9■□□□□ 0.621e-13■■■■■ 310.2
SF3B1O75533 BECN1-201ENST00000361523 2112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.59■□□□□ 0.571e-13■■■■■ 310.2
SF3B1O75533 TSNARE1-202ENST00000518720 583 ntTSL 418.46■□□□□ 0.551e-13■■■■■ 310.2
SF3B1O75533 ITGB5-201ENST00000296181 4372 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.541e-13■■■■■ 310.2
SF3B1O75533 WSCD2-213ENST00000552195 554 ntTSL 418.4■□□□□ 0.541e-13■■■■■ 310.2
SF3B1O75533 VRK2-204ENST00000428021 553 ntTSL 418.19■□□□□ 0.51e-13■■■■■ 310.2
SF3B1O75533 PBX4-202ENST00000557978 1416 ntTSL 1 (best)18.15■□□□□ 0.51e-13■■■■■ 310.2
SF3B1O75533 SPAG6-203ENST00000376624 2605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.471e-13■■■■■ 310.2
SF3B1O75533 ITGB5-209ENST00000488466 971 ntTSL 517.8■□□□□ 0.441e-13■■■■■ 310.2
SF3B1O75533 TEKT4P2-201ENST00000416067 1599 ntTSL 1 (best) BASIC17.71■□□□□ 0.431e-13■■■■■ 310.2
SF3B1O75533 C19orf47-201ENST00000357884 1774 ntTSL 517.67■□□□□ 0.421e-13■■■■■ 310.2
SF3B1O75533 ITGB5-210ENST00000496703 789 ntTSL 217.62■□□□□ 0.411e-13■■■■■ 310.2
SF3B1O75533 HDDC2-201ENST00000318787 1350 ntTSL 1 (best)17.59■□□□□ 0.411e-13■■■■■ 310.2
SF3B1O75533 MAX-210ENST00000555419 765 ntTSL 5 BASIC17.57■□□□□ 0.41e-13■■■■■ 310.2
SF3B1O75533 SPAG6-202ENST00000376603 2770 ntTSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.361e-13■■■■■ 310.2
SF3B1O75533 WSCD2-210ENST00000551106 552 ntTSL 417.18■□□□□ 0.341e-13■■■■■ 310.2
SF3B1O75533 TSGA10-209ENST00000471174 595 ntTSL 417.14■□□□□ 0.331e-13■■■■■ 310.2
SF3B1O75533 TSNARE1-206ENST00000520462 589 ntTSL 416.8■□□□□ 0.281e-13■■■■■ 310.2
SF3B1O75533 BECN1-203ENST00000543382 2504 ntTSL 216.71■□□□□ 0.271e-13■■■■■ 310.2
SF3B1O75533 BECN1-213ENST00000590099 2087 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.251e-13■■■■■ 310.2
SF3B1O75533 POLR3G-203ENST00000503973 583 ntTSL 316.54■□□□□ 0.241e-13■■■■■ 310.2
SF3B1O75533 MAX-205ENST00000358664 1546 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.221e-13■■■■■ 310.2
SF3B1O75533 IFT140-201ENST00000361339 2987 ntTSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.226e-11■■■■■ 310.2
SF3B1O75533 POLR3G-205ENST00000505345 581 ntTSL 316.26■□□□□ 0.191e-13■■■■■ 310.2
SF3B1O75533 ASTN1-201ENST00000281881 2991 ntTSL 1 (best)16.25■□□□□ 0.191e-13■■■■■ 310.2
SF3B1O75533 MAX-211ENST00000555667 574 ntTSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.181e-13■■■■■ 310.2
SF3B1O75533 MAX-204ENST00000358402 1973 ntTSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.141e-13■■■■■ 310.2
SF3B1O75533 SPAG6-201ENST00000313311 2421 ntTSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.141e-13■■■■■ 310.2
SF3B1O75533 HDDC2-204ENST00000608295 879 ntTSL 5 BASIC15.83■□□□□ 0.121e-13■■■■■ 310.2
SF3B1O75533 MAX-208ENST00000553951 1092 ntTSL 215.74■□□□□ 0.111e-13■■■■■ 310.2
SF3B1O75533 HDDC2-202ENST00000398153 918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.081e-13■■■■■ 310.2
SF3B1O75533 HDDC2-206ENST00000608461 587 ntTSL 215.56■□□□□ 0.081e-13■■■■■ 310.2
SF3B1O75533 PER2-201ENST00000254657 6385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.061e-13■■■■■ 310.2
SF3B1O75533 TSGA10-210ENST00000476849 736 ntTSL 515.33■□□□□ 0.041e-13■■■■■ 310.2
SF3B1O75533 WSCD2-206ENST00000547525 4481 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.041e-13■■■■■ 310.2
SF3B1O75533 MAX-218ENST00000557746 571 ntTSL 4 BASIC15.23■□□□□ 0.031e-13■■■■■ 310.2
SF3B1O75533 SLC25A20-202ENST00000430379 1576 ntTSL 3 BASIC15.22■□□□□ 0.031e-13■■■■■ 310.2
SF3B1O75533 MAX-219ENST00000618858 2141 ntTSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.011e-13■■■■■ 310.2
SF3B1O75533 DUXAP9-201ENST00000547220 665 ntTSL 3 BASIC14.89□□□□□ -0.031e-13■■■■■ 310.2
SF3B1O75533 POLR3G-207ENST00000514483 682 ntTSL 3 BASIC14.5□□□□□ -0.091e-13■■■■■ 310.2
SF3B1O75533 MAX-212ENST00000555932 1673 ntTSL 5 BASIC13.83□□□□□ -0.21e-13■■■■■ 310.2
SF3B1O75533 PER2-203ENST00000431832 551 ntTSL 413.52□□□□□ -0.251e-13■■■■■ 310.2
SF3B1O75533 TSGA10-201ENST00000355053 3037 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.51□□□□□ -0.251e-13■■■■■ 310.2
SF3B1O75533 MAX-206ENST00000394606 2097 ntTSL 1 (best)13.32□□□□□ -0.281e-13■■■■■ 310.2
SF3B1O75533 APOBR-201ENST00000431282 3765 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.15□□□□□ -0.31e-13■■■■■ 310.2
SF3B1O75533 APOBR-202ENST00000564831 3792 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.11□□□□□ -0.311e-13■■■■■ 310.2
SF3B1O75533 MAX-216ENST00000556979 615 ntTSL 3 BASIC12.9□□□□□ -0.341e-13■■■■■ 310.2
SF3B1O75533 WSCD2-201ENST00000332082 4710 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.71□□□□□ -0.381e-13■■■■■ 310.2
SF3B1O75533 BECN1-214ENST00000590185 581 ntTSL 212.57□□□□□ -0.41e-13■■■■■ 310.2
SF3B1O75533 ASTN1-203ENST00000367657 4187 ntTSL 1 (best) BASIC12.55□□□□□ -0.41e-13■■■■■ 310.2
SF3B1O75533 DUXAP9-205ENST00000619938 642 ntTSL 1 (best)12.18□□□□□ -0.461e-13■■■■■ 310.2
SF3B1O75533 WSCD2-202ENST00000546401 535 ntTSL 311.95□□□□□ -0.51e-13■■■■■ 310.2
SF3B1O75533 DUXAP9-203ENST00000610585 903 ntTSL 311.93□□□□□ -0.51e-13■■■■■ 310.2
SF3B1O75533 CISD1-201ENST00000333926 2479 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.8□□□□□ -0.521e-13■■■■■ 310.2
SF3B1O75533 WSCD2-209ENST00000551057 565 ntTSL 311.53□□□□□ -0.561e-13■■■■■ 310.2
SF3B1O75533 TMEM260-206ENST00000555046 618 ntTSL 311.49□□□□□ -0.571e-13■■■■■ 310.2
SF3B1O75533 DOCK8-211ENST00000478380 1395 ntTSL 1 (best)11.46□□□□□ -0.581e-13■■■■■ 310.2
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SF3B1O75533 ZBTB24-201ENST00000230122 5519 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.43□□□□□ -0.581e-13■■■■■ 310.2
SF3B1O75533 ITGB5-206ENST00000476988 492 ntTSL 411.37□□□□□ -0.591e-13■■■■■ 310.2
SF3B1O75533 MAX-202ENST00000284165 3155 ntTSL 1 (best) BASIC11.29□□□□□ -0.61e-13■■■■■ 310.2
SF3B1O75533 BECN1-222ENST00000617806 4865 ntTSL 511.15□□□□□ -0.621e-13■■■■■ 310.2
SF3B1O75533 TSGA10-202ENST00000393482 2460 ntAPPRIS ALT2 TSL 510.83□□□□□ -0.681e-13■■■■■ 310.2
SF3B1O75533 ASTN1-205ENST00000473640 1877 ntTSL 1 (best)10.72□□□□□ -0.691e-13■■■■■ 310.2
SF3B1O75533 SLC25A20-204ENST00000479050 694 ntTSL 210.59□□□□□ -0.711e-13■■■■■ 310.2
SF3B1O75533 DOCK8-214ENST00000487230 537 ntTSL 410.38□□□□□ -0.751e-13■■■■■ 310.2
SF3B1O75533 ASTN1-204ENST00000424564 3685 ntTSL 1 (best) BASIC10.38□□□□□ -0.751e-13■■■■■ 310.2
SF3B1O75533 BECN1-212ENST00000589663 489 ntTSL 310.29□□□□□ -0.761e-13■■■■■ 310.2
SF3B1O75533 BECN1-202ENST00000438274 1569 ntTSL 2 BASIC10.24□□□□□ -0.771e-13■■■■■ 310.2
SF3B1O75533 ASTN1-202ENST00000361833 7116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.15□□□□□ -0.781e-13■■■■■ 310.2
SF3B1O75533 TSGA10-203ENST00000393483 3878 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC10.13□□□□□ -0.791e-13■■■■■ 310.2
SF3B1O75533 DOCK8-203ENST00000382341 1873 ntTSL 29.7□□□□□ -0.861e-13■■■■■ 310.2
SF3B1O75533 TSGA10-207ENST00000464459 2492 ntTSL 29□□□□□ -0.971e-13■■■■■ 310.2
SF3B1O75533 BECN1-205ENST00000586589 731 ntTSL 38.54□□□□□ -1.041e-13■■■■■ 310.2
SF3B1O75533 MAX-207ENST00000553928 623 ntTSL 1 (best)7.98□□□□□ -1.131e-13■■■■■ 310.2
SF3B1O75533 BECN1-208ENST00000588276 769 ntTSL 37.78□□□□□ -1.161e-13■■■■■ 310.2
SF3B1O75533 WSCD2-212ENST00000551734 543 ntTSL 47.24□□□□□ -1.251e-13■■■■■ 310.2
SF3B1O75533 BECN1-215ENST00000590764 854 ntTSL 27.17□□□□□ -1.261e-13■■■■■ 310.2
SF3B1O75533 BECN1-207ENST00000587880 524 ntTSL 36.73□□□□□ -1.331e-13■■■■■ 310.2
SF3B1O75533 DUXAP9-207ENST00000621361 2397 ntTSL 1 (best)6.29□□□□□ -1.41e-13■■■■■ 310.2
SF3B1O75533 SPAG6-209ENST00000538630 2376 ntTSL 5 BASIC6.04□□□□□ -1.441e-13■■■■■ 310.2
SF3B1O75533 COG5-207ENST00000469503 238 ntTSL 35.95□□□□□ -1.461e-13■■■■■ 310.2
SF3B1O75533 POLR3G-206ENST00000512239 339 ntTSL 55□□□□□ -1.611e-13■■■■■ 310.2
SF3B1O75533 HDDC2-208ENST00000609021 3529 nt4.64□□□□□ -1.671e-13■■■■■ 310.2
SF3B1O75533 CISD1-202ENST00000464703 698 ntTSL 54.21□□□□□ -1.731e-13■■■■■ 310.2
SF3B1O75533 SPAG6-208ENST00000490361 875 ntTSL 23.68□□□□□ -1.821e-13■■■■■ 310.2
SF3B1O75533 AL513128.1-201ENST00000422675 469 ntTSL 5 BASIC3.09□□□□□ -1.911e-13■■■■■ 310.2
SF3B1O75533 SPAG6-206ENST00000487973 557 ntTSL 52.8□□□□□ -1.961e-13■■■■■ 310.2
SF3B1O75533 HDDC2-207ENST00000608532 553 ntTSL 32.23□□□□□ -2.051e-13■■■■■ 310.2
SF3B1O75533 ASB1-201ENST00000264607 6994 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.94■□□□□ 0.34e-6■■■■■ 307.3
SF3B1O75533 ASB1-208ENST00000481566 701 ntTSL 516.02■□□□□ 0.164e-6■■■■■ 307.3
SF3B1O75533 NOL4L-207ENST00000470428 307 ntTSL 313.82□□□□□ -0.24e-14■■■■■ 299.5
SF3B1O75533 GDF15-201ENST00000252809 1200 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.112e-18■■■■■ 298.7
SF3B1O75533 IQCH-AS1-205ENST00000561232 5748 ntTSL 1 (best)17.2■□□□□ 0.341e-6■■■■■ 298.7
SF3B1O75533 IQCH-AS1-203ENST00000559298 5753 ntTSL 5 BASIC8.96□□□□□ -0.971e-6■■■■■ 298.7
SF3B1O75533 ZMIZ2-207ENST00000457123 747 ntTSL 534.3■■■■□ 3.082e-15■■■■■ 294.1
Retrieved 100 of 46,956 protein–RNA pairs in 4555.5 ms